Molecular mechanism of specific recognition of cubic Pt nanocrystals by peptides and of the concentration-dependent formation from seed crystals

Advanced Functional Materials

Volumn 25, Issue 9, 2015, Pages 1374-1384

  Ramezani Dakhel, Hadi ^a   Ruan, Lingyan ^b   Huang, Yu ^b   Heinz, Hendrik ^a  

^a University of Akron   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

Biomolecular assembly; Metals; Molecular dynamics simulation; Nanocrystal growth; Peptide recognition

Indexed keywords

ADSORPTION; BINDING ENERGY; BINDING SITES; BIOINFORMATICS; CHELATION; HIGH RESOLUTION TRANSMISSION ELECTRON MICROSCOPY; LIGANDS; METALS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULES; NANOCRYSTALS; PLATINUM;

BIO-MOLECULAR; CONCENTRATION-DEPENDENT; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; NANOCRYSTAL GROWTH; PEPTIDE RECOGNITION; PLATINUM NANOCRYSTALS; PREFERENTIAL ADSORPTION; SPECIFIC RECOGNITION;

PEPTIDES;

EID: 85027940817     PISSN: 1616301X     EISSN: 16163028     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/adfm.201404136     Document Type: Article

References (61)

1. a) R. Coppage, J. M. Slocik, M. Sethi, D. B. Pacardo, R. R. Naik, M. R. Knecht, Angew. Chem.-Int. Ed. 2010, 49, 3767;
2. b) R. Coppage, J. M. Slocik, B. D. Briggs, A. I. Frenkel, R. R. Naik, M. R. Knecht, ACS Nano 2012, 6, 1625;
3. c) Z. F. Kuang, S. N. Kim, W. J. Crookes-Goodson, B. L. Farmer, R. R. Naik, ACS Nano 2010, 4, 452;
4. d) J. M. Slocik, J. S. Zabinski, D. M. Phillips, R. R. Naik, Small 2008, 4, 548;
5. e) D. Vanmaekelbergh, Nat. Nanotechnol. 2009, 4, 475;
6. f) I. Lee, R. Morales, M. A. Albiter, F. Zaera, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 15241;
7. g) H. F. Qian, Y. Zhu, R. C. Jin, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 696;
8. h) G. A. Somorjai, Y. M. Li, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 917;
9. i) L. D. Zarzar, B. S. Swartzentruber, J. C. Harper, D. R. Dunphy, C. J. Brinker, J. Aizenberg, B. Kaehr, J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 4007.
10. C. Y. Chiu, Y. J. Li, L. Y. Ruan, X. C. Ye, C. B. Murray, Y. Huang, Nat. Chem. 2011, 3, 393.
11. a) L. Y. Ruan, C. Y. Chiu, Y. J. Li, Y. Huang, Nano Lett. 2011, 11, 3040;
12. b) C. Y. Chiu, Y. J. Li, Y. Huang, Nanoscale 2010, 2, 927.
13. R. Coppage, J. M. Slocik, B. D. Briggs, A. I. Frenkel, H. Heinz, R. R. Naik, M. R. Knecht, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 12346.
14. J. M. Petroski, Z. L. Wang, T. C. Green, M. A. El-Sayed, J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3316.
15. a) Y. Xia, Y. Xiong, B. Lim, S. E. Skrabalak, Angew. Chem.-Int. Ed. 2009, 48, 60;
16. b) B. Lim, M. Jiang, J. Tao, P. H. C. Camargo, Y. Zhu, Y. Xia, Adv. Funct. Mater. 2009, 19, 189.
17. Y. Yin, A. P. Alivisatos, Nature 2005, 437, 664.
18. T. S. Ahmadi, Z. L. Wang, T. C. Green, A. Henglein, M. A. ElSayed, Science 1996, 272, 1924.
19. a) M. P. Allen, D. J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids, Clarendon Press, Oxford 1987;
20. b) H. Heinz, J. Comput. Chem. 2010, 31, 1564;
21. c) L. Duchesne, G. Wells, D. G. Fernig, S. A. Harris, R. Levy, ChemBioChem 2008, 9, 2127;
22. d) V. Petkov, B. N. Wanjala, R. Loukrakpam, J. Luo, L. Yang, C.-J. Zhong, S. Shastri, Nano Lett. 2012, 12, 4289;
23. e) G. C. Schatz, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 6885;
24. f) S. V. Patwardhan, F. S. Emami, R. J. Berry, S. E. Jones, R. R. Naik, O. Deschaume, H. Heinz, C. C. Perry, J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 6244;
25. g) P. Schravendijk, N. van der Vegt, L. Delle Site, K. Kremer, ChemPhysChem 2005, 6, 1866;
26. h) J. Schneider, L. C. Ciacchi, J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 2407;
27. i) L. Delle Site, C. Abrams, A. Alavi, K. Kremer, Phys Rev. Lett. 2002, 89, 156103;
28. j) L. B. Wright, P. M. Rodger, T. R. Walsh, S. Corni, J. Phys. Chem. C 2013, 117, 24292;
29. k) N. A. Vellore, J. A. Yancey, G. Collier, R. A. Latour, S. J. Stuart, Langmuir 2010, 26, 7396;
30. l) R. R. Netz, D. Andelman, Phys. Rep. 2003, 380, 1.
31. H. Heinz, K. C. Jha, J. Luettmer-Strathmann, B. L. Farmer, R. R. Naik, J. R. Soc. Interface 2011, 8, 220.
32. R. B. Pandey, H. Heinz, J. Feng, B. L. Farmer, J. M. Slocik, L. F. Drummy, R. R. Naik, Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 1989.
33. J. Yu, M. L. Becker, G. A. Carri, Small 2010, 6, 2242.
34. H. Heinz, R. A. Vaia, B. L. Farmer, R. R. Naik, J. Phys. Chem. C 2008, 112, 17281.
35. J. Feng, J. M. Slocik, M. Sarikaya, R. R. Naik, B. L. Farmer, H. Heinz, Small 2012, 8, 1049.
36. J. Feng, R. B. Pandey, R. J. Berry, B. L. Farmer, R. R. Naik, H. Heinz, Soft Matter 2011, 7, 2113.
37. H. Heinz, B. L. Farmer, R. B. Pandey, J. M. Slocik, S. S. Patnaik, R. Pachter, R. R. Naik, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 9704.
38. G. Cicero, A. Calzolari, S. Corni, A. Catellani, J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 2582.
39. S. Corni, M. Hnilova, C. Tamerler, M. Sarikaya, J. Phys. Chem. C 2013, 117, 16990.
40. L. B. Wright, P. M. Rodger, S. Corni, T. R. Walsh, J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1616.
41. L. Ruan, H. Ramezani-Dakhel, C.-Y. Chiu, E. Zhu, Y. Li, H. Heinz, Y. Huang, Nano Lett. 2013, 13, 840.
42. a) L. L. Atanasoska, J. C. Buchholz, G. A. Somorjai, Surface Sci. 1978, 72, 189;
43. b) L. E. Firment, G. A. Somorjai, J. Chem. Phys. 1977, 66, 2901.
44. H. Heinz, T.-J. Lin, R. K. Mishra, F. S. Emami, Langmuir 2013, 29, 1754.
45. S. H. D. Lacerda, J. J. Park, C. Meuse, D. Pristinski, M. L. Becker, A. Karim, J. F. Douglas, ACS Nano 2010, 4, 365.
46. J. M. Slocik, R. R. Naik, Adv. Mater. 2006, 18, 1988.
47. H. Ramezani-Dakhel, P. A. Mirau, R. R. Naik, M. R. Knecht, H. Heinz, Phys. Chem. Chem. Phys. 2013, 15, 5488.
48. M. Hnilova, E. E. Oren, U. O. Seker, B. R. Wilson, S. Collino, J. S. Evans, C. Tamerler, M. Sarikaya, Langmuir 2008, 24, 12440.
49. K. C. Jha, H. Liu, M. R. Bockstaller, H. Heinz, J. Phys. Chem. C 2013, 117, 25969.
50. W. Jiang, B. Y. Kim, J. T. Rutka, W. C. Chan, Nat. Nanotechnol. 2008, 3, 145.
51. R. Coppage, J. M. Slocik, H. Ramezani-Dakhel, N. M. Bedford, H. Heinz, R. R. Naik, M. R. Knecht, J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 11048.
52. a) R. R. Naik, S. E. Jones, C. J. Murray, J. C. McAuliffe, R. A. Vaia, M. O. Stone, Adv. Funct. Mater. 2004, 14, 25;
53. b) M. Sarikaya, C. Tamerler, A. K. Y. Jen, K. Schulten, F. Baneux, Nat. Mater. 2003, 2, 577.
54. J. M. Slocik, M. O. Stone, R. R. Naik, Small 2005, 1, 1048.
55. G. van Anders, N. K. Ahmed, R. Smith, M. Engel, S. C. Glotzer, ACS Nano 2014, 8, 931.
56. C. Y. Chiu, L. Ruan, Y. Huang, Chem. Soc. Rev. 2013, 42, 2512.
57. L. Y. Ruan, H. Ramezani-Dakhel, C. Lee, Y. J. Li, X. F. Duan, H. Heinz, Y. Huang, ACS Nano 2014, 8, 6934.
58. C. Tamerler, E. E. Oren, M. Duman, E. Venkatasubramanian, M. Sarikaya, Langmuir 2006, 22, 7712.
59. Bio-Inspired Nanotechnology: From Surface Analysis to Applications, Springer, New York 2014, Chapter 2;
60. b) F. S. Emami, V. Puddu, R. J. Berry, V. Varshney, S. V. Patwardhan, C. C. Perry, H. Heinz, Chem. Mater. 2014, 26, 5725.
61. X. Fu, Y. Wang, L. Huang, Y. Sha, L. Gui, L. Lai, Y. Tang, Adv. Mater. 2003, 15, 902.