Simultaneous visualization of covalent and noncovalent interactions using regions of density overlap

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 9, 2014, Pages 3745-3756

  De Silva, Piotr ^a   Corminboeuf, Clémence ^a  

^a EPFL   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84920853455     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct500490b     Document Type: Article

References (96)

1. Schleyer, P. v. R. Chem. Rev. 2005, 105, 3433-3435
2. Popelier, P. L. A. Faraday Discuss. 2007, 135, 3-5
3. Alabugin, I. V.; Gilmore, K. M.; Peterson, P. W. Wiley Interdiscip. Rev. Comput. Mol. Sci. 2011, 1, 109-141
4. Gonthier, J. F.; Steinmann, S. N.; Wodrich, M. D.; Corminboeuf, C. Chem. Soc. Rev. 2012, 41, 4671-4687
5. Boys, S. F. Rev. Mod. Phys. 1960, 32, 296
6. Edmiston, C.; Ruedenberg, K. Rev. Mod. Phys. 1963, 35, 457
7. Pipek, J.; Mezey, P. G. J. Chem. Phys. 1989, 90, 4916
8. Subotnik, J. E.; Dutoi, A. D.; Head-Gordon, M. J. Chem. Phys. 2005, 123, 114108
9. Auqilante, F.; Pedersen, T. B.; de Merás, A. S.; Koch, H. J. Chem. Phys. 2006, 125, 174101
10. Jansík, B.; Høst, S.; Kristensen, K.; Jørgensen, P. J. Chem. Phys. 2011, 134, 194104
11. de Silva, P.; Giebutowski, M.; Korchowiec, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 546-552
12. de Silva, P.; Makowski, M.; Korchowiec, J. Chimia 2012, 66, 178-181
13. Høyvik, I.-M.; Jansik, B.; Jørgensen, P. J. Chem. Phys. 2012, 137, 224114
14. Høyvik, I.; Jansik, B.; Jørgensen, P. J. Comput. Chem. 2013, 34, 1456-1462
15. Foster, J.; Weinhold, F. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 7211-7218
16. Reed, A. E.; Curtiss, L. A.; Weinhold, F. Chem. Rev. 1988, 88, 899-926
17. Zubarev, D. Y.; Boldyrev, A. I. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 5207-5217
18. Zubarev, D. Y.; Boldyrev, A. I. J. Org. Chem. 2008, 73, 9251-9258
19. Becke, A. D.; Edgecombe, K. E. J. Chem. Phys. 1990, 92, 5397
20. Savin, A.; Nesper, R.; Wengert, S.; Fässler, T. F. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1997, 36, 1808-1832
21. Savin, A.; Becke, A.; Flad, J.; Nesper, R.; Preuss, H.; Von Schnering, H. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1991, 30, 409-412
22. Schmider, H.; Becke, A. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2000, 527, 51-61
23. Schmider, H. L.; Becke, A. D. J. Chem. Phys. 2002, 116, 3184-3193
24. Kohout, M. Int. J. Quantum Chem. 2004, 97, 651-658
25. Kohout, M.; Pernal, K.; Wagner, F. R.; Grin, Y. Theor. Chem. Acc. 2004, 112, 453-459
26. Kohout, M.; Pernal, K.; Wagner, F.; Grin, Y. Theor. Chem. Acc. 2005, 113, 287-293
27. Nalewajski, R. F.; de Silva, P.; Mrozek, J. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2010, 954, 57-74
28. Nalewajski, R. F.; de Silva, P.; Mrozek, J. In Theoretical and Computational Developments in Modern Density Functional Theory; Roy, A., Ed.; Nova Science Publishers, Inc., 2012; pp 561-587.
29. Bohórquez, H. J.; Boyd, R. J. Theor. Chem. Acc. 2010, 127, 393-400
30. Bohórquez, H. J.; Matta, C. F.; Boyd, R. J. Int. J. Quantum Chem. 2010, 110, 2418-2425
31. de Silva, P.; Korchowiec, J.; Wesolowski, T. A. ChemPhysChem 2012, 13, 3462-3465
32. de Silva, P.; Korchowiec, J.; Ram J. S, N.; Wesolowski, T. A. Chimia 2013, 67, 253-256
33. Bader, R. F. Atoms in Molecules: A Quantum Theory; Oxford University Press, 1994.
34. Bader, R. F. Chem. Rev. 1991, 91, 893-928
35. Bader, R.; MacDougall, P.; Lau, C. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 1594-1605
36. Bader, R.; Slee, T.; Cremer, D.; Kraka, E. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 5061-5068
37. Jenkins, S. J. Phys.: Condens. Matter 2002, 14, 10251
38. Jenkins, S.; Ayers, P. W.; Kirk, S. R.; Mori-Sánchez, P.; Martn Pendás, A. Chem. Phys. Lett. 2009, 471, 174-177
39. Seriani, N. J. Phys.: Condens. Matter 2010, 22, 255502
40. Koritsanszky, T. S.; Coppens, P. Chem. Rev. 2001, 101, 1583-1628
41. Espinosa, E.; Molins, E.; Lecomte, C. Chem. Phys. Lett. 1998, 285, 170-173
42. Volkov, A.; Gatti, C.; Abramov, Y.; Coppens, P. Acta Crystallogr., Sect. A 2000, 56, 252-258
43. Tsirelson, V.; Stash, A. Chem. Phys. Lett. 2002, 351, 142-148
44. Tsirelson, V.; Stash, A. Acta Crystallogr. Sect. B 2002, 58, 780-785
45. Johnson, E. R.; Keinan, S.; Mori-Sanchez, P.; Contreras-García, J.; Cohen, A. J.; Yang, W. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 6498-6506
46. Contreras-García, J.; Johnson, E. R.; Keinan, S.; Chaudret, R.; Piquemal, J.-P.; Beratan, D. N.; Yang, W. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 625-632
47. Saleh, G.; Gatti, C.; Lo Presti, L.; Contreras-García, J. Chem. - Eur. J. 2012, 18, 15523-15536
48. Gillet, N.; Chaudret, R.; Contreras-García, I.; Yang, W.; Silvi, B.; Piquemal, J.-P. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 3993-3997
49. Fang, D.; Chaudret, R.; Piquemal, J.-P.; Cisneros, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2156-2160
50. de Silva, P.; Korchowiec, J.; Wesolowski, T. A. J. Chem. Phys. 2014, 140, 164301
51. Nagy, A.; March, N. Mol. Phys. 1997, 90, 271-276
52. Bohórquez, H. J.; Boyd, R. J. J. Chem. Phys. 2008, 129, 024110
53. Nagy, A.; Liu, S. Phys. Lett. A 2008, 372, 1654-1656
54. Cohen, L. J. Chem. Phys. 1979, 70, 788-789
55. Cohen, L. J. Chem. Phys. 1984, 80, 4277-4279
56. Ayers, P. W.; Parr, R. G.; Nagy, A. Int. J. Quantum Chem. 2002, 90, 309-326
57. Anderson, J. S.; Ayers, P. W.; Hernandez, J. I. R. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 8884-8895
58. Kato, T. Commun. Pure Appl. Math. 1957, 10, 151-177
59. Morrell, M. M.; Parr, R. G.; Levy, M. J. Chem. Phys. 1975, 62, 549
60. Wang, W.-P.; Parr, R. G. Phys. Rev. A 1977, 16, 891
61. Kohout, M.; Savin, A.; Preuss, H. J. Chem. Phys. 1991, 95, 1928-1942
62. Sperber, G. Int. J. Quantum Chem. 1971, 5, 189-214
63. Te Velde, G.; Bickelhaupt, F. M.; Baerends, E. J.; Fonseca Guerra, C.; van Gisbergen, S. J.; Snijders, J. G.; Ziegler, T. J. Comput. Chem. 2001, 22, 931-967
64. Kohout, M. DGrid, version 4.6, Radebeul. 2011.
65. Henderson, A.; Ahrens, J.; Law, C. The ParaView Guide; Kitware Clifton Park, NY, 2004.
66. Forslund, L. E.; Kaltsoyannis, N. New J. Chem. 2003, 27, 1108-1114
67. Politzer, P.; Grice, M. E.; Murray, J. S.; Seminario, J. M. Can. J. Chem. 1993, 71, 1123-1127
68. Mo, Y.; Schleyer, P. v. R. Chem. - Eur. J. 2006, 12, 2009-2020
69. Wu, J. I.; Mo, Y.; Evangelista, F. A.; von Ragué Schleyer, P. Chem. Commun. 2012, 48, 8437-8439
70. Bader, R. J. Chem. Phys. 1980, 73, 2871-2883
71. Tao, J.; Vignale, G.; Tokatly, I. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 206405
72. Tachibana, A. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2010, 943, 138-151
73. Guevara-García, A.; Echegaray, E.; Toro-Labbe, A.; Jenkins, S.; Kirk, S. R.; Ayers, P. W. J. Chem. Phys. 2011, 134, 234106
74. Jenkins, S.; Kirk, S. R.; Guevara-García, A.; Ayers, P. W.; Echegaray, E.; Toro-Labbe, A. Chem. Phys. Lett. 2011, 510, 18-20
75. Jurečka, P.; Šponer, J.; Černy, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985-1993
76. Gráfová, L.; Pitonák, M.; Rezac, J.; Hobza, P. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2365-2376
77. de Silva, P.; Wesolowski, T. A. Phys. Rev. A 2012, 85, 032518
78. Jackson, J. E.; Allen, L. C. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 591-599
79. Wiberg, K. B.; Bader, R. F.; Lau, C. D. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 985-1001
80. Kar, T.; Jug, K. Chem. Phys. Lett. 1996, 256, 201-206
81. Adcock, W.; Brunger, M.; Clark, C.; McCarthy, I.; Michalewicz, M.; Von Niessen, W.; Weigold, E.; Winkler, D. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2896-2904
82. Ebrahimi, A.; Deyhimi, F.; Roohi, H. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2003, 626, 223-229
83. Nalewajski, R. F.; Broniatowska, E. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6270-6280
84. Polo, V.; Andres, J.; Silvi, B. J. Comput. Chem. 2007, 28, 857-864
85. Wu, W.; Gu, J.; Song, J.; Shaik, S.; Hiberty, P. C. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2009, 121, 1435-1438
86. Shaik, S.; Chen, Z.; Wu, W.; Stanger, A.; Danovich, D.; Hiberty, P. C. ChemPhysChem 2009, 10, 2658-2669
87. Seiler, P.; Belzner, J.; Bunz, U.; Szeimies, G. Helv. Chim. Acta 1988, 71, 2100-2110
88. Messerschmidt, M.; Scheins, S.; Grubert, L.; Pätzel, M.; Szeimies, G.; Paulmann, C.; Luger, P. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2005, 44, 3925-3928
89. Schleyer, P. v. R.; McKee, W. C. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 3737-3740
90. Dewar, M. J. Bull. Soc. Chim. Belg. 1979, 88, 957-967
91. Wu, W.; Ma, B.; Wu, J. I.; von Ragué Schleyer, P.; Mo, Y. Chem. - Eur. J. 2009, 15, 9730-9736
92. Wu, J. I.; von Ragué Schleyer, P. Pure Appl. Chem. 2013, 85.
93. Wiberg, K. B.; Dailey, W. P.; Walker, F. H.; Waddell, S. T.; Crocker, L. S.; Newton, M. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 7247-7257
94. Coropceanu, V.; Cornil, J.; da Silva Filho, D. A.; Olivier, Y.; Silbey, R.; Brédas, J.-L. Chem. Rev. 2007, 107, 926-952
95. Brédas, J.-L.; Calbert, J. P.; da Silva Filho, D.; Cornil, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5804-5809
96. Gebers, J.; Hartmann, L.; Schaer, M.; Suàrez, S.; Bugnon, P.; Steinrück, H.-G.; Magerl, A.; Brinkmann, M.; Petraglia, R.; Corminboeuf, C.; Frauenrath, H. (submitted) 2014,.