Normalization of protein at dijerent stages in SILAC subcellular proteomics affects functional analysis

Journal of Integrated OMICS

Volumn 2, Issue 2, 2012, Pages 114-122

  Inder, Kerry L ^a   Loo, Dorothy ^a   Zheng, Yu Zi ^b   Parton, Robert G ^a   Foster, Leonard J ^b   Hill, Michelle M ^a  

^a UNIVERSITY OF QUEENSLAND   (Australia)

^b UNIVERSITY OF BRITISH COLUMBIA   (Canada)

Author keywords

Caveolae; Caveolin 1; Detergent resistant membranes; Lipid raW; Organellar proteomics; Quantitative subcellular proteomics

Indexed keywords

EID: 84914113123     PISSN: None     EISSN: 21820287     Source Type: Journal    
DOI: 10.5584/jiomics.v2i2.108     Document Type: Article

References (26)

1. K. Inder, A. Harding, S. J. Plowman, M. R. Philips, R. G. Parton, and J. F. Hancock, Mol Biol Cell 19 (2008) 4776-4784.
2. K. L. Inder, C. Lau, D. Loo, N. Chaudhary, A. Goodall, S. Martin, A. Jones, D. van der Hoeven, R. G. Parton, M. M. Hill, and J. F. Hancock, J Biol Chem 284 (2009) 28410-28419.
3. S. Brunet, P. Thibault, E. Gagnon, P. Kearney, J. J. Bergeron, and M. Desjardins, Trends in cell biology 13 (2003) 629-638.
4. J. R. Yates, 3rd A. Gilchrist, K. E. Howell, and J. J. Bergeron, Nature reviews. Molecular cell biology 6 (2005) 702-714.
5. J. S. Andersen, Y. W. Lam, A. K. Leung, S. E. Ong, C. E. Lyon, A. I. Lamond, and M. Mann, Nature 433 (2005) 77-83.
6. V. K. Mootha, J. Bunkenborg, J. V. Olsen, M. Hjerrild, J. R. Wisniewski, E. Stahl, M. S. Bolouri, H. N. Ray, S. Sihag, M. Kamal, N. Patterson, E. S. Lander, and M. Mann, Cell 115 (2003) 629-640.
7. S. W. Taylor, E. Fahy, B. Zhang, G. M. Glenn, D. E. Warnock, S. Wiley, A. N. Murphy, S. P. Gaucher, R. A. Capaldi, B. W. Gibson, and S. S. Ghosh, Nature biotechnology 21 (2003) 281-286.
8. C. E. Au, A. W. Bell, A. Gilchrist, J. Hiding, T. Nilsson, and J. J. Bergeron, Curr Opin Cell Biol 19 (2007) 376-385.
9. S. D. Patterson and R. H. Aebersold, Nat Genet 33 Suppl (2003) 311-323.
10. S. E. Ong, B. Blagoev, I. Kratchmarova, D. B. Kristensen, H. Steen, A. Pandey, and M. Mann, Mol Cell Proteomics 1 (2002) 376-386.
11. E. Emmott, M. A. Rodgers, A. Macdonald, S. McCrory, P. Ajuh, and J. A. Hiscox, Mol Cell Proteomics 9 (2010) 1920-1936.
12. S. Dhungana, B. A. Merrick, K. B. Tomer, and M. B. Fessler, Molecular & cellular proteomics: MCP 8 (2009) 201-213.
13. K. L. Inder, Y. Z. Zheng, M. J. Davis, H. Moon, D. Loo, H. Nguyen, J. A. Clements, R. G. Parton, L. J. Foster, and M. M. Hill, Molecular & cellular proteomics: MCP 11 (2012) M111 012245.
14. R. G. Parton and K. Simons, Nat Rev Mol Cell Biol 8 (2007) 185-194.
15. M. M. Hill, M. Bastiani, R. Luetterforst, M. Kirkham, A. Kirkham, S. J. Nixon, P. Walser, D. Abankwa, V. M. Oorschot, S. Martin, J. F. Hancock, and R. G. Parton, Cell 132 (2008) 113-124.
16. M. Kirkham, A. Fujita, R. Chadda, S. J. Nixon, T. V. Kurzchalia, D. K. Sharma, R. E. Pagano, J. F. Hancock, S. Mayor, and R. G. Parton, J Cell Biol 168 (2005) 465-476.
17. T. V. Kurzchalia and R. G. Parton, Current opinion in cell biology 11 (1999) 424-431.
18. A. Pol, M. Calvo, A. Lu, and C. Enrich, Hepatology 29 (1999) 1848-1857.
19. W. P. Li, P. Liu, B. K. Pilcher, and R. G. Anderson, Journal of cell science 114 (2001) 1397-1408.
20. M. Bosch, M. Mari, S. P. Gross, J. C. Fernandez-Checa, and A. Pol, Trafic 12 (2011) 1483-1489.
21. M. Bosch, M. Mari, A. Herms, A. Fernandez, A. Fajardo, A. Kassan, A. Giralt, A. Colell, D. Balgoma, E. Barbero, E. Gonzalez-Moreno, N. Matias, F. Tebar, J. Balsinde, M. Camps, C. Enrich, S. P. Gross, C. Garcia-Ruiz, E. Perez-Navarro, J. C. Fernandez-Checa, and A. Pol, Current biology: CB 21 (2011) 681-686.
22. K. B. Kim, J. W. Lee, C. S. Lee, B. W. Kim, H. J. Choo, S. Y. Jung, S. G. Chi, Y. S. Yoon, G. Yoon, and Y. G. Ko, Proteomics 6 (2006) 2444-2453.
23. B. W. Kim, C. S. Lee, J. S. Yi, J. H. Lee, J. W. Lee, H. J. Choo, S. Y. Jung, M. S. Kim, S. W. Lee, M. S. Lee, G. Yoon, and Y. G. Ko, Expert review of proteomics 7 (2010) 849-866.
24. L. J. Foster and Q. W. Chan, Sub-cellular biochemistry 43 (2007) 35-47.
25. M. Bosch, M. Mari, S. P. Gross, J. C. Fernandez-Checa, and A. Pol, Trafic 12 (2011) 1483-1489.
26. M. Bosch, M. Mari, A. Herms, A. Fernandez, A. Fajardo, A. Kassan, A. Giralt, A. Colell, D. Balgoma, E. Barbero, E. Gonzalez-Moreno, N. Matias, F. Tebar, J. Balsinde, M. Camps, C. Enrich, S. P. Gross, C. Garcia-Ruiz, E. Perez-Navarro, J. C. Fernandez-Checa, and A. Pol, Current biology: CB 21 (2011) 681-686.