Atomistic analysis of pseudoknotted RNA unfolding

Journal of the American Chemical Society

Volumn 133, Issue 18, 2011, Pages 6882-6885

  Zhang, Yujie ^a   Zhang, Jian ^a   Wang, Wei ^a  

^a NANJING UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMISTIC ANALYSIS; FUNCTIONAL STRUCTURE; INTERMEDIATE STRUCTURES; PSEUDO-KNOTS; PSEUDOKNOT; SECONDARY AND TERTIARY STRUCTURES; STATISTICAL ANALYSIS; TRANSITION STATE; UNFOLDING PROCESS; WATER MOLECULE;

GENES; RNA;

NUCLEIC ACIDS;

MESSENGER RNA; RNA; WATER;

ARTICLE; BACTERIOPHAGE; PROTEIN FOLDING; PROTEIN INTERACTION; RNA STRUCTURE;

BACTERIOPHAGE T4; DATA INTERPRETATION, STATISTICAL; ENTROPY; NUCLEIC ACID CONFORMATION; RNA, MESSENGER; RNA, VIRAL;

EID: 79955684843     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja1109425     Document Type: Article

References (38)

1. Mattick, J. S.; Makunin, I. V. Hum. Mol. Genet. 2006, 15, 17.
2. Kampa, D.; Cheng, J.; Kapranov, P.; Yamanaka, M.; Brubaker, S.; Cawley, S.; Drenkow, J.; Piccolboni, A.; Bekiranov, S.; Helt, G.; Tammana, H.; Gingeras, T. R. Genome Res. 2004, 14, 331.
3. Storzs, G. Science 2002, 296, 1260.
4. Treiber, D. K.; Williamson, J. R. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 339.
5. Sosnick, T. R.; Pan, T. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 309.
6. Thirumalai, D.; Hyeon, C. Biochemistry 2005, 44, 4957.
7. Woodson, S. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 324.
8. Laederach, A.; Shcherbakova, I.; Liang, M. P.; Brenowitz, M.; Altmen, R. B. J. Mol. Biol. 2006, 358, 1179.
9. Chen, S. J. Annu. Rev. Biophys. 2008, 37, 197.
10. Tinoco, I., Jr.; Bustamante, C. J. Mol. Biol. 1999, 293, 271.
11. Solomatin, S. V.; Greenfield, M.; Chu, S.; Herschlag, D. Nature 2010, 463, 681.
12. Zhang, J.; Dundas, J.; Lin, M.; Chen, R.; Wang, W.; Liang, J. RNA 2009, 15, 2248.
13. Zhang, J.; Lin, M.; Chen, R.; Wang, W.; Liang, J. J. Chem. Phys. 2008, 128, No. 125107.
14. Parisien, M.; Major, F. Nature 2008, 452, 51.
15. Chen, G.; Wen, J. D.; Tinoco, I., Jr. RNA 2007, 13, 2175.
16. Chen, G.; Chen, G.; Chang, K. Y.; Chou, M. Y.; Bustamante, C.; Tinoco, I., Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 12706.
17. Csaszar, K.; Špačková, N.; Štefl, R.; Šponer, J.; Leontis, N. B. J. Mol. Biol. 2001, 313, 1073.
18. Cho, S. S.; Pincus, D. L.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S.A. 2009, 106, 17349.
19. Holland, J. A.; Hansen, M. R.; Du, Z. H.; Hoffman, D. W. RNA 1999, 5, 257.
20. Case,D.A.; Amber 9;University ofCalifornia: San Francisco, 2006.
21. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee,M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.;Cieplak, P.; Luo, R.; Lee,T. J. Comput.Chem. 2003, 24, 1999.
22. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127.
23. Nixon, P. L.; Theimer, C. A.; Giedroc, D. P. Biopolymers 1999, 50, 443.
24. Chen, S. J.; Dill, K. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 646.
25. Sorin, E. J.; Rhee, Y. M.; Nakatani, B. J.; Pande, V. S. Biophys. J. 2003, 85, 790.
26. Hyeon, C.; Thirumalai, D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 1538.
27. Ma, H.; Proctor, D. J.; Kierzek, E.; Kierzek, R.; Bevilacqua, P. C.; Gruebele, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1523.
28. Xia, T.; SantaLucia, J., Jr.; Burkard, M. E.; Kierzek, R.; Schroeder, S. J.; Jiao, X.; Cox, C.; Turner, D. H. Biochemistry 1998, 37, 14719.
29. Walter, A. E.; Turner, D. H. Biochemistry 1994, 33, 12715.
30. Kim, J.;Walter, A. E.; Turner, D. H. Biochemistry 1996, 35, 13753.
31. Walter, A. E.; Turner, D. H.; Kim, J.; Lyttle, M. H.; Müller, P.; Mathews, D. H.; Zuker, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 9218.
32. Mathews, D. H.; Sabina, J.; Zuker, M.; Turner, D. H. J. Mol. Biol. 1999, 288, 911.
33. Jong, D. D.; Riley, R.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V. J. Mol. Biol. 2002, 319, 229.
34. Dill, K. A.; Chan, H. S. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 10.
35. Rhee, Y. M.; Sorin, E. J.; Jayachandran, G.; Lindahl, E.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 6456.
36. Sorin, E. J.; Rhee, Y. M.; Nakatani, B. J.; Pande, V. S. Biophys. J. 2005, 88, 2516.
37. Wolde, P. R.; Chandler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 6539.
38. Levy, Y.; Onuchic, J. N. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2006, 35, 389.