Rational determination of charge distributions for free energy calculations

Journal of Computational Chemistry

Volumn 24, Issue 4, 2003, Pages 409-415

  Chipot, Christophe ^a  

^a UNIVERSITÉ DE LORRAINE   (France)

Author keywords

Electrostatic potential; Free energy calculations; Net atomic charges; Self consistent reaction field

Indexed keywords

CALCULATIONS; COMPUTER SIMULATION; ELECTROSTATICS; HYDRATION; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULES; STATISTICAL METHODS;

CHARGE DISTRIBUTIONS; ELECTROSTATIC POTENTIALS; FREE ENERGY CALCULATIONS; POLARITY; SELF CONSISTENT REACTION FIELD COMPUTATION;

FREE ENERGY;

EID: 0037341165     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.10207     Document Type: Article

References (47)

1. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem Rev 1999, 99, 2161.
2. Orozco, M.; Luque, F. J. Chem Rev 2000, 100, 4187.
3. Chipot, C.; Pearlman, D. A. Mol Simulat 2002, 28, 1.
4. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz Jr., K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. C.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179.
5. MacKerell Jr., A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack Jr., R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher III, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J Phys Chem B 1998, 102, 3586.
6. Bachrach, S. M., In Reviews in Computational Chemistry; Lipkowitz, K.; Boyd, D. B., Eds.; VCH: New York, 1994, p. 171, vol. 5.
7. Cornell, W. D.; Chipot, C., In Encyclopedia of Computational Chemistry; Schleyer, P. v. R.; Allinger, N. L.; Clark, T.; Gasteiger, J.; Kollman, P. A.; Schaefer III, H. F.; Schreiner, P. R., Eds.; Wiley and Sons: Chichester, 1998, p. 258, vol. 1.
8. Cox, S. R.; Williams, D. E. J Comput Chem 1981, 2, 304.
9. Besler, B. H.; Merz Jr., K. M.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1990, 11, 431.
10. Merz, K. M. J Comput Chem 1992, 13, 749.
11. Carlson, H. A.; Nguyen, T. B.; Orozco, M.; Jorgensen, W. L. J Comput Chem 1993, 14, 1240.
12. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. Chem Phys Lett 1974, 28, 578.
13. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J Chem Phys 1977, 66, 1402.
14. Onsager, L. J Am Chem Soc 1936, 58, 1486.
15. Ángyán, J. G. J Math Chem 1992, 10, 93.
16. Dillet, V.; Rinaldi, D.; Ángyán, J. G.; Rivail, J. L. Chem Phys Lett 1993, 202, 18.
17. Dillet, V.; Rinaldi, D.; Rivail, J. L. J Phys Chem 1994, 98, 5034.
18. Rivail, J. L.; Rinaldi, D. Chem Phys 1976, 18, 233.
19. Rinaldi, D. Comput Chem 1982, 6, 155.
20. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery Jr., J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomai, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, K.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. GAUSSIAN 98, Revision A.7; Gaussian Inc.; Pittsburgh, PA. 1999.
21. Chipot, C.; Ángyán, J. G. GRID Version 3.0: Point Multipoles Derived From Molecular Electrostatic Properties; QCPE No. 655, 1995.
22. Kollman, P. A. Chem Rev 1993, 93, 2395.
23. Kollman, P. A. Acc Chem Res 1996, 29, 461.
24. Pohorille, A.; Wilson, M. A.; Schweighofer, K.; New, M. H.; Chipot, C., In Theoretical and Computational Chemistry-Computational Molecular Biology; Leszczynski, J., Ed.; Elsevier: The Netherlands, 1999; p 485, vol. 8.
25. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Clarendon Press: Oxford, 1987.
26. Pohorille, A.; Wilson, M. A. J Mol Struct (Theochem) 1993, 284, 271.
27. Valleau, J. P.; Card, D. N. J Chem Phys 1972, 57, 5457.
28. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rsenberg, J. M. J Comput Chem 1992, 13, 1011.
29. Luque, F. J.; Bofill, J. M.; Orozco, M. J Chem Phys 1995, 103, 10183.
30. Ángyán, J. G. J Chem Phys 1997, 107, 1.
31. Luque, F. J.; Orozco, M. J Phys Chem B 1997, 101, 5573.
32. Luque, F. J.; Bofill, J. M.; Orozco, M. J Chem Phys 1997, 101, 5573.
33. Orozco, M.; Luque, F. J. Chem Phys Lett 1997, 265, 473.
34. Owenson, B.; Wilson, M. A.; New, M. H.; Couturier, R.; Rozanska, M. A.; Chipot, C.; Pohorille, A. COSMOS-A Software Package for COmputer Simulations of MOlecular Systems, NASA; Ames Research Center: Moffett Field, CA, 2001.
35. Nosé, S. Mol Phys 1984, 52, 255.
36. Hoover, W. G. Phys Rev 1985, A31, 1695.
37. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J Chem Phys 1983, 79, 926.
38. Toukmaji, A. Y.; Board Jr., J. A. Comput Phys Commun 1996, 95, 73.
39. Hine, J.; Mookerjee, P. K. J Org Chem 1975, 40, 292.
40. Wolfenden, R.; Liang, Y. L.; Matthews, M.; Williams, R. J Am Chem Soc 1987, 109, 463.
41. Jorgensen, W. L.; Nguyen, T. B. J Comput Chem 1993, 14, 195.
42. Bas, D.; Dorison-Duval, D.; Moreau, S.; Bruneau, P.; Chipot, C. J Med Chem 2002, 45, 151.
43. Hicks, J. M.; Kemnitz, K.; Eisenthal, K. B.; Heinz, T. F. J Phys Chem 1986, 90, 560.
44. Eisenthal, K. B. Acc Chem Res 1993, 26, 636.
45. Pohorille, A.; Benjamin, I. J Chem Phys 1991, 94, 5599.
46. Orozco, M.; Colominas, C.; Luque, F. J. Chem Phys 1996, 9, 209.
47. Nelson, R. D.; Lide, D. R.; Maryott, A. A. Nat Std Ref Data Ser Nat Bur Std US 1967, 10, 1.