Dynamic Monitoring of MicroRNA-DNA Hybridization Using DNAase-Triggered Signal Amplification

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 12, 2015, Pages 6303-6310

  Qiu, Xiaopei ^a   Liu, Xing ^a   Zhang, Wei ^b   Zhang, Hong ^a   Jiang, Tianlun ^a   Fan, Dongli ^a   Luo, Yang ^a  

^a THIRD MILITARY MEDICAL UNIVERSITY   (China)

^b Chinese Academy of Sciences   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; GRAPHENE; PROBES; SIGNAL PROCESSING; SURFACE PLASMON RESONANCE;

BIOLOGICAL PROCESS; DUPLEX-SPECIFIC NUCLEASE; ORDERS OF MAGNITUDE; REAL TIME MONITORING; REDUCED GRAPHENE OXIDES; SIGNAL AMPLIFICATIONS; SINGLE-STRANDED DNA; SURFACE PLASMON RESONANCE BIOSENSOR;

RNA;

DEOXYRIBONUCLEASE; DNA; MICRORNA;

BLOOD; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; NUCLEIC ACID AMPLIFICATION; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION;

DEOXYRIBONUCLEASES; DNA; HUMANS; MICRORNAS; NUCLEIC ACID AMPLIFICATION TECHNIQUES; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION;

EID: 84934963993     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b01159     Document Type: Article

References (52)

1. Bartel, D. P. Cell 2009, 136, 215-233
2. Schwarzenbach, H.; Nishida, N.; Calin, G. A.; Pantel, K. Nat. Rev. Clin. Oncol. 2014, 11, 145-156
3. Mitchell, P. S.; Parkin, R. K.; Kroh, E. M.; Fritz, B. R.; Wyman, S. K.; Pogosova-Agadjanyan, E. L.; Peterson, A.; Noteboom, J.; OBriant, K. C.; Allen, A.; Lin, D. W.; Urban, N.; Drescher, C. W.; Knudsen, B. S.; Stirewalt, D. L.; Gentleman, R.; Vessella, R. L.; Nelson, P. S.; Martin, D. B.; Tewari, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 10513-10518
4. Cheng, G. F. Adv. Drug Delivery Rev. 2015, 81, 75-93
5. Pritchard, C. C.; Cheng, H. H.; Tewari, M. Nat. Rev. Genet. 2012, 13, 358-369
6. Turchinovich, A.; Weiz, L.; Langheinz, A.; Burwinkel, B. Nucleic Acids Res. 2011, 39, 7223-7233
7. Raymond, C. K.; Roberts, B. S.; Garrett-Engele, P.; Lim, L. P.; Johnson, J. M. RNA 2005, 11, 1737-1744
8. Li, J.; Yao, B.; Huang, H.; Wang, Z.; Sun, C.; Fan, Y.; Chang, Q.; Li, S.; Wang, X.; Xi, J. Anal. Chem. 2009, 81, 5446-5451
9. Tam, S.; de Borja, R.; Tsao, M. S.; McPherson, J. D. Lab. Invest. 2014, 94, 350-358
10. Silahtaroglu, A. N.; Nolting, D.; Dyrskjot, L.; Berezikov, E.; Moller, M.; Tommerup, N.; Kauppinen, S. Nat. Protoc. 2007, 2, 2520-2528
11. Varallyay, E.; Burgyan, J.; Havelda, Z. Nat. Protoc. 2008, 3, 190-196
12. Chen, Y. X.; Gelfond, J. A. L.; McManus, L. M.; Shireman, P. K. BMC Genomics 2009, 10, 407
13. Lim, L. P.; Lau, N. C.; Garrett-Engele, P.; Grimson, A.; Schelter, J. M.; Castle, J.; Bartel, D. P.; Linsley, P. S.; Johnson, J. M. Nature 2005, 433, 769-773
14. Nelson, P. T.; Baldwin, D. A.; Scearce, L. M.; Oberholtzer, J. C.; Tobias, J. W.; Mourelatos, Z. Nat. Methods 2004, 1, 155-161
15. Git, A.; Dvinge, H.; Salmon-Divon, M.; Osborne, M.; Kutter, C.; Hadfield, J.; Bertone, P.; Caldas, C. RNA 2010, 16, 991-1006
16. Qiu, X.; Zhang, H.; Yu, H.; Jiang, T.; Luo, Y. Trends Biotechnol. 2015, 33, 180-188
17. Shagin, D. A.; Rebrikov, D. V.; Kozhemyako, V. B.; Altshuler, I. M.; Shcheglov, A. S.; Zhulidov, P. A.; Bogdanova, E. A.; Staroverov, D. B.; Rasskazov, V. A.; Lukyanov, S. Genome Res. 2002, 12, 1935-1942
18. Yin, B. C.; Liu, Y. Q.; Ye, B. C. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 5064-5067
19. Deng, H. M.; Ren, Y. Q.; Shen, W.; Gao, Z. Q. Chem. Commun. 2013, 49, 9401-9403
20. Ren, Y. Q.; Deng, H. M.; Shen, W.; Gao, Z. Q. Anal. Chem. 2013, 85, 4784-4789
21. Wang, S.; Fu, B.; Wang, J.; Long, Y.; Zhang, X.; Peng, S.; Guo, P.; Tian, T.; Zhou, X. Anal. Chem. 2014, 86, 2925-2930
22. Tian, T.; Xiao, H.; Zhang, Z. G.; Long, Y. L.; Peng, S.; Wang, S. R.; Zhou, X.; Liu, S. M.; Zhou, X. Chem.-Eur. J. 2013, 19, 92-95
23. Szunerits, S.; Maalouli, N.; Wijaya, E.; Vilcot, J. P.; Boukherroub, R. Anal. Bioanal. Chem. 2013, 405, 1435-1443
24. Iorio, M. V.; Ferracin, M.; Liu, C. G.; Veronese, A.; Spizzo, R.; Sabbioni, S.; Magri, E.; Pedriali, M.; Fabbri, M.; Campiglio, M.; Menard, S.; Palazzo, J. P.; Rosenberg, A.; Musiani, P.; Volinia, S.; Nenci, I.; Calin, G. A.; Querzoli, P.; Negrini, M.; Croce, C. M. Cancer Res. 2005, 65, 7065-7070
25. Asaga, S.; Kuo, C.; Nguyen, T.; Terpenning, M.; Giuliano, A. E.; Hoon, D. S. Clin. Chem. 2011, 57, 84-91
26. Menendez, P.; Padilla, D.; Villarejo, P.; Palomino, T.; Nieto, P.; Menendez, J. M.; Rodriguez-Montes, J. A. J. Surg. Oncol. 2013, 108, 369-373
27. Ke, Y.; Lindsay, S.; Chang, Y.; Liu, Y.; Yan, H. Science 2008, 319, 180-183
28. Gao, Y.; Wolf, L. K.; Georgiadis, R. M. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 3370-3377
29. Wegman, D. W.; Krylov, S. N. TrAC, Trends Anal. Chem. 2013, 44, 121-130
30. Schwille, P.; Oehlenschlager, F.; Walter, N. G. Biochemistry 1996, 35, 10182-10193
31. Wong, E. L.; Chow, E.; Gooding, J. J. Langmuir 2005, 21, 6957-6965
32. Stillman, B. A.; Tonkinson, J. L. Anal. Biochem. 2001, 295, 149-157
33. Tawa, K.; Yao, D.; Knoll, W. Biosens. Bioelectron. 2005, 21, 322-329
34. Zhang, D. Y.; Winfree, E. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 17303-17314
35. Ouldridge, T. E.; Sulc, P.; Romano, F.; Doye, J. P.; Louis, A. A. Nucleic Acids Res. 2013, 41, 8886-8895
36. Rauzan, B.; McMichael, E.; Cave, R.; Sevcik, L. R.; Ostrosky, K.; Whitman, E.; Stegemann, R.; Sinclair, A. L.; Serra, M. J.; Deckert, A. A. Biochemistry 2013, 52, 765-772
37. Mirnaghi, F. S.; Chen, Y.; Sidisky, L. M.; Pawliszyn, J. Anal. Chem. 2011, 83, 6018-6025
38. Yiu, H. H.; Bouffier, L.; Boldrin, P.; Long, J.; Claridge, J. B.; Rosseinsky, M. J. Langmuir 2013, 29, 11354-11365
39. Michel, W.; Mai, T.; Naiser, T.; Ott, A. Biophys. J. 2007, 92, 999-1004
40. Subramanian, P.; Lesniewski, A.; Kaminska, I.; Vlandas, A.; Vasilescu, A.; Niedziolka-Jonsson, J.; Pichonat, E.; Happy, H.; Boukherroub, R.; Szunerits, S. Biosens. Bioelectron. 2013, 50, 239-243
41. Mao, Y.; Bao, Y.; Wang, W.; Li, Z.; Li, F.; Niu, L. Talanta 2011, 85, 2106-2112
42. Szunerits, S.; Maalouli, N.; Wijaya, E.; Vilcot, J. P.; Boukherroub, R. Anal. Bioanal. Chem. 2013, 405, 1435-1443
43. Wu, L.; Chu, H. S.; Koh, W. S.; Li, E. P. Opt. Express 2010, 18, 14395-14400
44. Wang, L.; Zhu, C.; Han, L.; Jin, L.; Zhou, M.; Dong, S. Chem. Commun. (Cambridge, U. K.) 2011, 47, 7794-7796
45. Stankovich, S.; Dikin, D. A.; Piner, R. D.; Kohlhaas, K. A.; Kleinhammes, A.; Jia, Y.; Wu, Y.; Nguyen, S. T.; Ruoff, R. S. Carbon 2007, 45, 1558-1565
46. Ramesha, G. K.; Sampath, S. J. Phys. Chem. C 2009, 113, 7985-7989
47. Zhang, X.; Zhang, D.; Chen, Y.; Sun, X.; Ma, Y. Chin. Sci. Bull. 2012, 57, 3045-3050
48. Anisimova, V. E.; Rebrikov, D. V.; Shagin, D. A.; Kozhemyako, V. B.; Menzorova, N. I.; Staroverov, D. B.; Ziganshin, R.; Vagner, L. L.; Rasskazov, V. A.; Lukyanov, S. A.; Shcheglov, A. S. BMC Biochem. 2008, 9, 14
49. Xi, Q.; Zhou, D. M.; Kan, Y. Y.; Ge, J.; Wu, Z. K.; Yu, R. Q.; Jiang, J. H. Anal. Chem. 2014, 86, 1361-1365
50. Xiaopei, Q.; Hong, Z.; Tianlun, J.; Yang, L. Prog. Chem. 2014, 26, 1840-1848
51. Guo, S.; Yang, F.; Zhang, Y. L.; Ning, Y.; Yao, Q. F.; Zhang, G. J. Anal. Methods 2014, 6, 3598-3603
52. Degliangeli, F.; Kshirsagar, P.; Brunetti, V.; Pompa, P. P.; Fiammengo, R. J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 2264-2267