Fungal metabolites for microorganism classification by mass spectrometry

ACS Symposium Series

Volumn 1065, Issue , 2011, Pages 51-60

  Havlicek, Vladimir ^a   Lemr, Karel ^b  

^a INSTITUTE OF MICROBIOLOGY   (Czech Republic)

^b PALACKÝ UNIVERSITY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMOLECULES; LASER DIAGNOSTICS; MASS SPECTROMETRY; METABOLITES; MICROBIOLOGY; PEPTIDES;

DIAGNOSTIC METHODS; FUNGAL METABOLITES; IDENTIFICATION RATES; IN-VIVO EXPERIMENTS; LOW-MOLECULAR WEIGHT; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION; MIXTURE ANALYSIS; PEPTIDE SEQUENCING;

FUNGI;

EID: 84905656044     PISSN: 00976156     EISSN: 19475918     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1021/bk-2011-1065.ch004     Document Type: Conference Paper

References (65)

1. Thaler M. ; Pastakia B. ; Shawker T. H. ; Oleary T. ; Pizzo P. A. Ann. Int. Med. 1988 108 88-100.
2. Leaw S. N. ; Chang H. C. ; Barton R. ; Bouchara J. P. ; Chang T. C. J. Clin. Microbiol. 2007 45 2220-2229.
3. Hsiue H. C. ; Huang Y. T. ; Kuo Y. L. ; Liao C. H. ; Chang T. C. ; Hsueh P. R. Clin. Microbiol. Infect. 2010 16 493-500.
4. Abdin M. Z. ; Ahmad M. M. ; Javed S. Arch. Microbiol. 2010 192 409-425.
5. Donnelly J. P. Clin. Infect. Dis. 2006 42 487-489.
6. Quindos G. Clin. Microbiol. Infect. 2006 12 40-52.
7. Giacchino M. ; Chiapello N. ; Bezzio S. ; Fagioli F. ; Saracco P. ; Alfarano A. ; Martini V. ; Cimino G. ; Martino P. ; Girmenia C. J. Clin. Microbiol. 2006 44 3432-3434.
8. Hauser N. ; Rupp S. ; Weber A. ; Tovar G. ; Hiller E. ; Borchers K. Chip for diagnosing the presence of Candida based on thiol-specific antioxidant-like protein (TSA protein). EP 2007036352 2007.
9. Carvalho K. C. ; Vallejo M. C. ; Camargo Z. P. ; Puccia R. Clin. Vaccine Immunol. 2008 15 622-629.
10. Pachl J. ; Svoboda P. ; Jacobs F. ; Vandewoude K. ; van der Hoven B. ; Spronk P. ; Masterson G. ; Malbrain M. ; Aoun M. ; Garbino J. ; Takala J. ; Drgona L. ; Burnie J. ; Matthews R. Clin. Infect. Dis. 2006 42 1404-1413.
11. Junkins A. D. ; Arbefeville S. S. ; Howard W. J. ; Richter S. S. J. Clin. Microbiol. 2010 48 1929-1931.
12. Valenza G. ; Ruoff C. ; Vogel U. ; Frosch M. ; Abele-Horn M. J. Clin. Microbiol. 2007 45 3493-3497.
13. Dupont C. ; Sivadon-Tardy V. ; Bille E. ; Dauphin B. ; Beretti J. L. ; Alvarez A. S. ; Degand N. ; Ferroni A. ; Rottman M. ; Herrmann J. L. ; Nassif X. ; Ronco E. ; Carbonnelle E. Clin. Microbiol. Infect. 2010 16 998-1004.
14. Shimadzu and bioMérieux Enter into Partnership for Mass Spectrometry Applications in Microbiology. http://www.biomerieux. com/servlet/srt/bio/portail/dynPage?lang=en&doc=PRT-NWS-REL-G-PRS-RLS-225 (accessed Aug 18 2010
15. Ho Y. P. ; Reddy P. M. Clin. Chem. 2010 56 525-536.
16. Demirev P. A. ; Fenselau C. Ann. Rev. Anal. Chem. 2008 1 71-93.
17. Mellmann A. ; Cloud J. ; Maier T. ; Keckevoet U. ; Ramminger I. ; Iwen P. ; Dunn J. ; Hall G. ; Wilson D. ; LaSala P. ; Kostrzewa M. ; Harmsen D. J. Clin. Microbiol. 2008 46 1946-1954.
18. Ferroni A. ; Suarez S. ; Beretti J. L. ; Dauphin B. ; Bille E. ; Meyer J. ; Bougnoux M. E. ; Alanio A. ; Berche P. ; Nassif X. J. Clin. Microbiol. 2010 48 1542-1548.
19. Pihet M. ; Carrere J. ; Cimon B. ; Chabasse D. ; Delhaes L. ; Symoens F. ; Bouchara J. P. Med. Mycol. 2009 47 387-397.
20. Pfaller M. A. ; Diekema D. J. J. Clin. Microbiol. 2004 42 4419-4431.
21. Erhard M. ; Hipler U. C. ; Burmester A. ; Brakhage A. A. ; Woestemeyer J. Exp. Dermatol. 2008 17 356-361.
22. Rajakaruna L. ; Hallas G. ; Molenaar L. ; Dare D. ; Sutton H. ; Encheva V. ; Culak R. ; Innes I. ; Ball G. ; Sefton A. M. ; Eydmann M. ; Kearns A. M. ; Shah H. N. Infect. Genet. Evol. 2009 9 507-513.
23. SARAMIS FingerprintSpectra. http://www.anagnostec. eu/productsservices/ reference-databases/saramis-fingerprintspectra.html (accessed Aug 18 2010
24. Seng P. ; Drancourt M. ; Gouriet F. ; La Scola B. ; Fournier P. E. ; Rolain J. M. ; Raoult D. Clin. Infect. Dis. 2009 49 543-551.
25. Marklein G. ; Josten M. ; Klanke U. ; Muller E. ; Horre R. ; Maier T. ; Wenzel T. ; Kostrzewa M. ; Bierbaum G. ; Hoerauf A. ; Sahl H. G. J. Clin. Microbiol. 2009 47 2912-2917.
26. Marklein G. ; Muller E. Oral presentation at the 3rd International Workshop on Scedosporium Meeting Bonn 6-8 May 2010.
27. Sulc M. ; Peslova K. ; Zabka M. ; Hajduch M. ; Havlicek V. Int. J. Mass Spectrom. 2009 280 162-168.
28. Esquenazi E. ; Yang Y. L. ; Watrous J. ; Gerwick W. H. ; Dorrestein P. C. Nat. Prod. Rep. 2009 26 1521-1534.
29. Watrous J. ; Hendricks N. ; Meehan M. ; Dorrestein P. C. Anal. Chem. 2010 82 1598-1600.
30. Nedved J. ; Sulc M. ; Jegorov A. ; Giannakopulos A. ; Havlicek V. In Clinical Proteomics from Diagnosis to Therapy; Eyk J. E. V. Dunn M. J. Eds. ; Wiley-VCH Verlag GmbH: 2008; pp 483-509.
31. Jegorov A. ; Paizs B. ; Kuzma M. ; Zabka M. ; Landa Z. ; Sulc M. ; Barrow M. P. ; Havlicek V. J. Mass Spectrom. 2004 39 949-960.
32. Jegorov A. ; Paizs B. ; Zabka M. ; Kuzma M. ; Havlicek V. ; Giannakopulos A. E. ; Derrick P. J. Eur. J. Mass Spectrom. 2003 9 105-116.
33. Ishigami K. ; Katsuta R. ; Shibata C. ; Hayakawa Y. ; Watanabe H. ; Kitahara T. Tetrahedron 2009 65 3629-3638.
34. Lau A. P. S. ; Lee A. K. Y. ; Chan C. K. ; Fang M. Atm. Environ. 2006 40 249-259.
35. Sugui J. A. ; Pardo J. ; Chang Y. C. ; Zarember K. A. ; Nardone G. ; Galvez E. M. ; Muellbacher A. ; Gallin J. I. ; Simon M. M. ; Kwon-Chung K. J. Eukaryot. Cell 2007 6 1562-1569.
36. Kupfahl C. ; Michalka A. ; Lass-Floerl C. ; Fischer G. ; Haase G. ; Ruppert T. ; Geginat G. ; Hof H. Int. J. Med. Microbiol. 2008 298 319-327.
37. Jolly P. ; Jiang Y. ; Preko P. ; Wang J. S. ; Ellis W. ; Phillips T. ; Williams J. ; Besssler P. ; Baidoo J. ; Stiles J. Epidemiology 2009 20 S239-S239.
38. Williams J. H. ; Grubb J. A. ; Davis J. W. ; Wang J. S. ; Jolly P. E. ; Ankrah N. A. ; Ellis W. O. ; Afriyie-Gyawu E. ; Johnson N. M. ; Robinson A. G. ; Phillips T. D. Am. J. Clin. Nutr. 2010 92 154-160.
39. Leema G. ; Kaliamurthy J. ; Geraldine P. ; Thomas P. A. Mol. Vision 2010 16 843-854.
40. Hooper D. G. ; Bolton V. E. ; Guilford F. T. ; Straus D. C. Int. J. Mol. Sci. 2009 10 1465-1475.
41. Syhre M. ; Scotter J. M. ; Chambers S. T. Med. Mycol. 2008 46 209-215.
42. Arendrup M. C. ; Bergmann O. J. ; Larsson L. ; Nielsen H. V. ; Jarlov J. O. ; Christensson B. Clin. Microbiol. Infect. 2010 16 855-862.
43. Bertrand S. ; Larcher G. ; Landreau A. ; Richomme P. ; Duval O. ; Bouchara J. P. BioMetals 2009 22 1019-1029.
44. Kornitzer D. Curr. Opin. Microbiol. 2009 12 377-383.
45. Bertrand S. ; Bouchara J. P. ; Venier M. C. ; Richomme P. ; Duval O. ; Larcher G. Med. Mycol. 2010 in press.
46. Pavlaskova K. ; Nedved J. ; Kuzma M. ; Zabka M. ; Sulc M. ; Sklenar J. ; Novak P. ; Benada O. ; Kofronova O. ; Hajduch M. ; Derrick P. J. ; Lemr K. ; Jegorov A. ; Havlicek V. J. Nat. Prod. 2010 73 1027-1032.
47. Jegorov A. ; Haiduch M. ; Sulc M. ; Havlicek V. J. Mass Spectrom. 2006 41 563-576.
48. Uhlig S. ; Ivanova L. ; Petersen D. ; Kristensen R. Toxicon 2009 53 734-742.
49. Degenkolb T. ; Heinze S. ; Schlegel B. ; Strobel G. ; Grafe U. Biosci. Biotechnol. Biochem. 2002 66 883-886.
50. Isaka M. ; Palasarn S. ; Lapanun S. ; Sriklung K. J. Nat. Prod. 2007 70 675-678.
51. Iwatsuki M. ; Kinoshita Y. ; Niitsuma M. ; Hashida J. ; Mori M. ; Ishiyama A. ; Namatame M. ; Nishihara-Tsukashima A. ; Nonaka K. ; Masuma R. ; Otoguro K. ; Yamada H. ; Shiomi K. ; Omura S. J. Antibiot. 2010 63 331-333.
52. Pruksakorn P. ; Arai M. ; Kotoku N. ; Vilcheze C. ; Baughn A. D. ; Moodley P. ; Jacobs W. R. ; Kobayashi M. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2010 20 3658-3663.
53. Cramer R. A. ; Stajich J. E. ; Yamanaka Y. ; Dietrich F. S. ; Steinbach W. J. ; Perfect J. R. Gene 2006 383 24-32.
54. Schrettl M. ; Bignell E. ; Kragl C. ; Sabiha Y. ; Loss O. ; Eisendle M. ; Wallner A. ; Arst H. N. ; Haynes K. ; Haas H. PLoS Pathog. 2007 3 1195-1207.
55. Safarcik K. ; Brozmanova H. ; Bartos V. ; Jegorov A. ; Grundmann M. Clin. Chim. Acta 2001 310 165-171.
56. Urusov A. E. ; Zherdev A. V. ; Dzantiev B. B. Appl. Biochem. Microbiol. 2010 46 253-266.
57. Ghannoum M. A. ; Jurevic R. J. ; Mukherjee P. K. ; Cui F. ; Sikaroodi M. ; Naqvi A. ; Gillevet P. M. PLoS Pathog. 2010 6 8.
58. Liu W. T. ; Ng J. ; Meluzzi D. ; Bandeira N. ; Gutierrez M. ; Simmons T. L. ; Schultz A. W. ; Linington R. G. ; Moore B. S. ; Gerwick W. H. ; Pevzner P. A. ; Dorrestein P. C. Anal. Chem. 2009 81 4200-4209.
59. Ng J. ; Bandeira N. ; Liu W. T. ; Ghassemian M. ; Simmons T. L. ; Gerwick W. H. ; Linington R. ; Dorrestein P. C. ; Pevzner P. A. Nat. Methods 2009 6 596-U65.
60. Novel Antibiotics DataBase. http://www.nih. go. jp/~jun/NADB/search.html (accessed Aug 18 2010
61. Dunkel M. ; Fullbeck M. ; Neumann S. ; Preissner R. Nucl. Acids Res. 2006 34 D678-D683.
62. Smith C. A. ; O'Maille G. ; Want E. J. ; Qin C. ; Trauger S. A. ; Brandon T. R. ; Custodio D. E. ; Abagyan R. ; Siuzdak G. Ther. Drug Monit. 2005 27 747-751.
63. Fahy E. ; Sud M. ; Cotter D. ; Subramaniam S. Nucleic Acids Res. 2007 35 W606-W612.
64. Rosenstein I. J. J. Chem. Educ. 2005 82 652-654.
65. Nielsen K. F. ; Smedsgaard J. J. Chromatogr. A 2003 1002 111-136.