Top-down protein analysis and phylogenetic characterization of unsequenced bacteria

ACS Symposium Series

Volumn 1065, Issue , 2011, Pages 121-142

  Edwards, Nathan J ^a   Wynne, Colin ^b   Dhabaria, Avantika ^b   Fenselau, Catherine ^b  

^a GEORGETOWN UNIVERSITY MEDICAL CENTER   (United States)

^b University of Maryland   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOINFORMATICS; CHARACTERIZATION; MASS SPECTROMETRY; MICROBIOLOGY; PROTEINS;

ANALYTICAL CHALLENGE; PHYLOGENETIC CHARACTERIZATION; POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS; PROTEIN ANNOTATION; PROTEIN SEQUENCE DATABASE; PROTEIN SEQUENCES; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

BACTERIA;

EID: 84905668129     PISSN: 00976156     EISSN: 19475918     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1021/bk-2011-1065.ch008     Document Type: Conference Paper

References (35)

1. Mortz E. ; O'Connor P. ; Roepstorff P. ; Kelleher N. ; Wood T. ; McLafferty F. W. ; Mann M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 8264-8267.
2. Zubarev R. A. ; Kelleher N. L. ; McLafferty F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998 120 3265-3266.
3. Chi A. ; Bai D. L. ; Geer L. Y. ; Shabanowitz J; Hunt D. F. Int. J. Mass Spectrom. 2006 259 197-203.
4. Madsen J. ; Gardner M. ; Smith S. ; Ledvina A. ; Coon J. ; Schwartz J. ; Stafford G; Brodbelt J. Anal. Chem. 2009 81 8677-8686.
5. Ecelberger S. A. ; Cornish T. J. ; Collins B. F. ; Lewis D. L. ; Bryden W. A. Johns Hopkins APL Tech. Dig. 2004 25 14-19.
6. Sundaram A. K. ; Gudlavalleti S. K. ; Oktem B. ; Razumovskaya J. ; Gamage C. M. ; Serino R. M. ; Doroshenko V. M. Proceedings of the 56th Conference of the American Society for Mass Spectrometry Denver CO June 1-5 2008.
7. Horn D. M. ; Zubarev R. A. ; McLafferty F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000 11 320-332.
8. Kelleher N. L. Anal. Chem. 2004 76 196A-203A.
9. Bogdanov B. ; Smith R. D. Mass Spectrom. Rev. 2005 24 168-200.
10. Collier T. S. ; Hawkridge A. M. ; Georgianna D. R. ; Payne G. A. A. ; Muddiman D. C. Anal. Chem. 2008 80 4994-5001.
11. Boyne M. T. ; Garcia B. A. ; Li M. X. ; Zamdborg L. ; Wenger C. D. ; Babai S. ; Kelleher N. L. J. Proteome Res. 2009 8 374-379.
12. Millea K. M. ; Krull I. A. ; Cohen S A. ; Gebler J. C. ; Berger S. J. J. Proteome Res. 2006 5 135-146.
13. Lee J. E. ; Kellie J. F. ; Tran J. C. ; Tipton J. D. ; Catherman A. D. ; Thomas H. M; Ahlf D. R. ; Durbin K. R. ; Vellaicamy A. ; Ntai I. ; Marshall A. G. ; Kelleher N. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009 20 2183-2191.
14. Wynne C. ; Fenselau C. ; Demirev P. A. ; Edwards N. J. Anal. Chem. 2009 81 9633-9642.
15. Demirev P. A. ; Feldman A. B. ; Kowalski P. ; Lin J. S. Anal. Chem. 2005 77 7455-7461.
16. Fagerquist C. K. ; Garbus B. R. ; Miller W. G. ; Williams K. E. ; Yee E. ; Bates A. H. ; Boyle S. ; Harden L. A. ; Cooley M. B. ; Mandrell R. E. Anal. Chem. 2009 7 2717-2725.
17. Macek B. ; Waanders L. F. ; Olsen J. V. ; Mann M. Mol. Cell Proteomics 2006 5 949-958.
18. Wynne C. ; Edwards N. J. ; Fenselau C. Proteomics 2010 10 in press.
19. Edwards N. J. ; Pineda R. Rapid Microorganism Identification Database (RMIDb). 54th Annual Conference of the American Society for Mass Spectrometry Seattle WA May 28-June 1 2006.
20. Altschul S. F. ; Gish W. ; Miller W. ; Myers E. W. ; Lipman D. J. J. Mol. Biol. 1990 215 403-410.
21. Dereeper A. ; Guignon V. ; Blanc G. ; Audic S. ; Buffet S. ; Chevenet F. ; Dufayard J. -F. ; Guindon S. ; Lefort V. ; Lescot M. ; Claverie J. -M. ; Gascuel O. Nucleic Acids Res. 2008 36 W465-W469.
22. Perry R. H. ; Cooks R. G. ; Noll R. J. Mass Spectrom Rev. 2008 27 661-699.
23. Yergey A. ; Heller D. ; Hansen G. ; Cotter R. ; Fenselau C. Anal. Chem. 1982 55 353-356.
24. Zabrouskov V. ; Senko M. W. ; Du Y. ; Leduc R. D. ; Kelleher N. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005 16 2027-2038.
25. Liu X. ; Inbar Y. ; Dorrestein P. ; Wynne C. ; Edwards N. ; Souda P. ; Whitelegge J. P. ; Bafna V. ; Pevzner P. A. Mol. Cell. Proteomics 2010 in press.
26. Kessner D. ; Chambers M. ; Burke R. ; Agus D. ; Mallick P. Bioinformatics 2008 24 2534-2536.
27. Delcher A. L. ; Bratke K. A. ; Powers E. C. ; Salzberg S. L. Bioinformatics 2007 23 673-679.
28. Delcher A. L. Personal communication 2010.
29. Tobias J. W. ; Shrader T. E. ; Rocap G. ; Varshavsky A. Science 1991 254 1374-1377.
30. Meng F. ; Cargile B. J. ; Miller L. M. ; Forbes A. J. ; Johnson J. R. ; Kelleher N. L. Nat. Biotechnol. 2001 19 952-957.
31. Scherl A. ; Shaffer S. A. A. ; Taylor G. K. K. ; Hernandez P. ; Appel R. D. D. ; Binz P. -A. A. ; Goodlett D. R. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008 19 891-901.
32. Mount D. W. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis; Cold Spring Harbor Laboratory Press: 2004.
33. Frank A. M. ; Pesavento J. J. ; Mizzen C. A. ; Kelleher N. L. ; Pevzner P. A. Anal. Chem. 2008 80 2499-2505.
34. Montecchi-Palazzi L. ; Beavis R. ; Binz P. -A. ; Chalkley R. J. ; Cottrell J. ; Creasy D. ; Shofstahl J. ; Seymour S. L. ; Garavelli J. S. Nat. Biotechnol. 2008 26 864-866.
35. Garavelli J. S. Personal communication 2010.