Cuby: An integrative framework for computational chemistry

Journal of Computational Chemistry

Volumn 37, Issue 13, 2016, Pages 1230-1237

  Řezáč, Jan ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

datasets; QM MM; Ruby; software framework; workflow automation

Indexed keywords

MOLECULAR DYNAMICS; OBJECT ORIENTED PROGRAMMING; RUBY;

COMPLEX WORKFLOWS; COMPUTATIONAL PROTOCOLS; DATASETS; DEVELOPMENT AND TESTING; INTEGRATIVE FRAMEWORK; OBJECT-ORIENTED ENVIRONMENT; QM/MM; SOFTWARE FRAMEWORKS;

COMPUTATIONAL CHEMISTRY;

EID: 84976209197     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.24312     Document Type: Article

References (53)

1. J. Řezáč, Cuby 4, Software Framework for Computational Chemistry 2015, Available at: http://cuby4.molecular.cz/ (accessed Jan 23, 2016).
2. C. C. Evans, The official YAML web site, Available at: http://yaml.org/ (accessed Jan 23, 2016).
3. S. Metz, J. Kästner, A. A. Sokol, T. W. Keal, P. Sherwood, WIREs Comput. Mol. Sci. 2014, 4, 101.
4. S. Metz, J. Kästner, A. A. Sokol, T. W. Keal, P. Sherwood, Wiley Interdiscipl. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2014, 4, 101, see also: http://www.chemshell.org (accessed Jan 23, 2016).
5. J. Torras, Y. He, C. Cao, K. Muralidharan, E. Deumens, H. P. Cheng, S. Trickey, Comput. Phys. Commun. 2007, 177, 265.
6. C. R. Jacob, S. M. Beyhan, R. E. Bulo, A. S. P. Gomes, A. W. Götz, K. Kiewisch, J. Sikkema, L. Visscher, J. Comput. Chem. 2011, 32, 2328.
7. PyADF-a scripting framework for quantum chemistry, Available at: https://www.tu-braunschweig.de/pci/research/theorie/software/pyadf (accessed Jan 23, 2016).
8. Ruby programming language, Available at: https://www.ruby-lang.org/en/ (accessed Jan 23, 2016).
9. D. A. Case, J. T. Berryman, R. M. Betz, D. S. Cerutti, T. E. Cheatham, III, T. A. Darden, R. E. Duke, T. J. Giese, H. Gohlke, A. W. Goetz, N. Homeyer, S. Izadi, P. Janowski, J. Kaus, A. Kovalenko, T. S. Lee, S. LeGrand, P. Li, T. Luchko, R. Luo, B. Madej, K. M. Merz, G. Monard, P. Needham, H. Nguyen, H. T. Nguyen, I. Omelyan, A. Onufriev, D. R. Roe, A. Roitberg, R. Salomon-Ferrer, C.L. Simmerling, W. Smith, J. Swails, R. C. Walker, J. Wang, R. M. Wolf, X. Wu, D. M. York, P. A. Kollman, Amber 2015, University of California, San Francisco.
10. J. F. Stanton, J. Gauss, M. E. Harding, P. G. Szalay with contributions from A. A. Auer, R. J. Bartlett, U. Benedikt, C. Berger, D. E. Bernholdt, Y. J. Bomble, L. Cheng, O. Christiansen, M. Heckert, O. Heun, C. Huber, T.-C. Jagau, D. Jonsson, J. Jusélius, K. Klein, W. J. Lauderdale, F. Lipparini, D. A. Matthews, T. Metzroth, L. A. Mück, D. P. O'Neill, D. R. Price, E. Prochnow, C. Puzzarini, K. Ruud, F. Schiffmann, W. Schwalbach, C. Simmons, S. Stopkowicz, A. Tajti, J. Vázquez, F. Wang, CFOUR, coupled-cluster techniques for computational chemistry. Available at: www.cfour.de (accessed Jan 23, 2016).
11. B. Brooks, R. Bruccoleri, D. Olafson, D. States, S. Swaminathan, M. Karplus, J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
12. A. M. Koster, G. Geudtner, P. Calaminici, M. E. Casida, V. D. Dominguez, R. Flores-Moreno, G. U. Gamboa, A. Goursot, T. Heine, A. Ipatov, F. Janetzko, J. M. del Campo, J. U. Reveles, A. Vela, B. Zuniga-Gutierrez, and, D. R. Salahub, deMon2k Version 4 2013, Available at: http://www.demon-software.com (accessed Jan 23, 2016).
13. B. Aradi, B. Hourahine, T. Frauenheim, J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5678.
14. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski, D. J. Fox, Gaussian ∼09 Revision d.01; Gaussian Inc.: Wallingford, CT, 2009.
15. H.-J. Werner, P. J. Knowles, G. Knizia, F. R. Manby, M. Schütz, P. Celani, W. Györffy, D. Kats, T. Korona, R. Lindh, A. Mitrushenkov, G. Rauhut, K. R. Shamasundar, T. B. Adler, R. D. Amos, A. Bernhardsson, A. Berning, D. L. Cooper, M. J. O. Deegan, A. J. Dobbyn, F. Eckert, E. Goll, C. Hampel, A. Hesselmann, G. Hetzer, T. Hrenar, G. Jansen, C. Köppl, Y. Liu, A. W. Lloyd, R. A. Mata, A. J. May, S. J. McNicholas, W. Meyer, M. E. Mura, A. Nicklaβ, D. P. O'Neill, P. Palmieri, D. Peng, K. Pflüger, R. Pitzer, M. Reiher, T. Shiozaki, H. Stoll, A. J. Stone, R. Tarroni, T. Thorsteinsson, M. Wang, MOLPRO, version 2010.1, a package of ab initio programs, 2010, University of Stuttgart, Germany.
16. J. J. P. Stewart, Mopac 2012, 2012, Available at: http://openmopac.net/ (accessed Jan 23, 2016).
17. M. Kállay, Z. Rolik, J. Csontos, I. Ladjánszki, L. Szegedy, B. Ladóczki, G. Samu, MRCC, a quantum chemical program suite, Available at: www.mrcc.hu; www.mrcc.hu (accessed Jan 23, 2016).
18. F. Neese, Wiley Interdiscipl. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2012, 2, 73.
19. J. M. Turney, A. C. Simmonett, R. M. Parrish, E. G. Hohenstein, F. A. Evangelista, J. T. Fermann, B. J. Mintz, L. A. Burns, J. J. Wilke, M. L. Abrams, N. J. Russ, M. L. Leininger, C. L. Janssen, E.T. Seidl, W. D. Allen, H. F. Schaefer, R. A. King, E. F. Valeev, C. D. Sherrill, T. D. Crawford, WIREs Comput. Mol. Sci. 2012, 2, 556.
20. TURBOMOLE v6.6 (2015), Available at: http://www.turbomole.com (accessed Jan 23, 2016).
21. L. Huang, L. Massa, J. Karle, Int. J. Quantum Chem. 2005, 103, 808.
22. A. K. Rappe, C. J. Casewit, K. S. Colwell, W. A. Goddard, W. M. Skiff, J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024.
23. Y. Wu, H. L. Tepper, G. A. Voth, J. Chem. Phys. 2006, 124, 024503.
24. P. Jurečka, J. Černý, P. Hobza, D. Salahub, J. Comput. Chem. 2007, 28, 555.
25. S. Grimme, J. Antony, S. Ehrlich, H. Krieg, J. Chem. Phys. 2010, 132, 154104.
26. J. Řezáč, P. Hobza, J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 141.
27. S. Grimme, S. Ehrlich, L. Goerigk, J. Comput. Chem. 2011, 32, 1456.
28. J. Řezáč, P. Hobza, Chem. Phys. Lett. 2011, 506, 286.
29. G. Henkelman, H. Jónsson, J. Chem. Phys. 2000, 113, 9978.
30. J. Klemsa, J. Řezáč, Chem. Phys. Lett. 2013, 584, 10.
31. J. Řezáč, P. Hobza, J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2151.
32. J. Řezáč, K. E. Riley, P. Hobza, J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2427.
33. J. Řezáč, K. E. Riley, P. Hobza, J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3466.
34. J. Řezáč, K. E. Riley, P. Hobza, J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4285.
35. R. Sedlak, T. Janowski, M. Pitoňák, J. Řezáč, P. Pulay, P. Hobza, J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 3364.
36. J. Řezáč, Y. Huang, P. Hobza, G. J. O. Beran, J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 3065.
37. S. Grimme, Chem. Eur. J. 2012, 18, 9955.
38. B. J. Mintz, J. M. Parks, J. Phys. Chem. A 2012, 116, 1086.
39. A. Bauzá, I. Alkorta, A. Frontera, J. Elguero, J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 5201.
40. M. J. Vainio, M. S. Johnson, J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 2462.
41. J. J. P. Stewart, J. Mol. Model. 2007, 13, 1173.
42. D. R. Salahub, S. Y. Noskov, B. Lev, R. Zhang, V. Ngo, A. Goursot, P. Calaminici, A. M. Köster, A. Alvarez-Ibarra, D. Mejía-Rodríguez, J. Řezáč, F. Cailliez, A. Lande, Molecules 2015, 20, 4780.
43. A. de la Lande, J. Řezáč, B. Lévy, B. C. Sanders, D. R. Salahub, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 3883.
44. A. de laLande, N. S. Babcock, J. Řezáč, B. Lévy, B. C. Sanders, D. R. Salahub, Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 5902.
45. J. Řezáč, B. Lévy, I. Demachy, A. de la Lande, J. Chem. Theory Comput. 2011, 8, 418.
46. J. Řezáč, J. Fanfrlík, D. Salahub, P. Hobza, J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1749.
47. M. Korth, M. Pitoňák, J. Řezáč, P. Hobza, J. Theory Comput. 2010, 6, 344.
48. P. S. Brahmkshatriya, P. Dobeš, J. Fanfrlík, J. Řezáč, K. Paruch, A. Bronowska, M. Lepšík, P. Hobza, Curr. Comput.-Aided Drug 2013, 9, 118.
49. M. Lepšík, J. Řezáč, M. Kolář, A. Pecina, P. Hobza, J. Fanfrlík, ChemPlusChem 2013, 78, 921.
50. J. Fanfrlík, M. Kolář, M. Kamlar, D. Hurný, F. X. Ruiz, A. Cousido-Siah, A. Mitschler, J. Řezáč, E. Munusamy, M. Lepšík, et al., ACS Chem. Biol 2013, 8, 2484.
51. J. Fanfrlík, P. S. Brahmkshatriya, J. Řezáč, A. Jílková, M. Horn, M. Mareš, P. Hobza, M. Lepšík, J. Phys. Chem. B 2013, 117, 14973.
52. A. Pecina, M. Lepšík, J. Řezáč, J. Brynda, P. Mader, P. Řezáčová, P. Hobza, J. Fanfrlík, J. Phys. Chem. B 2013, 117, 16096.
53. J. Fanfrlík, F. X. Ruiz, A. Kadlčíková, J. Řezáč, A. Cousido-Siah, A. Mitschler, S. Haldar, M. Lepšík, M. H. Kolář, P. Majer, et al., ACS Chem. Biol. 2015, 8, 2484.