Extracting Accurate Precursor Information for Tandem Mass Spectra by RawConverter

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 22, 2015, Pages 11361-11367

  He, Lin ^a   Diedrich, Jolene ^a   Chu, Yen Yin ^b   Yates, John R ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^b NATIONAL CENTRAL UNIVERSITY   (Taiwan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EXTRACTION; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES; SPECTROMETERS;

DATA EXTRACTION; DATA IDENTIFICATION; HIGH MASS ACCURACY DATUM; PRECURSOR INFORMATIONS; STAND-ALONE SOFTWARE; STATE OF THE ART; SUBSEQUENT DATA ANALYSIS; TANDEM MASS SPECTRA;

MASS SPECTROMETERS;

PEPTIDE;

MOLECULAR MODEL; PROTEIN DATABASE; SOFTWARE; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

DATABASES, PROTEIN; MODELS, MOLECULAR; PEPTIDES; SOFTWARE; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84947261742     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b02721     Document Type: Article

References (21)

1. McDonald, W. H.; Tabb, D. L.; Sadygov, R. G.; MacCoss, M. J.; Venable, J.; Graumann, J.; Johnson, J. R.; Cociorva, D.; Yates, J. R., III Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2162-2168 10.1002/rcm.1603
2. Chambers, M. C.; Maclean, B.; Burke, R.; Amodei, D.; Ruderman, D. L.; Neumann, S.; Gatto, L.; Fischer, B.; Pratt, B.; Egertson, J.; Hoff, K.; Kessner, D.; Tasman, N.; Shulman, N.; Frewen, B.; Baker, T. A.; Brusniak, M.; Paulse, C.; Creasy, D.; Flashner, L.; Kani, K.; Moulding, C.; Seymour, S. L.; Nuwaysir, L. M.; Lefebvre, B.; Kuhlmann, F.; Roark, J.; Rainer, P.; Detlev, S.; Hemenway, T.; Huhmer, A.; Langridge, J.; Connolly, B.; Chadick, T.; Holly, K.; Eckels, J.; Deutsch, E. W.; Moritz, R. L.; Katz, J. E.; Agus, D. B.; MacCoss, M. J.; Tabb, D. L.; Mallick, P. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 918-920 10.1038/nbt.2377
3. Yuan, Z. F.; Liu, C.; Wang, H. P.; Sun, R. X.; Fu, Y.; Zhang, J. F.; Wang, L. H.; Chi, H.; Li, Y.; Xiu, L. Y.; Wang, W. P.; He, S. M. Proteomics 2012, 12 (2) 226-235 10.1002/pmic.201100081
4. Hao, P.; Ren, Y.; Tam, J. P.; Sze, S. K. J. Proteome Res. 2013, 12 (12) 5548-5557 10.1021/pr4004486
5. Nassar, A. F.; Hollenberg, P.; Scatina, J. Drug metabolism handbook: concepts and applications; John Wiley and Sons: Hoboken, NJ, 2009; p 216.
6. Venable, J. D.; Dong, M. Q.; Wohlschlegel, J.; Dillin, A.; Yates, J. R., III Nat. Methods 2004, 1, 39-45 10.1038/nmeth705
7. French, W. R.; Zimmerman, L. J.; Schilling, B.; Gibson, B. W.; Miller, C. A.; Townsend, R. R.; Sherrod, S. D.; Goodwin, C. R.; McLean, J. A.; Tabb, D. L. J. Proteome Res. 2015, 14 (2) 1299-1307 10.1021/pr500886y
8. Hoopmann, M. R.; Finney, G. L.; MacCoss, M. J. Anal. Chem. 2007, 79 (15) 5620-5632 10.1021/ac0700833
9. Senko, M. W.; Beu, S. C.; McLaffertycor, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 229-233 10.1016/1044-0305(95)00017-8
10. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11 (4) 320-332 10.1016/S1044-0305(99)00157-9
11. Venable, J. D.; Xu, T.; Cociorva, D.; Yates, J. R., III Anal. Chem. 2006, 78 (6) 1921-1929 10.1021/ac051636h
12. Tsou, C. C.; Avtonomov, D.; Larsen, B.; Tucholska, M.; Choi, H.; Gingras, A. C.; Nesvizhskii, A. I. Nat. Methods 2015, 12 (3) 258-264 10.1038/nmeth.3255
13. Zhang, B.; Pirmoradian, M.; Chernobrovkin, A.; Zubarev, R. A. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13 (11) 3211-3223 10.1074/mcp.O114.038877
14. Li, H.; Hwang, K. B.; Mun, D. G.; Kim, H.; Lee, H.; Lee, S. W.; Paek, E. J. Proteome Res. 2014, 13 (7) 3488-3497 10.1021/pr500060d
15. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., III Nat. Biotechnol. 2001, 19 (3) 242-247 10.1038/85686
16. UniProt Consortium Nucleic Acids Res. 2012, 40, D71-D75 10.1093/nar/gkr981
17. Integrated Proteomics Pipeline (IP2). http://www.integratedproteomics.com/.
18. Xu, T.; Park, S. K.; Venable, J. D.; Wohlschlegel, J. A.; Diedrich, J. K.; Cociorva, D.; Lu, B.; Liao, L.; Hewel, J.; Han, X.; Wong, C. C. L.; Fonslow, B.; Delahunty, C.; Gao, Y.; Shah, H.; Yates, J. R., III J. Proteomics 2015, in press.
19. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., III J. Proteome Res. 2002, 1 (1) 21-26 10.1021/pr015504q
20. Cox, J.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2008, 26 (12) 1367-1372 10.1038/nbt.1511
21. Cox, J.; Neuhauser, N.; Michalski, A.; Scheltema, R. A.; Olsen, J. V.; Mann, M. J. Proteome Res. 2011, 10 (4) 1794-1805 10.1021/pr101065j