Electrostatics of a DNA-like polyelectrolyte: Effects of solvent dielectric saturation and polarization of ion hydration shells

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 103, Issue 28, 1999, Pages 5860-5868

  Gavryushov, Sergei ^a   Zielenkiewicz, Piotr ^b  

^a INSTITUTE OF BIOCYBERNETICS AND BIOMEDICAL ENGINEERING   (Poland)

^b INSTITUTE OF BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001052987     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp983081i     Document Type: Article

References (73)

1. Young, M. A.; Jayaram, B.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 59.
2. Cheatham, T. E., III; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 1996, 259, 434.
3. Yang, L.; Pettitt, B. M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2564.
4. Young, M. A.; Ravishanker, G.; Beveridge, D. L. Biophys. J. 1997, 73, 2313.
5. Sprous, D.; Young, M. A.; Beveridge, D. L. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 4658.
6. Lamm, G.; Wong, L.; Pack, G. R. Biopolymers. 1994, 34, 227.
7. Jayaram, B.; DiCapua, F.; Beveridge, D. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5211.
8. Jayaram, B.; Sharp, K. A.; Honig, B. Biopolymers 1989, 28, 975.
9. Luty, B. A.; Davis, M. E.; McCammon, J. A. J. Comput.Chem. 1992, 13, 1114.
10. Bashford, D.; Karplus, M. Biochemistry 1990, 29, 10219.
11. Bashford, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1991, 95, 9556.
12. Takahashi, T.; Nakamura, H.; Wada, A. Biopolymers 1992, 32, 897.
13. Oberoi, H.; Allewell, N. M. Biophys. J. 1993, 65, 48.
14. Loewenthal, R.; Sancho, J.; Reinikainen, T.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1993, 232, 574.
15. Antosiewicz, J.; McCammon, J. A.; Gilson, M. K. J. Mol. Biol. 1994, 238, 415.
16. Schaefer, M.; Sommer, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 1663.
17. Carnie, S. L.; Torrie, G. M. Adv. Chem. Phys. 1984, 56, 141.
18. Murthy, C. S.; Bacquet, R. J.; Rossky, P. J. J. Phys. Chem. 1985, 89, 701.
19. Mills, P.; Anderson, C. F.; Record, M. T., Jr. J. Phys. Chem. 1985, 89, 3984.
20. Degreve, L.; Lozada-Cassou, M. Mol. Phys. 1995, 86, 759.
21. Das, T.; Bratko, D.; Bhuiyan, L. B.; Outhwaite, C. W. J. Phys. Chem. 1995, 99, 410.
22. Das, T.; Bratko, D.; Bhuiyan, L. B.; Outhwaite, C. W. J. Chem. Phys. 1997, 107, 9197.
23. Montoro, J. C. G.; Abascal, J. L. F. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8273.
24. Arakawa, T.; Timasheff, S. N. Methods Enzymol. 1985, 114, 49.
25. Bacquet, R. J.; Rossky, P. J. J. Phys. Chem. 1984, 88, 2660.
26. Gonzales-Tovar, E.; Lozada-Cassou, M.; Henderson, D. J. Chem. Phys. 1985, 83, 361.
27. Kjellander, R.; Marcelja, S. J. Chem. Phys. 1985, 82, 2122.
28. Klement, R.; Soumpasis, D. M.; Jovin, T. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 4631.
29. Levine, S.; Bell, G. M. J. Phys. Chem. 1960, 64, 1188.
30. Levine, S.; Bell, G. M. Discuss. Faraday Soc. 1966, 42, 69.
31. Bell, G. M.; Levine, S. in Chemical Physics of Ionic Solutions; Conway, B. E., Barradas, R. G., Eds.; Wiley: New York, 1966.
32. Levine, S.; Outhwaite, C. W. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 2 1978, 74, 1670.
33. Outhwaite, C. W.; Bhuiyan, L. B. Mol. Phys. 1991, 74, 367.
34. Outhwaite, C. W.; Bhuiyan, L. B. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 2 1983, 79, 707.
35. Outhwaite, C. W. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 2 1978, 74, 1214.
36. Outhwaite, C. W. Mol. Phys. 1974, 27, 561.
37. Outhwaite, C. W. Mol. Phys. 1976, 31, 1345.
38. Outhwaite, C. W. Mol. Phys. 1983, 48, 599.
39. Gavryushov. S.; Zielenkiewicz, P. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 792.
40. Gavryushov. S.; Zielenkiewicz, P. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10903; Errata: 1998, 102, 8640.
41. Gavryushov. S.; Zielenkiewicz, P. Biophys. J. 1998, 75, 2732.
42. Jin, R.; Breslauer, K. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 8939.
43. Barawkar, D. A.; Ganesh, K. N. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 159.
44. Yang, L.; Weerasinghe, S.; Smith, P. E.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 1995, 69, 1519.
45. Young, M. A.; Jayaram, B.; Beveridge, D. L. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7666.
46. Lamm, G.; Pack, G. R. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 959.
47. Booth, F. J. Chem. Phys. 1951, 19, 391, 1327, 1615.
48. Rashin, A. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1985, 89, 5588.
49. Nina, M.; Beglov, D.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5239.
50. Luo, R.; Moult, J.; Gilson, M. K. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 11226.
51. Chan, D. Y. C.; Mitchell, D. J.; Ninham, B. W. J. Chem. Phys. 1979, 70, 2946.
52. Roux, B.; Yu, H.-A.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1990, 94, 4683.
53. Jayaram, B.; Fine, R.; Sharp, K.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1989, 93, 4320.
54. Hummer, G.; Pratt, L. R.; Garcia, A. E. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1206.
55. Hyun, J.-K.; Ichiye, T. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3596.
56. Landau, L. D.; Lifshitz, E. M. Electrodynamics of continuous media; Pergamon Press: Oxford, 1960.
57. Haggis, G. H.; Hasted, J. B.; Buchanan, T. J. J. Chem. Phys. 1952, 20, 1452.
58. Hasted, J. B.; Ritson, D. M.; Collie, C. H. J. Chem. Phys. 1948, 16, 1.
59. Prigogine, I.; Mazur, P.; Defay, R. J. Chim. Phys. 1953, 50, 146.
60. Bolt, G. H. J. Colloid Sci. 1955, 10, 206.
61. Sparnaay, M. J. Rec. Trav. Chim. Pays-Bas 1958, 77, 872.
62. Eagland, D. In Water. A comprehensive treatise; Franks, F., Eds.; Plenum Press: Oxford, 1975; Vol. 5.
63. Gilson, M. K.; Sharp, K. A.; Honig, B. H. J. Comput. Chem. 1988, 9, 327.
64. Conway, B. E. Ionic Hydration in Chemistry and Biophysics; Elsevier: New York, 1981.
65. Malsch, J. Phy. Z. 1928, 29, 770.
66. Hecht, J. L.; Honig, B.; Shin, Y.-K.; Hubbel, W. L. J. Phys. Chem. 1995, 99, 7782.
67. Chang, S.-L.; Chen, S.-H.; Rill, R. L.; Lin, J. S. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8025.
68. Stigter, D.; Dill, K. A. Biophys. J. 1996, 71, 2064.
69. Record, M. T., Jr.; Mazur, S. J.; Melancon, P.; Roe, J.-H.; Shaner, S. L.; Unger, L. Annu. Rev. Biochem. 1981, 50, 997.
70. Rau, D. C.; Lee, B.; Parsegian, V. A.. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 2621.
71. Rau, D. C.; Parsegian, V. A. Biophys. J. 1992, 61, 246.
72. Guldbrand, L.; Nilsson, L. G.; Nordenskiold, L. J. Chem. Phys. 1986, 85, 6686.
73. Gruen, D. W. R.; Marcelja, S. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 2 1983, 79, 225.