Electron ionization of the nucleobases adenine and hypoxanthine near the threshold: A combined experimental and theoretical study

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 16, Issue 45, 2014, Pages 25039-25053

  Dawley, M Michele ^a   Tanzer, Katrin ^b   Cantrell, William A ^a   Plattner, Peter ^b   Brinkmann, Nicole R ^a   Scheier, Paul ^b   Denifl, Stephan ^b   Ptasińska, Sylwia ^a,c  

^a UNIVERSITY OF NOTRE DAME   (United States)

^b UNIVERSITY OF INNSBRUCK   (Austria)

^c UNIVERSITY OF NOTRE DAME   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADENINE; DNA; HYPOXANTHINE;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; ELECTRON; MASS SPECTROMETRY;

ADENINE; DNA; ELECTRONS; HYPOXANTHINE; MASS SPECTROMETRY; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION;

EID: 84908463533     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4cp03452j     Document Type: Article

References (70)

1. S. Kanvah, J. Joseph, G. B. Schuster, R. N. Barnett, C. L. Cleveland, U. Landman Acc. Chem. Res., 2010, 43, 280-287
2. H. Abdoul-Carime, J. Langer, M. A. Huels, E. Illenberger Eur. Phys. J. D, 2005, 35, 399-404
3. H. Abdoul-Carime, S. Gohlke, E. Illenberger Phys. Rev. Lett., 2004, 92, 168103.
4. L. Sanche Eur. Phys. J. D, 2005, 35, 367-390
5. S. Ptasińska, S. Denifl, S. Gohlke, P. Scheier, E. Illenberger, T. D. Märk Angew. Chem., 2006, 45, 1893-1896
6. B. Boudaiffa, P. Cloutier, D. Hunting, M. A. Huels, L. Sanche Science, 2000, 287, 1658-1660
7. X. Pan, L. Sanche Phys. Rev. Lett., 2005, 94, 198104.
8. I. I. Shafranyosh, M. I. Sukhoviya, M. I. Shafranyosh, L. L. Shimon Tech. Phys., 2008, 53, 1536-1540
9. W. M. Huo, C. E. Dateo, G. D. Fletcher Radiat. Meas., 2006, 41, 1202-1208
10. N. L. Evans, C. J. Bennett, S. Ullrich, R. I. Kaiser Astrophys. J., 2011, 730, 69.
11. H. L. Barks, R. Buckley, G. A. Grieves, E. Di Mauro, N. V. Hud, T. M. Orlando ChemBioChem, 2010, 11, 1240-1243
12. J. S. Hudson, J. F. Eberle, R. H. Vachhani, L. C. Rogers, J. H. Wade, R. Krishnamurthy, G. Springsteen Angew. Chem., 2012, 51, 5134-5137
13. R. Saladino, C. Crestini, G. Costanzo, R. Negri, E. Di Mauro Bioorg. Med. Chem., 2001, 9, 1249-1253
14. O. Botta, J. L. Bada Surv. Geophys., 2002, 23, 411-467
15. D. P. Zaleski, N. A. Seifert, A. L. Steber, M. T. Muckle, R. A. Loomis, J. F. Corby, O. Martinez, K. N. Crabtree, P. R. Jewell, J. M. Hollis, F. J. Lovas, D. Vasquez, J. Nyiramahirwe, N. Sciortino, K. Johnson, M. C. McCarthy, A. J. Remijan, B. H. Pate Astrophys. J., Lett., 2013, 765, L10.
16. M. P. Callahan, K. E. Smith, H. J. Cleaves, J. Ruzicka, J. C. Stern, D. P. Glavin, C. H. House, J. P. Dworkin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2011, 108, 13995-13998
17. A. Shimoyama, S. Hagishita, K. Harada Geochem. J., 1990, 24, 343-348
18. C. Lifschitz, E. D. Bergmann, B. Pullman Tetrahedron Lett., 1967, 4583-4586
19. N. S. Hush, A. S. Cheung Chem. Phys. Lett., 1975, 34, 11-13
20. H. W. Jochims, M. Schwell, H. Baumgärtel, S. Leach Chem. Phys., 2005, 314, 263-282
21. S. Pilling, A. F. Lago, L. H. Coutinho, R. B. de Castilho, G. G. B. de Souza, A. N. de Brito Rapid Commun. Mass Spectrom., 2007, 21, 3646-3652
22. D. Touboul, F. Gaie-Levrel, G. A. Garcia, L. Nahon, L. Poisson, M. Schwell, M. Hochlaf J. Chem. Phys., 2013, 138, 094203.
23. K. B. Bravaya, O. Kostko, S. Dolgikh, A. Landau, M. Ahmed, A. I. Krylov J. Phys. Chem. A, 2010, 114, 12305-12317
24. S. K. Sethi, S. P. Gupta, E. E. Jenkins, C. W. Whitehead, L. B. Townsend, J. A. McCloskey J. Am. Chem. Soc., 1982, 104, 3349-3353
25. B. F. Minaev, M. I. Shafranyosh, Y. Y. Svida, M. I. Sukhoviya, I. I. Shafranyosh, G. V. Baryshnikov, V. A. Minaeva J. Chem. Phys., 2014, 140, 175101.
26. C. E. Crespo-Hernandez, R. Arce, Y. Ishikawa, L. Gorb, J. Leszczynski, D. M. Close J. Phys. Chem. A, 2004, 108, 6373-6377
27. O. Dolgounitcheva, V. G. Zakrzewski, J. V. Ortiz J. Phys. Chem. A, 2009, 113, 14630-14635
28. S. Pacheco-Ortin, R. G. Lozano, E. A. Valdes Int. J. Quantum Chem., 2012, 112, 2840-2847
29. S. D. Wetmore, R. J. Boyd, L. A. Eriksson Chem. Phys. Lett., 2000, 322, 129-135
30. M. Vinodkumar, C. Limbachiya, M. Barot, A. Barot, M. Swadia Int. J. Mass Spectrom., 2014, 360, 1-7
31. V. Feyer, O. Plekan, R. Richter, M. Coreno, K. C. Prince Chem. Phys., 2009, 358, 33-38
32. M. E. Costas, R. Acevedo-Chavez J. Solution Chem., 2012, 41, 864-878
33. F. Zappa, S. Denifl, I. Mahr, J. Lecointre, F. Rondino, O. Echt, T. D. Märk, P. Scheier Eur. Phys. J. D, 2007, 43, 117-120
34. S. Denifl, B. Sonnweber, G. Hanel, P. Scheier, T. D. Märk Int. J. Mass Spectrom., 2004, 238, 47-53
35. A. N. Zavilopulo, O. B. Shpenik, A. S. Agafonova J. Phys. B: At., Mol. Opt. Phys., 2009, 42, 025101.
36. P. J. M. van der Burgt Eur. Phys. J. D, 2014, 68, 135.
37. C. Dal Cappello, Z. Rezkallah, S. Houamer, I. Charpentier, A. C. Roy, P. A. Hervieux, M. F. Ruiz-Lopez Eur. Phys. J. D, 2013, 67, 117.
38. L. S. Arani, P. Mignon, H. Abdoul-Carime, B. Farizon, M. Farizon, H. Chermette Chem. Phys. Lett., 2013, 583, 165-169
39. D. Close, G. Forde, L. Gorb, J. Leszczynski Struct. Chem., 2003, 14, 451-454
40. S. Ptasińska, P. Candori, S. Denifl, S. Yoon, V. Grill, P. Scheier, T. D. Märk Chem. Phys. Lett., 2005, 409, 270-276
41. S. Ptasińska, S. Denifl, P. Scheier, T. D. Märk Int. J. Mass Spectrom., 2005, 243, 171-176
42. S. Denifl, B. Sonnweber, J. Mack, L. T. Scott, P. Scheier, K. Becker, T. D. Märk Int. J. Mass Spectrom., 2006, 249-250, 353-358
43. B. Puschnigg, S. E. Huber, M. Probst, K. Tanzer, V. Vizcaino, F. F. da Silva, P. Scheier, P. Limao-Vieira, S. Denifl Phys. Chem. Chem. Phys., 2013, 15, 3834-3840
44. Alfa Aesar, http://www.alfa.com/en/GP100W.pgm?DSSTK=A11481, accessed July 28, 2014
45. M. Levy, S. L. Miller Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1998, 95, 7933-7938
46. N. M. Erdevdi, V. V. Zvenigorodskii, O. B. Shpenik, L. G. Romanova Opt. Spectrosc., 2013, 114, 47-51
47. C. Plutzer, K. Kleinermanns Phys. Chem. Chem. Phys., 2002, 4, 4877-4882
48. NIST Chemistry WebBook, http://webbook.nist.gov, 2013
49. G. H. Wannier Phys. Rev., 1953, 90, 817-825
50. E. P. Wigner Phys. Rev., 1948, 73, 1002-1009
51. Python, https://www.python.org/, accessed July 5, 2014
52. SciPy, http://www.scipy.org/, accessed July 5, 2014
53. NumPy, http://www.numpy.org/, accessed July 5, 2014
54. Matplotlib, http://matplotlib.org/, accessed July 5, 2014
55. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. Montgomery, J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski, and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2009
56. N. R. Brinkmann, I. Carmichael J. Phys. Chem. A, 2004, 108, 9390-9399
57. C. T. Lee, W. T. Yang, R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys., 1988, 37, 785-789
58. A. D. Becke J. Chem. Phys., 1993, 98, 5648-5652
59. D. Feller J. Comput. Chem., 1996, 17, 1571-1586
60. K. L. Schuchardt, B. T. Didier, T. Elsethagen, L. S. Sun, V. Gurumoorthi, J. Chase, J. Li, T. L. Windus J. Chem. Inf. Model., 2007, 47, 1045-1052
61. W. S. Ohlinger, P. E. Klunzinger, B. J. Deppmeier, W. J. Hehre J. Phys. Chem. A, 2009, 113, 2165-2175
62. J. W. Ochterski, Thermochemistry in Gaussian, http://www.gaussian.com/g_whitepap/thermo.htm, accessed September 30, 2014
63. J. M. Rice, G. O. Dudek J. Am. Chem. Soc., 1967, 89, 2719-2725
64. CRC Handbook of Chemistry and Physics, http://www.hbcpnetbase.com, accessed July 7, 2014
65. S. Peng, A. Padva, P. R. Lebreton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1976, 73, 2966-2968
66. J. Lin, C. Yu, S. Peng, I. Akiyama, K. Li, L. K. Lee, P. R. Lebreton J. Phys. Chem., 1980, 84, 1006-1012
67. E. V. Anslyn, and D. A. Dougherty, Modern Physical Organic Chemistry, University Science, Sausalito, CA, 2006, pp. 100-109
68. E. R. Johnson, A. D. Becke J. Chem. Phys., 2008, 128, 124105.
69. V. V. Afrosimov, A. A. Basalaev, Y. G. Morozov, M. N. Panov, O. V. Smirnov, E. A. Tropp Tech. Phys., 2012, 57, 594-602
70. O. O. Brovarets, D. M. Hovorun J. Biomol. Struct. Dyn., 2013, 31, 913-936