-
1
-
-
84855671158
-
-
Caleman, C.; van Maaren, P. J.; Hong, M.; Hub, J. S.; Costa, L. T.; van der Spoel, D. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 61-74
-
(2012)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.8
, pp. 61-74
-
-
Caleman, C.1
Van Maaren, P.J.2
Hong, M.3
Hub, J.S.4
Costa, L.T.5
Van Der Spoel, D.6
-
4
-
-
2942532422
-
-
Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174
-
(2004)
J. Comput. Chem.
, vol.25
, pp. 1157-1174
-
-
Wang, J.1
Wolf, R.M.2
Caldwell, J.W.3
Kollman, P.A.4
Case, D.A.5
-
5
-
-
84874892567
-
-
Zubillaga, R. A.; Labastida, A.; Cruz, B.; Martínez, J. C.; Sánchez, E.; Alejandre, J. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 1611-1615
-
(2013)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.9
, pp. 1611-1615
-
-
Zubillaga, R.A.1
Labastida, A.2
Cruz, B.3
Martínez, J.C.4
Sánchez, E.5
Alejandre, J.6
-
10
-
-
84863342270
-
-
Sun, L.; Li, X.; Hede, T.; Tu, Y.; Leck, C.; Agren, H. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 31983204
-
(2012)
J. Phys. Chem. B
, vol.116
, pp. 31983204
-
-
Sun, L.1
Li, X.2
Hede, T.3
Tu, Y.4
Leck, C.5
Agren, H.6
-
12
-
-
33645961739
-
-
Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8592
-
(1995)
J. Chem. Phys.
, vol.103
, pp. 8577-8592
-
-
Essmann, U.1
Perera, L.2
Berkowitz, M.L.3
Darden, T.4
Lee, H.5
Pedersen, L.G.6
-
13
-
-
0345234849
-
-
Chen, Z.-M.; Gain, T.; Goddard, W. A., III J. Comput. Chem. 1997, 18, 1365-1370
-
(1997)
J. Comput. Chem.
, vol.18
, pp. 1365-1370
-
-
Chen, Z.-M.1
Gain, T.2
Goddard, W.A.3
-
14
-
-
33846823909
-
-
Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
-
(1993)
J. Chem. Phys.
, vol.98
, pp. 10089-10092
-
-
Darden, T.1
York, D.2
Pedersen, L.3
-
15
-
-
84882349032
-
-
Wennberg, C. L.; Murtola, T.; Hess, B.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 3527-3537
-
(2013)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.9
, pp. 3527-3537
-
-
Wennberg, C.L.1
Murtola, T.2
Hess, B.3
Lindahl, E.4
-
16
-
-
46249092554
-
-
Hess, B.; Kutzner, C.; Van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
-
(2008)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.4
, pp. 435-447
-
-
Hess, B.1
Kutzner, C.2
Van Der Spoel, D.3
Lindahl, E.4
-
17
-
-
84875592758
-
-
Pronk, S.; Páll, S.; Schulz, R.; Larsson, P.; Bjelkmar, P.; Apostolov, R.; Shirts, M. R.; Smith, J. C.; Kasson, P. M.; van der Spoel, D.; Hess, B.; Lindahl, E. Bioinformatics 2013, 29, 845-854
-
(2013)
Bioinformatics
, vol.29
, pp. 845-854
-
-
Pronk, S.1
Páll, S.2
Schulz, R.3
Larsson, P.4
Bjelkmar, P.5
Apostolov, R.6
Shirts, M.R.7
Smith, J.C.8
Kasson, P.M.9
Van Der Spoel, D.10
Hess, B.11
Lindahl, E.12
-
19
-
-
84954358136
-
-
Wu, C.; Wang, Z.; Lei, H.; Duan, Y.; Bowers, M. T.; Shea, J.-E. J. Mol. Biol. 2008, 384, 718-729
-
(2008)
J. Mol. Biol.
, vol.384
, pp. 718-729
-
-
Wu, C.1
Wang, Z.2
Lei, H.3
Duan, Y.4
Bowers, M.T.5
Shea, J.-E.6
-
20
-
-
84931010858
-
-
Nozawa, T.; Takahashi, K. Z.; Kameoka, S.; Narumi, T.; Yasuoka, K. Mol. Simul. 2015, 10.1080/08927022.2014.998210
-
(2015)
Mol. Simul.
-
-
Nozawa, T.1
Takahashi, K.Z.2
Kameoka, S.3
Narumi, T.4
Yasuoka, K.5
-
23
-
-
76249087938
-
-
Vanommeslaeghe, K.; Hatcher, E.; Acharya, C.; Kundu, S.; Zhong, S.; Shim, J.; Darian, E.; Guvench, O.; Lopes, P.; Vorobyov, I.; Mackerell, A. D. J. Comput. Chem. 2010, 31, 671-690
-
(2010)
J. Comput. Chem.
, vol.31
, pp. 671-690
-
-
Vanommeslaeghe, K.1
Hatcher, E.2
Acharya, C.3
Kundu, S.4
Zhong, S.5
Shim, J.6
Darian, E.7
Guvench, O.8
Lopes, P.9
Vorobyov, I.10
Mackerell, A.D.11
-
25
-
-
80053512597
-
-
OBoyle, N. M.; Banck, M.; James, C. A.; Morley, C.; Vandermeersch, T.; Hutchison, G. R. J. Cheminf. 2011, 3, 33
-
(2011)
J. Cheminf.
, vol.3
, pp. 33
-
-
OBoyle, N.M.1
Banck, M.2
James, C.A.3
Morley, C.4
Vandermeersch, T.5
Hutchison, G.R.6
-
26
-
-
84943502952
-
-
Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255-268
-
(1984)
Mol. Phys.
, vol.52
, pp. 255-268
-
-
Nosé, S.1
-
30
-
-
0000388705
-
-
Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
-
(1997)
J. Comput. Chem.
, vol.18
, pp. 1463-1472
-
-
Hess, B.1
Bekker, H.2
Berendsen, H.J.C.3
Fraaije, J.G.E.M.4
-
33
-
-
0020621373
-
-
Chandler, D.; Weeks, J. D.; Andersen, H. C. Science 1983, 220, 787-794
-
(1983)
Science
, vol.220
, pp. 787-794
-
-
Chandler, D.1
Weeks, J.D.2
Andersen, H.C.3
-
34
-
-
84857872128
-
-
van der Spoel, D.; van Maaren, P. J.; Caleman, C. Bioinformatics 2012, 28, 752-753
-
(2012)
Bioinformatics
, vol.28
, pp. 752-753
-
-
Van Der Spoel, D.1
Van Maaren, P.J.2
Caleman, C.3
-
35
-
-
25444435148
-
-
Orea, P.; López-Lemus, J.; Alejandre, J. J. Chem. Phys. 2005, 123, 114702
-
(2005)
J. Chem. Phys.
, vol.123
, pp. 114702
-
-
Orea, P.1
López-Lemus, J.2
Alejandre, J.3
-
36
-
-
0027401806
-
-
Kim, K. S.; Tao, F.; Fuchs, J.; Danishefsky, A. T.; Housset, D.; Wlodawer, A.; Woodward, C. Protein Sci. 1993, 2, 588-596
-
(1993)
Protein Sci.
, vol.2
, pp. 588-596
-
-
Kim, K.S.1
Tao, F.2
Fuchs, J.3
Danishefsky, A.T.4
Housset, D.5
Wlodawer, A.6
Woodward, C.7
-
37
-
-
0027261309
-
-
Chrunyk, B. A.; Evans, J.; Lillquist, J.; Young, P.; Wetzel, R. J. Biol. Chem. 1993, 25, 18053-18061
-
(1993)
J. Biol. Chem.
, vol.25
, pp. 18053-18061
-
-
Chrunyk, B.A.1
Evans, J.2
Lillquist, J.3
Young, P.4
Wetzel, R.5
-
38
-
-
0347755642
-
-
Bava, K. A.; Gromiha, M. M.; Uedaira, H.; Kitajima, K.; Sarai, A. Nucl. Acid Res. 2004, 32, D120-D121
-
(2004)
Nucl. Acid Res.
, vol.32
, pp. D120-D121
-
-
Bava, K.A.1
Gromiha, M.M.2
Uedaira, H.3
Kitajima, K.4
Sarai, A.5
-
39
-
-
27344455346
-
-
Seibert, M.; Patriksson, A.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Biol. 2005, 354, 173-183
-
(2005)
J. Mol. Biol.
, vol.354
, pp. 173-183
-
-
Seibert, M.1
Patriksson, A.2
Hess, B.3
Van Der Spoel, D.4
-
41
-
-
84868155171
-
-
Piana, S.; Lindorff-Larsen, K.; Shaw, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 17845-17850
-
(2012)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.109
, pp. 17845-17850
-
-
Piana, S.1
Lindorff-Larsen, K.2
Shaw, D.E.3
-
44
-
-
77955135754
-
-
Lange, O. F.; van der Spoel, D.; de Groot, B. L. Biophys. J. 2010, 99, 647-655
-
(2010)
Biophys. J.
, vol.99
, pp. 647-655
-
-
Lange, O.F.1
Van Der Spoel, D.2
De Groot, B.L.3
-
45
-
-
79959720287
-
-
Piana, S.; Lindorff-Larsen, K.; Shaw, D. E. Biophys. J. 2011, 100, L47-L49
-
(2011)
Biophys. J.
, vol.100
, pp. L47-L49
-
-
Piana, S.1
Lindorff-Larsen, K.2
Shaw, D.E.3
-
46
-
-
77749298172
-
-
Ponder, J. W.; Wu, C.; Ren, P.; Pande, V. S.; Chodera, J. D.; Schnieders, M. J.; Haque, I.; Mobley, D. L.; Lambrecht, D. S.; DiStasio, R. A., Jr.; Head-Gordon, M.; Clark, G. N. I.; Johnson, M. E.; Head-Gordon, T. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 2549-2564
-
(2010)
J. Phys. Chem. B
, vol.114
, pp. 2549-2564
-
-
Ponder, J.W.1
Wu, C.2
Ren, P.3
Pande, V.S.4
Chodera, J.D.5
Schnieders, M.J.6
Haque, I.7
Mobley, D.L.8
Lambrecht, D.S.9
DiStasio, R.A.10
Head-Gordon, M.11
Clark, G.N.I.12
Johnson, M.E.13
Head-Gordon, T.14
-
47
-
-
84890447773
-
-
Lopes, P. E. M.; Huang, J.; Shim, J.; Luo, Y.; Li, H.; Roux, B.; MacKerell, J.; Alexander, D. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 5430-5449
-
(2013)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.9
, pp. 5430-5449
-
-
Lopes, P.E.M.1
Huang, J.2
Shim, J.3
Luo, Y.4
Li, H.5
Roux, B.6
MacKerell, J.7
Alexander, D.8
|