A global view of network of lncRNAs and their binding proteins

Molecular BioSystems

Volumn 11, Issue 2, 2015, Pages 656-663

  Shang, Desi ^a   Yang, Haixiu ^a   Xu, Yanjun ^a   Yao, Qianlan ^a   Zhou, Wenbin ^a   Shi, Xinrui ^a   Han, Junwei ^a   Su, Fei ^a   Su, Bin ^a   Zhang, Chunlong ^a   Li, Chunquan ^a   Li, Xia ^a  

^a HARBIN MEDICAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LONG UNTRANSLATED RNA; PROTEIN BINDING; RNA BINDING PROTEIN;

CLUSTER ANALYSIS; GENE REGULATORY NETWORK; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; PROTEIN DATABASE;

CLUSTER ANALYSIS; DATABASES, PROTEIN; GENE REGULATORY NETWORKS; HUMANS; PROTEIN BINDING; RNA, LONG NONCODING; RNA-BINDING PROTEINS;

EID: 84921514976     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4mb00409d     Document Type: Article

References (47)

1. J. S. Mattick, Science, 2005, 309, 1527-1528.
2. T. R. Mercer, M. E. Dinger and J. S. Mattick, Nat. Rev. Genet., 2009, 10, 155-159.
3. L. W. Harries, Biochem. Soc. Trans., 2012, 40, 902-906.
4. A. M. Khalil and J. L. Rinn, Semin. Cell Dev. Biol., 2011, 22, 359-365.
5. J. Y. Tang, J. C. Lee, Y. T. Chang, M. F. Hou, H. W. Huang, C. C. Liaw and H. W. Chang, Sci. World J., 2013, 2013, 943539.
6. O. Wapinski and H. Y. Chang, Trends Cell Biol., 2011, 21, 354-361.
7. X. Yang, L. Gao, X. Guo, X. Shi, H. Wu, F. Song and B. Wang, PLoS One, 2014, 9, e87797.
8. L. Da Sacco, A. Baldassarre and A. Masotti, Int. J. Mol. Sci., 2012, 13, 97-114.
9. S. Kishore, S. Luber and M. Zavolan, Briefings Funct. Genomics, 2010, 9, 391-404.
10. D. D. Licatalosi and R. B. Darnell, Nat. Rev. Genet., 2010, 11, 75-87.
11. J. Yuan, W. Wu, C. Xie, G. Zhao, Y. Zhao and R. Chen, Nucleic Acids Res., 2014, 42, D104-D108.
12. U. K. Muppirala, B. A. Lewis and D. Dobbs, J. Comput. Sci. Syst. Biol., 2013, 6, 182-187.
13. D. Bu, K. Yu, S. Sun, C. Xie, G. Skogerbo, R. Miao, H. Xiao, Q. Liao, H. Luo, G. Zhao, H. Zhao, Z. Liu, C. Liu, R. Chen and Y. Zhao, Nucleic Acids Res., 2012, 40, D210-D215.
14. D. Bhartiya, K. Pal, S. Ghosh, S. Kapoor, S. Jalali, B. Panwar, S. Jain, S. Sati, S. Sengupta, C. Sachidanandan, G. P. Raghava, S. Sivasubbu and V. Scaria, Database, 2013, 2013, bat034.
15. M. E. Newman, Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys., 2001, 64, 016131.
16. J. Xu, C. X. Li, Y. S. Li, J. Y. Lv, Y. Ma, T. T. Shao, L. D. Xu, Y. Y. Wang, L. Du, Y. P. Zhang, W. Jiang, C. Q. Li, Y. Xiao and X. Li, Nucleic Acids Res., 2010, 39, 825-836.
17. J. M. Engreitz, A. Pandya-Jones, P. McDonel, A. Shishkin, K. Sirokman, C. Surka, S. Kadri, J. Xing, A. Goren, E. S. Lander, K. Plath and M. Guttman, Science, 2013, 341, 1237973.
18. D. Lessing, M. C. Anguera and J. T. Lee, Annu. Rev. Genomics Hum. Genet., 2013, 14, 85-110.
19. A. Wutz, Prog. Mol. Biol. Transl. Sci., 2011, 101, 351-376.
20. T. Gutschner, M. Hammerle and S. Diederichs, J. Mol. Med., 2013, 91, 791-801.
21. X. Shi, M. Sun, H. Liu, Y. Yao and Y. Song, Cancer Lett., 2013, 339, 159-166.
22. R. Watts, V. L. Johnsen, J. Shearer and D. S. Hittel, Am. J. Physiol.: Cell Physiol., 2013, 304, C995-1001.
23. J. Viiri, M. Amadio, N. Marchesi, J. M. Hyttinen, N. Kivinen, R. Sironen, K. Rilla, S. Akhtar, A. Provenzani, V. G. D'Agostino, S. Govoni, A. Pascale, H. Agostini, G. Petrovski, A. Salminen and K. Kaarniranta, PLoS One, 2013, 8, e69563.
24. S. Srikantan and M. Gorospe, Front. Biosci., Landmark Ed., 2012, 17, 189-205.
25. J. L. Bell, K. Wachter, B. Muhleck, N. Pazaitis, M. Kohn, M. Lederer and S. Huttelmaier, Cell. Mol. Life Sci., 2013, 70, 2657-2675.
26. P. Wu, X. Zuo, H. Deng, X. Liu, L. Liu and A. Ji, Brain Res. Bull., 2013, 97, 69-80.
27. N. J. Yoo, S. Y. Hur, M. S. Kim, J. Y. Lee and S. H. Lee, APMIS, 2011, 118, 271-276.
28. M. S. Kim, J. E. Oh, Y. R. Kim, S. W. Park, M. R. Kang, S. S. Kim, C. H. Ahn, N. J. Yoo and S. H. Lee, J. Pathol., 2010, 221, 139-146.
29. S. Postel-Vinay, A. S. Veron, F. Tirode, G. Pierron, S. Reynaud, H. Kovar, O. Oberlin, E. Lapouble, S. Ballet, C. Lucchesi, U. Kontny, A. Gonzalez-Neira, P. Picci, J. Alonso, A. Patino-Garcia, B. B. de Paillerets, K. Laud, C. Dina, P. Froguel, F. Clavel-Chapelon, F. Doz, J. Michon, S. J. Chanock, G. Thomas, D. G. Cox and O. Delattre, Nat. Genet., 2012, 44, 323-327.
30. W. Huang da, B. T. Sherman and R. A. Lempicki, Nat. Protoc., 2009, 4, 44-57.
31. T. S. Keshava Prasad, R. Goel, K. Kandasamy, S. Keerthikumar, S. Kumar, S. Mathivanan, D. Telikicherla, R. Raju, B. Shafreen, A. Venugopal, L. Balakrishnan, A. Marimuthu, S. Banerjee, D. S. Somanathan, A. Sebastian, S. Rani, S. Ray, C. J. Harrys Kishore, S. Kanth, M. Ahmed, M. K. Kashyap, R. Mohmood, Y. L. Ramachandra, V. Krishna, B. A. Rahiman, S. Mohan, P. Ranganathan, S. Ramabadran, R. Chaerkady and A. Pandey, Nucleic Acids Res., 2009, 37, D767-D772.
32. N. Hauptman and D. Glavac, Int. J. Mol. Sci., 2013, 14, 4655-4669.
33. E. A. Gibb, E. A. Vucic, K. S. Enfield, G. L. Stewart, K. M. Lonergan, J. Y. Kennett, D. D. Becker-Santos, C. E. MacAulay, S. Lam, C. J. Brown and W. L. Lam, PLoS One, 2011, 6, e25915.
34. J. R. Prensner and A. M. Chinnaiyan, Cancer Discovery, 2011, 1, 391-407.
35. E. Salta and B. De Strooper, Lancet Neurol., 2012, 11, 189-200.
36. B. Hong, P. Reeves, B. Panning, M. S. Swanson and T. P. Yang, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2001, 98, 8703-8708.
37. X. Li, C. Li, D. Shang, J. Li, J. Han, Y. Miao, Y. Wang, Q. Wang, W. Li, C. Wu, Y. Zhang, X. Li and Q. Yao, PLoS One, 2011, 6, e21131.
38. K. I. Goh, M. E. Cusick, D. Valle, B. Childs, M. Vidal and A. L. Barabasi, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2007, 104, 8685-8690.
39. S. Mathivanan, M. Ahmed, N. G. Ahn, H. Alexandre, R. Amanchy, P. C. Andrews, J. S. Bader, B. M. Balgley, M. Bantscheff, K. L. Bennett, E. Bjorling, B. Blagoev, R. Bose, S. K. Brahmachari, A. S. Burlingame, X. R. Bustelo, G. Cagney, G. T. Cantin, H. L. Cardasis, J. E. Celis, R. Chaerkady, F. Chu, P. A. Cole, C. E. Costello, R. J. Cotter, D. Crockett, J. P. DeLany, A. M. De Marzo, L. V. DeSouza, E. W. Deutsch, E. Dransfield, G. Drewes, A. Droit, M. J. Dunn, K. Elenitoba-Johnson, R. M. Ewing, J. Van Eyk, V. Faca, J. Falkner, X. Fang, C. Fenselau, D. Figeys, P. Gagne, C. Gelfi, K. Gevaert, J. M. Gimble, F. Gnad, R. Goel, P. Gromov, S. M. Hanash, W. S. Hancock, H. C. Harsha, G. Hart, F. Hays, F. He, P. Hebbar, K. Helsens, H. Hermeking, W. Hide, K. Hjerno, D. F. Hochstrasser, O. Hofmann, D. M. Horn, R. H. Hruban, N. Ibarrola, P. James, O. N. Jensen, P. H. Jensen, P. Jung, K. Kandasamy, I. Kheterpal, R. F. Kikuno, U. Korf, R. Korner, B. Kuster, M. S. Kwon, H. J. Lee, Y. J. Lee, M. Lefevre, M. Lehvaslaiho, P. Lescuyer, F. Levander, M. S. Lim, C. Lobke, J. A. Loo, M. Mann, L. Martens, J. Martinez-Heredia, M. McComb, J. McRedmond, A. Mehrle, R. Menon, C. A. Miller, H. Mischak, S. S. Mohan, R. Mohmood, H. Molina, M. F. Moran, J. D. Morgan, R. Moritz, M. Morzel, D. C. Muddiman, A. Nalli, J. D. Navarro, T. A. Neubert, O. Ohara, R. Oliva, G. S. Omenn, M. Oyama, Y. K. Paik, K. Pennington, R. Pepperkok, B. Periaswamy, E. F. Petricoin, G. G. Poirier, T. S. Prasad, S. O. Purvine, B. A. Rahiman, P. Ramachandran, Y. L. Ramachandra, R. H. Rice, J. Rick, R. H. Ronnholm, J. Salonen, J. C. Sanchez, T. Sayd, B. Seshi, K. Shankari, S. J. Sheng, V. Shetty, K. Shivakumar, R. J. Simpson, R. Sirdeshmukh, K. W. Siu, J. C. Smith, R. D. Smith, D. J. States, S. Sugano, M. Sullivan, G. Superti-Furga, M. Takatalo, V. Thongboonkerd, J. C. Trinidad, M. Uhlen, J. Vandekerckhove, J. Vasilescu, T. D. Veenstra, J. M. Vidal-Taboada, M. Vihinen, R. Wait, X. Wang, S. Wiemann, B. Wu, T. Xu, J. R. Yates, J. Zhong, M. Zhou, Y. Zhu, P. Zurbig and A. Pandey, Nat. Biotechnol., 2008, 26, 164-167.
40. L. H. Hartwell, J. J. Hopfield, S. Leibler and A. W. Murray, Nature, 1999, 402, C47-C52.
41. D. Diez, A. M. Wheelock, S. Goto, J. Z. Haeggstrom, G. Paulsson-Berne, G. K. Hansson, U. Hedin, A. Gabrielsen and C. E. Wheelock, Mol. BioSyst., 2010, 6, 289-304.
42. H. Jeong, S. P. Mason, A. L. Barabasi and Z. N. Oltvai, Nature, 2001, 411, 41-42.
43. M. Gottlich, T. F. Munte, M. Heldmann, M. Kasten, J. Hagenah and U. M. Kramer, PLoS One, 2013, 8, e77336.
44. A. Franceschini, D. Szklarczyk, S. Frankild, M. Kuhn, M. Simonovic, A. Roth, J. Lin, P. Minguez, P. Bork, C. von Mering and L. J. Jensen, Nucleic Acids Res., 2013, 41, D808-D815.
45. B. Y. Liao and J. Zhang, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2008, 105, 6987-6992.
46. B. Kechavarzi and S. C. Janga, Genome Biol., 2014, 15, R14.
47. C. Li, X. Li, Y. Miao, Q. Wang, W. Jiang, C. Xu, J. Li, J. Han, F. Zhang, B. Gong and L. Xu, Nucleic Acids Res., 2009, 37, e131.