Rational design of supramolecular hemin/G-quadruplex-dopamine aptamer nucleoapzyme systems with superior catalytic performance

Chemical Science

Volumn 7, Issue 5, 2016, Pages 3092-3101

  Albada, H Bauke ^a,b   Golub, Eyal ^a   Willner, Itamar ^a  

^a HEBREW UNIVERSITY OF JERUSALEM   (Israel)

^b WAGENINGEN UNIVERSITY   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINES; BINS; CATALYSIS; CATALYTIC OXIDATION; MOLECULAR DYNAMICS; NEUROPHYSIOLOGY; OLIGONUCLEOTIDES; SCAFFOLDS; TETHERLINES;

CATALYTIC FUNCTIONS; CATALYTIC PERFORMANCE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; SINGLE STRAND DNA; SPATIAL POSITIONING; SPATIAL PROXIMITY; SUBSTRATE BINDING; SUBSTRATE-BINDING SITES;

CATALYST ACTIVITY;

EID: 84966269091     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5sc04832j     Document Type: Article

References (55)

1. S. K. Silverman Chem. Commun. 2008 3467
2. K. Schlosser Y. Li Chem. Biol. 2009 16 311
3. N. Carmi S. R. Balkhi R. R. Breaker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 2233
4. A. Sreedhara Y. Li R. R. Breaker J. Am. Chem. Soc. 2004 126 3454
5. S. Walsh M. A. Sachdeva S. K. Silverman J. Am. Chem. Soc. 2013 135 14928
6. R. P. Megens G. Roelfes Chem. Commun. 2012 48 6366
7. M. Wilking U. Hennecke Org. Biomol. Chem. 2013 11 6940
8. A. J. Boersma R. P. Megens B. L. Feringa G. Roelfes Chem. Soc. Rev. 2010 39 2083
9. P. Travascio Y. Li D. Sen Chem. Biol. 1998 5 505
10. D. Sen L. C. Poon Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2011 46 478
11. E. Golub C. H. Lu I. Willner J. Porphyrins Phthalocyanines 2015 19 65
12. P. Travascio A. J. Bennet D. Y. Wang D. Sen Chem. Biol. 1998 6 779
13. S. Nakayama H. O. Sintim Mol. BioSyst. 2011 6 89
14. V. Pavlov Y. Xiao R. Gill A. Dishon M. Kotler I. Willner Anal. Chem. 2004 76 2152
15. S. Nakayama H. O. Sintim Anal. Chim. Acta 2012 747 1
16. E. Golub R. Freeman I. Willner Anal. Chem. 2013 85 12126
17. E. Golub R. Freeman I. Willner Angew. Chem., Int. Ed. 2011 50 11710
18. Z. G. Wang P. Zhan B. Ding ACS Nano 2013 7 1591
19. P. J. Deuss R. den Heeten W. Laan P. C. J. Kamer Chem.-Eur. J. 2011 17 4680
20. E. W. Dijk B. L. Feringa G. Roelfes Top. Organomet. Chem. 2009 25 1
21. F. Wang C. H. Lu I. Willner Chem. Rev. 2014 114 2881
22. I. Willner B. Shlyahovsky M. Zayats B. Willner Chem. Soc. Rev. 2008 37 1153
23. M. N. Stojanovic Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 2008 82 199
24. J. Elbaz O. Lioubashevski F. Wang F. Remacle R. D. Levine I. Willner Nat. Nanotechnol. 2010 5 417
25. R. Orbach B. Willner I. Willner Chem. Commun. 2015 51 4144
26. C. H. Lu I. Willner Angew. Chem., Int. Ed. 2015 54 12212
27. D. Balogh M. A. Angel Garcia H. B. Albada I. Willner Angew. Chem., Int. Ed. 2015 54 11652
28. H. Lin Y. Zou Y. Huang J. Chen W. Y. Zhang Z. Zhuang G. Jenkinsa C. J. Yang Chem. Commun. 2011 47 9312
29. Y. Huang Y. Ma Y. Chen X. Wu L. Fang Z. Zhu C. J. Yang Anal. Chem. 2014 86 11434
30. S. Lilienthal Z. Shpilt F. Wang R. Orbach I. Willner ACS Appl. Mater. Interfaces 2015 7 8923
31. Y. Hu F. Wang C. H. Lu J. Girsh E. Golub I. Willner Chem.-Eur. J. 2014 20 16203
32. W. W. Zhao J. J. Xu H. Y. Chen Chem. Rev. 2014 114 7421
33. Y. Tian T. He Y. Chen P. Yin C. Mao Angew. Chem., Int. Ed. 2005 44 4355
34. X. Liu A. Niazov-Elkan F. Wang I. Willner Nano Lett. 2013 13 219
35. L. Hu C. H. Lu I. Willner Nano Lett. 2015 15 2099
36. S. E. Osborn A. D. Ellington Chem. Rev. 1998 97 34
37. S. Klussmann, The Aptamer Handbook: Functional Oligonucleotides and Their Applications, Wiley-VCH, Weinheim, 2006
38. A. D. Keefe S. Pai A. D. Ellington Nat. Rev. Drug Discovery 2010 9 537
39. E. J. Cho J.-W. Lee A. D. Ellington Annu. Rev. Anal. Chem. 2010 2 241
40. E. Golub H. B. Albada W.-C. Liao Y. Biniuri I. Willner J. Am. Chem. Soc. 2016 138 164
41. C. Mannironi A. Di Nardo P. Fruscoloni G. P. Tocchini-Valentini Biochemistry 1997 36 9726
42. R. Walsh M. C. de Rosa Biochem. Biophys. Res. Commun. 2009 388 732
43. L. E. Xodo G. Manzini F. Quadrifoglio Nucleic Acids Res. 1990 18 3557
44. G. Manzini L. E. Xodo D. Gasparotto F. Quadrifoglio G. A. van der Marel J. H. van Boom J. Mol. Biol. 1990 213 833
45. H. Wang D. M. Wang M. X. Gao J. Wang C. Z. Huang Anal. Methods 2014 6 7415
46. H. B. Albada E. Golub I. Willner J. Comput.-Aided Mol. Des. 2015 29 643
47. H. B. Albada F. Soulimani B. M. Weckhuysen R. M. J. Liskamp Chem. Commun. 2007 4895
48. H. B. Albada F. Soulimani H. J. F. Jacobs C. Versluis B. M. Weckhuysen R. M. J. Liskamp Org. Biomol. Chem. 2012 10 1088
49. S. Baez J. Segura-Aguilar M. Widersten A.-S. Johansson B. Mannervik Biochem. J. 1997 324 25
50. M. Parisien F. Major Nature 2008 452 51
51. E. Krieger G. Koraimann G. Vriend Proteins 2002 47 393
52. J. M. Nicoludis S. T. Miller P. D. Jeffrey S. P. Barrett P. R. Rablen T. J. Lawton L. A. Yatsunyk J. Am. Chem. Soc. 2012 134 20446
53. D. J. Patel I. Radhakrishnan Structure 1993 1 135
54. Y. Duan C. Wu S. Chowdhury M. C. Lee G. Xiong W. Zhang R. Yang P. Cieplak R. Luo T. Lee J. Comput. Chem. 2003 24 1999
55. E. Krieger T. Darden S. Nabuurs A. Finkelstein G. Vriend Proteins 2004 57 678