Transition-tempered metadynamics: Robust, convergent metadynamics via on-the-fly transition barrier estimation

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 10, Issue 9, 2014, Pages 3626-3633

  Dama, James F ^a   Rotskoff, Grant ^a,d   Parrinello, Michele ^b,c   Voth, Gregory A ^a  

^a UNIVERSITY OF CHICAGO   (United States)

^b ETH ZURICH   (Switzerland)

^c UNIVERSITY OF LUGANO   (Switzerland)

^d UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84907225753     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct500441q     Document Type: Article

References (48)

1. Karplus, M.; McCammon, J. A. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 646-52
2. Adcock, S. A.; McCammon, J. A. Chem. Rev. 2006, 106, 1589-615
3. Shaw, D. E.; Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Bank, J. A.; Jumper, J. M.; Salmon, J. K.; Shan, Y.; Wriggers, W. Science 2010, 330, 341-6
4. Kollman, P. Chem. Rev. 1993, 93, 2395-2417
5. Christ, C. D.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 2009, 31, 1569-1582
6. Abrams, C.; Bussi, G. Entropy 2013, 16, 163-199
7. Torrie, G.; Valleau, J. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199
8. Kästner, J. Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2011, 1, 932-942
9. Mezei, M. J. Comput. Phys. 1987, 68, 237-248
10. Bartels, C.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1450-1462
11. Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 12562-6
12. Laio, A.; Gervasio, F. L. Rep. Prog. Phys. 2008, 71, 126601
13. Barducci, A.; Bonomi, M.; Parrinello, M. Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2011, 1, 826-843
14. Darve, E.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 9169
15. Darve, E.; Rodrguez-Gómez, D.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2008, 128, 144120
16. Wang, F.; Landau, D. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 2050-2053
17. Huber, T.; Torda, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1994, 8, 695-708
18. Barducci, A.; Bussi, G.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 020603
19. Belardinelli, R.; Pereyra, V. Phys. Rev. E 2007, 75, 046701
20. Robbins, H.; Monro, S. Ann. Math. Stat. 1951, 22, 400-407
21. Branduardi, D.; Bussi, G.; Parrinello, M. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2247-2254
22. Dama, J. F.; Parrinello, M.; Voth, G. A. Phys. Rev. Lett. 2014, 112, 240602
23. Laio, A.; Rodriguez-Fortea, A.; Gervasio, F. L.; Ceccarelli, M.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6714-21
24. Bussi, G.; Laio, A.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 090601
25. McGovern, M.; de Pablo, J. J. Chem. Phys. 2013, 139, 084102
26. Tribello, G. A.; Ceriotti, M.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 5196-201
27. Bonomi, M.; Branduardi, D.; Bussi, G.; Camilloni, C.; Provasi, D.; Raiteri, P.; Donadio, D.; Marinelli, F.; Pietrucci, F.; Broglia, R. A.; Parrinello, M. Comput. Phys. Commun. 2009, 180, 1961-1972
28. Berendsen, H.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56
29. Plimpton, S. J. Comput. Phys. 1995, 117, 1-19
30. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-802
31. Dijkstra, E. W. Numer. Math 1959, 1, 269-271
32. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 5647, 3586-3616
33. MacKerell, A. D.; Feig, M.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400-15
34. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317
35. Van Der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-18
36. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
37. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577
38. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
39. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
40. Bussi, G.; Donadio, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 014101
41. Miyamoto, S.; Kollman, P. a. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952-962
42. Hess, B. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 116-122
43. Phillips, S. E. J. Mol. Biol. 1980, 142, 531-554
44. Zheng, L.; Chen, M.; Yang, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 20227-32
45. Min, D.; Liu, Y.; Carbone, I.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2007, 126, 194104
46. Singh, S.; Chiu, C.-c.; de Pablo, J. J. J. Stat. Phys. 2011, 145, 932-945
47. Moradi, M.; Tajkhorshid, E. J. Phys. Chem. Lett. 2013, 4, 1882-1887
48. Piana, S.; Laio, A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4553-9