Solvatochromic shifts in uracil: A combined MD-QM/MM study

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 1, 2010, Pages 249-256

  Olsen, Jógvan Magnus ^a   Aidas, Kestutis ^b   Mikkelsen, Kurt V ^b   Kongsted, Jacob ^a  

^a UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

^b UNIVERSITY OF COPENHAGEN   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84962419475     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct900502s     Document Type: Article

References (53)

1. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999.
2. Jørgensen, W. L. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1877.
3. Yu, H.; van Gunsteren, W. F. Comput. Phys. Commun. 2005, 172, 69.
4. Kongsted, J.; Osted, A.; Mikkelsen, K. V.; Christiansen, O. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 2578.
5. Osted, A.; Kongsted, J.; Mikkelsen, K. V.; Christiansen, O. J. Chem. Phys. 2006, 124, 124503.
6. Kongsted, J.; Mennucci, B. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 9890.
7. Nielsen, C. B.; Christiansen, O.; Mikkelsen, K. V.; Kongsted, J. J. Chem. Phys. 2007, 126, 154112.
8. Ismail, N.; Blancafort, L.; Olivucci, M.; Kohler, B.; Robb, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6818.
9. Merchan, M.; Serrano-Andres, L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8108.
10. Matsika, S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 7584.
11. Ludwig, V.; Coutinho, K.; Canuto, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 4907.
12. Fleig, T.; Knecht, S.; Hättig, C. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5482.
13. Gustavsson, T.; Bányász, A.; Lazzarotto, E.; Markovitsi, D.; Schalmani, G.; Frisch, M. J.; Barone, V.; Improta, R. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 607.
14. Zazza, C.; Amadei, A.; Sanna, N.; Grandi, A.; Chillemi, G.; Nola, A. D.; D'abramo, M.; Aschi, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1385.
15. Fulsher, M.; Serrano-Andres, L.; Roos, B. O. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6168.
16. Shukla, M. K.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 8642.
17. Broo, A.; Holmen, A. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 3589.
18. Mennucci, B.; Toniolo, A.; Tomasi, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4749.
19. Improta, R.; Barone, V. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14320.
20. Epifanovski, E.; Kowalski, K.; Fan, P.-D.; Valiev, M.; Matsika, S.; Krylov, A. I. J. Phys. Chem. A. 2008, 112, 9983.
21. Marian, C. M.; Schneider, F.; Kleinschmidt, M.; Tatchen, J. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 357.
22. Kistler, K. A.; Matsika, S. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 12396.
23. Voet, D.; Gratzer, W. B.; Cox, R. A.; Doty, P. Biopolymers 1963, 1, 193.
24. Clark, L. B.; Peschel, G. G.; Tinoco, I., Jr. J. Phys. Chem. 1965, 69, 3615.
25. Daniels, M.; Hauswirth, W. Science 1971, 171, 675.
26. Du, H.; Fuh, R. A.; Li, J.; Corkan, A.; Lidsey, J. S. Photochem. Photobiol. 1998, 68, 141.
27. DALTON, a molecular electronic structure program, release 2.0, 2005; see http://www.daltonprogram.org/.
28. Linse, P.; MOLSIM; part of an integrated MD/MC/BD simulation program belonging to the MOLSIM package; Version 3.3.0, Dec 5, 2001.
29. Aidas, K. Whirlpool: a QM/MM analysis program, University of Copenhagen, 2009.
30. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; VReven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision E.01; Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004.
31. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
32. Lee, C. T.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
33. Vosko, S. H.; Wilk, L.; Nusair, M. Can. J. Phys. 1980, 58, 1200.
34. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623.
35. Karlström, G.; Lindh, R.; Malmqvist, P.Å; Roos, B. O.; Ryde, U.; Veryazov, V.; Widmark, P.-O.; Cossi, M.; Schimmelpfennig, B.; Neogrady, P.; Seijo, L. Comput. Mater. Sci. 2003, 28, 222.
36. Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007.
37. Kendall, R. A.; Dunning, T. H.; Harrison, R. J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796.
38. Miertuš, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 55, 117.
39. Jørgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 335.
40. Ahlström, P.; Wallqvist, A.; Engström, S.; Jönsson, B. Mol. Phys. 1989, 68, 563.
41. Breneman, C. M.; Wiberg, K. B. J. Comput. Chem. 1990, 11, 361.
42. Gagliardi, L.; Lindh, R.; Karlström, G. J. Chem. Phys. 2004, 121, 4494.
43. Pranata, J.; Wierschke, S. G.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2810.
44. Yanai, T.; Tew, D. P.; Handy, N. C. Chem. Phys. Lett. 2004, 393, 51.
45. Peach, M. J. G.; Helgaker, T.; Salek, P.; Keal, T. W.; Lutnæs, O. B.; Tozer, D. J.; Handy, N. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 558.
46. Perdew, J.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1992, 45, 13244.
47. Ernzerhof, M.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 1999, 110, 5029.
48. Adamo, C.; Barone, V. J. Chem. Phys. 1999, 110, 6158.
49. Christiansen, O.; Koch, H.; Jørgensen, P. Chem. Phys. Lett. 1995, 243, 409.
50. Aidas, K.; Møgelhøj, A.; Nilsson, E. J. K.; Johnson, M. S.; Mikkelsen, K. V.; Christiansen, O.; Söderhjelm, P.; Kongsted, J. J. Chem. Phys. 2008, 128, 194503.
51. Gaigeot, M.-P.; Sprik, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 7458.
52. Kongsted, J.; Osted, A.; Mikkelsen, K. V.; Christiansen, O. J. Chem. Phys. 2003, 118, 1620.
53. Osted, A.; Kongsted, J.; Mikkelsen, K. V.; Christiansen, O. J. Chem. Phys. 2004, 108, 8646.