DFT study of the fragmentation mechanism of uracil RNA base

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 28, 2012, Pages 9855-9870

  Arani, Leila Sadr ^a   Mignon, Pierre ^a   Abdoul Carime, Hassan ^a   Farizon, Bernadette ^a   Farizon, Michel ^a   Chermette, Henry ^a  

^a UNIVERSITÉ LYON 1   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

RNA; URACIL;

ARTICLE; CHEMISTRY; MASS SPECTROMETRY; QUANTUM THEORY;

MASS SPECTROMETRY; QUANTUM THEORY; RNA; URACIL;

EID: 84863702072     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2cp40384f     Document Type: Article

References (49)

1. Medical Research Council Rectal Cancer Working Party, Lancet, 1996
2. M. I. Egea M. C. Martínez-Madrid P. Sánchez-Bel M. A. Murcia F. Romojaro LWT-Food Sci. Technol. 2007 40 1027
3. G. Gundestrup H. H. Storm Lancet 1999 354 2029
4. R. A. Mewaldt A. J. Davis W. R. Binns G. A. de Nolfo J. S. George M. H. Israel R. A. Leske E. C. Stone M. E. Wiedenbeck T. T. von Rosenvinge 29th International Cosmic Ray Conference (Pune) 2005 1 101
5. D. E. Lea The Action of Radiation on Living Cells 1947
6. C. Von Sonnetage, The Chemical Basis for Radiation Biology, Taylor & Francis, London, 1987
7. M. A. Hill Radiat. Meas. 1999 31 15
8. H. Nikjoo S. Uehara W. E. Wilson D. Goodhead Int. J. Radiat. Biol. 1998 73 355
9. RADAM "Radiation Damage in Biomolecular Systems" COST Action P9, European Cooperation in Science and Technology (2003-2007), Annual report 2007, COST office publication.
10. D. L. Nelson and M. M. Cox, Lehninger Principles of Biochemistry, Worth Publishers, New York, 1982
11. C. Champion H. Lekadir M. E. Galassi O. Fojón R. D. Rivarola J. Hanssen Phys. Med. Biol. 2010 55 6053
12. B. Coupier B. Farizon M. Farizon M. J. Gaillard F. Gobet N. V. de Castro Faria G. Jalbert S. Ouaskit M. Carré B. Gstir G. Hanel S. Denifl L. Feketeova P. Scheier T. D. Märk Eur. Phys. J. D 2002 20 459
13. C. E. Crespo-Hernandez R. Arce Y. Ishikawa L. Gorb J. Leszczynski D. M. Close J. Phys. Chem. A 2004 108 6373
14. J. De Vries R. Hoekstra R. Morgenstern T. Schlatholter Eur. Phys. J. D 2003 24 161
15. J. De Vries R. Hoekstra R. Morgenstern T. Schlatholter Phys. Rev. Lett. 2003 91 053401
16. J. De Vries R. Hoekstra R. Morgenstern T. Schlathölter J. Phys. B: At., Mol. Opt. Phys. 2002 35 4373
17. J. De Vries R. Hoekstra R. Morgenstern T. Schlathölter Phys. Scr. 2004 T110 336
18. S. Denifl B. Sonnweber G. Hanel P. Scheier T. D. Märk Int. J. Mass Spectrom. 2004 238 47
19. S. Feil K. Gluch S. Matt-Leubner P. Scheier J. Limtrakul M. Probst H. Deutsch K. Becker A. Stamatovic T. D. Märk J. Phys. B: At., Mol. Opt. Phys. 2004 37 3013
20. M. Imhoff Z. Deng M. Huels Int. J. Mass Spectrom. 2007 154 262
21. A. Kumar and M. D. Sevilla, in Radicals and Radical Reactivity in Nucleic Acid Chemistry, ed., Marc Greenberg, John Wiley and Sons, Inc., New York, 2009
22. A. Le Padellec P. Moretto-Capelle M. Richard-Viard J. P. Champeaux P. Cafarelli J. Phys.: Conf. Ser. 2008 101 012007
23. N. A. Richardson J. Gu S. Wang Y. Xie H. F. Schaeffer J. Am. Chem. Soc. 2004 126 4404
24. T. Schlathölter F. Alvarado S. Bari A. Lecointre R. Hoekstra V. Bernigaud B. Manil J. Rangama B. Huber ChemPhysChem 2006 7 2339
25. T. Schlathölter F. Alvarado R. Hoekstra Nucl. Instrum. Methods Phys. Res., Sect. B 2005 233 62
26. M. D. Sevilla B. Besler A. O. Colson J. Phys. Chem. 1995 99 1060
27. M. D. Sevilla X. Li Adv. Quantum Chem. 2007 52 59
28. J. Tabet, PhD Thesis, 2007, Lyon, France
29. J. Tabet S. Eden S. Feil H. Abdoul-Carime B. Farizon M. Farizon S. Ouaskit T. D. Märk Nucl. Instrum. Methods Phys. Res., Sect. B 2010 268 2458
30. J. Tabet S. Eden S. Feil H. Abdoul-Carime B. Farizon M. Farizon S. Ouaskit T. D. Märk Int. J. Mass Spectrom. 2010 292 53
31. J. Tabet S. Eden S. Feil H. Abdoul-Carime B. Farizon M. Farizon S. Ouaskit T. D. Märk Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 2010 82 022703
32. J. Tabet S. Eden S. Feil H. Abdoul-Carime B. Farizon M. Farizon S. Ouaskit T. D. Märk Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 2010 81 012711
33. S. D. Wetmore R. J. Boyd L. A. Eriksson Chem. Phys. Lett. 2000 322 129
34. M. Imhoff Z. Deng M. Huels Int. J. Mass Spectrom. 2005 245 68
35. H. Budzikiewicz J. I. Brauman C. Djerass Tetrahedron 1965 21 1855
36. R. C. Dougherty J. Am. Chem. Soc. 1968 90 5780
37. D. M. Close J. Phys. Chem. A 2004 108 10376
38. R. Improta G. Scalmani V. Barone Int. J. Mass Spectrom. 2000 201 321
39. ADF2010, SCM, Theoretical Chemistry, Vrije Universiteit, Amsterdam, The Netherlands, http://www.scm.com
40. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1996 77 3865
41. Y. Zhang W. Yang Phys. Rev. Lett. 1998 80 890
42. M. J. T. G. W. Frisch, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, N. J. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009
43. M. S. Gopinathan K. Jug Theor. Chim. Acta 1983 63 497
44. V. M. Orlov A. N. Smirnov Y. M. Varshavsky Tetrahedron Lett. 1976 4377
45. J. Cadet T. Douki J. L. Ravanat Free Radical Biol. Med. 2010 49 9
46. H. W. Jochims M. Schwell H. Baumgartel S. Leach Chem. Phys. 2005 314 263
47. M. Farizon, B. Farizon, H. Abdoul-Carime, G. Bruny, S. Eden, S. Feil, C. Montano, Depot brevet n°0958991 du 15 Dec 2009, PCT/FR2010/052733 patent pending
48. K. Burke J. Chem. Phys. 2012 136 150901
49. M. L. Coote G. P. F. Wood L. Radom J. Phys. Chem. A 2002 106 12124