Effective Top-Down LC/MS+ Method for Assessing Actin Isoforms as a Potential Cardiac Disease Marker

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 16, 2015, Pages 8399-8406

  Chen, Yi Chen ^a   Ayaz Guner, Serife ^a   Peng, Ying ^a   Lane, Nicole M ^a   Locher, Matthew R ^a   Kohmoto, Takushi ^a   Larsson, Lars ^b   Moss, Richard L ^a   Ge, Ying ^a  

^a UNIVERSITY OF WISCONSIN SCHOOL OF MEDICINE AND PUBLIC HEALTH   (United States)

^b KAROLINSKA INSTITUTE   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CARDIOLOGY; HEART; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MUSCLE; PURIFICATION;

COMPREHENSIVE ANALYSIS; COMPREHENSIVE METHOD; DILATED CARDIOMYOPATHY; LIQUID CHROMATOGRAPHY/MASS SPECTROMETRY; MULTIGENE FAMILIES; PATHOLOGICAL CONDITIONS; RAPID PURIFICATION; SEQUENCE SIMILARITY;

PROTEINS;

ACTIN; BIOLOGICAL MARKER; ISOPROTEIN;

BLOOD; CARDIAC MUSCLE; CHEMISTRY; HEART DISEASE; HUMAN; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; PATHOLOGY; STANDARD; TIME FACTOR;

ACTINS; BIOMARKERS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HEART DISEASES; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MYOCARDIUM; PROTEIN ISOFORMS; REFERENCE STANDARDS; TIME FACTORS;

EID: 84939839664     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b01745     Document Type: Article

References (56)

1. Hewett, T. E.; Grupp, I. L.; Grupp, G.; Robbins, J. Circ. Res. 1994, 74, 740-746 10.1161/01.RES.74.4.740
2. Moss, R. L.; Razumova, M.; Fitzsimons, D. P. Circ. Res. 2004, 94, 1290-1300 10.1161/01.RES.0000127125.61647.4F
3. Kabsch, W.; Vandekerckhove, J. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1992, 21, 49-76 10.1146/annurev.bb.21.060192.000405
4. Vandekerckhove, J.; Bugaisky, G.; Buckingham, M. J. Biol. Chem. 1986, 261, 1838-1843
5. Copeland, O.; Nowak, K. J.; Laing, N. G.; Ravenscroft, G.; Messer, A. E.; Bayliss, C. R.; Marston, S. B. J. Muscle Res. Cell Motil. 2010, 31, 207-214 10.1007/s10974-010-9224-7
6. Clement, S.; Chaponnier, C.; Gabbiani, G. Circ. Res. 1999, 85, e51-58 10.1161/01.RES.85.10.e51
7. Suurmeijer, A. J.; Clement, S.; Francesconi, A.; Bocchi, L.; Angelini, A.; Van Veldhuisen, D. J.; Spagnoli, L. G.; Gabbiani, G.; Orlandi, A. J. Pathol. 2003, 199, 387-397 10.1002/path.1311
8. Bergen, H. R., 3rd; Ajtai, K.; Burghardt, T. P.; Nepomuceno, A. I.; Muddiman, D. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 1467-1471 10.1002/rcm.1075
9. Bennetts, B. H.; Burnett, L.; dos Remedios, C. G. J. Mol. Cell. Cardiol. 1986, 18, 993-996 10.1016/S0022-2828(86)80013-X
10. Berni, R.; Savi, M.; Bocchi, L.; Delucchi, F.; Musso, E.; Chaponnier, C.; Gabbiani, G.; Clement, S.; Stilli, D. Am. J. Physiol. Heart Circ. Physiol. 2009, 296, H1625-1632 10.1152/ajpheart.01057.2008
11. Boheler, K. R.; Carrier, L.; de la Bastie, D.; Allen, P. D.; Komajda, M.; Mercadier, J. J.; Schwartz, K. J. Clin. Invest. 1991, 88, 323-330 10.1172/JCI115295
12. Driesen, R. B.; Verheyen, F. K.; Debie, W.; Blaauw, E.; Babiker, F. A.; Cornelussen, R. N.; Ausma, J.; Lenders, M. H.; Borgers, M.; Chaponnier, C.; Ramaekers, F. C. J. Cell. Mol. Med. 2009, 13, 896-908 10.1111/j.1582-4934.2008.00523.x
13. Ravenscroft, G.; Colley, S. M.; Walker, K. R.; Clement, S.; Bringans, S.; Lipscombe, R.; Fabian, V. A.; Laing, N. G.; Nowak, K. J. Neuromuscul. Disord. 2008, 18, 953-958 10.1016/j.nmd.2008.09.010
14. Vandekerckhove, J.; Weber, K. Differentiation 1979, 14, 123-133 10.1111/j.1432-0436.1979.tb01021.x
15. Maier, T.; Güell, M.; Serrano, L. FEBS Lett. 2009, 583, 3966-3973 10.1016/j.febslet.2009.10.036
16. Gygi, S. P.; Rochon, Y.; Franza, B. R.; Aebersold, R. Mol. Cell. Biol. 1999, 19, 1720-1730
17. Stilli, D.; Bocchi, L.; Berni, R.; Zaniboni, M.; Cacciani, F.; Chaponnier, C.; Musso, E.; Gabbiani, G.; Clement, S. Exp. Physiol 2006, 91, 571-580 10.1113/expphysiol.2005.032607
18. Kurien, B. T.; Scofield, R. H. Methods 2006, 38, 283-293 10.1016/j.ymeth.2005.11.007
19. Taylor, S. C.; Berkelman, T.; Yadav, G.; Hammond, M. Mol. Biotechnol. 2013, 55, 217-226 10.1007/s12033-013-9672-6
20. Chait, B. T.; Kornberg, R. D.; Raetz, C. R. H.; Rothman, J. E.; Thorner, J. W. Annu. Rev. Biochem. 2011, 80, 239-246 10.1146/annurev-biochem-110810-095744
21. Mann, M.; Jensen, O. N. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 255-261 10.1038/nbt0303-255
22. Mann, M.; Hendrickson, R. C.; Pandey, A. Annu. Rev. Biochem. 2001, 70, 437-473 10.1146/annurev.biochem.70.1.437
23. Kelleher, N. L.; Thomas, P. M.; Ntai, I.; Compton, P. D.; LeDuc, R. D. Expert Rev. Proteomics 2014, 11, 649-651 10.1586/14789450.2014.976559
24. Gregorich, Z. R.; Ge, Y. Proteomics 2014, 14, 1195-1210 10.1002/pmic.201300432
25. Siuti, N.; Kelleher, N. L. Nat. Methods 2007, 4, 817-821 10.1038/nmeth1097
26. Zhang, H.; Ge, Y. Circ.: Cardiovasc. Genet. 2011, 4, 711 10.1161/CIRCGENETICS.110.957829
27. Peng, Y.; Chen, X.; Zhang, H.; Xu, Q.; Hacker, T. A.; Ge, Y. J. Proteome Res. 2013, 12, 187-198 10.1021/pr301054n
28. Peng, Y.; Gregorich, Z. R.; Valeja, S. G.; Zhang, H.; Cai, W.; Chen, Y. C.; Guner, H.; Chen, A. J.; Schwahn, D. J.; Hacker, T. A.; Liu, X.; Ge, Y. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 2752-2764 10.1074/mcp.M114.040675
29. Dong, X. T.; Sumandea, C. A.; Chen, Y. C.; Garcia-Cazarin, M. L.; Zhang, J.; Balke, C. W.; Sumandea, M. P.; Ge, Y. J. Biol. Chem. 2012, 287, 848-857 10.1074/jbc.M111.293258
30. Ge, Y.; Rybakova, I. N.; Xu, Q.; Moss, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 12658-12663 10.1073/pnas.0813369106
31. Zhang, J.; Guy, M. J.; Norman, H. S.; Chen, Y. C.; Xu, Q. G.; Dong, X. T.; Guner, H.; Wang, S. J.; Kohmoto, T.; Young, K. H.; Moss, R. L.; Ge, Y. J. Proteome Res. 2011, 10, 4054-4065 10.1021/pr200258m
32. Chamot-Rooke, J.; Mikaty, G.; Malosse, C.; Soyer, M.; Dumont, A.; Gault, J.; Imhaus, A. F.; Martin, P.; Trellet, M.; Clary, G.; Chafey, P.; Camoin, L.; Nilges, M.; Nassif, X.; Dumenil, G. Science 2011, 331, 778-782 10.1126/science.1200729
33. Ryan, C. M.; Souda, P.; Bassilian, S.; Ujwal, R.; Zhang, J.; Abramson, J.; Ping, P.; Durazo, A.; Bowie, J. U.; Hasan, S. S.; Baniulis, D.; Cramer, W. A.; Faull, K. F.; Whitelegge, J. P. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 791-803 10.1074/mcp.M900516-MCP200
34. Tran, J. C.; Zamdborg, L.; Ahlf, D. R.; Lee, J. E.; Catherman, A. D.; Durbin, K. R.; Tipton, J. D.; Vellaichamy, A.; Kellie, J. F.; Li, M.; Wu, C.; Sweet, S. M.; Early, B. P.; Siuti, N.; LeDuc, R. D.; Compton, P. D.; Thomas, P. M.; Kelleher, N. L. Nature 2011, 480, 254-258 10.1038/nature10575
35. Katz, A. M.; Hall, E. J. Circ. Res. 1963, 13, 187-198 10.1161/01.RES.13.3.187
36. Pardee, J. D.; Spudich, J. A. Methods Enzymol. 1982, 85 Part B, 164-181
37. Chen, Y.-C.; Sumandea, M.; Larsson, L.; Moss, R.; Ge, Y. J. Muscle Res. Cell Motil. 2015, 36, 169-181 10.1007/s10974-015-9404-6
38. Guner, H.; Close, P. L.; Cai, W.; Zhang, H.; Peng, Y.; Gregorich, Z. R.; Ge, Y. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014, 25, 464-470 10.1007/s13361-013-0789-4
39. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 320-332 10.1016/S1044-0305(99)00157-9
40. Asatoor, A. M.; Armstrong, M. D. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1967, 26, 168-174 10.1016/0006-291X(67)90229-X
41. Johnson, P.; Harris, C. I.; Perry, S. V. Biochem. J. 1967, 105, 361-370 10.1042/bj1050361
42. Nyman, T.; Schuler, H.; Korenbaum, E.; Schutt, C. E.; Karlsson, R.; Lindberg, U. J. Mol. Biol. 2002, 317, 577-589 10.1006/jmbi.2002.5436
43. Ye, L.; Chang, Y.-H.; Xiong, Q.; Zhang, P.; Zhang, L.; Somasundaram, P.; Lepley, M.; Swingen, C.; Su, L.; Wendel, J. S.; Guo, J.; Jang, A.; Rosenbush, D.; Greder, L.; Dutton, J. R.; Zhang, J.; Kamp, T. J.; Kaufman, D. S.; Ge, Y.; Zhang, J. Cell Stem Cell 2014, 15, 750-761 10.1016/j.stem.2014.11.009
44. Zhang, J.; Dong, X.; Hacker, T. A.; Ge, Y. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 940-948 10.1016/j.jasms.2010.02.005
45. Ong, S. E.; Mann, M. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 252-262 10.1038/nchembio736
46. Clément, S.; Stouffs, M.; Bettiol, E.; Kampf, S.; Krause, K.-H.; Chaponnier, C.; Jaconi, M. J. Cell Sci. 2007, 120, 229-238 10.1242/jcs.03340
47. Whitelegge, J. P.; Zhang, H. M.; Aguilera, R.; Taylor, R. M.; Cramer, W. A. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 816-827 10.1074/mcp.M200045-MCP200
48. Thangaraj, B.; Ryan, C. M.; Souda, P.; Krause, K.; Faull, K. F.; Weber, A. P. M.; Fromme, P.; Whitelegge, J. P. Proteomics 2010, 10, 3644-3656 10.1002/pmic.201000190
49. Kostyukevich, Y.; Vladimirov, G.; Nikolaev, E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2012, 23, 2198-2207 10.1007/s13361-012-0480-1
50. Makarov, A.; Denisov, E.; Lange, O. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1391-1396 10.1016/j.jasms.2009.01.005
51. Zabrouskov, V.; Ge, Y.; Schwartz, J.; Walker, J. W. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1838-1849 10.1074/mcp.M700524-MCP200
52. Pesavento, J. J.; Mizzen, C. A.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2006, 78, 4271-4280 10.1021/ac0600050
53. Lim, D.-S.; Roberts, R.; Marian, A. J. J. Am. Coll. Cardiol. 2001, 38, 1175-1180 10.1016/S0735-1097(01)01509-1
54. Rajabi, M.; Kassiotis, C.; Razeghi, P.; Taegtmeyer, H. Heart Failure Rev. 2007, 12, 331-343 10.1007/s10741-007-9034-1
55. van Rooij, E.; Sutherland, L. B.; Qi, X.; Richardson, J. A.; Hill, J.; Olson, E. N. Science 2007, 316, 575-579 10.1126/science.1139089
56. Izumo, S.; Nadal-Ginard, B.; Mahdavi, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1988, 85, 339-343 10.1073/pnas.85.2.339