An analysis of surface proteomics results reveals novel candidates for intracellular/surface moonlighting proteins in bacteria

Molecular BioSystems

Volumn 12, Issue 5, 2016, Pages 1420-1431

  Wang, Wangfei ^a   Jeffery, Constance J ^a,b  

^a University of Illinois at Chicago   (United States)

^b UNIVERSITY OF ILLINOIS AT CHICAGO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIAL PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN; PROTEOME;

BACTERIUM; CELL MEMBRANE; CHEMISTRY; CYTOPLASM; META ANALYSIS; METABOLISM; PROCEDURES; PROTEIN DATABASE; PROTEIN DOMAIN; PROTEOMICS;

BACTERIA; BACTERIAL PROTEINS; CELL MEMBRANE; CYTOPLASM; DATABASES, PROTEIN; MEMBRANE PROTEINS; PROTEIN INTERACTION DOMAINS AND MOTIFS; PROTEOME; PROTEOMICS;

EID: 84966929713     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5mb00550g     Document Type: Review

References (110)

1. C. J. Jeffery Trends Genet. 1999 24 8 11
2. C. J. Jeffery Trends Genet. 2003 19 415 417
3. C. J. Jeffery Mol. BioSyst. 2009 5 345 350
4. M. Mani C. Chen V. Amblee H. Liu T. Mathur G. Zwicke S. Zabad B. Patel J. Thakkar C. J. Jeffery Nucleic Acids Res. 2014 43 D277 D282
5. S. Soker S. Takashima H. Q. Miao G. Neufeld M. Klagsbrun Cell 1998 92 735 745
6. W. Xu K. Seiter E. Feldman T. Ahmed J. W. Chiao Blood 1996 87 4502 4506
7. M. Chaput V. Claes D. Portetelle I. Cludts A. Cravador A. Burny H. Gras A. Tartar Nature 1988 332 454 455
8. C. K. Suzuki M. Rep J. M. Van Dijl K. Suda L. A. Grivell G. Schatz Trends Biochem. Sci. 1997 22 118 123
9. M. J. Stutts C. M. Canessa J. C. Olsen M. Hamrick J. A. Cohn B. C. Rossier R. C. Boucher Science 1995 269 847 850
10. R. Lottenberg C. C. Broder M. D. Boyle S. J. Kain B. L. Schroeder R. Curtiss J. Bacteriol. 1992 174 5204 5210
11. V. Pancholi V. A. Fischetti J. Exp. Med. 1992 176 415 426
12. J. Brassard M. Gottschalk S. Quessy Vet. Microbiol. 2004 102 87 94
13. S. B. Winram R. Lottenberg Microbiology 1996 142 2311 2320
14. B. Kenny B. B. Finlay Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 7991 7995
15. C. Castaldo V. Vastano R. A. Siciliano M. Candela M. Vici L. Muscariello R. Marasco M. Sacco Microb. Cell Fact. 2009 8 14 10.1186/1475-2859-8-14
16. V. Pancholi V. A. Fischetti J. Biol. Chem. 1998 273 14503 14515
17. M. Candela M. Centanni J. Fiori E. Biagi S. Turroni C. Orrico S. Bergmann S. Hammerschmidt P. Brigidi Microbiology 2010 156 1609 1618
18. R. A. Garduño E. Garduño S. Paul E. Gardun P. S. Hoffman Infect. Immun. 1998 66 4602 4610
19. J. L. Wampler J. L. Wampler K. Kim K. Kim Z. Jaradat Z. Jaradat A. K. Bhunia A. K. Bhunia Infect. Immun. 2009 72 931 936
20. M. Magrane UniProt Consortium Database 2011 2011 bar009
21. National Center for Biotechnology Information
22. A. Krogh B. Larsson G. von Heijne E. L. Sonnhammer J. Mol. Biol. 2001 305 567 580
23. T. N. Petersen S. Brunak G. von Heijne H. Nielsen Nat. Methods 2011 8 785 786
24. R. L. Tatusov M. Y. Galperin D. A. Natale E. V Koonin Nucleic Acids Res. 2000 28 33 36
25. P. G. Bagos T. D. Liakopoulos I. C. Spyropoulos S. J. Hamodrakas Nucleic Acids Res. 2004 32 W400 W404
26. A. G. Murzin S. E. Brenner T. Hubbard C. Chothia J. Mol. Biol. 1995 247 536 540
27. A. P. Pugsley Microbiol. Rev. 1993 57 50 108
28. H. Tokuda S. I. Matsuyama Biochim. Biophys. Acta, Mol. Cell Res. 2004 1693 5 13
29. B. D. Corbin Y. Wang T. K. Beuria W. Margolin J. Bacteriol. 2007 189 3026 3035
30. J. K. Boonjakuakul H. L. Gerns Y. T. Chen L. D. Hicks M. F. Minnick S. E. Dixon S. C. Hall J. E. Koehler Infect. Immun. 2007 75 2548 2561
31. S. Mao Y. Luo G. Bao Y. Zhang Y. Li Y. Ma Mol. BioSyst. 2011 7 1660 1677
32. M. Thein G. Sauer N. Paramasivam I. Grin D. Linke J. Proteome Res. 2010 9 6135 6147
33. M. J. Rodríguez-Ortega N. Norais G. Bensi S. Liberatori S. Capo M. Mora M. Scarselli F. Doro G. Ferrari I. Garaguso T. Maggi A. Neumann A. Covre J. L. Telford G. Grandi Nat. Biotechnol. 2006 24 191 197
34. L. Gómez-Gascón I. Luque A. Olaya-Abril I. Jiménez-Munguía R. A. Orbegozo-Medina E. Peralbo C. Tarradas M. J. Rodríguez-Ortega J. Proteomics 2012 75 5654 5666
35. A. Olaya-Abril L. Gómez-Gascón I. Jiménez-Munguía I. Obando M. J. Rodríguez-Ortega J. Proteomics 2012 75 3733 3746
36. T. Yu X. Xu Y. Peng Y. Luo K. Yang Microbiol. Res. 2012 167 364 371
37. M. J. Han S. Y. Lee S. H. Hong J. Microbiol. Biotechnol. 2012 22 470 478
38. J. Schaumburg O. Diekmann P. Hagendorff S. Bergmann M. Rohde S. Hammerschmidt L. Jänsch J. Wehland U. Kärst Proteomics 2004 4 2991 3006
39. L. A. Bøhle T. Riaz W. Egge-Jacobsen M. Skaugen Ø. L. Busk V. G. H. Eijsink G. Mathiesen BMC Genomics 2011 12 135 10.1186/1471-2164-12-135
40. D. Vecchietti D. Di Silvestre M. Miriani F. Bonomi M. Marengo A. Bragonzi L. Cova E. Franceschi P. Mauri G. Bertoni PLoS One 2012 7 e51062
41. F. Doro S. Liberatori M. J. Rodríguez-Ortega C. D. Rinaudo R. Rosini M. Mora M. Scarselli E. Altindis R. D'Aurizio M. Stella I. Margarit D. Maione J. L. Telford N. Norais G. Grandi Mol. Cell. Proteomics 2009 8 1728 1737
42. E. Espino K. Koskenniemi L. Mato-rodriguez T. A. Nyman J. Reunanen J. Koponen O. Tiina P. Siljama J. Proteome Res. 2014 14 1010 1024
43. P. Manfredi F. Renzi M. Mally L. Sauteur M. Schmaler S. Moes P. Jenö G. R. Cornelis Mol. Microbiol. 2011 81 1050 1060
44. W. Pornwiroon A. Bourchookarn C. D. Paddock K. R. Macaluso Infect. Immun. 2009 77 5262 5271
45. K. Gibson Y. Kumagai Y. Rikihisa J. Bacteriol. 2010 192 5898 5905
46. K. T. Sears S. M. Ceraul J. J. Gillespie E. D. Allen V. L. Popov N. C. Ammerman M. S. Rahman A. F. Azad PLoS Pathog. 2012 8 e1002856
47. H. Zhang R. N. Brown W. Qian M. E. Monroe S. O. Purvine R. J. Moore M. A. Gritsenko L. Shi M. F. Romine J. K. Fredrickson R. D. Smith M. S. Lipton J. Proteome Res. 2010 9 2160 2169
48. G. Flores-Ramirez B. Jankovicova Z. Bilkova J. A. Miernyk L. Skultety Proteomics 2014 14 1868 1881
49. K. Hempel F. A. Herbst M. Moche M. Hecker D. Becher J. Proteome Res. 2011 10 1657 1666
50. C. Le Maréchal V. Peton C. Plé C. Vroland J. Jardin V. Briard-Bion G. Durant V. Chuat V. Loux B. Foligné S.-M. Deutsch H. Falentin G. Jan J. Proteomics 2014 113 447 461
51. F. G. Del Portillo E. Calvo V. D'Orazio M. G. Pucciarelli J. Biol. Chem. 2011 286 34675 34689
52. W. Firshein Annu. Rev. Microbiol. 1989 43 89 120
53. K. Boeneman E. Crooke Curr. Opin. Microbiol. 2005 8 143 148
54. A. Prinz C. Behrens T. A. Rapoport E. Hartmann K. U. Kalies EMBO J. 2000 19 1900 1906
55. E. Olmedo-Verd J. Santamaría-Gómez J. A. G. Ochoa De Alda L. R. De Pouplana I. Luque J. Biol. Chem. 2011 286 41057 41068
56. Y. Wang Y. Jiang M. Meyering-Voss M. Sprinzl P. B. Sigler Nat. Struct. Biol. 1997 4 650 656
57. R. K. Agrawal P. Penczek R. A. Grassucci J. Frank Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 6134 6138
58. H. Aoki S. L. Adams M. A. Turner M. C. Ganoza Biochimie 1997 79 7 11
59. D. Granato G. E. Bergonzelli R. D. Pridmore L. Marvin M. Rouvet E. Corthe Infect. Immun. 2004 72 2160 2169
60. J. Glenting H. C. Beck A. Vrang H. Riemann P. Ravn A. M. Hansen M. Antonsson S. Ahrné H. Israelsen S. Madsen Microbiol. Res. 2013 168 245 253
61. S. F. Dallo T. R. Kannan M. W. Blaylock J. B. Baseman Mol. Microbiol. 2002 46 1041 1051
62. A. Kunert J. Losse C. Gruszin M. Hühn K. Kaendler S. Mikkat D. Volke R. Hoffmann T. S. Jokiranta H. Seeberger U. Moellmann J. Hellwage P. F. Zipfel J. Immunol. 2007 179 2979 2988
63. T. Langer C. Lu H. Echols J. Flanagan M. K. Hayer F. U. Hartl Nature 1992 356 683 689
64. A. Knaust M. V. R. Weber S. Hammerschmidt S. Bergmann M. Frosch O. Kurzai J. Bacteriol. 2007 189 3246 3255
65. G. E. Bergonzelli D. Granato R. D. Pridmore L. F. Marvin-Guy D. Donnicola I. E. Corthésy-Theulaz Infect. Immun. 2006 74 425 434
66. A. Frisk C. A. Ison T. Lagergård Infect. Immun. 1998 66 1252 1257
67. M. Pantzar S. Teneberg T. Lagergård Microbes Infect. 2006 8 2452 2458
68. F. N. Wuppermann K. Mölleken M. Julien C. A. Jantos J. H. Hegemann J. Bacteriol. 2008 190 3757 3767
69. B. Henderson A. Martin Infect. Immun. 2011 79 3476 3491
70. Y. Katakura R. Sano T. Hashimoto K. Ninomiya S. Shioya Appl. Microbiol. Biotechnol. 2010 86 319 326
71. G. T. Robertson M. E. Kovach C. A. Allen T. A. Ficht M. Roop II Mol. Microbiol. 2000 35 577 588
72. C. Rouquette C. De Chastellier S. Nair P. Berche Mol. Microbiol. 1998 27 1235 1245
73. H. Ohnishi Y. Mizunoe A. Takade Y. Tanaka H. Miyamoto M. Harada S. I. Yoshida Infect. Immun. 2004 72 3592 3603
74. R. Lill E. Crooke B. Guthrie W. Wickner Cell 1988 54 1013 1018
75. A. Hoffmann B. Bukau G. Kramer Biochim. Biophys. Acta 2010 1803 650 661
76. V. Amblee C. J. Jeffery PLoS One 2015 10 e0130575
77. M. Y. Galperin K. S. Makarova Y. I. Wolf E. V Koonin Nucleic Acids Res. 2015 43 D261 D269
78. B. Jagadeesan O. K. Koo K.-P. Kim K. M. Burkholder K. K. Mishra A. Aroonnual A. K. Bhunia Microbiology 2010 156 2782 2795
79. J. D. Bendtsen L. Kiemer A. Fausbøll S. Brunak BMC Microbiol. 2005 5 58 10.1186/1471-2180-5-58
80. G. Wang H. Chen Y. Xia J. Cui Z. Gu Y. Song Y. Q. Chen H. Zhang W. Chen Curr. Microbiol. 2013 67 688 695
81. W. Nickel Eur. J. Biochem. 2003 270 2109 2119
82. M. J. Pallen Trends Microbiol. 2002 10 209 212
83. M. Braunstein B. J. Espinosa J. Chan J. T. Belisle W. R. Jacobs W. R. Jacobs Mol. Microbiol. 2003 48 453 464
84. N. W. Rigel M. Braunstein Mol. Microbiol. 2008 69 291 302
85. H. S. Gibbons F. Wolschendorf M. Abshire M. Niederweis M. Braunstein J. Bacteriol. 2007 189 5090 5100
86. L. L. Lenz S. Mohammadi A. Geissler D. A. Portnoy Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 12432 12437
87. M. Kostakioti C. L. Newman D. G. Thanassi C. Stathopoulos J. Bacteriol. 2005 187 4306 4314
88. K. Dilks R. W. Rose E. Hartmann M. Pohlschröder J. Bacteriol. 2003 185 1478 1483
89. L. Aguilera E. Ferreira R. Giménez F. J. Fernández M. Taulés J. Aguilar M. C. Vega J. Badia L. Baldomà Int. J. Biochem. Cell Biol. 2012 44 955 962
90. L. Egea L. Aguilera R. Giménez M. A. Sorolla J. Aguilar J. Badía L. Baldoma Int. J. Biochem. Cell Biol. 2007 39 1190 1203
91. G. Samoilis M. Aivaliotis I. Vranakis A. Papadioti Y. Tselentis G. Tsiotis A. Psaroulaki J. Proteome Res. 2010 9 1619 1626
92. H. Y. Wu P. C. Chung H. W. Shih S. R. Wen E. M. Lai J. Bacteriol. 2008 190 2841 2850
93. G. S. Chhatwal Trends Microbiol. 2002 10 205 208
94. O. Schneewind D. M. Missiakas Philos. Trans. R. Soc., B 2012 367 1123 1139
95. S. K. Mazmanian E. P. Skaar A. H. Gaspar M. Humayun P. Gornicki J. Jelenska A. Joachmiak D. M. Missiakas O. Schneewind Science 2003 299 906 909
96. A. W. Maresso T. J. Chapa O. Schneewind J. Bacteriol. 2006 188 8145 8152
97. J. Yother J. M. White J. Bacteriol. 1994 176 2976 2985
98. J. R. Scott T. C. Barnett Annu. Rev. Microbiol. 2006 60 397 423
99. M. Desvaux E. Dumas I. Chafsey M. Hebraud FEMS Microbiol. Lett. 2006 256 1 15
100. S. Bergmann M. Rohde S. Gursharan S. Hammerschmidt Mol. Microbiol. 2001 40 1273 1287
101. J. Welin J. C. Wilkins D. Beighton G. Svensater Appl. Environ. Microbiol. 2004 70 3736 3741
102. S. Agarwal P. Kulshreshtha D. Bambah Mukku R. Bhatnagar Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2008 1784 986 994
103. K. Ramiah C. A. van Reenen L. M. T. Dicks Res. Microbiol. 2008 159 470 475
104. H. Yamaguchi T. Osaki H. Taguchi T. Hanawa T. Yamamoto M. Fukuda H. Kawakami H. Hirano S. Kamiya Microbiol. Immunol. 1997 41 909 916
105. T. B. M. Hickey L. M. Thorson D. P. Speert M. Daffé R. W. Stokes Infect. Immun. 2009 77 3389 3401
106. M. Hussain G. Peters G. S. Chhatwal M. Herrmann Infect. Immun. 1999 67 6688 6690
107. A. M. Vacca-Smith C. A. Jones M. J. Levine M. W. Stinson Infect. Immun. 1994 62 2187 2194
108. A. G. Kinhikar D. Vargas H. Li S. B. Mahaffey L. Hinds J. T. Belisle S. Laal Mol. Microbiol. 2006 60 999 1013
109. V. Kainulainen V. Loimaranta A. Pekkala S. Edelman J. Antikainen R. Kylväjä M. Laaksonen L. Laakkonen J. Finne T. K. Korhonen J. Bacteriol. 2012 194 2509 2519
110. H. Furuya R. Ikeda Microbiology 2009 155 2707 2713