Fragmentation mechanisms of cytosine, adenine and guanine ionized bases

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 17, Issue 17, 2015, Pages 11813-11826

  Sadr Arani, Leila ^a   Mignon, Pierre ^a   Chermette, Henry ^a   Abdoul Carime, Hassan ^b   Farizon, Bernadette ^b   Farizon, Michel ^b  

^a UNIVERSITÉ LYON 1   (France)

^b Lyon Medicine University   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADENINE; CATION; CYTOSINE; GUANINE;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; QUANTUM THEORY;

ADENINE; CATIONS; CYTOSINE; GUANINE; MOLECULAR STRUCTURE; QUANTUM THEORY;

EID: 84928560109     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5cp00104h     Document Type: Article

References (64)

1. I. Baccarelli F. A. Gianturco E. Scifoni A. V. Solvo'yov E. Surdutovich Eur. Phys. J. D 2010 60 1
2. A. F. Fuciarelli and J. D. Zimbrick, Radiation Damage in DNA/functional relationships in early times, Battelle Press, Colombus, Richland, 1995
3. C. Von Sonnetage, The Chemical Basis for Radiation Biology, Taylor & Francis, London, 1987
4. M. L. Gonzalgo P. A. Jones Mutagenesis 1997 386 107 118
5. A. Razin T. Kafri Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 1994 48 53 81
6. H. W. Jochims M. Schwell H. Baumgartel S. Leach Chem. Phys. 2005 314 1-3 263 282
7. O. Plekan V. Feyer R. Richter M. Coreno M. de Simone K. C. Prince Chem. Phys. 2007 334 53
8. D. Touboul F. Gaie-Levrel G. A. Garcia L. Nahon L. Poisson M. Schwell J. Chem. Phys. 2013 138 094203
9. B. Coupier B. Farizon M. Farizon M. J. Gaillard F. Gobet N. V. de Castro Faria G. Jalbert S. Ouaskit M. Carré B. Gstir G. Hanel S. Denifl L. Feketeova P. Scheier T. D. Märk Eur. Phys. J. D 2002 20 459
10. S. Denifl B. Sonnweber G. Hanel P. Scheier T. D. Märk Int. J. Mass Spectrom. 2004 238 47
11. S. Feil K. Gluch S. Matt-Leubner P. Scheier J. Limtrakul M. Probst H. Deutsch K. Becker A. Stamatovic T. D. Märk J. Phys. B: At. Mol. Phys. 2004 37 3013
12. M. Imhoff Z. Deng M. Huels Int. J. Mass Spectrom. 2007 262 154
13. J. M. Rice G. O. Dudek M. Barber J. Am. Chem. Soc. 1965 87 4569
14. M. D. C. G. Barrio D. I. C. Scpoes J. B. Holtwick N. J. Leonard Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1981 78 7 3986
15. J. L. Occolowitz Chem. Commun. 1968 1226
16. S. K. Sethi S. P. Gupta E. E. Jenkins C. W. Whitehead L. B. Townsend J. A. McCloskey J. Am. Chem. Soc. 1982 104 3349
17. J. K. Wolken C. Yao F. Turecek M. J. Polce C. Wesdemiotis Int. J. Mass Spectrom. 2007 267 30
18. A. N. Zavilopulo O. B. Shpenik A. S. Agafonova J. Phys. B: At. Mol. Phys. 2009 42 025101
19. J. M. Rice G. O. Dudek J. Am. Chem. Soc. 1967 89 11 2719 2725
20. A. Le Padellec P. Moretto-Capelle M. Richard-Viard J. P. Champeaux P. Cafarelli J. Phys.: Conf. Ser. 2008 101 012007
21. J. Tabet, PhD thesis, Irradiation de molécules biologiques (bases de l'ADN et de l'ARN) par impact de protons dans le domaine de vitesse du pic de Bragg (20-150 keV uma-1), Université Lyon 1, Lyon, 2007
22. J. Tabet S. Eden S. Feil H. Abdoul-Carime B. Farizon M. Farizon S. Ouaskit T. D. Märk Nucl. Instrum. Methods Phys. Res., Sect. B 2010 268 2458
23. J. Tabet S. Eden S. Feil H. Abdoul-Carime B. Farizon M. Farizon S. Ouaskit T. D. Märk Int. J. Mass Spectrom. 2010 292 53
24. J. Tabet S. Eden S. Feil H. Abdoul-Carime B. Farizon M. Farizon S. Ouaskit T. D. Märk Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 2010 82 022703
25. J. Tabet S. Eden S. Feil H. Abdoul-Carime B. Farizon M. Farizon S. Ouaskit T. D. Märk Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 2010 81 012711
26. R. Bredy J. Bernard L. Chen B. Wei A. Salmoun T. Bouchama M. C. Buchet-Poulizac S. Martin Nucl. Instrum. Methods Phys. Res., Sect. B 2005 235 392
27. T. Schlathölter F. Alvarado S. Bari A. Lecointre R. Hoekstra V. Bernigaud B. Manil J. Rangama B. Huber ChemPhysChem 2006 7 2339
28. T. Schlathölter F. Alvarado S. Bari R. Hoekstra Phys. Scr. 2006 73 4 C113 C117
29. J.-C. Poully J. Miles S. De Camillis A. Cassimi J. B. Greenwood Phys. Chem. Chem. Phys. 2015 17 11 7172 7180
30. L. Chen R. Bredy J. Bernard G. Montagne A. R. Allouche S. Martin J. Chem. Phys. 2011 135 11 114309
31. H. Budzikiewicz J. I. Brauman C. Djerass Tetrahedron 1965 21 1855
32. R. C. Dougherty J. Am. Chem. Soc. 1968 90 5780
33. L. Sadr-Arani P. Mignon H. Abdoul-Carime B. Farizon M. Farizon H. Chermette Phys. Chem. Chem. Phys. 2012 14 9855
34. L. Sadr-Arani P. Mignon H. Abdoul-Carime B. Farizon M. Farizon H. Chermette Chem. Phys. Lett. 2013 583 165
35. C. Zhou S. Matsika M. Kotur T. C. Weinacht J. Phys. Chem. A 2012 116 9217
36. R. Improta G. Scalmani V. Barone Int. J. Mass Spectrom. 2000 201 321
37. Z. A. Tehrani M. G. Javan A. Fattahi M. M. Hashemi J. Theor. Comput. Chem. 2011 11 313
38. P. Cheng Y. Li S. Li M. Zhang Z. Zhou Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 4667
39. C. A. Cole Z.-C. Wang T. P. Snow V. M. Bierbaum J. Phys. Chem. A 2015 119 2 334 343
40. G. Te Velde F. M. Bickelhaupt S. J. A. van Gisbergen C. Fonseca Guerra E. J. Baerends J. G. Snijders T. Ziegler J. Comput. Chem. 2001 22 931
41. A. D. Becke Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1988 38 3098
42. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1997 78 1396
43. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1996 77 18 3865 3868
44. J. G. Snijders E. J. Baerends P. Vernooijs At. Data Nucl. Data Tables 1982 26 483
45. E. van Lenthe E. J. Baerends J. Comput. Chem. 2003 24 1142
46. S. J. A. van Gisbergen J. G. Snijders E. J. Baerends J. Chem. Phys. 1995 103 9347
47. S. J. A. van Gisbergen V. P. Osinga O. V. Gritsenko R. van Leeuwen J. G. Snijders E. J. Baerends J. Chem. Phys. 1996 105 3142
48. L. Fan T. Ziegler J. Chem. Phys. 1992 96 9005
49. L. Fan T. Ziegler J. Am. Chem. Soc. 1992 114 10890
50. H. Kruse M. Havrila J. Sponer J. Chem. Theory Comput. 2014 10 6 2615 2629
51. Z. A. Tehrani M. G. Javan A. Fattahi M. M. Hashemi J. Theor. Comput. Chem. 2011 11 313
52. J. R. Wagner J. Cadet Acc. Chem. Res. 2010 43 4 564
53. B. G. Eatock W. L. Waltz P. G. Mezey Can. J. Chem. 1986 64 914
54. J. H. Beynon A. E. Williams Appl. Spectrosc. 1960 13 101
55. S. K. Kim W. Lee D. R. Herschbach J. Phys. Chem. 1996 100 7933
56. L. Gorb A. Kaczmarek A. Gorb A. J. Sadlej J. Leszczynski J. Phys. Chem. B 2005 109 28 13770 13776
57. J. Gu J. Leszczynski J. Phys. Chem. A 1999 103 15 2744 2750
58. J. Cadet T. Douki J. L. Ravanat Free Radicals Biol. Med. 2010 49 9
59. R. Improta G. Scalmani V. Barone Int. J. Mass Spectrom. 2000 201 1-3 321 336
60. C. A. Bauer S. Grimme J. Phys. Chem. A 2014 118 49 11479 11484
61. M. M. Dawley K. Tanzer W. A. Cantrell P. Plattner N. R. Brinkmann P. Scheier S. Denifl S. Ptasinska Phys. Chem. Chem. Phys. 2014 16 45 25039 25053
62. B. F. Minaev M. I. Shafranyosh Y. Y. Svida M. I. Sukhoviya I. I. Shafranyosh G. V. Baryshnikov V. A. Minaeva J. Chem. Phys. 2014 140 17 175101
63. S. Bjelland E. Seeberg Mutat. Res. 2003 531 37
64. P. Cheng Y. Li S. Li M. Zhang Z. Zhou Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 4667