Docking small ligands in flexible binding sites

Journal of Computational Chemistry

Volumn 19, Issue 1, 1998, Pages 21-37

  Apostolakis, Joannis ^a   Plückthun, Andreas ^a   Caflisch, Amedeo ^a  

^a UNIVERSITY OF ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

Antisteroid antibody; Finite difference Poisson Boltzmann technique; Flexible docking; MCM; MSNI; NAPAP; Progesterone; Thrombin

Indexed keywords

EID: 0002833057     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(19980115)19:1<21::AID-JCC2>3.0.CO;2-0     Document Type: Article

References (58)

1. B. K. Shoichet and I. D. Kuntz, J. Mol. Biol., 221, 327 (1991).
2. E. C. Meng, B. K. Shoichet, and I. D. Kuntz, J. Comput. Chem., 13, 505 (1992).
3. D. E. Koshland, Jr., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 44, 98 (1958).
4. J. H. Arevalo, A. Hassig, E. A. Stura, M. J. Sims, M. J. Taussig, and I. A. Wilson, J. Mol. Biol., 241, 663, (1994).
5. M. Rarey, B. Kramer, T. Lengauer, and G. Klebe, J. Mol. Biol., 261, 470 (1996).
6. R. S. Judson, Y. T. Tan, E. Mori, C. Melius, E. P. Jaeger, A. M. Treasurywala, and A. Mathiowetz, J. Comput. Chem., 16, 1405 (1995).
7. K. P. Clark and Ajay, J. Comput. Chem., 16, 1210 (1995).
8. G. Jones, P. Willett, and R. C. Glen, J. Mol. Biol., 245, 43 (1995).
9. M. Zacharias, B. A. Luty, M. E. Davis, and J. A. McCammon, J. Mol. Biol., 238, 455 (1994).
10. A. R. Leach, J. Mol. Biol., 235, 345 (1994).
11. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, and M. Karplus, J. Comput. Chem., 4, 187 (1983).
12. J. Warwicker and H. C. Watson, J. Mol. Biol., 157, 671 (1982).
13. M. K. Gilson and B. H. Honig, Proteins: Struct Funct. Genet., 4, 7 (1988).
14. M. E. Davis and J. A. McCammon, J. Comput. Chem., 10, 386 (1989).
15. M. E. Davis and J. A. McCammon, J. Comput. Chem., 11, 401 (1990).
16. D. Bashford and M. Karplus, Biochemistry, 29, 10219 (1990).
17. M. E. Davis and J. A. McCammon, J. Comput. Chem., 12, 909 (1991).
18. Z. Li and H. A. Scheraga, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 84, 6611 (1987).
19. Z. Li and H. A. Scheraga, J. Mol. Struct. (Theochem.), 179, 333 (1988).
20. A. Caflisch, P. Niederer, and M. Anliker, Proteins: Struct. Funct. Genet., 13, 223 (1992).
21. A. Caflisch, S. Fischer, and M. Karplus, J. Comput. Chem., 18, 723 (1997).
22. J. H. Arevalo, E. A. Stura, M. J. Taussig, and I. A. Wilson, J. Mol. Biol., 231, 103 (1993).
23. D. W. Banner and P. Hadvary, J. Biol. Chem., 266, 20085 (1991).
24. F. H. Allen, S. Bellard, M. D. Brice, B. A. Cartwright, A. Doubleday, H. Higgs, T. Hummelink, B. G. Hummelink-Peters, O. Kennard, W. D. S. Motherwell, D. C. Rodgers, and J. R. Watson, Acta Crystallogr., B35, 2331 (1979).
25. M. Zacharias, T. P. Straatsma, and J. A. McCammon. J. Phys. Chem., 100, 9025 (1994).
26. T. C. Beutler, A. E. Mark, R. C. van Schaik, P. R. Gerber, and W. F. van Gunsteren, Chem. Phys. Lett., 222, 529 (1994).
27. R. B. Hermann, J. Phys. Chem., 76, 2754 (1972).
28. D. Eisenberg and A. D. McLachlan, Nature, 319, 199 (1986).
29. T. Ooi, M. Oobatake, M. Némethy, and H. A. Scheraga, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 84, 3086 (1987).
30. J. Tomasi and M. Persico, Client. Rev., 94, 2027 (1994).
31. W. C. Still, A. Tempczyk, R. C. Hawley, and T. Hendrickson, J. Am. Chem. Soc., 112, 6127 (1990).
32. D. Sitkoff, K. A. Sharp, and B. Honig, J. Phys. Chem., 98, 1978 (1994).
33. B. Lee and F. M. Richards, J. Mol. Biol., 55, 379 (1971).
34. C. Chothia, Nature, 248, 338 (1974).
35. D. T. Edmonds, N. K. Rogers, and M. J. E. Sternberg, Mol. Phys., 52, 1487 (1984).
36. V. Mohan, M. E. Davis, J. A. McCammon, and B. M. Pettitt, J. Phys. Chem., 96, 6428 (1992).
37. B. A. Luty, M. E. Davis, and J. A. McCammon, J. Comput. Chem., 13, 768 (1992).
38. A. Caflisch, P. Niederer, and M. Anliker, Proteins: Struct. Funct. Genet., 14, 102 (1992).
39. N. Metropolis, A. W. Rosenbluth, M. N. Rosenbluth, A. H. Teller, and E. Teller, J. Chem. Phys., 21, 1087 (1953).
40. A. Miranker and M. Karplus, Proteins: Struct. Funct. Genet., 11, 29 (1991).
41. C. Tapparelli, R. Metternich, C. Ehrhardt, and N. S. Cook, TIPS, 14, 366 (1993).
42. M. T. Stubbs and W. Bode, Perspect. Drug Discov. Des., 1, 431 (1993).
43. H. Brandstetter, D. Turk, H. W. Hoeffken, D. Grosse, J. Stuerzebecher, D. P. Martin, B. F. P. Edwards, and W. Bode, J. Mol. Biol., 226, 1085 (1992).
44. K. Hilpert, J. Ackermann, D. W. Banner, A. Gast, K. Gubernator, P. Hadvary, L. Labler, K. Müller, G. Schmid, T. Tschopp, and H. van de Waterbeemd, J. Med. Chem., 37, 3889 (1994).
45. D. R. Rich, In Perspectives in Medicinal Chemistry, B. Testa, E. Kyburz, W. Fuhrer, and R. Giger, eds., 1993, p. 13.
46. E. F. Meyer, I. Botos, L. Scapozza, and D. Zhang, Perspect. Drug Discov. Des., 3, 168 (1995).
47. C. M. Oshiro, I. D. Kuntz, and J. S. Dixon, J. Comput.-Aided Mol. Des., 9, 113 (1995).
48. H. J. Böhm and G. Klebe, Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 35, 2588 (1996).
49. D. S. Goodsell and A. J. Olson. J. Mol. Rec., 9, 1 (1996).
50. P. Willett, Trends Biotechnol., 13, 516 (1995).
51. F. Jiang and S.-H. Kim, J. Mol. Biol., 219, 79 (1991).
52. R. M. Jackson and M. J. E. Sternberg, J. Mol. Biol., 250, 258 (1995).
53. H. J. Böhm, J. Comput.-Aided Mol. Des., 6, 61 (1992).
54. H. J. Böhm, J. Comput.-Aided Mol. Des., 6, 593 (1992).
55. A. Caflisch, A. Miranker, and M. Karplus, J. Med. Chem., 36, 2142 (1993).
56. H. J. Böhm, J. Comput.-Aided Mol. Des., 8, 243 (1994).
57. A. Caflisch, J. Comput.-Aided Mol. Des., 10, 372 (1996).
58. E. Skrzypczak-Jankun, V. E. Carperos, K. G. Ravichandran, A. Tulinsky, M. Westbrook, and J. M. Maraganore, J. Mol. Biol., 221, 1379 (1991).