A DNA logic gate based on strand displacement reaction and rolling circle amplification, responding to multiple low-abundance DNA fragment input signals, and its application in detecting miRNAs

Chemical Communications

Volumn 51, Issue 32, 2015, Pages 6980-6983

  Chen, Yuqi ^a   Song, Yanyan ^a   Wu, Fan ^a   Liu, Wenting ^a   Fu, Boshi ^a   Feng, Bingkun ^a   Zhou, Xiang ^a,b  

^a WUHAN UNIVERSITY   (China)

^b PEKING UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA FRAGMENT; MICRORNA; PRIMER DNA; PRIMER RNA; SINGLE STRANDED DNA; DNA;

AGAR GEL ELECTROPHORESIS; ARTICLE; BASE PAIRING; CONTROLLED STUDY; DNA METHYLATION; DNA SEQUENCE; DNA STRAND; ENTROPY; FEMALE; FLUORESCENCE; GEL ELECTROPHORESIS; GENE EXPRESSION; HELA CELL LINE; HUMAN; HUMAN CELL; LIMIT OF DETECTION; NUCLEIC ACID AMPLIFICATION; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; CHEMISTRY; GENETICS; LOGIC; MOLECULAR COMPUTER;

COMPUTERS, MOLECULAR; DNA; HELA CELLS; HUMANS; LIMIT OF DETECTION; LOGIC; MICRORNAS; NUCLEIC ACID AMPLIFICATION TECHNIQUES;

EID: 84926623836     PISSN: 13597345     EISSN: 1364548X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5cc01389e     Document Type: Article

References (42)

1. P. A. de Silva N. H. Gunaratne C. P. McCoy Nature 1993 42 44
2. P. A. de Silva S. Uchiyama Nat. Nanotechnol. 2007 2 399 410
3. R. Guliyev S. Ozturk Z. Kostereli E. U. Akkaya Angew. Chem., Int. Ed. 2011 123 10000 10005
4. O. A. Bozdemir R. Guliyev O. Buyukcakir S. Selcuk S. Kolemen G. Gulseren T. Nalbantoglu H. Boyaci E. U. Akkaya J. Am. Chem. Soc. 2010 132 8029 8036
5. T. Gupta M. E. van der Boom Angew. Chem., Int. Ed. 2008 120 5402 5406
6. G. de Ruiter L. Motiei J. Choudhury N. Oded M. E. van der Boom Angew. Chem., Int. Ed. 2010 122 4890 4893
7. G. de Ruiter E. Tartakovsky N. Oded M. E. van der Boom Angew. Chem., Int. Ed. 2010 122 173 176
8. L. M. Adleman Science 1994 266 1021 1024
9. E. Katz, Biomolecular Computing-From Logic Systems to Smart Sensors and Actuators, Wiley-VCH, 2012
10. W. Y. Xie W. T. Huang N. B. Li H. Q. Luo Chem. Commun. 2012 48 82 84
11. M. N. Stojanovic D. Stefanovic Nat. Biotechnol. 2003 21 1069 1074
12. T. Li E. Wang S. Dong J. Am. Chem. Soc. 2009 131 15082 15083
13. D. L. Ma H. Z. He D. S. H. Chan C. H. Leung Chem. Sci. 2013 4 3366 3380
14. W. Y. Xie W. T. Huang N. B. Li H. Q. Luo Chem. Commun. 2012 48 82 84
15. G. Seelig D. Soloveichik D. Y. Zhang E. Winfree Science 2006 314 1585 1588
16. B. M. Frezza S. L. Cockroft M. R. Ghadiri J. Am. Chem. Soc. 2007 129 14875 14879
17. J. Zhu L. Zhang E. Wang Chem. Commun. 2012 48 11990 11992
18. D. Soloveichik G. Seelig E. Winfree Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 5393 5398
19. G. Seelig D. Soloveichik D. Y. Zhang E. Winfree Science 2006 314 1585 1588
20. A. J. Turberfield J. C. Mitchell B. Yurke A. J. Mills M. I. Blakey F. C. Simmel Phys. Rev. Lett. 2003 90 118102
21. B. Yurke A. P. Mills Genet. Program. Evolvable Mach. 2003 4 111 122
22. D. Y. Zhang E. Winfree J. Am. Chem. Soc. 2009 131 17303 17314
23. D. Y. Zhang G. Seelig Nat. Chem. 2011 3 103 113
24. L. Qian E. Winfree J. Bruck Nature 2011 475 368 372
25. P. M. Lizardi X. Huang Z. Zhu P. Bray-Ward D. C. Thomas D. C. Ward Nat. Genet. 1998 19 225 232
26. X. B. Zhong P. M. Lizardi X. H. Huang P. L. Bray-Ward D. C. Ward Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 3940 3945
27. P. Hardenbol J. Baner M. Jain M. Nilsson E. A. Namsaraev G. A. Karlin-Neumann H. Fakhrai-Rad M. Ronaghi T. D. Willis U. Landegren R. W. Davis Nat. Biotechnol. 2003 21 673 678
28. L. J. Ou S. J. Liu X. Chu G. L. Shen R. Q. Yu Anal. Chem. 2009 81 9664 9673
29. S. P. Jonstrup J. Koch J. Kjems RNA 2006 12 1747 1752
30. C. Larsson I. Grundberg O. Soderberg M. Nilsson Nat. Methods 2010 7 395 397
31. X. Qi S. Bakht K. M. Devos M. D. Gale A. Osbourn Nucleic Acids Res. 2001 29 E116
32. A. Cao C. Y. Zhang Anal. Chem. 2012 84 6199 6205
33. E. J. Cho L. Yang M. Levy A. D. Ellington J. Am. Chem. Soc. 2005 127 2022 2023
34. B. Schweitzer S. Roberts B. Grimwade W. Shao M. Wang Q. Fu Q. Shu I. Laroche Z. Zhou V. T. Tchernev J. Christiansen M. Velleca S. F. Kingsmore Nat. Biotechnol. 2002 20 359 365
35. G. D. Hamblin K. M. Carneiro J. F. Fakhoury K. E. Bujold H. F. Sleiman J. Am. Chem. Soc. 2012 134 2888 2891
36. V. Ambros Nature 2004 431 350 355
37. M. V. Iorio R. Visone G. Di Leva V. Donati F. Petrocca P. Casalini C. Taccioli S. Volinia C. G. Liu H. Alder G. A. Calin S. Menard C. M. Croce Cancer Res. 2007 67 8699 8707
38. S. Volinia G. A. Calin C. G. Liu S. Ambs A. Cimmino F. Petrocca R. Visone M. Iorio C. Roldo M. Ferracin R. L. Prueitt N. Yanaihara G. Lanza A. Scarpa A. Vecchione M. Negrini C. C. Harris C. M. Croce Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 2257 2261
39. J. A. Chan A. M. Krichevsky K. S. Kosik Cancer Res. 2005 65 6029 6033
40. W. O. Lui N. Pourmand B. K. Patterson A. Fire Cancer Res. 2007 67 6031 6043
41. Y. Akao Y. Nakagawa T. Naoe Biol. Pharm. Bull. 2006 29 903 906
42. V. B. Sampson N. H. Rong J. Han Q. Yang V. Aris P. Soteropoulos N. J. Petrelli S. P. Dunn L. J. Krueger Cancer Res. 2007 67 9762 9770