From ribbons to tubules: A computational study of the polymorphism in aggregation of helical filaments

Soft Matter

Volumn 11, Issue 31, 2015, Pages 6294-6304

  Gruziel, Magdalena ^a,b   Szymczak, Piotr ^a  

^a UNIVERSITY OF WARSAW   (Poland)

^b UNIVERSITY OF WARSAW   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANALYTIC DESCRIPTIONS; COARSE GRAINED MODELS; COMPUTATIONAL STUDIES; ELASTIC PROPERTIES; FIBROUS AGGREGATE; HELICAL FILAMENT; RELATIVE STABILITIES; STRUCTURAL CHARACTERISTICS;

AGGREGATES;

EID: 84938324249     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5sm00652j     Document Type: Article

References (48)

1. J. L. Jiménez E. J. Nettleton M. Bouchard C. V. Robinson C. M. Dobson H. R. Saibil Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 9196
2. Y. Miller B. Ma R. Nussinov Chem. Rev. 2010 110 4820 4838
3. T. Lührs C. Ritter M. Adrian D. Riek-Loher B. Bohrmann H. Döbeli D. Schubert R. Riek Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 17342 17347
4. C. Sachse C. Xu K. Wieligmann S. Diekmann N. Grigorieff M. Fändrich J. Mol. Biol. 2006 362 347
5. L. C. Serpell M. Sunde M. D. Benson G. A. Tennent M. B. Pepys P. E. Fraser J. Mol. Biol. 2000 300 1033
6. A. Loksztejn W. Dzwolak J. Mol. Biol. 2008 379 9 16
7. D. Kurouski R. K. Dukor X. Lu L. A. Nafie I. K. Lednev Biophys. J. 2012 103 522 531
8. A. N. Lupas and M. Gruber, in Advances in Protein Chemistry, Fibrous Proteins: Coiled-Coils, Collagen and Elastomers, ed., D. Parry, and, J. Squire, Elsevier, 2005, vol. 70, pp. 37-78
9. J. Adamcik R. Mezzenga Macromolecules 2012 45 1137 1150
10. A. Kajava, J. Squire and D. A. D. E. Parry, Advances in Protein Chemistry, Fibrous Proteins: Amyloids, Prions and Beta Proteins, Elsevier, Academic Press, 2006, vol. 73
11. J. Squire and D. A. D. E. Parry, Advances in Protein Chemistry, Fibrous Proteins: Muscle and Molecular Motors, Elsevier, Academic Press, 2005, vol. 71
12. T. Vo-Dinh, Protein Nanotechnology-Protocols, Instrumentation, And Applications, Humana Press, 1st edn, 2010
13. R. Oda I. Huc M. Schmutz S. J. Candau F. C. MacKintosh Nature 1999 399 566 569
14. A. Aggeli I. A. Nyrkova M. Bell R. Harding L. Carrick T. C. B. McLeish A. N. Semenov N. Boden Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 11857 11862
15. A. T. Petkova R. D. Leapman Z. Guo W.-M. Yau M. P. Mattson R. Tycko Science 2005 307 262 265
16. J. Adamcik J.-M. Jung J. Flakowski P. De Los Rios G. Dietler R. Mezzenga Nat. Nanotechnol. 2010 5 423 428
17. J. Adamcik R. Mezzenga Soft Matter 2011 7 5437 5443
18. D. Kurouski X. Lu L. Popova W. Wan M. Shanmugasundaram G. Stubbs R. K. Dukor I. K. Lednev L. A. Nafie J. Am. Chem. Soc. 2014 136 2302 2312
19. L. R. Volpatti M. Vendruscolo C. M. Dobson T. P. Knowles ACS Nano 2013 7 10443 10448
20. S. Zhang M. Andreasen J. T. Nielsen L. Liu E. H. Nielsen J. Song G. Ji F. Sung T. Skrydstrup F. Besenbacher N. C. Nielsen D. E. Otzen M. Dong Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 2798 2803
21. I. Usov J. Adamcik R. Mezzenga ACS Nano 2013 7 10465 10474
22. J. V. Selinger M. S. Spector J. M. Schnur J. Phys. Chem. B 2001 105 7157 7169
23. S. Assenza J. Adamcik R. Mezzenga P. De Los Rios Phys. Rev. Lett. 2014 113 268103
24. I. A. Nyrkova A. N. Semenov A. Aggeli N. Boden Eur. Phys. J. B 2000 17 481 497
25. D. S. Chung G. B. Benedek F. M. Konikoff J. M. Donovan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 11341 11345
26. Y. V. Zastavker N. Asherie A. Lomakin J. Pande J. M. Donovan J. M. Schnur G. B. Benedek Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 7883 7887
27. T. Gibaud E. Barry M. J. Zakhary M. Henglin A. Ward Y. Yang C. Berciu R. Oldenbourg M. F. Hagan D. Nicastro et al. Nature 2012 481 348 351
28. L. Ziserman H.-Y. Lee S. R. Raghavan A. Mor D. Danino J. Am. Chem. Soc. 2011 133 2511 2517
29. B. Vestergaard M. Groenning M. Roessle J. S. Kastrup M. Van De Weert J. M. Flink S. Frokjaer M. Gajhede D. I. Svergun PLoS Biol. 2007 5 e134
30. M. I. Ivanova S. A. Sievers M. R. Sawaya J. S. Wall D. Eisenberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 18990 18995
31. V. Babenko W. Dzwolak FEBS Lett. 2013 587 625 630
32. S. Neukirch A. Goriely A. C. Hausrath Phys. Rev. Lett. 2008 100 038105
33. C. W. Wolgemuth S. X. Sun Phys. Rev. Lett. 2006 97 248101
34. M. Gruziel W. Dzwolak P. Szymczak Soft Matter 2013 9 8005
35. F. Crick Acta Crystallogr. 1953 6 689 697
36. G. Offer M. R. Hicks D. N. Woolfson J. Struct. Biol. 2002 137 41 53
37. S. Plimpton J. Comput. Phys. 1995 117 1 19
38. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
39. J. F. Marko E. D. Siggia Macromolecules 1994 27 981 988
40. H. Deuling Liquid Crystals, Solid State Physics 1978 14 103 107
41. J. B. Fournier Phys. Rev. Lett. 1996 76 4436
42. C. Lara S. Handschin R. Mezzenga Nanoscale 2013 5 7197 7201
43. M. Schlierf H. Li J. M. Fernandez Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 7299
44. P. Szymczak M. Cieplak J. Phys.: Condens. Matter 2006 18 L21
45. R. L. B. Selinger J. V. Selinger A. P. Malanoski J. M. Schnur Phys. Rev. Lett. 2004 93 158103
46. R. Ghafouri R. Bruinsma Phys. Rev. Lett. 2005 94 138101
47. Y. Sawa F. Ye K. Urayama T. Takigawa V. Gimenez-Pinto R. L. B. Selinger J. V. Selinger Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 6364 6368
48. L. Teresi V. Varano Soft Matter 2013 9 3081 3088