Calculations of proton-binding thermodynamics in proteins

Methods in Enzymology

Volumn 295, Issue , 1998, Pages 170-189

  Beroza, Paul ^a   Case, David A ^a  

^a NONE

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTON;

ARTICLE; CALCULATION; CHEMICAL BINDING; CONFORMATIONAL TRANSITION; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR INTERACTION; MOLECULAR MODEL; PKA; PRIORITY JOURNAL; PROTON TRANSPORT; TITRIMETRY;

EID: 0032319206     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(98)95040-6     Document Type: Article

References (39)

1. M. Mezei and D. L. Beveridge, Ann. N.Y. Acad. Sci. 482, 1 (1986).
2. P. Kollman, Chem. Rev. 93, 2395 (1993).
3. G. Hummer and A. Szabo, J. Chem. Phys. 105, 2004 (1996).
4. R. M. Levy, M. Belhadj, and D. B. Kitchen, J. Chem. Phys. 95, 3627 (1991).
5. G. S. Del Buono, F. E. Figueirido, and R. M. Levy, Proteins 20, 85 (1994).
6. U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee, and L. G. Pedersen, J. Chem. Phys. 103, 8577 (1995).
7. P. E. Smith and B. M. Pettitt, J. Chem. Phys. 105, 4289 (1996).
8. G. Hummer, L. R. Pratt, and A. E. García, J. Phys. Chem. 100, 1206 (1996).
9. F. Figueirido, G. S. Del Buono, and R. M. Levy, J. Phys. Chem. B 101, 5622 (1977).
10. B. Honig, K. Sharp, and A.-S. Yang, J. Phys. Chem. 97, 1101 (1993).
11. M. E. Davis and J. A. McCammon, Chem. Rev. 509 (1993).
12. Y. Y. Sham, Z. T. Chu, and A. Warshel, J. Phys. Chem. B 101, 4458 (1997).
13. A. K. Chandra and A. Goursot, J. Phys. Chem. 100, 11596 (1996).
14. J. Tomasi and M. Persico, Chem. Rev. 94, 2027 (1994).
15. M. W. Wong, M. J. Frisch, and K. B. Wiberg, J. Am. Chem. Soc. 113, 4776 (1991).
16. I. Tuñón, E. Silla, and J. Tomasi, J. Phys. Chem. 96, 9043 (1992).
17. I. Tuñón, E. Silla, and J.-L. Pascual-Ahuir, J. Am. Chem. Soc. 115, 2226 (1993).
18. J. L. Chen, L. Noodleman, D. A. Case, and D. Bashford, J. Phys. Chem. 98, 11059 (1994).
19. A. H. Juffer, E. F. F. Botta, B. A. M. van Keulen, A. van der Ploeg, and H. J. C. Berendsen, J. Computat Phys. 97, 144 (1991).
20. G. J. Tawa, R. L. Martin, L. R. Pratt, and T. V. Russo, J. Phys. Chem. 100, 1515 (1996).
21. W. H. Richardson, C. Peng, D. Bashford, L. Noodleman, and D. A. Case, Int J. Quant. Chem. 61, 207 (1997).
22. D. Bashford and M. Karplus, Biochemistry 29, 10219 (1990).
23. P. Beroza D. R. Fredkin, M. Y. Okamura, and G. Feher, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88, 5804 (1991).
24. T. J. You and D. Bashford, Biophys. J. 69, 1721 (1995).
25. M. K. Gilson, Proteins 15, 266 (1993).
26. A.-S. Yang, M. R. Gunner, R. Sampogna, K. Sharp, and B. Honig, Proteins 15, 252 (1993).
27. P. Beroza and D. A. Case, J. Phys. Chem. 100, 20156 (1996).
28. D. R. Ripoll, Y. N. Vorbjev, A. Liwo, J. A. Vila, and H. A. Scheraga, J. Mol. Biol. 264, 770 (1996).
29. H.-X. Zhou and M. Vijayakumar, J. Mol. Biol. 267, 1002 (1997).
30. E. G. Alexov and M. R. Gunner, Biophys. J. 74, 2075 (1997).
31. D. Bashford, D. A. Case, C. Dalvit, L. Tennant, and P. E. Wright, Biochemistry 32, 8045 (1993).
32. J. Antosiewicz, J. A. McCammon, and M. K. Gilson, Biochemistry 35, 7819 (1996).
33. D. Bashford and K. Gerwert, J Mol. Biol. 224, 473 (1992).
34. A.-S. Yang and B. Honig, J. Mol. Biol. 237, 602 (1994).
35. J. Antosiewicz, J. A. McCammon, and M. K. Gilson, J. Mol. Biol. 238, 415 (1994).
36. P. Beroza and D. R. Fredkin, J. Computat. Chem. 17, 1229 (1996).
37. C. Tanford and R. Roxby, Biochemistry 11, 2192 (1972).
38. D. Bashford and M. Karplus, J. Phys. Chem. 95, 9556 (1991).
39. P. Beroza, D. R. Fredkin, M. Y. Okamura, and G. Feher, Biophys. J. 68, 2233 (1995).