Redefining the Breast Cancer Exosome Proteome by Tandem Mass Tag Quantitative Proteomics and Multivariate Cluster Analysis

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 20, 2015, Pages 10462-10469

  Clark, David J ^a,b   Fondrie, William E ^b,c   Liao, Zhongping ^d   Hanson, Phyllis I ^e   Fulton, Amy ^b   Mao, Li ^a,b   Yang, Austin J ^b  

^a UNIVERSITY OF MARYLAND DENTAL SCHOOL   (United States)

^b UNIVERSITY OF MARYLAND   (United States)

^c UNIVERSITY OF MARYLAND SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^d ELI LILLY AND COMPANY   (United States)

^e WASHINGTON UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CLUSTER ANALYSIS; DIAGNOSIS; DISEASES; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; MULTIVARIANT ANALYSIS; PELLETIZING; SUPPORT VECTOR MACHINES;

BREAST CANCER DIAGNOSIS; CONDITIONED MEDIAS; DIAGNOSTIC TOOLS; DISEASE PROGRESSION; EXTRACELLULAR ENVIRONMENTS; MULTIPLE CELL TYPES; MULTIVARIATE CLUSTER ANALYSIS; QUANTITATIVE PROTEOMICS;

PROTEINS;

PROTEOME;

BREAST NEOPLASMS; CHEMISTRY; CLUSTER ANALYSIS; EXOSOME; FEMALE; HUMAN; MULTIVARIATE ANALYSIS; PATHOLOGY; PROTEOMICS; SECRETION (PROCESS); TANDEM MASS SPECTROMETRY; TUMOR CELL CULTURE;

BREAST NEOPLASMS; CLUSTER ANALYSIS; EXOSOMES; FEMALE; HUMANS; MULTIVARIATE ANALYSIS; PROTEOME; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TUMOR CELLS, CULTURED;

EID: 84945318776     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b02586     Document Type: Article

References (42)

1. Fevrier, B.; Raposo, G. Curr. Opin. Cell Biol. 2004, 16, 415-421 10.1016/j.ceb.2004.06.003
2. Wollert, T.; Hurley, J. J. Nature 2010, 464 (7290) 864-869 10.1038/nature08849
3. Hurley, J. H.; Hanson, P. I. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010, 11 (8) 556-566 10.1038/nrm2937
4. Baietti, M. F.; Zhang, Z.; Mortier, E.; Melchior, A.; Degeest, G.; Geeraerts, A.; Ivarsson, Y.; Depoortere, F.; Coomans, C.; Vermeiren, E.; Zimmermann, P.; David, G. Nat. Cell Biol. 2012, 14 (7) 677-685 10.1038/ncb2502
5. Ostrowski, M.; Carmo, N. B.; Krumeich, S.; Fanget, I.; Raposo, G.; Savina, A.; Moita, C. F.; Schauer, K.; Hume, A. N.; Freitas, R. P.; Goud, B.; Benaroch, P.; Hacohen, N.; Fukuda, M.; Desnos, C.; Seabra, M. C.; Darchen, F.; Amigorena, S.; Moita, L. F.; Thery, C. Nat. Cell Biol. 2010, 12 (1) 19-30 10.1038/ncb2000
6. Yu, X.; Harris, S. L.; Levine, A. J. Cancer Res. 2006, 66 (9) 4795-4801 10.1158/0008-5472.CAN-05-4579
7. Lespagnol, a; Duflaut, D.; Beekman, C.; Blanc, L.; Fiucci, G.; Marine, J.-C.; Vidal, M.; Amson, R.; Telerman, a. Cell Death Differ. 2008, 15, 1723-1733 10.1038/cdd.2008.104
8. King, H. W.; Michael, Z. M.; Gleadle, J. M. BMC Cancer 2012, 12, 421 10.1186/1471-2407-12-421
9. Thompson, C. A.; Purushothaman, A.; Ramani, V. C.; Vlodavsky, I.; Sanderson, R. D. J. Biol. Chem. 2013, 288 (14) 10093-10099 10.1074/jbc.C112.444562
10. Trajkovic, K.; Hsu, C.; Chianta, S.; Rajendran, L.; Wenzel, D.; Wieland, F.; Schwille, P.; Brugger, B.; Simons, M. Science (Washington, DC, U. S.) 2008, 319 (5867) 1244-1247 10.1126/science.1153124
11. Parolini, I.; Federici, C.; Raggi, C.; Lugini, L.; Palleschi, S.; De Milito, A.; Coscia, C.; Iessi, E.; Logozzi, M.; Molinari, A.; Colone, M.; Tatti, M.; Sargiacomo, M.; Fais, S. J. Biol. Chem. 2009, 284 (49) 34211-34222 10.1074/jbc.M109.041152
12. Ge, R.; Tan, E.; Sharghi-Namini, S.; Asada, H. H. Cancer Microenviron. 2012, 5, 323-332 10.1007/s12307-012-0110-2
13. Andre, F.; Schartz, N. E. C.; Movassagh, M.; Flament, C.; Pautier, P.; Morice, P.; Pomel, C.; Lhomme, C.; Escudier, B.; Le Chevalier, T.; Tursz, T.; Amigorena, S.; Raposo, G.; Angevin, E.; Zitvogel, L. Lancet 2002, 360 (9329) 295-305 10.1016/S0140-6736(02)09552-1
14. Vlassov, A. V.; Magdaleno, S.; Setterquist, R.; Conrad, R. Biochim. Biophys. Acta, Gen. Subj. 2012, 1820 (7) 940-948 10.1016/j.bbagen.2012.03.017
15. Kruger, S.; Elmageed, Z.; Hawke, D. H.; Worner, P. M.; Jansen, D. A.; Abdel-Mageed, A. B.; Alt, E. U.; Izadpanah, R. BMC Cancer 2014, 14, 44 10.1186/1471-2407-14-44
16. Palazzolo, G.; Albanese, N. N.; Di Cara, G.; Gygax, D.; Vittorelli, M. L.; Pucci-Minafra, I. Anticancer Res. 2012, 32, 847-860
17. Ji, H.; Greening, D. W.; Barnes, T. W.; Lim, J. W.; Tauro, B. J.; Rai, A.; Xu, R.; Adda, C.; Mathivanan, S.; Zhao, W.; Xue, Y.; Xu, T.; Zhu, H.-J.; Simpson, R. J. Proteomics 2013, 13 (10-11) 1672-1686 10.1002/pmic.201200562
18. Liang, B.; Peng, P.; Chen, S.; Li, L.; Zhang, M.; Cao, D.; Yang, J.; Li, H.; Gui, T.; Li, X.; Shen, K. J. Proteomics 2013, 80, 171-182 10.1016/j.jprot.2012.12.029
19. Xiao, D.; Ohlendorf, J.; Chen, Y.; Taylor, D. D.; Rai, S. N.; Waigel, S.; Zacharias, W.; Hao, H.; McMasters, K. M. PLoS One 2012, 7 (10) e46874 10.1371/journal.pone.0046874
20. Welton, J. L.; Khanna, S.; Giles, P. J.; Brennan, P.; Brewis, I. A.; Staffurth, J.; Mason, M. D.; Clayton, A. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9 (6) 1324-1338 10.1074/mcp.M000063-MCP201
21. Simpson, R. J.; Jensen, S. S.; Lim, J. W. E. Proteomics 2008, 8 (19) 4083-4099 10.1002/pmic.200800109
22. Marelli, M.; Smith, J. J.; Jung, S.; Yi, E.; Nesvizhskii, A. I.; Christmas, R. H.; Saleem, R. A.; Tam, Y. Y. C.; Fagarasanu, A.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Rachubinski, R. A.; Aitchison, J. D. J. Cell Biol. 2004, 167 (6) 1099-1112 10.1083/jcb.200404119
23. Dunkley, T. P. J.; Hester, S.; Shadforth, I. P.; Runions, J.; Weimar, T.; Hanton, S. L.; Griffin, J. L.; Bessant, C.; Brandizzi, F.; Hawes, C.; Watson, R. B.; Dupree, P.; Lilley, K. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103 (17) 6518-6523 10.1073/pnas.0506958103
24. Jung, S.; Smith, J. J.; von Haller, P. D.; Dilworth, D. J.; Sitko, K. A.; Miller, L. R.; Saleem, R. A.; Goodlett, D. R.; Aitchison, J. D. Mol. Cell. Proteomics 2013, 12 (5) 1421-1435 10.1074/mcp.O112.019166
25. Breckels, L. M.; Gatto, L.; Christoforou, a; Groen, a J.; Lilley, K. S.; Trotter, M. W. B. J. Proteomics 2013, 88, 129-140 10.1016/j.jprot.2013.02.019
26. Tauro, B. J.; Greening, D. W.; Mathias, R. a.; Ji, H.; Mathivanan, S.; Scott, A. M.; Simpson, R. J. Methods 2012, 56 (2) 293-304 10.1016/j.ymeth.2012.01.002
27. Schröder, M.; Schäfer, R.; Friedl, P. Anal. Biochem. 1997, 244 (1993) 174-176 10.1006/abio.1996.9861
28. Erde, J.; Loo, R. R. O.; Loo, J. a. J. Proteome Res. 2014, 13, 1885-1895 10.1021/pr4010019
29. Wis̈niewski, J. R.; Zougman, A.; Mann, M. J. Proteome Res. 2009, 8 (12) 5674-5678 10.1021/pr900748n
30. Liao, Z.; Wan, Y.; Thomas, S. N.; Yang, A. J. Anal. Chem. 2012, 84 (10) 4535-4543 10.1021/ac300510t
31. Chambers, M. C.; Maclean, B.; Burke, R.; Amodei, D.; Ruderman, D. L.; Neumann, S.; Gatto, L.; Fischer, B.; Pratt, B.; Egertson, J.; Hoff, K.; Kessner, D.; Tasman, N.; Shulman, N.; Frewen, B.; Baker, T. A.; Brusniak, M. Y.; Paulse, C.; Creasy, D.; Flashner, L.; Kani, K.; Moulding, C.; Seymour, S. L.; Nuwaysir, L. M.; Lefebvre, B.; Kuhlmann, F.; Roark, J.; Rainer, P.; Detlev, S.; Hemenway, T.; Huhmer, A.; Langridge, J.; Connolly, B.; Chadick, T.; Holly, K.; Eckels, J.; Deutsch, E. W.; Moritz, R. L.; Katz, J. E.; Agus, D. B.; MacCoss, M.; Tabb, D. L.; Mallick, P. Nat. Biotechnol. 2012, 30 (10) 918-920 10.1038/nbt.2377
32. Eng, J. K.; Jahan, T. A.; Hoopmann, M. R. Proteomics 2013, 13 (1) 22-24 10.1002/pmic.201200439
33. Gatto, L.; Breckels, L. M.; Burger, T.; Nightingale, D. J.; Groen, A. J.; Campbell, C.; Nikolovski, N.; Mulvey, C. M.; Christoforou, A.; Ferro, M.; Lilley, K. S. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13 (8) 1937-1952 10.1074/mcp.M113.036350
34. Gatto, L.; Breckels, L. M.; Wieczorek, S.; Burger, T.; Lilley, K. S. Bioinformatics 2014, 30 (9) 1322-1324 10.1093/bioinformatics/btu013
35. Vizcaíno, J.; Deutsch, E.; Wang, R. Nat. Biotechnol. 2014, 32 (3) 223-226 10.1038/nbt.2839
36. Thery, C.; Amigorena, S.; Raposo, G.; Clayton, A. Curr. Protoc. Cell Biol. 2006, 3.22 10.1002/0471143030.cb0322s30
37. Mathivanan, S.; Simpson, R. J. Proteomics 2009, 9 (21) 4997-5000 10.1002/pmic.200900351
38. Simpson, R. J.; Lim, J. W. E.; Moritz, R. J.; Mathivana, S. Expert Rev. Proteomics 2009, 6 (3) 267-283 10.1586/epr.09.17
39. Taylor, D. D.; Shah, S. Methods 2015, 1-8 10.1016/j.ymeth.2015.02.019
40. Christoforou, A. L.; Lilley, K. S. Anal. Bioanal. Chem. 2012, 404, 1029-1037 10.1007/s00216-012-6012-9
41. Rappa, G.; Mercapide, J.; Anzanello, F.; Pope, R. M.; Lorico, A. Mol. Cancer 2013, 12, 62 10.1186/1476-4598-12-62
42. Lobb, R. J.; Becker, M.; Wen Wen, S.; Wong, C. S. F.; Wiegmans, A. P.; Leimgruber, A.; Möller, A. J. Extracell. Vesicles 2015, 4, 27031 10.3402/jev.v4.27031