Introducing DDEC6 atomic population analysis: Part 2. Computed results for a wide range of periodic and nonperiodic materials

RSC Advances

Volumn 6, Issue 51, 2016, Pages 45727-45747

  Limas, Nidia Gabaldon ^a   Manz, Thomas A ^a  

^a Horeshoe Cir Jett Hall   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMS; BINDING ENERGY; CHARGE TRANSFER; CHEMICAL ANALYSIS; MANGANESE; MOLECULES; NEUTRON DIFFRACTION; ORGANOMETALLICS; QUANTUM CHEMISTRY; SINGLE CRYSTAL SURFACES;

ATOMIC POPULATION; CORE ELECTRON BINDING ENERGIES; ELECTRON TRANSFER; ELECTROSTATIC POTENTIALS; NON-POROUS SOLIDS; PERIODIC MATERIALS; POLARIZED NEUTRON DIFFRACTION; SINGLE-MOLECULE MAGNET;

MOLYBDENUM;

EID: 84971247580     PISSN: None     EISSN: 20462069     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c6ra05507a     Document Type: Article

References (117)

1. R. S. Mulliken J. Chem. Phys. 1955 23 1833 1840
2. G. Bruhn E. R. Davidson I. Mayer A. E. Clark Int. J. Quantum Chem. 2006 106 2065 2072
3. A. E. Reed R. B. Weinstock F. Weinhold J. Chem. Phys. 1985 83 735 746
4. T. A. Manz N. Gabaldon Limas Introducing DDEC6 Atomic Population Analysis: Part 1. Charge Partitioning Theory and Methodology RSC Adv. 2016 6 10.1039/c6ra04656h
5. T. A. Manz D. S. Sholl J. Chem. Theory Comput. 2012 8 2844 2867
6. B. H. Besler K. M. Merz P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1990 11 431 439
7. U. C. Singh P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1984 5 129 145
8. C. Campana B. Mussard T. K. Woo J. Chem. Theory Comput. 2009 5 2866 2878
9. R. F. W. Bader Acc. Chem. Res. 1975 8 34 40
10. R. F. W. Bader P. J. MacDougal C. D. H. Lau J. Am. Chem. Soc. 1984 106 1594 1605
11. F. L. Hirshfeld Theor. Chim. Acta 1977 44 129 138
12. A. V. Marenich S. V. Jerome C. J. Cramer D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2012 8 527 541
13. P. Bultinck C. Van Alsenoy P. W. Ayers R. Carbo-Dorca J. Chem. Phys. 2007 126 144111
14. E. R. Davidson S. Chakravorty Theor. Chim. Acta 1992 83 319 330
15. D. Geldof A. Krishtal F. Blockhuys C. Van Alsenoy J. Chem. Theory Comput. 2011 7 1328 1335
16. T. Verstraelen P. W. Ayers V. Van Speybroeck M. Waroquier J. Chem. Theory Comput. 2013 9 2221 2225
17. D. E. P. Vanpoucke P. Bultinck I. Van Driessche J. Comput. Chem. 2013 34 405 417
18. T. Bucko S. Lebegue J. Hafner J. G. Angyan J. Chem. Theory Comput. 2013 9 4293 4299
19. K. Finzel A. M. Pendas E. Francisco J. Chem. Phys. 2015 143 084115
20. T. Bucko S. Lebegue J. G. Angyan J. Hafner J. Chem. Phys. 2014 141 034114
21. B. Wang S. H. L. Li D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2014 10 5640 5650
22. T. C. Lillestolen R. J. Wheatley Chem. Commun. 2008 5909 5911
23. T. A. Manz D. S. Sholl J. Chem. Theory Comput. 2010 6 2455 2468
24. J. Cioslowski J. Am. Chem. Soc. 1989 111 8333 8336
25. P. Ghosez J. P. Michenaud X. Gonze Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1998 58 6224 6240
26. J. Hafner J. Comput. Chem. 2008 29 2044 2078
27. G. Kresse J. Furthmuller Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1996 54 11169 11186
28. P. E. Blochl Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1994 50 17953 17979
29. G. Kresse D. Joubert Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1999 59 1758 1775
30. W. Tang E. Sanville G. Henkelman J. Phys.: Condens. Matter 2009 21 084204
31. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. J. Montgomery, J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski and D. J. Fox, Gaussian 09, Revision C.01, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2010
32. T. A. Manz and N. Gabaldon Limas, Chargemol program for performing DDEC analysis, version 3.4, accessed December 2015, http://ddec.sourceforge.net
33. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Phys. 2006 125 194101
34. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1996 77 3865 3868
35. A. Yamada M. Tanaka Mater. Res. Bull. 1995 30 715 721
36. J. Rodriguez-Carvajal G. Rousse C. Masquelier M. Hervieu Phys. Rev. Lett. 1998 81 4660 4663
37. A. Paolone P. Roy G. Rousse C. Masquelier J. Rodriguez-Carvajal Solid State Commun. 1999 111 453 458
38. Electronegativity, in CRC Handbook of Chemistry and Physics, ed., D. R. Lide, CRC Press, Boca Raton, Florida, 88th edn, 2007-2008, p. 9.81
39. F. Weigend R. Ahlrichs Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 3297 3305
40. J. M. Zuo M. OKeeffe P. Rez J. C. H. Spence Phys. Rev. Lett. 1997 78 4777 4780
41. J. M. Zuo Rep. Prog. Phys. 2004 67 2053 2103
42. D. E. P. Vanpoucke I. Van Driessche P. Bultinck J. Comput. Chem. 2013 34 422 427
43. N. K. Hansen P. Coppens Acta Crystallogr., Sect. A: Cryst. Phys., Diffr., Theor. Gen. Crystallogr. 1978 34 909 921
44. Y. A. Abramov A. V. Volkov P. Coppens Chem. Phys. Lett. 1999 311 81 86
45. P. Coppens T. N. Guru-Row P. Leung E. D. Stevens P. J. Becker Y. W. Yang Acta Crystallogr., Sect. A: Cryst. Phys., Diffr., Theor. Gen. Crystallogr. 1979 35 63 72
46. E. D. Stevens Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Crystallogr. Cryst. Chem. 1978 34 544 551
47. E. D. Stevens J. Rys P. Coppens J. Am. Chem. Soc. 1978 100 2324 2328
48. N. E. Ghermani C. Lecomte Y. Dusausoy Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1996 53 5231 5239
49. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648 5652
50. P. J. Stephens F. J. Devlin C. F. Chabalowski M. J. Frisch J. Phys. Chem. 1994 98 11623 11627
51. T. H. Dunning J. Chem. Phys. 1989 90 1007 1023
52. U. Gelius P. F. Heden J. Hedman B. J. Lindberg R. Manne R. Nordberg C. Nordling K. Siegbahn Phys. Scr. 1970 2 70 80
53. U. Gelius Phys. Scr. 1974 9 133 147
54. W. L. Jolly W. B. Perry J. Am. Chem. Soc. 1973 95 5442 5450
55. Handbook of X-Ray and Ultraviolet Photoelectron Spectroscopy, ed., D. Briggs, Heyden, London, 1977, pp. 53-77
56. Photoemission in Solids I. General Principles, ed., M. Cardona, and, L. Ley, Springer-Verlag, Berlin, 1978, pp. 60-75, 165-195
57. J. F. Moulder, W. F. Stickle, P. E. Sobol and K. D. Bomben, Handbook of X-ray Photoelectron Spectroscopy, ULVAC-PHI Inc., Chigasaki, Japan, 1995. pp. 1-261
58. J. C. Carver G. K. Schweitzer T. A. Carlson J. Chem. Phys. 1972 57 973 982
59. J. Wong F. W. Lytle R. P. Messmer D. H. Maylotte Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1984 30 5596 5610
60. S. P. Cramer T. K. Eccles F. W. Kutzler K. O. Hodgson L. E. Mortenson J. Am. Chem. Soc. 1976 98 1287 1288
61. M. J. Guittet J. P. Crocombette M. Gautier-Soyer Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2001 63 125117
62. L. W. Li M. R. Morrill H. Shou D. G. Barton D. Ferrari R. J. Davis P. K. Agrawal C. W. Jones D. S. Sholl J. Phys. Chem. C 2013 117 2769 2773
63. X-Ray Absorption: Principles, Applications, Techniques of EXAFS, SEXAFS and XANES, ed., D. C. Koningsberger and R. Prins, John Wiley & Sons, New York, 1988, pp. 1-673
64. Y. Zuxiang Rock Miner. Anal. 1984 3 231 238
65. S. Cardamone T. J. Hughes P. L. A. Popelier Phys. Chem. Chem. Phys. 2014 16 10367 10387
66. D. M. Elking L. Perera L. G. Pedersen Comput. Phys. Commun. 2012 183 390 397
67. Q. Yang D. Liu C. Zhong J.-R. Li Chem. Rev. 2013 113 8261 8323
68. B. R. Brooks C. L. Brooks A. D. Mackerell L. Nilsson R. J. Petrella B. Roux Y. Won G. Archontis C. Bartels S. Boresch A. Caflisch L. Caves Q. Cui A. R. Dinner M. Feig S. Fischer J. Gao M. Hodoscek W. Im K. Kuczera T. Lazaridis J. Ma V. Ovchinnikov E. Paci R. W. Pastor C. B. Post J. Z. Pu M. Schaefer B. Tidor R. M. Venable H. L. Woodcock X. Wu W. Yang D. M. York M. Karplus J. Comput. Chem. 2009 30 1545 1614
69. J. M. Wang R. M. Wolf J. W. Caldwell P. A. Kollman D. A. Case J. Comput. Chem. 2004 25 1157 1174
70. C. I. Bayly P. Cieplak W. D. Cornell P. A. Kollman J. Phys. Chem. 1993 97 10269 10280
71. D. Golze J. Hutter M. Iannuzzi Phys. Chem. Chem. Phys. 2015 17 14307 14316
72. T. Loiseau C. Serre C. Huguenard G. Fink F. Taulelle M. Henry T. Bataille G. Ferey Chem.-Eur. J. 2004 10 1373 1382
73. H. Li M. Eddaoudi M. O'Keeffe O. M. Yaghi Nature 1999 402 276 279
74. T. Watanabe T. A. Manz D. S. Sholl J. Phys. Chem. C 2011 115 4824 4836
75. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. von Gunsteren and J. Hermans, Intermolecular Forces, Reidel, Dordrecht, Holland, 1981, p. 331
76. H. J. C. Berendsen J. R. Grigera T. P. Straatsma J. Phys. Chem. 1987 91 6269 6271
77. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
78. W. L. Jorgensen J. Am. Chem. Soc. 1981 103 335 340
79. L. P. Lee D. J. Cole C.-K. Skylaris W. L. Jorgensen M. C. Payne J. Chem. Theory Comput. 2013 9 2981 2991
80. L. P. Lee N. Gabaldon Limas D. J. Cole M. C. Payne C.-K. Skylaris T. A. Manz J. Chem. Theory Comput. 2014 10 5377 5390
81. A. H. Farmahini D. S. Sholl S. K. Bhatia J. Am. Chem. Soc. 2015 137 5969 5979
82. N. Foloppe A. D. MacKerell J. Comput. Chem. 2000 21 86 104
83. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179 5197
84. S. Arai T. Chatake T. Ohhara K. Kurihara I. Tanaka N. Suzuki Z. Fujimoto H. Mizuno N. Niimura Nucleic Acids Res. 2005 33 3017 3024
85. T. Tsukamoto Y. Ishikawa M. J. Vilkas T. Natsume K. Dedachi N. Kurita Chem. Phys. Lett. 2006 429 563 569
86. N. Gabaldon Limas, MS Thesis, New Mexico State University, 2014
87. J. D. Roberts W. T. Moreland J. Am. Chem. Soc. 1953 75 2167 2173
88. T. Verstraelen E. Pauwels F. De Proft V. Van Speybroeck P. Geerlings M. Waroquier J. Chem. Theory Comput. 2012 8 661 676
89. T. Verstraelen P. W. Ayers V. Van Speybroeck M. Waroquier Chem. Phys. Lett. 2012 545 138 143
90. T. A. Manz J. Comput. Chem. 2013 34 418 421
91. A. V. Krukau O. A. Vydrov A. F. Izmaylov G. E. Scuseria J. Chem. Phys. 2006 125 224106
92. Z. W. Su P. Coppens Acta Crystallogr., Sect. A: Found. Crystallogr. 1995 51 27 32
93. D. A. Bonnell Science 2013 339 401 402
94. D. W. Fu H. L. Cai Y. M. Liu Q. Ye W. Zhang Y. Zhang X. Y. Chen G. Giovannetti M. Capone J. Y. Li R. G. Xiong Science 2013 339 425 428
95. A. Piecha A. Gagor R. Jakubas P. Szklarz CrystEngComm 2013 15 940 944
96. C. L. Jiang H. C. Lin C. H. Luo Y. Y. Zhang J. Yang H. Peng C. G. Duan J. Cryst. Growth 2016 438 25 30
97. A. Alsaad I. A. Qattan A. A. Ahmad N. Al-Aqtash R. F. Sabirianov IOP Conf. Ser.: Mater. Sci. Eng. 2015 92 012017
98. T. A. Manz D. S. Sholl J. Chem. Theory Comput. 2011 7 4146 4164
99. E. Ruiz J. Cirera S. Alvarez Coord. Chem. Rev. 2005 249 2649 2660
100. T. Lis Acta Crystallogr., Sect. B: Struct. Crystallogr. Cryst. Chem. 1980 36 2042 2046
101. M. N. Leuenberger D. Loss Nature 2001 410 789 793
102. K. M. Mertes Y. Suzuki M. P. Sarachik Y. Myasoedov H. Shtrikman E. Zeldov E. M. Rumberger D. N. Hendrickson G. Christou Solid State Commun. 2003 127 131 139
103. P. J. Hay W. R. Wadt J. Chem. Phys. 1985 82 299 310
104. A. Caneschi D. Gatteschi R. Sessoli A. L. Barra L. C. Brunel M. Guillot J. Am. Chem. Soc. 1991 113 5873 5874
105. A. R. Farrell J. A. Coome M. R. Probert A. E. Goeta J. A. K. Howard M. H. Lemee-Cailleau S. Parsons M. Murrie CrystEngComm 2013 15 3423 3429
106. R. A. Robinson P. J. Brown D. N. Argyriou D. N. Hendrickson S. M. J. Aubin J. Phys.: Condens. Matter 2000 12 2805 2810
107. M. R. Pederson S. N. Khanna Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1999 60 9566 9572
108. A. Fort A. Rettori J. Villain D. Gatteschi R. Sessoli Phys. Rev. Lett. 1998 80 612 615
109. B. Yang T. A. Manz Theor. Chem. Acc. 2016 135 21
110. G. E. Scuseria C. L. Janssen H. F. Schaefer J. Chem. Phys. 1988 89 7382 7387
111. H. Nakatsuji K. Hirao J. Chem. Phys. 1978 68 2053 2065
112. H. Nakatsuji Chem. Phys. Lett. 1979 67 334 342
113. N. Yamamoto T. Vreven M. A. Robb M. J. Frisch H. B. Schlegel Chem. Phys. Lett. 1996 250 373 378
114. J. A. Pople R. Seeger R. Krishnan Int. J. Quantum Chem. 1977 12 149 163
115. J. P. Perdew J. A. Chevary S. H. Vosko K. A. Jackson M. R. Pederson D. J. Singh C. Fiolhais Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1992 46 6671 6687
116. S. L. Dudarev G. A. Botton S. Y. Savrasov C. J. Humphreys A. P. Sutton Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1998 57 1505 1509
117. S. Grimme J. Antony S. Ehrlich H. Krieg J. Chem. Phys. 2010 132 154104