Effects of the solute model and concentration on the calculated free energy of hydration in explicit solvent solution

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 30, 2004, Pages 11105-11117

  Nagy, P I ^a  

^a UNIVERSITY OF TOLEDO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; ELECTROSTATICS; FREE ENERGY; HYDRATION; MONTE CARLO METHODS; ORGANIC SOLVENTS; PERTURBATION TECHNIQUES; WATER;

POLARIZABLE CONTINUUM METHOD (PCM); RADIAL DISTRIBUTION;

ALDEHYDES;

EID: 84961974138     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp049249j     Document Type: Article

References (50)

1. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127.
2. (b) Cramer, J. C.; Trahlar, D. G. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8305.
3. Orozco, M.; Jorgensen, W. L.; Luque, F. J. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1498.
4. Carlson, H. A.; Nguyen, T. B.; Orozco, M.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1240.
5. Florian, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 10282.
6. Sandberg, L.; Casemyr, R.; Edholm, O. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 7889.
7. Curutchet, C.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G.; Ruiz-Lopez, M. F.; Rinaldi, D.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Comput. Chem. 2003, 24, 284.
8. Chipot, C. J. Comput. Chem. 2003, 24, 409.
9. (a) Onsager, L. J. Am. Chem. Soc. 1936, 58, 1486.
10. (b) Böttcher, C. J. F. Theory of Electric Polarisation; Elsevier: Amsterdam, 1952.
11. (c) Wong, M. W.; Frisch, M. J. Wiberg, K. B. J. Am. Chem. Soc. 1990, 113, 4776.
12. (d) Nagy, P. I.; Kökösi, J.; Gergely, A.; Rácz, A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 7861.
13. (a) Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 55, 117.
14. (b) Tomasi, J.; Persico, M. Chem. Rev. 1994, 94, 2027.
15. Angyan, J. J. Math. Chem. 1992, 10, 93.
16. (a) Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 1999, 99, 2161.
17. (b) Orozco, M.; Luque, F. J. Chem. Rev. 2000, 100, 4187.
18. (a) Zwanzig, R. W. J. Chem. Phys. 1952, 22, 1420.
19. (b) Jorgensen, W. L.; Ravimohan, C. J. Chem. Phys. 1985, 83, 3050.
20. Alagona, G.; Ghio, C.; Nagy, P. I. Int. J. Quantum Chem. 2004, 99, 161.
21. Foresman, J. B.; Keith, T. A.; Wiberg, K. B.; Snoonian, J.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16098.
22. Nagy, P. I.; Takács-Nov́k, K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2838.
23. Cabani, S.; Gianni, P.; Mollica, V.; Lepori, L. J. Solution Chem. 1981, 10, 563 and references therein.
24. Jorgensen, W. L. BOSS, Version 3.6. Biochemical and Organic Simulation System User's Manual; Department of Chemistry, Yale University: New Haven, CT 06520, 1995.
25. MeQuarrie, D. Statistical Mechanics; University Science Books: Sausalito, CA 2000.
26. (a) Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
27. (b) Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
28. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P. v. R.; Pople, J. A. Ab Initio Molecular Orbital Theory; Wiley: New York, 1986.
29. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al - Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, Revision A.6; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
30. Nagy, P. I. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 2659.
31. (a) Jorgensen, W. L.; Madura, J. D. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 1407.
32. (b) Jorgensen, W. L.; Swenson, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 1489.
33. (c) Jorgensen, W. L.; Gao, J. J. Phys. Chem. 1986, 90, 2174.
34. (d) Jorgensen, W. L.; Briggs, J. M.; Contreras, M. L. J. Phys. Chem. 1990, 94, 1683.
35. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
36. (a) Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657.
37. (b) Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
38. (c) Rizzo, R. C.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4827.
39. (d) Grabuleda, X.; Jaune, C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 27, 901.
40. (a) Jorgensen, W. L.; Buckner, J. K.; Boudon, S.; Tirado-Rives, J. J. Chem. Phys. 1988, 89, 3742.
41. (b) Jorgensen, W. L.; Blake, J. F.; Buckner, J. K. Chem. Phys. 1989, 129, 193.
42. Breneman, C. M.; Wiberg, K. B. J. Comput. Chem. 1990, 11, 316.
43. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 7; University of California: San Francisco, 2000.
44. (a) Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1984, 5, 129.
45. (b) Besler, B. H.; Merz, K. M.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1990, 11, 431.
46. Neumann, M. J. Chem. Phys. 1986, 85, 1567.
47. CRC Handbook of Chemistry and Physics, 84th ed.; Lide, D. R., Ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2003.
48. See, e.g.: (a) Dunn, W. J., III; Nagy, P. I. J. Phys. Chem. 1990, 94, 2099. (b) Dunn, W. J., III; Nagy, P. I. J. Comput. Chem. 1992, 13, 468. (c) Nagy, P. I.; Takács-Novák, K. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6583, and references therein.
49. See, e.g.: (a) Dunn, W. J., III; Nagy, P. I. J. Phys. Chem. 1990, 94, 2099. (b) Dunn, W. J., III; Nagy, P. I. J. Comput. Chem. 1992, 13, 468. (c) Nagy, P. I.; Takács-Novák, K. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6583, and references therein.
50. See, e.g.: (a) Dunn, W. J., III; Nagy, P. I. J. Phys. Chem. 1990, 94, 2099. (b) Dunn, W. J., III; Nagy, P. I. J. Comput. Chem. 1992, 13, 468. (c) Nagy, P. I.; Takács-Novák, K. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6583, and references therein.