The pan-cancer analysis of gene expression patterns in the context of inflammation

Molecular BioSystems

Volumn 10, Issue 9, 2014, Pages 2270-2276

  Yu, Xuexin ^a   Lian, Baofeng ^a,b,c   Wang, Lihong ^a   Zhang, Yan ^a   Dai, Enyu ^a   Meng, Fanlin ^a   Liu, Dianming ^a   Wang, Shuyuan ^a   Liu, Xinyi ^a   Wang, Jing ^a   Li, Xia ^a   Jiang, Wei ^a  

^a HARBIN MEDICAL UNIVERSITY   (China)

^b SHANGHAI JIAO TONG UNIVERSITY   (China)

^c SHANGHAI CENTER FOR BIOINFORMATION TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

TRANSCRIPTOME;

CELL PROLIFERATION; DNA REPAIR; DNA REPLICATION; DOWN REGULATION; GENE EXPRESSION; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION; GENETICS; HUMAN; INFLAMMATION; NEOPLASM; PROCEDURES; UPREGULATION;

CELL PROLIFERATION; DNA REPAIR; DNA REPLICATION; DOWN-REGULATION; GENE EXPRESSION; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION, NEOPLASTIC; HUMANS; INFLAMMATION; NEOPLASMS; TRANSCRIPTOME; UP-REGULATION;

EID: 84905233563     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4mb00258j     Document Type: Article

References (29)

1. F. Balkwill A. Mantovani Lancet 2001 357 539 545
2. D. Hanahan R. A. Weinberg Cell 2000 100 57 70
3. F. Colotta P. Allavena A. Sica C. Garlanda A. Mantovani Carcinogenesis 2009 30 1073 1081
4. S. H. Itzkowitz X. Yio Am. J. Physiol.: Gastrointest. Liver Physiol. 2004 287 G7 G17
5. D. N. Seril J. Liao G. Y. Yang C. S. Yang Carcinogenesis 2003 24 353 362
6. G. A. Moody V. Jayanthi C. S. Probert H. Mac Kay J. F. Mayberry Eur. J. Gastroenterol. Hepatol. 1996 8 1179 1183
7. J. Eaden K. Abrams A. Ekbom E. Jackson J. Mayberry Aliment. Pharmacol. Ther. 2000 14 145 153
8. L. M. Coussens Z. Werb Nature 2002 420 860 867
9. M. Macarthur G. L. Hold E. M. El-Omar Am. J. Physiol.: Gastrointest. Liver Physiol. 2004 286 G515 G520
10. A. Arzumanyan H. M. Reis M. A. Feitelson Nat. Rev. Cancer 2013 13 123 135
11. D. Kremsdorf P. Soussan P. Paterlini-Brechot C. Brechot Oncogene 2006 25 3823 3833
12. H. Lu W. Ouyang C. Huang Mol. Cancer Res. 2006 4 221 233
13. K. Chang C. J. Creighton C. Davis L. Donehower J. Drummond D. Wheeler A. Ally M. Balasundaram I. Birol Y. S. Butterfield A. Chu E. Chuah H. J. Chun N. Dhalla R. Guin M. Hirst C. Hirst R. A. Holt S. J. Jones D. Lee H. I. Li M. A. Marra M. Mayo R. A. Moore A. J. Mungall A. G. Robertson J. E. Schein P. Sipahimalani A. Tam N. Thiessen R. J. Varhol R. Beroukhim A. S. Bhatt A. N. Brooks A. D. Cherniack S. S. Freeman S. B. Gabriel E. Helman J. Jung M. Meyerson A. I. Ojesina C. S. Pedamallu G. Saksena S. E. Schumacher B. Tabak T. Zack E. S. Lander C. A. Bristow A. Hadjipanayis P. Haseley R. Kucherlapati S. Lee E. Lee L. J. Luquette H. S. Mahadeshwar A. Pantazi M. Parfenov P. J. Park A. Protopopov X. Ren N. Santoso J. Seidman S. Seth X. Song J. Tang R. Xi A. W. Xu L. Yang D. Zeng J. T. Auman S. Balu E. Buda C. Fan K. A. Hoadley C. D. Jones S. Meng P. A. Mieczkowski J. S. Parker C. M. Perou J. Roach Y. Shi G. O. Silva D. Tan U. Veluvolu S. Waring M. D. Wilkerson J. Wu W. Zhao T. Bodenheimer D. N. Hayes A. P. Hoyle S. R. Jeffreys L. E. Mose J. V. Simons M. G. Soloway S. B. Baylin B. P. Berman M. S. Bootwalla L. Danilova J. G. Herman T. Hinoue P. W. Laird S. K. Rhie H. Shen T. Triche D. J. Weisenberger S. L. Carter K. Cibulskis L. Chin J. Zhang G. Getz C. Sougnez M. Wang H. Dinh H. V. Doddapaneni R. Gibbs P. Gunaratne Y. Han D. Kalra C. Kovar L. Lewis M. Morgan D. Morton D. Muzny J. Reid L. Xi J. Cho D. Dicara S. Frazer N. Gehlenborg D. I. Heiman J. Kim M. S. Lawrence P. Lin Y. Liu M. S. Noble P. Stojanov D. Voet H. Zhang L. Zou C. Stewart B. Bernard R. Bressler A. Eakin L. Iype T. Knijnenburg R. Kramer R. Kreisberg K. Leinonen J. Lin M. Miller S. M. Reynolds H. Rovira I. Shmulevich V. Thorsson D. Yang W. Zhang S. Amin C. J. Wu C. C. Wu R. Akbani K. Aldape K. A. Baggerly B. Broom T. D. Casasent J. Cleland C. Creighton D. Dodda M. Edgerton L. Han S. M. Herbrich Z. Ju H. Kim S. Lerner J. Li H. Liang W. Liu P. L. Lorenzi Y. Lu J. Melott G. B. Mills L. Nguyen X. Su R. Verhaak W. Wang J. N. Weinstein A. Wong Y. Yang J. Yao R. Yao K. Yoshihara Y. Yuan A. K. Yung N. Zhang S. Zheng M. Ryan D. W. Kane B. A. Aksoy G. Ciriello G. Dresdner J. Gao B. Gross A. Jacobsen A. Kahles M. Ladanyi W. Lee K. V. Lehmann M. L. Miller R. Ramirez G. Ratsch B. Reva C. Sander N. Schultz Y. Senbabaoglu R. Shen R. Sinha S. O. Sumer Y. Sun B. S. Taylor N. Weinhold S. Fei P. Spellman C. Benz D. Carlin M. Cline B. Craft K. Ellrott M. Goldman D. Haussler S. Ma S. Ng E. Paull A. Radenbaugh S. Salama A. Sokolov J. M. Stuart T. Swatloski V. Uzunangelov P. Waltman C. Yau J. Zhu S. R. Hamilton S. Abbott R. Abbott N. D. Dees K. Delehaunty L. Ding D. J. Dooling J. M. Eldred C. C. Fronick R. Fulton L. L. Fulton J. Kalicki-Veizer K. L. Kanchi C. Kandoth D. C. Koboldt D. E. Larson T. J. Ley L. Lin C. Lu V. J. Magrini E. R. Mardis M. D. McLellan J. F. McMichael C. A. Miller M. O'Laughlin C. Pohl H. Schmidt S. M. Smith J. Walker J. W. Wallis M. C. Wendl R. K. Wilson T. Wylie Q. Zhang R. Burton M. A. Jensen A. Kahn T. Pihl D. Pot Y. Wan D. A. Levine A. D. Black J. Bowen J. Frick J. M. Gastier-Foster H. A. Harper C. Helsel K. M. Leraas T. M. Lichtenberg C. McAllister N. C. Ramirez S. Sharpe L. Wise E. Zmuda S. J. Chanock T. Davidsen J. A. Demchok G. Eley I. Felau B. A. Ozenberger M. Sheth H. Sofia L. Staudt R. Tarnuzzer Z. Wang L. Omberg A. Margolin B. J. Raphael F. Vandin H. T. Wu M. D. Leiserson S. C. Benz C. J. Vaske H. Noushmehr D. Wolf L. V. Veer E. A. Collisson D. Anastassiou T. H. Ou Yang N. Lopez-Bigas A. Gonzalez-Perez D. Tamborero Z. Xia W. Li D. Y. Cho T. Przytycka M. Hamilton S. McGuire S. Nelander P. Johansson R. Jornsten T. Kling J. Sanchez K. R. Shaw Nat. Genet. 2013 45 1113 1120
14. G. Ciriello M. L. Miller B. A. Aksoy Y. Senbabaoglu N. Schultz C. Sander Nat. Genet. 2013 45 1127 1133
15. T. I. Zack S. E. Schumacher S. L. Carter A. D. Cherniack G. Saksena B. Tabak M. S. Lawrence C. Z. Zhang J. Wala C. H. Mermel C. Sougnez S. B. Gabriel B. Hernandez H. Shen P. W. Laird G. Getz M. Meyerson R. Beroukhim Nat. Genet. 2013 45 1134 1140
16. L. Omberg K. Ellrott Y. Yuan C. Kandoth C. Wong M. R. Kellen S. H. Friend J. Stuart H. Liang A. A. Margolin Nat. Genet. 2013 45 1121 1126
17. K. Naxerova C. J. Bult A. Peaston K. Fancher B. B. Knowles S. Kasif I. S. Kohane Genome Biol. 2008 9 R108
18. W. Tan M. A. Hildebrandt X. Pu M. Huang J. Lin S. F. Matin P. Tamboli C. G. Wood X. Wu J. Urol. 2011 186 2071 2077
19. W. Huang da B. T. Sherman R. A. Lempicki Nat. Protoc. 2009 4 44 57
20. K. Degenhardt R. Mathew B. Beaudoin K. Bray D. Anderson G. Chen C. Mukherjee Y. Shi C. Gelinas Y. Fan D. A. Nelson S. Jin E. White Cancer Cell 2006 10 51 64
21. J. A. Lust M. Q. Lacy S. R. Zeldenrust A. Dispenzieri M. A. Gertz T. E. Witzig S. Kumar S. R. Hayman S. J. Russell F. K. Buadi S. M. Geyer M. E. Campbell R. A. Kyle S. V. Rajkumar P. R. Greipp M. P. Kline Y. Xiong L. L. Moon-Tasson K. A. Donovan Mayo Clin. Proc. 2009 84 114 122
22. K. E. de Visser A. Eichten L. M. Coussens Nat. Rev. Cancer 2006 6 24 37
23. S. I. Grivennikov F. R. Greten M. Karin Cell 2010 140 883 899
24. M. Philip D. A. Rowley H. Schreiber Semin. Cancer Biol. 2004 14 433 439
25. T. T. Tan L. M. Coussens Curr. Opin. Immunol. 2007 19 209 216
26. S. Negrini V. G. Gorgoulis T. D. Halazonetis Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010 11 220 228
27. R. Edgar M. Domrachev A. E. Lash Nucleic Acids Res. 2002 30 207 210
28. R. Simon A. Lam M. C. Li M. Ngan S. Menenzes Y. Zhao Cancer Inf. 2007 3 11 17
29. V. G. Tusher R. Tibshirani G. Chu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 5116 5121