Robustness in the fitting of molecular mechanics parameters

Journal of Computational Chemistry

Volumn 36, Issue 14, 2015, Pages 1083-1101

  Vanommeslaeghe, Kenno ^a   Yang, Mingjun ^a   Mackerell, Alexander D ^a  

^a UNIVERSITY OF MARYLAND SCHOOL OF PHARMACY   (United States)

Author keywords

CHARMM; empirical force fields; linear least squares; optimization; robustness

Indexed keywords

COMPUTATIONAL CHEMISTRY; OPTIMIZATION; ROBUSTNESS (CONTROL SYSTEMS);

CHARMM; ELECTROSTATIC POTENTIALS; EMPIRICAL FORCE FIELDS; FORCE FIELD PARAMETRIZATION; LINEAR LEAST SQUARES; MOLECULAR MECHANICS PARAMETERS; PARAMETER OPTIMIZATION; ROBUSTNESS ISSUES;

SURFACE RECONSTRUCTION;

CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; COMPUTER SIMULATION; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

COMPUTER SIMULATION; MODELS, CHEMICAL; MOLECULAR STRUCTURE; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

EID: 84928628737     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.23897     Document Type: Article

References (26)

1. K. Vanommeslaeghe, O. Guvench, A. D. MacKerell, Jr., Curr. Pharm. Des. 2014, 20, 3281.
2. K. Vanommeslaeghe, E. Hatcher, C. Acharya, S. Kundu, S. Zhong, J. Shim, E. Darian, O. Guvench, P. Lopes, I. Vorobyov, Mackerell AD Jr., J. Comput. Chem. 2010, 31, 671.
3. K. Vanommeslaeghe, A. D. MacKerell, Jr., Biochim. Biophys. Acta 2015, 1850, 861.
4. C. G. Mayne, J. Saam, K. Schulten, E. Tajkhorshid, J. C. Gumbart, J. Comput. Chem. 2013, 34, 2757.
5. L. Huang, B. Roux, J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 3543.
6. L.-P. Wang, J. Chen, T. Van Voorhis, J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 452.
7. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. E. Bayly, P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9620.
8. M. Udier-Blagovic, P. Morales, de Tirado, S. A., Pearlman, W. L., Jorgensen, J. Comput. Chem. 2004, 25, 1322.
9. E. Anderson, Z. Bai, C. Bischof, S. Blackford, J. Demmel, J. Dongarra, J. Du Croz, A. Greenbaum, S. Hammarling, A. McKenney, D. Sorensen, LAPACK Users' Guide, 3rd ed.; Society for Industrial and Applied Mathematics: Philadelphia, PA, 1999, ISBN 0-89871-447-8 (paperback).
10. C. I. Bayly, P. Cieplak, W. D. Cornell, P. A. Kollman, J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
11. T. A. Halgren, R. B. Nachbar, J. Comput. Chem. 1996, 17, 587.
12. O. Guvench, A. D. MacKerell, Jr., J. Mol. Model. 2008, 14, 667.
13. C. W. Hopkins, A. E. Roitberg, J. Chem. Inf. Model. 2014, 54, 1978.
14. O. Guvench, E. R. Hatcher, R. M. Venable, R. W. Pastor, A. D. MacKerell, Jr., J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2353.
15. S. K. Burger, P. W. Ayers, J. Schofield, J. Comput. Chem. 2014, 35, 1438.
16. M. Frisch, G. Trucks, H. Schlegel, G. Scuseria, M. Robb, J. Cheeseman, J. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. Kudin, J. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, and, J. A. Pople, Gaussian, Inc., 2004.
17. V. M. Rayõn, J. A. Sordo, J. Chem. Phys. 2005, 122, 204303.
18. J. M. Turney, A. C. Simmonett, R. M. Parrish, E. G. Hohenstein, F. A. Evangelista, J. T. Fermann, B. J. Mintz, L. A. Burns, J. J. Wilke, M. L. Abrams, N. J. Russ, M. L. Leininger, C. L. Janssen, E. T. Seidl, W. D. Allen, H. F. Schaefer, R. A. King, E. F. Valeev, C. D. Sherrill, T. D. Crawford, WIREs Comput. Mol. Sci. 2012, 2, 556.
19. B. R. Brooks, C. L. Brooks, III, A. D. MacKerell, Jr., L. Nilsson, R. J. Petrella, B. Roux, Y. Won, G. Archontis, C. Bartels, S. Boresch, A. Caflisch, L. Caves, Q. Cui, A.R. Dinner, M. Feig, S. Fischer, J. Gao, M. Hodoscek, W. Im, K. Kuczera, T. Lazaridis, J. Ma, V. Ovchinnikov, E. Paci, R. W. Pastor, C. B. Post, J.Z. Pu, M. Schaefer, B. Tidor, R. M. Venable, H. L. Woodcock, X. Wu, W. Yang, D.M. York, M. Karplus, J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545.
20. K. Vanommeslaeghe, E. P. Raman, A. D. MacKerell, Jr., J. Chem. Inf. Model. 2012, 52, 3155.
21. I. Vorobyov, V. Anisimov, S. Greene, R. Venable, A. Moser, R. Pastor, and, A. MacKerell, Jr., J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1120.
22. E. R. Hatcher, O. Guvench, and, A. D. MacKerell, Jr., J. Phys. Chem. B 2009, 113, 12466.
23. D. S. Patel, X. He, and, A. D. MacKerell, Jr., J. Phys. Chem. B 2015, 119, 637.
24. O. Guvench, S. Greene, G. Kamath, R. Pastor, J. Brady, and, A. MacKerell, Jr., J. Comput. Chem. 2008, 29, 2543.
25. M. Jana, and, A. D. MacKerell, Jr., manuscript in preparation.
26. C. Catlett, W. E. Allcock, P. Andrews, R. Aydt, R. Bair, N. Balac, B. Banister, T. Barker, M. Bartelt, P. Beckman, F. Berman, G. Bertoline, A. Blatecky, J. Boisseau, J. Bottum, J. Brunett, J. Bunn, M. Butler, D. Carver, J. Cobb, T. Cockerill, P. F. Couvares, M. Dahan, D. Diehl, T. Dunning, I. Foster, K. Gaither, D. Gannon, S. Goasguen, M. Grobe, D. Hart, D. Heinzel, C. Hempel, W. Huntoon, J. Insley, C. Jordan, I. Judson, A. Kamrath, N. Karonis, C. Kesselman, P. Kovatch, L. Lane, S. Lathrop, M. Levine, D. Lifka, L. Liming, M. Livny, R. Loft, D. Marcusiu, J. Marsteller, S. Martin, S. McCaulay, J. McGee, L. McGinnis, M. McRobbie, P. Messina, R. Moore, R. Moore, J. P. Navarro, J. Nichols, M. E. Papka, R. Pennington, G. Pike, J. Pool, R. Reddy, D. Reed, T. Rimovsky, E. Roberts, R. Roskies, S. Sanielevici, J. R. Scott, A. Shankar, M. Sheddon, M. Showerman, D. Simmel, A. Singer, D. Skow, S. Smallen, W. Smith, C. Song, R. Stevens, C. Stewart, R. B. Stock, N. Stone, J. Towns, T. Urban, M. Vildibill, E. Walker, V. Welch, N. Wilkins-Diehr, R. Williams, L. Winkler, L. Zhao, A. Zimmerman, In High Performance Computing (HPC) and Grids in Action, Vol. 16 of Advances in Parallel Computing, L. Grandinetti, Ed.; IOS Press: Amsterdam, 2007.