Multiplexed Targeted Mass Spectrometry-Based Assays for the Quantification of N-Linked Glycosite-Containing Peptides in Serum

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 21, 2015, Pages 10830-10838

  Thomas, Stefani N ^a   Harlan, Robert ^a   Chen, Jing ^a   Aiyetan, Paul ^a   Liu, Yansheng ^b   Sokoll, Lori J ^a   Aebersold, Ruedi ^b,c   Chan, Daniel W ^a   Zhang, Hui ^a  

^a JOHNS HOPKINS UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^b ETH ZURICH   (Switzerland)

^c UNIVERSITY OF ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ASSAYS; BODY FLUIDS; CHEMICAL ANALYSIS; DISEASES; GLYCOPROTEINS; MASS SPECTROMETRY; MULTIPLEXING; PEPTIDES; THROUGHPUT; UROLOGY;

ACCURATE QUANTIFICATIONS; BIOLOGICAL FUNCTIONS; NATIONAL CANCER INSTITUTE; PARALLEL REACTIONS; PERFORMANCE METRICS; PERFORMANCE PARAMETERS; PROTEIN GLYCOSYLATION; PROTEIN MODIFICATIONS;

PROTEINS;

PEPTIDE;

AGED; BLOOD; CHEMISTRY; GLYCOSYLATION; HUMAN; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MALE; MASS SPECTROMETRY; MIDDLE AGED; PROCEDURES; PROSTATE TUMOR;

AGED; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; GLYCOSYLATION; HUMANS; MALE; MASS SPECTROMETRY; MIDDLE AGED; PEPTIDES; PROSTATIC NEOPLASMS;

EID: 84946433911     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b02063     Document Type: Article

References (49)

1. Boligan, K. F.; Mesa, C.; Fernandez, L. E.; von Gunten, S. Cell. Mol. Life Sci. 2015, 72, 1231 10.1007/s00018-014-1799-5
2. Kaprio, T.; Satomaa, T.; Heiskanen, A.; Hokke, C. H.; Deelder, A. M.; Mustonen, H.; Hagstrom, J.; Carpen, O.; Saarinen, J.; Haglund, C. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 277 10.1074/mcp.M114.041632
3. Lee, J.; Kim, C.; Yang, H.; Park, I.; Oh, N.; Hua, S.; Jeong, H.; An, H.; Kim, S. C.; Lee, G. M.; Koh, G. Y.; Kim, H. M. Mol. Cancer Ther. 2015, 14, 470 10.1158/1535-7163.MCT-14-0968-T
4. Lee, L. Y.; Thaysen-Andersen, M.; Baker, M. S.; Packer, N. H.; Hancock, W. S.; Fanayan, S. J. Proteome Res. 2014, 13, 4783 10.1021/pr500331m
5. Liang, Y.; Ma, T.; Thakur, A.; Yu, H.; Gao, L.; Shi, P.; Li, X.; Ren, H.; Jia, L.; Zhang, S.; Li, Z.; Chen, M. Glycobiology 2015, 25, 331 10.1093/glycob/cwu115
6. Desiderio, D. M.; Kai, M. Biomed. Mass Spectrom. 1983, 10, 471 10.1002/bms.1200100806
7. Pan, S.; Zhang, H.; Rush, J.; Eng, J.; Zhang, N.; Patterson, D.; Comb, M. J.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 182-190 10.1074/mcp.M400161-MCP200
8. Domanski, D.; Murphy, L. C.; Borchers, C. H. Anal. Chem. 2010, 82, 5610 10.1021/ac1005553
9. Kirkpatrick, D. S.; Hathaway, N. A.; Hanna, J.; Elsasser, S.; Rush, J.; Finley, D.; King, R. W.; Gygi, S. P. Nat. Cell Biol. 2006, 8, 700 10.1038/ncb1436
10. Lange, V.; Picotti, P.; Domon, B.; Aebersold, R. Mol. Syst. Biol. 2008, 4, 222 10.1038/msb.2008.61
11. Liebler, D. C.; Zimmerman, L. J. Biochemistry 2013, 52, 3797 10.1021/bi400110b
12. Pan, S.; Aebersold, R.; Chen, R.; Rush, J.; Goodlett, D. R.; McIntosh, M. W.; Zhang, J.; Brentnall, T. A. J. Proteome Res. 2009, 8, 787 10.1021/pr800538n
13. Picotti, P.; Aebersold, R. Nat. Methods 2012, 9, 555 10.1038/nmeth.2015
14. Peterson, A. C.; Russell, J. D.; Bailey, D. J.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1475 10.1074/mcp.O112.020131
15. Gallien, S.; Duriez, E.; Crone, C.; Kellmann, M.; Moehring, T.; Domon, B. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 1709 10.1074/mcp.O112.019802
16. Gallien, S.; Bourmaud, A.; Kim, S. Y.; Domon, B. J. Proteomics 2014, 100, 147 10.1016/j.jprot.2013.10.029
17. Rodriguez, H.; Rivers, R.; Kinsinger, C.; Mesri, M.; Hiltke, T.; Rahbar, A.; Boja, E. Proteomics: Clin. Appl. 2010, 4, 904 10.1002/prca.201000057
18. Whiteaker, J. R.; Halusa, G. N.; Hoofnagle, A. N.; Sharma, V.; MacLean, B.; Yan, P.; Wrobel, J. A.; Kennedy, J.; Mani, D. R.; Zimmerman, L. J.; Meyer, M. R.; Mesri, M.; Rodriguez, H.; Paulovich, A. G. Nat. Methods 2014, 11, 703-704 10.1038/nmeth.3002
19. Addona, T. A.; Abbatiello, S. E.; Schilling, B.; Skates, S. J.; Mani, D. R.; Bunk, D. M.; Spiegelman, C. H.; Zimmerman, L. J.; Ham, A. J.; Keshishian, H.; Hall, S. C.; Allen, S.; Blackman, R. K.; Borchers, C. H.; Buck, C.; Cardasis, H. L.; Cusack, M. P.; Dodder, N. G.; Gibson, B. W.; Held, J. M.; Hiltke, T.; Jackson, A.; Johansen, E. B.; Kinsinger, C. R.; Li, J.; Mesri, M.; Neubert, T. A.; Niles, R. K.; Pulsipher, T. C.; Ransohoff, D.; Rodriguez, H.; Rudnick, P. A.; Smith, D.; Tabb, D. L.; Tegeler, T. J.; Variyath, A. M.; Vega-Montoto, L. J.; Wahlander, A.; Waldemarson, S.; Wang, M.; Whiteaker, J. R.; Zhao, L.; Anderson, N. L.; Fisher, S. J.; Liebler, D. C.; Paulovich, A. G.; Regnier, F. E.; Tempst, P.; Carr, S. A. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 633 10.1038/nbt.1546
20. Kennedy, J. J.; Abbatiello, S. E.; Kim, K.; Yan, P.; Whiteaker, J. R.; Lin, C.; Kim, J. S.; Zhang, Y.; Wang, X.; Ivey, R. G.; Zhao, L.; Min, H.; Lee, Y.; Yu, M. H.; Yang, E. G.; Lee, C.; Wang, P.; Rodriguez, H.; Kim, Y.; Carr, S. A.; Paulovich, A. G. Nat. Methods 2014, 11, 149-155 10.1038/nmeth.2763
21. Carr, S. A.; Abbatiello, S. E.; Ackermann, B. L.; Borchers, C.; Domon, B.; Deutsch, E. W.; Grant, R. P.; Hoofnagle, A. N.; Huttenhain, R.; Koomen, J. M.; Liebler, D. C.; Liu, T.; MacLean, B.; Mani, D. R.; Mansfield, E.; Neubert, H.; Paulovich, A. G.; Reiter, L.; Vitek, O.; Aebersold, R.; Anderson, L.; Bethem, R.; Blonder, J.; Boja, E.; Botelho, J.; Boyne, M.; Bradshaw, R. A.; Burlingame, A. L.; Chan, D.; Keshishian, H.; Kuhn, E.; Kinsinger, C.; Lee, J. S.; Lee, S. W.; Moritz, R.; Oses-Prieto, J.; Rifai, N.; Ritchie, J.; Rodriguez, H.; Srinivas, P. R.; Townsend, R. R.; Van Eyk, J.; Whiteley, G.; Wiita, A.; Weintraub, S. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 907 10.1074/mcp.M113.036095
22. Dube, D. H.; Bertozzi, C. R. Nat. Rev. Drug Discovery 2005, 4, 477 10.1038/nrd1751
23. Kim, Y. S.; Hwang, S. Y.; Oh, S.; Sohn, H.; Kang, H. Y.; Lee, J. H.; Cho, E. W.; Kim, J. Y.; Yoo, J. S.; Kim, N. S.; Kim, C. H.; Miyoshi, E.; Taniguchi, N.; Ko, J. H. Proteomics 2004, 4, 3353 10.1002/pmic.200401026
24. Drake, P. M.; Schilling, B.; Niles, R. K.; Prakobphol, A.; Li, B.; Jung, K.; Cho, W.; Braten, M.; Inerowicz, H. D.; Williams, K.; Albertolle, M.; Held, J. M.; Iacovides, D.; Sorensen, D. J.; Griffith, O. L.; Johansen, E.; Zawadzka, A. M.; Cusack, M. P.; Allen, S.; Gormley, M.; Hall, S. C.; Witkowska, H. E.; Gray, J. W.; Regnier, F.; Gibson, B. W.; Fisher, S. J. J. Proteome Res. 2012, 11, 2508 10.1021/pr201206w
25. Drake, P. M.; Schilling, B.; Niles, R. K.; Braten, M.; Johansen, E.; Liu, H.; Lerch, M.; Sorensen, D. J.; Li, B.; Allen, S.; Hall, S. C.; Witkowska, H. E.; Regnier, F. E.; Gibson, B. W.; Fisher, S. J. Anal. Biochem. 2011, 408, 71 10.1016/j.ab.2010.08.010
26. Chambers, A. G.; Percy, A. J.; Simon, R.; Borchers, C. H. Expert Rev. Proteomics 2014, 11, 137 10.1586/14789450.2014.877346
27. Garbis, S. D.; Townsend, P. A. Expert Rev. Proteomics 2013, 10, 337 10.1586/14789450.2013.827408
28. Huijbers, A.; Velstra, B.; Dekker, T. J.; Mesker, W. E.; van der Burgt, Y. E.; Mertens, B. J.; Deelder, A. M.; Tollenaar, R. A. Int. J. Mol. Sci. 2010, 11, 4175 10.3390/ijms11114175
29. Pin, E.; Fredolini, C.; Petricoin, E. F., 3rd Clin. Biochem. 2013, 46, 524 10.1016/j.clinbiochem.2012.12.012
30. Meany, D. L.; Chan, D. W. Clin Proteomics 2011, 8, 7 10.1186/1559-0275-8-7
31. Zhang, H.; Chan, D. W. Cancer Epidemiol., Biomarkers Prev. 2007, 16, 1915 10.1158/1055-9965.EPI-07-0420
32. Siegel, R.; Ma, J.; Zou, Z.; Jemal, A. Ca-Cancer J. Clin. 2014, 64, 9 10.3322/caac.21208
33. Andriole, G. L.; Crawford, E. D.; Grubb, R. L., 3rd; Buys, S. S.; Chia, D.; Church, T. R.; Fouad, M. N.; Gelmann, E. P.; Kvale, P. A.; Reding, D. J.; Weissfeld, J. L.; Yokochi, L. A.; O'Brien, B.; Clapp, J. D.; Rathmell, J. M.; Riley, T. L.; Hayes, R. B.; Kramer, B. S.; Izmirlian, G.; Miller, A. B.; Pinsky, P. F.; Prorok, P. C.; Gohagan, J. K.; Berg, C. D. N. Engl. J. Med. 2009, 360, 1310 10.1056/NEJMoa0810696
34. Chen, J.; Xi, J.; Tian, Y.; Bova, G. S.; Zhang, H. Proteomics 2013, 13, 2268 10.1002/pmic.201200541
35. Tian, Y.; Bova, G. S.; Zhang, H. Anal. Chem. 2011, 83, 7013 10.1021/ac200815q
36. Zhang, H.; Li, X. J.; Martin, D. B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 660 10.1038/nbt827
37. Chen, J.; Shah, P.; Zhang, H. Anal. Chem. 2013, 85, 10670 10.1021/ac401812b
38. Lavagnini, I.; Magno, F. Mass Spectrom. Rev. 2007, 26, 1 10.1002/mas.20100
39. MacLean, B.; Tomazela, D. M.; Shulman, N.; Chambers, M.; Finney, G. L.; Frewen, B.; Kern, R.; Tabb, D. L.; Liebler, D. C.; MacCoss, M. J. Bioinformatics 2010, 26, 966 10.1093/bioinformatics/btq054
40. Abbatiello, S. E.; Mani, D. R.; Keshishian, H.; Carr, S. A. Clin. Chem. 2010, 56, 291 10.1373/clinchem.2009.138420
41. Choi, M.; Chang, C. Y.; Clough, T.; Broudy, D.; Killeen, T.; MacLean, B.; Vitek, O. Bioinformatics 2014, 30, 2524 10.1093/bioinformatics/btu305
42. Reiter, L.; Rinner, O.; Picotti, P.; Huttenhain, R.; Beck, M.; Brusniak, M. Y.; Hengartner, M. O.; Aebersold, R. Nat. Methods 2011, 8, 430 10.1038/nmeth.1584
43. Verbeken, M.; Wynendaele, E.; Lefebvre, R. A.; Goossens, E.; Spiegeleer, B. D. Anal. Biochem. 2012, 421, 547 10.1016/j.ab.2011.09.031
44. Shang, Z.; Cai, Q.; Zhang, M.; Zhu, S.; Ma, Y.; Sun, L.; Jiang, N.; Tian, J.; Niu, X.; Chen, J.; Sun, Y.; Niu, Y. Oncotarget 2015, 6, 1202-1216 10.18632/oncotarget.2841
45. Liu, Y.; Chen, Z.; Niu, N.; Chang, Q.; Deng, R.; Korteweg, C.; Gu, J. Prostate 2012, 72, 690 10.1002/pros.21476
46. Jayapalan, J. J.; Ng, K. L.; Shuib, A. S.; Razack, A. H.; Hashim, O. H. Electrophoresis 2013, 34, 1663 10.1002/elps.201200583
47. Song, J.; Patel, M.; Rosenzweig, C. N.; Chan-Li, Y.; Sokoll, L. J.; Fung, E. T.; Choi-Miura, N. H.; Goggins, M.; Chan, D. W.; Zhang, Z. Clin. Chem. 2006, 52, 1045 10.1373/clinchem.2005.065722
48. Andreeva, A. V.; Kutuzov, M. A. Genes, Chromosomes Cancer 2010, 49, 775 10.1002/gcc.20787
49. Paik, Y. K.; Hancock, W. S. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 1065 10.1038/nbt.2416