-
1
-
-
60149099385
-
-
Ponting, C. P.; Oliver, P. L.; Reik, W. Cell 2009, 136, 629-641
-
(2009)
Cell
, vol.136
, pp. 629-641
-
-
Ponting, C.P.1
Oliver, P.L.2
Reik, W.3
-
3
-
-
79953089167
-
-
Siomi, M. C.; Sato, K.; Pezic, D.; Aravin, A. a. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2011, 12, 246-258
-
(2011)
Nat. Rev. Mol. Cell Biol.
, vol.12
, pp. 246-258
-
-
Siomi, M.C.1
Sato, K.2
Pezic, D.3
Aravin, A.A.4
-
6
-
-
38049151100
-
-
Strobel, E.; Seeling, K.; Tebbe, C. C. Env. Microbiol 2008, 10, 483-496
-
(2008)
Env. Microbiol
, vol.10
, pp. 483-496
-
-
Strobel, E.1
Seeling, K.2
Tebbe, C.C.3
-
12
-
-
84883164802
-
-
Laing, C.; Jung, S.; Kim, N.; Elmetwaly, S.; Zahran, M.; Schlick, T. PLoS One 2013, 8, e71947
-
(2013)
PLoS One
, vol.8
, pp. e71947
-
-
Laing, C.1
Jung, S.2
Kim, N.3
Elmetwaly, S.4
Zahran, M.5
Schlick, T.6
-
13
-
-
34147104014
-
-
Shapiro, B. A.; Yingling, Y. G.; Kasprzak, W.; Bindewald, E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 157-165
-
(2007)
Curr. Opin. Struct. Biol.
, vol.17
, pp. 157-165
-
-
Shapiro, B.A.1
Yingling, Y.G.2
Kasprzak, W.3
Bindewald, E.4
-
15
-
-
84923602610
-
-
Xu, X.; Zhao, P.; Chen, S.-J. PLoS One 2014, 9, e107504
-
(2014)
PLoS One
, vol.9
, pp. e107504
-
-
Xu, X.1
Zhao, P.2
Chen, S.-J.3
-
17
-
-
0037102491
-
-
Leontis, N. B.; Stombaugh, J.; Westhof, E. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 3497-3531
-
(2002)
Nucleic Acids Res.
, vol.30
, pp. 3497-3531
-
-
Leontis, N.B.1
Stombaugh, J.2
Westhof, E.3
-
19
-
-
48249117491
-
-
Bowman, G. R.; Huang, X.; Yao, Y.; Sun, J.; Carlsson, G.; Guibas, L. J.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 9676-9687
-
(2008)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.130
, pp. 9676-9687
-
-
Bowman, G.R.1
Huang, X.2
Yao, Y.3
Sun, J.4
Carlsson, G.5
Guibas, L.J.6
Pande, V.S.7
-
20
-
-
36749052211
-
-
Zhuang, Z.; Jaeger, L.; Shea, J.-E. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 6995-7002
-
(2007)
Nucleic Acids Res.
, vol.35
, pp. 6995-7002
-
-
Zhuang, Z.1
Jaeger, L.2
Shea, J.-E.3
-
21
-
-
84920168531
-
-
Chakraborty, D.; Collepardo-Guevara, R.; Wales, D. J. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 18052-18061
-
(2014)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.136
, pp. 18052-18061
-
-
Chakraborty, D.1
Collepardo-Guevara, R.2
Wales, D.J.3
-
22
-
-
79955684843
-
-
Zhang, Y.; Zhang, J.; Wang, W. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 6882-6885
-
(2011)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.133
, pp. 6882-6885
-
-
Zhang, Y.1
Zhang, J.2
Wang, W.3
-
23
-
-
84874539246
-
-
He, Y.; Maciejczyk, M.; M.Odziej, S.; Scheraga, H. A.; Liwo, A.; Maciejczyk, M.; Ołdziej, S. Phys. Rev. Lett. 2013, 110, 098101
-
(2013)
Phys. Rev. Lett.
, vol.110
, pp. 098101
-
-
He, Y.1
Maciejczyk, M.2
Odziej, S.M.3
Scheraga, H.A.4
Liwo, A.5
Maciejczyk, M.6
Ołdziej, S.7
-
26
-
-
70350462752
-
-
Cho, S. S.; Pincus, D. L.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 17349-17354
-
(2009)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.106
, pp. 17349-17354
-
-
Cho, S.S.1
Pincus, D.L.2
Thirumalai, D.3
-
27
-
-
77949889822
-
-
Morriss-Andrews, A.; Rottler, J.; Plotkin, S. S. J. Chem. Phys. 2010, 132, 35105
-
(2010)
J. Chem. Phys.
, vol.132
, pp. 35105
-
-
Morriss-Andrews, A.1
Rottler, J.2
Plotkin, S.S.3
-
28
-
-
84903139508
-
-
Sulc, P.; Romano, F.; Ouldridge, T. E.; Doye, J. P. K.; Louis, A. A. J. Chem. Phys. 2014, 140, 235102
-
(2014)
J. Chem. Phys.
, vol.140
, pp. 235102
-
-
Sulc, P.1
Romano, F.2
Ouldridge, T.E.3
Doye, J.P.K.4
Louis, A.A.5
-
29
-
-
77958490892
-
-
Xia, Z.; Gardner, D. P.; Gutell, R. R.; Ren, P. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 13497-13506
-
(2010)
J. Phys. Chem. B
, vol.114
, pp. 13497-13506
-
-
Xia, Z.1
Gardner, D.P.2
Gutell, R.R.3
Ren, P.4
-
30
-
-
84930226610
-
-
Cragnolini, T.; Derreumaux, P.; Pasquali, S. J. Phys.: Condens. Matter 2015, 27, 233102
-
(2015)
J. Phys.: Condens. Matter
, vol.27
, pp. 233102
-
-
Cragnolini, T.1
Derreumaux, P.2
Pasquali, S.3
-
31
-
-
69149104281
-
-
Chen, G.; Chang, K.-Y.; Chou, M.-Y.; Bustamante, C.; Tinoco, I.; Tinoco, I., Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 12706-12711
-
(2009)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.106
, pp. 12706-12711
-
-
Chen, G.1
Chang, K.-Y.2
Chou, M.-Y.3
Bustamante, C.4
Tinoco, I.5
Tinoco, I.6
-
32
-
-
79956308287
-
-
Das, R. PLoS One 2011, 6, e20044
-
(2011)
PLoS One
, vol.6
, pp. e20044
-
-
Das, R.1
-
33
-
-
83755161838
-
-
Biyun, S.; Cho, S. S.; Thirumalai, D. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 20634-20643
-
(2011)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.133
, pp. 20634-20643
-
-
Biyun, S.1
Cho, S.S.2
Thirumalai, D.3
-
35
-
-
84880152678
-
-
Cragnolini, T.; Derreumaux, P.; Pasquali, S. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 8047-8060
-
(2013)
J. Phys. Chem. B
, vol.117
, pp. 8047-8060
-
-
Cragnolini, T.1
Derreumaux, P.2
Pasquali, S.3
-
36
-
-
44149101971
-
-
Ding, F.; Sharma, S.; Chalasani, P.; Demidov, V. V.; Broude, N. E.; Dokholyan, N. V. RNA 2008, 14, 1164-1173
-
(2008)
RNA
, vol.14
, pp. 1164-1173
-
-
Ding, F.1
Sharma, S.2
Chalasani, P.3
Demidov, V.V.4
Broude, N.E.5
Dokholyan, N.V.6
-
37
-
-
43749124906
-
-
Martinez, H. M.; Maizel, J. V.; Shapiro, B. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 2008, 25, 669-683
-
(2008)
J. Biomol. Struct. Dyn.
, vol.25
, pp. 669-683
-
-
Martinez, H.M.1
Maizel, J.V.2
Shapiro, B.A.3
-
38
-
-
43449137856
-
-
Sponer, J.; Riley, K. E.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 2595-2610
-
(2008)
Phys. Chem. Chem. Phys.
, vol.10
, pp. 2595-2610
-
-
Sponer, J.1
Riley, K.E.2
Hobza, P.3
-
39
-
-
75649121122
-
-
Svozil, D.; Hobza, P.; Sponer, J. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1191-1203
-
(2010)
J. Phys. Chem. B
, vol.114
, pp. 1191-1203
-
-
Svozil, D.1
Hobza, P.2
Sponer, J.3
-
40
-
-
84862592400
-
-
Bowman, J. C.; Lenz, T. K.; Hud, N. V.; Williams, L. D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2012, 22, 262-272
-
(2012)
Curr. Opin. Struct. Biol.
, vol.22
, pp. 262-272
-
-
Bowman, J.C.1
Lenz, T.K.2
Hud, N.V.3
Williams, L.D.4
-
41
-
-
50649115798
-
-
Li, P. T. X.; Vieregg, J.; Tinoco, I. Annu. Rev. Biochem. 2008, 77, 77-100
-
(2008)
Annu. Rev. Biochem.
, vol.77
, pp. 77-100
-
-
Li, P.T.X.1
Vieregg, J.2
Tinoco, I.3
-
43
-
-
79952091255
-
-
Ouldridge, T. E.; Louis, A. a.; Doye, J. P. K. J. Chem. Phys. 2011, 134, 085101
-
(2011)
J. Chem. Phys.
, vol.134
, pp. 085101
-
-
Ouldridge, T.E.1
Lavender, C.A.2
Doye, J.P.K.3
-
45
-
-
34548809141
-
-
Maupetit, J.; Tuffery, P.; Derreumaux, P. Proteins 2007, 69, 394-408
-
(2007)
Proteins
, vol.69
, pp. 394-408
-
-
Maupetit, J.1
Tuffery, P.2
Derreumaux, P.3
-
46
-
-
0038606979
-
-
Gan, H. H.; Pasquali, S.; Schlick, T. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 2926-2943
-
(2003)
Nucleic Acids Res.
, vol.31
, pp. 2926-2943
-
-
Gan, H.H.1
Pasquali, S.2
Schlick, T.3
-
47
-
-
14844362993
-
-
Pasquali, S.; Gan, H. H.; Schlick, T. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 1384-1398
-
(2005)
Nucleic Acids Res.
, vol.33
, pp. 1384-1398
-
-
Pasquali, S.1
Gan, H.H.2
Schlick, T.3
-
48
-
-
0027992843
-
-
Serra, M. J.; Axenson, T. J.; Turner, D. H. Biochemistry 1994, 33, 14289-14296
-
(1994)
Biochemistry
, vol.33
, pp. 14289-14296
-
-
Serra, M.J.1
Axenson, T.J.2
Turner, D.H.3
-
49
-
-
33750214512
-
-
Lu, Z. J.; Turner, D. H.; Mathews, D. H. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 4912-4924
-
(2006)
Nucleic Acids Res.
, vol.34
, pp. 4912-4924
-
-
Lu, Z.J.1
Turner, D.H.2
Mathews, D.H.3
-
50
-
-
79955916635
-
-
Spill, Y. G.; Pasquali, S.; Derreumaux, P. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1502-1510
-
(2011)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.7
, pp. 1502-1510
-
-
Spill, Y.G.1
Pasquali, S.2
Derreumaux, P.3
-
51
-
-
84902206128
-
-
Sterpone, F.; Melchionna, S.; Tuffery, P.; Pasquali, S.; Mousseau, N.; Cragnolini, T.; Chebaro, Y.; St-Pierre, J.-F.; Kalimeri, M.; Barducci, A.; Laurin, Y.; Tek, A.; Baaden, M.; Nguyen, P. H.; Derreumaux, P. Chem. Soc. Rev. 2014, 43, 4871-4893
-
(2014)
Chem. Soc. Rev.
, vol.43
, pp. 4871-4893
-
-
Sterpone, F.1
Melchionna, S.2
Tuffery, P.3
Pasquali, S.4
Mousseau, N.5
Cragnolini, T.6
Chebaro, Y.7
St-Pierre, J.-F.8
Kalimeri, M.9
Barducci, A.10
Laurin, Y.11
Tek, A.12
Baaden, M.13
Nguyen, P.H.14
Derreumaux, P.15
-
52
-
-
33646018057
-
-
Nonin-Lecomte, S.; Felden, B.; Dardel, F. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 1847-1853
-
(2006)
Nucleic Acids Res.
, vol.34
, pp. 1847-1853
-
-
Nonin-Lecomte, S.1
Felden, B.2
Dardel, F.3
-
53
-
-
0037007108
-
-
Egli, M.; Minasov, G.; Su, L.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 4302-4307
-
(2002)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.99
, pp. 4302-4307
-
-
Egli, M.1
Minasov, G.2
Su, L.3
Rich, A.4
-
54
-
-
33947398571
-
-
Chodera, J. D.; Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Seok, C.; Dill, K. A. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 26-41
-
(2007)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.3
, pp. 26-41
-
-
Chodera, J.D.1
Swope, W.C.2
Pitera, J.W.3
Seok, C.4
Dill, K.A.5
-
56
-
-
0032511143
-
-
Theimer, C. A.; Wang, Y.; Hoffman, D. W.; Krisch, H. M.; Giedroc, D. P. J. Mol. Biol. 1998, 279, 545-564
-
(1998)
J. Mol. Biol.
, vol.279
, pp. 545-564
-
-
Theimer, C.A.1
Wang, Y.2
Hoffman, D.W.3
Krisch, H.M.4
Giedroc, D.P.5
-
57
-
-
56949105325
-
-
Kim, N.-K.; Zhang, Q.; Zhou, J.; Theimer, C. A.; Peterson, R. D.; Feigon, J. J. Mol. Biol. 2008, 384, 1249-1261
-
(2008)
J. Mol. Biol.
, vol.384
, pp. 1249-1261
-
-
Kim, N.-K.1
Zhang, Q.2
Zhou, J.3
Theimer, C.A.4
Peterson, R.D.5
Feigon, J.6
-
58
-
-
14644435818
-
-
Theimer, C. A.; Blois, C. A.; Feigon, J. Mol. Cell 2005, 17, 671-682
-
(2005)
Mol. Cell
, vol.17
, pp. 671-682
-
-
Theimer, C.A.1
Blois, C.A.2
Feigon, J.3
-
59
-
-
0347364655
-
-
Xayaphoummine, A.; Bucher, T.; Thalmann, F.; Isambert, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15310-15315
-
(2003)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.100
, pp. 15310-15315
-
-
Xayaphoummine, A.1
Bucher, T.2
Thalmann, F.3
Isambert, H.4
-
60
-
-
84883563787
-
-
Bellaousov, S.; Reuter, J. S.; Seetin, M. G.; Mathews, D. H. Nucleic Acids Res. 2013, 41, W471-W474
-
(2013)
Nucleic Acids Res.
, vol.41
, pp. W471-W474
-
-
Bellaousov, S.1
Reuter, J.S.2
Seetin, M.G.3
Mathews, D.H.4
-
61
-
-
78049458920
-
-
Lecture Notes in Computer Science. In; Moulton, V. Singh, M. Springer: Berlin Heidelberg, Vol. LNBI
-
Theis, C.; Janssen, S.; Giegerich, R. Lecture Notes in Computer Science. In Lect. Notes Comput. Sci. (including Subser. Lect. Notes Artif. Intell. Lect. Notes Bioinformatics); Moulton, V.; Singh, M., Eds.; Springer: Berlin Heidelberg, 2010; Vol. 6293 LNBI, pp 52-64.
-
(2010)
Lect. Notes Comput. Sci. (Including Subser. Lect. Notes Artif. Intell. Lect. Notes Bioinformatics)
, vol.6293
, pp. 52-64
-
-
Theis, C.1
Janssen, S.2
Giegerich, R.3
-
62
-
-
77954288431
-
-
Bindewald, E.; Kluth, T.; Shapiro, B. A. Nucleic Acids Res. 2010, 38, W368-W372
-
(2010)
Nucleic Acids Res.
, vol.38
, pp. W368-W372
-
-
Bindewald, E.1
Kluth, T.2
Shapiro, B.A.3
-
63
-
-
77149158794
-
-
Cao, S.; Giedroc, D. P.; Chen, S.-J. RNA 2010, 16, 538-552
-
(2010)
RNA
, vol.16
, pp. 538-552
-
-
Cao, S.1
Giedroc, D.P.2
Chen, S.-J.3
-
65
-
-
10644250950
-
-
Serganov, A.; Yuan, Y.-R.; Pikovskaya, O.; Polonskaia, A.; Malinina, L.; Phan, A. T.; Hobartner, C.; Micura, R.; Breaker, R. R.; Patel, D. J. Chem. Biol. 2004, 11, 1729-1741
-
(2004)
Chem. Biol.
, vol.11
, pp. 1729-1741
-
-
Serganov, A.1
Yuan, Y.-R.2
Pikovskaya, O.3
Polonskaia, A.4
Malinina, L.5
Phan, A.T.6
Hobartner, C.7
Micura, R.8
Breaker, R.R.9
Patel, D.J.10
-
66
-
-
84868295514
-
-
Zhao, Y.; Huang, Y.; Gong, Z.; Wang, Y.; Man, J.; Xiao, Y. Sci. Rep 2012, 2, 734
-
(2012)
Sci. Rep
, vol.2
, pp. 734
-
-
Zhao, Y.1
Huang, Y.2
Gong, Z.3
Wang, Y.4
Man, J.5
Xiao, Y.6
-
67
-
-
84941094198
-
-
Bottaro, S.; Di Palma, F.; Bussi, G. Nucleic Acids Res. 2014, 42, 13306-13314
-
(2014)
Nucleic Acids Res.
, vol.42
, pp. 13306-13314
-
-
Bottaro, S.1
Di Palma, F.2
Bussi, G.3
-
68
-
-
84863338065
-
-
Cruz, J. A.; Blanchet, M.-F.; Boniecki, M.; Bujnicki, J. M.; Chen, S.-J.; Cao, S.; Das, R.; Ding, F.; Dokholyan, N. V.; Flores, S. C.; Huang, L.; Lavender, C. a.; Lisi, V.; Major, F.; Mikolajczak, K.; Patel, D. J.; Philips, A.; Puton, T.; Santalucia, J.; Sijenyi, F.; Hermann, T.; Rother, K.; Rother, M.; Serganov, A.; Skorupski, M.; Soltysinski, T.; Sripakdeevong, P.; Tuszynska, I.; Weeks, K. M.; Waldsich, C.; Wildauer, M.; Leontis, N. B.; Westhof, E. RNA 2012, 18, 610-625
-
(2012)
RNA
, vol.18
, pp. 610-625
-
-
Cruz, J.A.1
Blanchet, M.-F.2
Boniecki, M.3
Bujnicki, J.M.4
Chen, S.-J.5
Cao, S.6
Das, R.7
Ding, F.8
Dokholyan, N.V.9
Flores, S.C.10
Huang, L.11
Lavender, C.A.12
Lisi, V.13
Major, F.14
Mikolajczak, K.15
Patel, D.J.16
Philips, A.17
Puton, T.18
Santalucia, J.19
Sijenyi, F.20
Hermann, T.21
Rother, K.22
Rother, M.23
Serganov, A.24
Skorupski, M.25
Soltysinski, T.26
Sripakdeevong, P.27
Tuszynska, I.28
Weeks, K.M.29
Waldsich, C.30
Wildauer, M.31
Leontis, N.B.32
Westhof, E.33
more..
-
69
-
-
84875471554
-
-
Xia, Z.; Bell, D. R.; Shi, Y.; Ren, P. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 3135-3144
-
(2013)
J. Phys. Chem. B
, vol.117
, pp. 3135-3144
-
-
Xia, Z.1
Bell, D.R.2
Shi, Y.3
Ren, P.4
-
70
-
-
79953060592
-
-
Feng, J.; Walter, N. G.; Brooks, C. L. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 4196-4199
-
(2011)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.133
, pp. 4196-4199
-
-
Feng, J.1
Walter, N.G.2
Brooks, C.L.3
-
71
-
-
54449095028
-
-
Fürtig, B.; Richter, C.; Schell, P.; Wenter, P.; Pitsch, S.; Schwalbe, H. RNA Biol. 2008, 5, 41-48
-
(2008)
RNA Biol.
, vol.5
, pp. 41-48
-
-
Fürtig, B.1
Richter, C.2
Schell, P.3
Wenter, P.4
Pitsch, S.5
Schwalbe, H.6
|