Role of the metal ion in formyl - Peptide bond hydrolysis by a peptide deformylase active site model

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 2, 2006, Pages 1063-1072

  Leopoldini, Monica ^a   Russo, Nino ^a   Toscano, Marirosa ^a  

^a UNIVERSITY OF CALABRIA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL BONDS; ENZYMES; HYDROLYSIS; MATHEMATICAL MODELS; POSITIVE IONS; SUBSTITUTION REACTIONS;

METAL IONS; MODEL SYSTEMS; PEPTIDE BONDS; REACTION PATHWAYS;

IONS;

EID: 84961985353     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp054923y     Document Type: Article

References (50)

1. Kozak, M. Microbiol. Rev. 1983, 47, 1-45.
2. Mazel, D.; Pochet, S.; Marliere, P. EMBO J. 1994, 13, 914-923.
3. Meu, H. C. Science 1992, 257, 1064-1073.
4. Gold, H. S.; Moellering, R. C., Jr. N. Engl. J. Med. 1996, 335, 1445-1453.
5. Meinnel, T.; Blanquet, S. J. Bacteriol. 1993, 175, 7737-7740.
6. Meinnel, T.; Blanquet, S. J. Bacteriol. 1995, 177, 1883-1887.
7. Meinnel, T.; Lazennec, C.; Villoing, S.; Blamquet, S. J. Mol. Biol. 1997, 267, 749-761.
8. Vallee, B. L.; Auld, D. S. Biochemistry 1990, 29, 5647-5659.
9. Lipscomb, W. N.; Strater, N. Chem. Rev. 1996, 96, 2375-2433.
10. Rajagopalan, P. T. R.; Datta, A.; Pei, D. Biochemistry 1997, 36, 13910-13918.
11. Groche, D.; Becker, A.; Schlichting, I.; Kabasch, W.; Schultz, S.; Wagner, A. F. V. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1998, 246, 342-346.
12. Rajagopalan, P. T. R.; Yu, X. C.; Pei, D. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12418-12419.
13. Rajagopalan, P. T. R.; Pei, D. J. Biol. Chem. 1998, 273, 22305-22310.
14. Meinnel, T.; Lazennec, C.; Blamquet, S. J. Mol. Biol. 1995, 254, 175-183.
15. Ragusa, S.; Blanquet, S.; Meinnel, T. J. Mol. Biol 1998, 280, 515-523.
16. Chan, M. K.; Gong, W.; Rajagopalan, P. T. R.; Hao, B.; Tsai, C. M.; Pei, D. Biochemistry 1997, 36, 13904-13909.
17. Meinnel, T.; Blanquet, S.; Dardel, F. J. Mol. Biol. 1996, 262, 375-386.
18. Groche, D.; Becker, A.; Schlichting, I.; Kabasch, W.; Schultz, S.; Wagner, A. F. V. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 1053-1058.
19. Abashkin, Y. G.; Burt, S. K.; Collins, J. R.; Cachau, R. E.; Russo, N.; Erickson, J. W. In Metal - Ligand Interactions: Structure and Reactivity; Russo, N., Salahub, D. R., Eds.; Nato Science Series 474; Kluwer: Dordrecht, The Netherlands, 1996; pp 1-22.
20. Olsen, L.; Anthony, J.; Ryde, U.; Adolph, H. W.; Hemmingsen, L. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2366-2375.
21. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
22. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
23. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
24. Hall, M. B.; Webster, C. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5820-5821.
25. Friesner, R. A.; Beachy, M. D. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 257-262.
26. Siegbahn, P. E. M.; Blomberg, M. R. A. Annu. Reu. Phys. Chem. 1999, 50, 221-249.
27. Bernardi, F.; Bottoni, A.; Casadio, R.; Fariselli, P.; Rigo, A. Int. J. Quantum Chem. 1996, 58, 109-119.
28. Bernardi, F.; Bottoni, A.; Casadio, R.; Fariselli, P.; Rigo, A. Inorg. Chem. 1996, 35, 5207-5212.
29. Flock, M.; Pieloot, K. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 95-102.
30. Lind, T.; Siegbahn, P. E. M.; Crabtree, R. H. J. Phys. Chem. 1999, 103, 1193-1202.
31. Siegbahn, P. E. M.; Blomberg, M. R. A. Chem. Rev. 2000, 100, 421-437.
32. Noodleman, L.; Lovell, T.; Han, W. G.; Li, J.; Himo, F. Chem. Rev. 2004, 104, 459-508.
33. Ditchfield, R.; Hehre, W. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1971, 54, 724-728.
34. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257-2261.
35. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Mol. Phys. 1974, 27, 209-214.
36. Gordon, M. S. Chem. Phys. Lett. 1980, 76, 163-168.
37. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 270-283.
38. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 284-298.
39. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 299-310.
40. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 55, 117-129.
41. Miertus, S.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1982, 65, 239-245.
42. Cossi, M.; Barone, V.; Commi, R.; Tomasi, J. Chem. Phys. Lett. 1996, 255, 327.
43. Barone, V.; Cossi, M.; Menucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 107, 3210-3221.
44. Bottoni, A.; Lanza, C. Z.; Mkscione, G. P.; Spinelli, D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1542-1550.
45. Rajagopalan, P. T. R.; Grimme, S.; Pei, D. Biochemistry 2000, 39, 779-790.
46. Bertini, I.; Luchinat, C. In Bioinorganic Chemistry; Bertini, I., Gray, H. B., Lippard, S. J., Valentine, J. S., Eds.; University Science Books: Mill Valley, CA, 1994.
47. Marino, T.; Russo, N.; Toscano, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4242-4253.
48. Pelmenschikov, V.; Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M. J. Biol. Inorg. Chem. 2002, 7, 284-298.
49. Jain, R.; Hao, B.; Liu, E.; Chan, M. K. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4558-4559.
50. Serero, A.; Giglione, C.; Meinnel, T. J. Mol. Biol. 2001, 314, 695-708.