Bayesian inference of protein ensembles from SAXS data

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 18, Issue 8, 2016, Pages 5832-5838

  Antonov, L D ^a   Olsson, S ^b,c   Boomsma, W ^a   Hamelryck, T ^a  

^a UNIVERSITY OF COPENHAGEN   (Denmark)

^b ETH ZURICH   (Switzerland)

^c INSTITUTE FOR RESEARCH IN BIOMEDICINE   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

INTRINSICALLY DISORDERED PROTEIN;

BAYES THEOREM; CHEMISTRY; MOLECULAR MODEL; PROTEIN CONFORMATION; SMALL ANGLE SCATTERING; X RAY DIFFRACTION;

BAYES THEOREM; INTRINSICALLY DISORDERED PROTEINS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; SCATTERING, SMALL ANGLE; X-RAY DIFFRACTION;

EID: 84959017968     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5cp04886a     Document Type: Article

References (54)

1. P. E. Wright H. J. Dyson J. Mol. Biol. 1999 293 321 331
2. P. Tompa Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 419 425
3. P. Tompa Nat. Chem. Biol. 2012 8 597 600
4. A. Mittal N. Lyle T. S. Harmon R. V Pappu J. Chem. Theory Comput. 2014 10 3550 3562
5. V. N. Uversky Front. Aging Neurosci. 2015 7 18
6. V. N. Uversky A. K. Dunker Biochim. Biophys. Acta 2010 1804 1231 1264
7. L. M. Iakoucheva C. J. Brown J. D. Lawson Z. Obradović A. K. Dunker J. Mol. Biol. 2002 323 573 584
8. P. Tompa P. Buzder-Lantos A. Tantos A. Farkas A. Szilágyi Z. Bánóczi F. Hudecz P. Friedrich J. Biol. Chem. 2004 279 20775 20785
9. K. Uéda H. Fukushima E. Masliah Y. Xia A. Iwai M. Yoshimoto D. A. Otero J. Kondo Y. Ihara T. Saitoh Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 11282 11286
10. K. K. Dev K. Hofele S. Barbieri V. L. Buchman H. Van Der Putten Neuropharmacology 2003 45 14 44
11. D. Schneidman-Duhovny S. J. Kim A. Sali BMC Struct. Biol. 2012 12 17
12. G. Tria H. D. T. Mertens M. Kachala D. I. Svergun IUCrJ 2015 2 207 217
13. M. Hammel Eur. Biophys. J. 2012 41 789 799
14. S. Yang Adv. Mater. 2014 26 7902 7910
15. A. Cavalli C. Camilloni M. Vendruscolo J. Chem. Phys. 2013 138 094112
16. P. Bernadó D. I. Svergun Mol. BioSyst. 2012 8 151 167
17. M. Pelikan G. L. Hura M. Hammel Gen. Physiol. Biophys. 2009 28 174 189
18. S. Yang L. Blachowicz L. Makowski B. Roux Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 15757 15762
19. E. T. Jaynes Phys. Rev. 1957 106 620 630
20. B. Rózycki Y. C. Kim G. Hummer Structure 2011 19 109 116
21. W. Y. Choy J. D. Forman-Kay J. Mol. Biol. 2001 308 1011 1032
22. J. A. Marsh C. Neale F. E. Jack W.-Y. Choy A. Y. Lee K. A. Crowhurst J. D. Forman-Kay J. Mol. Biol. 2007 367 1494 1510
23. J. A. Marsh J. D. Forman-Kay Proteins 2012 80 556 572
24. M. Krzeminski J. A. Marsh C. Neale W.-Y. Choy J. D. Forman-Kay Bioinformatics 2013 29 398 399
25. K. Berlin C. A. Castañeda D. Schneidman-Duhovny A. Sali A. Nava-Tudela D. Fushman J. Am. Chem. Soc. 2013 135 16595 16609
26. W. Boomsma J. Ferkinghoff-Borg K. Lindorff-Larsen PLoS Comput. Biol. 2014 10 e1003406
27. S. Olsson J. Frellsen W. Boomsma K. V. Mardia T. Hamelryck PLoS One 2013 8 e79439
28. S. Olsson B. R. Vögeli A. Cavalli W. Boomsma J. Ferkinghoff-Borg K. Lindorff-Larsen T. Hamelryck J. Chem. Theory Comput. 2014 10 3484 3491
29. S. Olsson D. Ekonomiuk J. Sgrignani A. Cavalli J. Am. Chem. Soc. 2015 137 6270 6278
30. J. W. Pitera J. D. Chodera J. Chem. Theory Comput. 2012 8 3445 3451
31. B. Roux J. Weare J. Chem. Phys. 2013 138 084107
32. S. Olsson A. Cavalli J. Chem. Theory Comput. 2015 11 3973 3977
33. W. Rieping M. Habeck M. Nilges Science 2005 309 303 306
34. T. Hamelryck M. Borg M. Paluszewski J. Paulsen J. Frellsen C. Andreetta W. Boomsma S. Bottaro J. Ferkinghoff-Borg PLoS One 2010 5 e13714
35. P. Diaconis S. L. Zabell J. Am. Stat. Assoc. 1982 77 822 830
36. Bayesian Methods in Structural Bioinformatics, ed., T. Hamelryck, K. Mardia, and, J. Ferkinghoff-Borg, Springer, 2012
37. A. Irbäck S. Mitternacht S. Mohanty PMC Biophys. 2009 2 2
38. P. Debye Ann. Phys. 1915 351 809 823
39. D. Waasmaier A. Kirfel Acta Crystallogr., Sect. A: Found. Crystallogr. 1995 51 416 431
40. P. McCullagh and J. A. Nelder, Generalized Linear Models, 2nd edn, Chapman & Hall, 1989
41. W. Boomsma J. Frellsen T. Harder S. Bottaro K. E. Johansson P. Tian K. Stovgaard C. Andreetta S. Olsson J. B. Valentin L. D. Antonov A. S. Christensen M. Borg J. H. Jensen K. Lindorff-Larsen J. Ferkinghoff-Borg T. Hamelryck J. Comput. Chem. 2013 34 1697 1705
42. A. N. Tikhonov Dokl. Akad. Nauk SSSR 1943 39 195 198
43. C. M. Bishop, Pattern Recognition and Machine Learning, 2006
44. D. J. Wales J. P. K. Doye J. Phys. Chem. A 1997 101 5111 5116
45. Y. G. J. Sterckx A. N. Volkov W. F. Vranken J. Kragelj M. R. Jensen L. Buts A. Garcia-Pino T. Jové L. Van Melderen M. Blackledge N. A. J. van Nuland R. Loris Structure 2014 22 854 865
46. Y. G. J. Sterckx A. Garcia-Pino S. Haesaerts T. Jové L. Geerts V. Sakellaris L. Van Melderen R. Loris Acta Crystallogr., Sect. F: Struct. Biol. Cryst. Commun. 2012 68 724 729
47. C. K. Fisher C. M. Stultz Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 426 431
48. D. Schneidman-Duhovny M. Hammel A. Sali Nucleic Acids Res. 2010 38 W540 W544
49. W. Boomsma K. V Mardia C. C. Taylor J. Ferkinghoff-Borg A. Krogh T. Hamelryck Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 8932 8937
50. T. Harder W. Boomsma M. Paluszewski J. Frellsen K. E. Johansson T. Hamelryck BMC Bioinf. 2010 11 306
51. L. Antonov, C. Andreetta and T. Hamelryck, Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms (BIOINFORMATICS 2012), 2012, pp. 102-108
52. L. D. Antonov, C. Andreetta and T. Hamelryck, in Biomedical Engineering Systems and Technologies SE-15, ed., J. Gabriel, J. Schier, S. Huffel, E. Conchon, C. Correia, A. Fred, and, H. Gamboa, Springer, Berlin, Heidelberg, 2013, vol. 357, pp. 222-235
53. J. E. Stone D. Gohara G. Shi Comput. Sci. Eng. 2010 12 66 72
54. J. M. Krieger G. Fusco M. Lewitzky P. C. Simister J. Marchant C. Camilloni S. M. Feller A. De Simone Biophys. J. 2014 106 1771 1779