Isolation of Marine Paracoccus sp. Ss63 from the Sponge Sarcotragus sp. and Characterization of its Quorum-Sensing Chemical-Signaling Molecules by LC-MS/MS Analysis

Israel Journal of Chemistry

Volumn 56, Issue 5, 2016, Pages 330-340

  Saurav, Kumar ^a   Burgsdorf, Ilia ^a   Teta, Roberta ^b   Esposito, Germana ^b   Bar Shalom, Rinat ^a   Costantino, Valeria ^b   Steindler, Laura ^a  

^a UNIVERSITY OF HAIFA   (Israel)

^b UNIVERSITY OF NAPLES FEDERICO II   (Italy)

Author keywords

free living; host associated; isolation; lactones; marine sponges; quorum sensing; Sarcotragus

Indexed keywords

EID: 84963642790     PISSN: 00212148     EISSN: 18695868     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/ijch.201600003     Document Type: Article

References (73)

1. M. E. A. Churchill, L. Chen, Chem. Rev. 2011, 111, 68-85.
2. G. M. Dunny, B. A. B. Leonard, Annu. Rev. Microbiol. 1997, 51, 527-564.
3. M. B. Miller, B. L. Bassler, Annu. Rev. Microbiol. 2001, 55, 165-199.
4. S. Goh, W.-S. Tan, S. Khan, H. Chew, N. Kasim, W.-F. Yin, K.-G. Chan, Sensors 2014, 14, 8940-8949.
5. M. R. Parsek, D. L. Val, B. L. Hanzelka, J. E. Cronan, E. P. Greenberg, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 4360-4365.
6. L. Gilson, A. Kuo, P. V. Dunlap, J. Bacteriol. 1995, 177, 6946-6951.
7. K. Evans, L. Passador, R. Srikumar, E. Tsang, J. Nezezon, K. Poole, J. Bacteriol. 1998, 180, 5443-5447.
8. Y. Y. Chan, H. S. Bian, T. M. Tan, M. E. Mattmann, G. D. Geske, J. Igarashi, T. Hatano, H. Suga, H. E. Blackwell, K. L. Chua, J. Bacteriol. 2007, 189, 4320-4324.
9. J. P. Pearson, C. Van Delden, B. H. Iglewski, J. Bacteriol. 1999, 181, 1203-1210.
10. B. L. Bassler, M. Wright, R. E. Showalter, M. R. Silverman, Mol. Microbiol. 1993, 9, 773-786;
11. K. H. McClean, M. K. Winson, L. Fish, A. Taylor, S. R. Chhabra, M. Camara, M. Daykin, J. H. Lamb, S. Swift, B. W. Bycroft, G. S. Stewart, P. Williams, Microbiology 1997, 143, 3703-3711.
12. V. M. B. Hmelo L, Aquat. Microb. Ecol. 2009, 54, 127-133.
13. Y.-L. Huang, S. Dobretsov, J.-S. Ki, L.-H. Yang, P.-Y. Qian, Microb. Ecol. 2007, 54, 384-392;
14. K. Tait, H. Williamson, S. Atkinson, P. Williams, M. Camara, I. Joint, Environ. Microbiol. 2009, 11, 1792-1802.
15. A. N. Jatt, K. Tang, J. Liu, Z. Zhang, X. H. Zhang, FEMS Microbiol. Ecol. 2015, 91, 1-13;
16. L. Gram, H. P. Grossart, A. Schlingloff, T. Kiorboe, Appl. Environ. Microbiol. 2002, 68, 4111-4116.
17. K. Golberg, E. Eltzov, M. Shnit-Orland, R. S. Marks, A. Kushmaro, Microb. Ecol. 2011, 61, 783-792.
18. M. W. Taylor, R. Radax, D. Steger, M. Wagner, Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2007, 71, 295-347.
19. M. Wehrl, M. Steinert, U. Hentschel, Microb. Ecol. 2007, 53, 355-365.
20. P. Schupp, T. Charlton, M. Taylor, S. Kjelleberg, P. Steinberg, Anal. Bioanal. Chem. 2005, 383, 132-137.
21. M. W. Taylor, P. J. Schupp, H. J. Baillie, T. S. Charlton, R. de Nys, S. Kjelleberg, P. D. Steinberg, Appl. Environ. Microbiol. 2004, 70, 4387-4389;
22. A. Krick, S. Kehraus, L. Eberl, K. Riedel, H. Anke, I. Kaesler, I. Graeber, U. Szewzyk, G. M. Konig, Appl. Environ. Microbiol. 2007, 73, 3587-3594;
23. N. M. Mohamed, E. M. Cicirelli, J. Kan, F. Chen, C. Fuqua, R. T. Hill, Environ. Microbiol. 2008, 10, 75-86;
24. J. Zan, Y. Liu, C. Fuqua, R. T. Hill, Int. J. Mol. Sci. 2014, 15, 654-669.
25. J. Zan, O. Choi, H. Meharena, C. L. Uhlson, M. E. Churchill, R. T. Hill, C. Fuqua, Microbiology 2015, 161, 50-56;
26. J. Zan, J. E. Heindl, Y. Liu, C. Fuqua, R. T. Hill, PLoS One 2013, 8, e 66346.
27. M. Britstein, G. Devescovi, K. M. Handley, A. Malik, M. Haber, K. Saurav, R. Teta, V. Costantino, I. Burgsdorf, J. A. Gilbert, N. Sher, V. Venturi, L. Steindler, Appl. Environ. Microbiol. 2015, 82, 1274-1285.
28. E. Machado-Ferreira, J. Piesman, N. S. Zeidner, C. A. Soares, Genet. Mol. Biol. 2012, 35, 862-867;
29. P. Kampfer, W. A. Lai, A. B. Arun, C. C. Young, P. D. Rekha, K. Martin, H. J. Busse, W. M. Chen, Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2012, 62, 2750-2756.
30. G. Zhang, W. Xian, J. Yang, W. Liu, H. Jiang, W. Li, Arch. Microbiol. 2016, 198, 227-232;
31. Y. Xu, R. Zhang, N. Jiao, Stand. Genomic Sci. 2015, 10, 94;
32. Q. Zheng, Y. Wang, C. Chen, X. Xia, Y. Fu, R. Zhang, N. Jiao, Curr. Microbiol. 2011, 62, 710-714.
33. J. Huang, Y. Xin, W. Zhang, J. Basic Microbiol. 2011, 51, 318-324;
34. S. Y. Sheu, S. R. Jiang, C. A. Chen, J. T. Wang, W. M. Chen, Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2011, 61, 2221-2226;
35. M. H. Chen, S. Y. Sheu, C. A. Chen, J. T. Wang, W. M. Chen, Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2011, 61, 1138-1143;
36. R. Pukall, M. Laroche, R. M. Kroppenstedt, P. Schumann, E. Stackebrandt, R. Ulber, Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2003, 53, 443-447.
37. K. L. Visick, M. J. McFall-Ngai, J. Bacteriol. 2000, 182, 1779-1787;
38. C. Majerczyk, L. Kinman, T. Han, R. Bunt, E. P. Greenberg, Infect. Immun. 2013, 81, 1471-1478;
39. C. Fuqua, S. C. Winans, E. P. Greenberg, Annu. Rev. Microbiol. 1996, 50, 727-751.
40. A. L. Schaefer, T. A. Taylor, J. T. Beatty, E. P. Greenberg, J. Bacteriol. 2002, 184, 6515-6521.
41. C. Manzari, B. Fosso, M. Marzano, A. Annese, R. Caprioli, A. D'Erchia, C. Gissi, M. Intranuovo, E. Picardi, M. Santamaria, S. Scorrano, G. Sgaramella, L. Stabili, S. Piraino, G. Pesole, Biol. Invasions 2015, 17, 923-940.
42. V. Venturi, S. Subramoni, HFSP J. 2009, 3, 105-116.
43. I. Joint, K. Tait, M. E. Callow, J. A. Callow, D. Milton, P. Williams, M. Camara, Science 2002, 298, 1207.
44. E. A. Yates, B. Philipp, C. Buckley, S. Atkinson, S. R. Chhabra, R. E. Sockett, M. Goldner, Y. Dessaux, M. Camara, H. Smith, P. Williams, Infect. Immun. 2002, 70, 5635-5646.
45. U. Bickmeyer, Mar. Drugs 2012, 10, 223-233;
46. I. H. Madshus, Biochem. J. 1988, 250, 1-8;
47. I. M. Sokolova, C. Bock, H. O. Portner, J. Comp. Physiol. B 2000, 170, 105-115;
48. F. Melzner, C. Bock, H. O. Portner, J. Exp. Biol. 2006, 209, 891-906;
49. H. O. Portner, C. Bock, A. Reipschlager, J. Exp. Biol. 2000, 203, 2417-2428.
50. A. L. Schaefer, T. A. Taylor, J. T. Beatty, E. P. Greenberg, J. Bacteriol. 2002, 184, 6515-6521.
51. L. Steindler, V. Venturi, FEMS Microbiol. Lett. 2007, 266, 1-9.
52. S. K. Farrand, Y. Qin, P. Oger, Methods Enzymol. 2002, 358, 452-484.
53. T. R. I. Cataldi, G. Bianco, S. Abate, I. Losito, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2011, 25, 1817-1826.
54. R. S. Blosser-Middleton, K. M. Gray, J. Bacteriol. 2001, 183, 6771-6777.
55. I. Wagner-Döbler, V. Thiel, L. Eberl, M. Allgaier, A. Bodor, S. Meyer, S. Ebner, A. Hennig, R. Pukall, S. Schulz, ChemBioChem 2005, 6, 2195-2206.
56. J. N. A. Hooper, R. W. M. van Soest, in Systema Porifera: A Guide to the Classification of Sponges (Eds.:, J. N. A. Hooper, R. W. M. van Soest, P. Willenz,), Springer, New York, 2002, p. 1103-1706.
57. F. A. Rainey, N. Ward-Rainey, R. M. Kroppenstedt, E. Stackebrandt, Int. J. Syst. Bacteriol. 1996, 46, 1088-1092.
58. D. J. Lane, in 16S/23S rRNA Sequencing (Ed.:, E. Stackebrandt, M. Goodfellow,), John Wiley and Sons, New York, 1991, pp. 115-175.
59. H. Jiang, H. Dong, G. Zhang, B. Yu, L. R. Chapman, M. W. Fields, Appl. Environ. Microbiol. 2006, 72, 3832-3845.
60. S. F. Altschul, T. L. Madden, A. A. Schaffer, J. Zhang, Z. Zhang, W. Miller, D. J. Lipman, Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3389-3402.
61. O. S. Kim, Y. J. Cho, K. Lee, S. H. Yoon, M. Kim, H. Na, S. C. Park, Y. S. Jeon, J. H. Lee, H. Yi, S. Won, J. Chun, Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2012, 62, 716-721.
62. E. Pruesse, J. Peplies, F. O. Glockner, Bioinformatics 2012, 28, 1823-1829.
63. K. Tamura, D. Peterson, N. Peterson, G. Stecher, M. Nei, S. Kumar, Mol. Biol. Evol. 2011, 28, 2731-2739.
64. J. A. Gilbert, J. K. Jansson, R. Knight, BMC Biol. 2014, 12, 69.
65. J. G. Caporaso, C. L. Lauber, W. A. Walters, D. Berg-Lyons, C. A. Lozupone, P. J. Turnbaugh, N. Fierer, R. Knight, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 4516-4522.
66. P. D. Schloss, S. L. Westcott, T. Ryabin, J. R. Hall, M. Hartmann, E. B. Hollister, R. A. Lesniewski, B. B. Oakley, D. H. Parks, C. J. Robinson, J. W. Sahl, B. Stres, G. G. Thallinger, D. J. Van Horn, C. F. Weber, Appl. Environ. Microbiol. 2009, 75, 7537-7541.
67. C. Quast, E. Pruesse, P. Yilmaz, J. Gerken, T. Schweer, P. Yarza, J. Peplies, F. O. Glockner, Nucleic Acids Res. 2013, 41, D 590 -D 596.
68. R. C. Edgar, B. J. Haas, J. C. Clemente, C. Quince, R. Knight, Bioinformatics 2011, 27, 2194-2200.
69. Q. Wang, G. M. Garrity, J. M. Tiedje, J. R. Cole, Appl. Environ. Microbiol. 2007, 73, 5261-5267.
70. J. R. Cole, Q. Wang, E. Cardenas, J. Fish, B. Chai, R. J. Farris, A. S. Kulam-Syed-Mohideen, D. M. McGarrell, T. Marsh, G. M. Garrity, J. M. Tiedje, Nucleic Acids Res. 2009, 37, D 141 -D 145;
71. T. Z. DeSantis, P. Hugenholtz, N. Larsen, M. Rojas, E. L. Brodie, K. Keller, T. Huber, D. Dalevi, P. Hu, G. L. Andersen, Appl. Environ. Microbiol. 2006, 72, 5069-5072.
72. J. G. Caporaso, J. Kuczynski, J. Stombaugh, K. Bittinger, F. D. Bushman, E. K. Costello, N. Fierer, A. G. Pena, J. K. Goodrich, J. I. Gordon, G. A. Huttley, S. T. Kelley, D. Knights, J. E. Koenig, R. E. Ley, C. A. Lozupone, D. McDonald, B. D. Muegge, M. Pirrung, J. Reeder, J. R. Sevinsky, P. J. Turnbaugh, W. A. Walters, J. Widmann, T. Yatsunenko, J. Zaneveld, R. Knight, Nat. Methods 2010, 7, 335-336.
73. C. Camacho, G. Coulouris, V. Avagyan, N. Ma, J. Papadopoulos, K. Bealer, T. L. Madden, BMC Bioinf. 2009, 10, 421.