NEIL-2 single nucleotide polymorphism genotyping using single base extension on core-shell Fe3O4@SiO2@Au magnetic nanoparticles and association of the genotypes with gastric cancer risk in northern Jiangsu (China)

Science of Advanced Materials

Volumn 6, Issue 5, 2014, Pages 899-907

  Elingarami, Sauli ^a,b   Deng, Yan ^a,c   Fan, Jing ^a   Zhang, Yuanying ^a   He, Nongyue ^a  

^a SOUTHEAST UNIVERSITY   (China)

^b TFNC   (Tanzania)

^c HUNAN UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

Basal excision repair (BER); Genotyping; NEIL2; Reactive oxygen species (ROS); Single nucleotide polymorphism (SNP)

Indexed keywords

EID: 84902318279     PISSN: 19472935     EISSN: 19472943     Source Type: Journal    
DOI: 10.1166/sam.2014.1853     Document Type: Article

References (131)

1. D. M. Parkin, F. Bray, J. Ferlay, and P. Pisani, J. Cli. Cancer 55, 74 (2005).
2. J. R. Siewert, K. Bottcher, H. J. Stein, and J. D. Roder, Ann. Surg. 228, 449 (1998).
3. D. F. Hewin, Br. J. Surg. 85, 874 (1998).
4. N. Peddanna, S. Holt, and R. S. Verma, Anticancer Res. 15, 2055 (1995).
5. M. F. Brennan, Gastric. Cancer. 8, 64 (2005).
6. A. Sancar, Annu. Rev. Biochem. 65, 43 (1996).
7. Z. Yu, J. Chen, B. N. Ford, M. E. Brackley, and B. W. Glickman. Mol. Mutagen. 33, 3 (1999).
8. T. K. Hazra, Y. W. Kow, Z. Hatahet, B. Imhoff, I. Boldogh, S. K. Mokkapati, S. Mitra, and T. Izumi, J. Biol. Chem. 277, 30417 (2002).
9. T. K. Hazra and S. Mitra, Methods. Enzymol. 408, 33 (2006).
10. V. Bandaru, S. Sunkara, S. S. Wallace, and J. P. Bond, DNA Repair. (Amst). 1, 517 (2002).
11. A. Das, L. Wiederhold, and J. B. Leppard, DNA. Repair (Amst). 5, 1439 (2006).
12. X. Zhai, H. Zhao, Z. Liu, L.-E. Wang, A. K. El-Naggar, E. M. Sturgis, and Q. Wei, Clin. Cancer. Res. 14, 4345 (2008).
13. S. Kumar, R. Thangavel, B. H. Mok, S. M. Rao, and M. K. Wu, Adv. Sci. Eng. Med. 6, 188 (2014).
14. A. Mujtaba, M. Ali, and K. Kohli, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 950 (2013).
15. H. Babahosseini, S. H. Mahboobi, and A. Meghdari, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 801 (2013).
16. C. M. V. Benítez and H. S. Lopes, J. Bionanosci. 7, 391 (2013).
17. Y. Haldorai, S. Chitra, and J.-J. Shim, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 1044 (2013).
18. A. K. Babahedari, E. H. Soureshjani, M. K. Shamsabadi, and H. Kabiri, J. Bionanosci. 7, 288 (2013).
19. L. Jin, X. Zeng, M. Liu, and N. He, Sci. Adv. Mater. 5, 2053 (2013).
20. M. M. Varma, A. L. Harika, and V. Sravani, J. Bionanosci. 7, 360 (2013).
21. A. Mewada, M. Thakur, S. Pandey, G. O. R. Shah, and M. Sharon, J. Bionanosci. 7, 296 (2013).
22. V. A. Dhumale, R. K. Gangwar, S. S. Datar, and R. B. Sharma, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 409 (2013).
23. T.-H. Kim, H. Choi, G. S. Yu, and J. S. Choi, J. Nanosci. Nanotechnol. 13, 7325 (2013).
24. Y. Deng, Y. Zhang, H. Jiang, L. Xu, H. Liu, S. Li, and N. He, J. Biomed. Nanotechnol. 5, 551 (2009).
25. R. Raliya and J. C. Tarafdar, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 1073 (2013).
26. Y. Deng, L. Xu, X. Zeng, Z. Li, B. Qin, and N. He, J. Biomed. Nanotechnol. 6, 318 (2010).
27. P. A. Joshi, S. R. Bonde, S. C. Gaikwad, A. K. Gade, K. Abd-Elsalam, and M. K. Rai, J. Bionanosci. 7, 378 (2013).
28. S. Elingarami, X. Li, and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 13, 4539 (2013).
29. V. M. Singh, S. J. Newati, and R. A. Khan, J. Bionanosci. 7, 420 (2013).
30. Suman, S. Tiwari, and R. Gupta. J. Bionanosci. 7, 341 (2013).
31. B. S. Mithila, N. R. Ravikumara, and B. Madhusudhan, J. Bionanosci. 7, 403 (2013).
32. Y. Deng, N. He, X. Li, L. Xu, S. Li, Z. Li, and H. Liu, Adv. Sci. Lett. 4, 442 (2011).
33. K. Ren and Y. X. Gan, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 811 (2013).
34. L. Tian, S. Li, H. Liu, Z. Wang, and N. He, J. Biomed. Nanotechnol. 5, 511 (2009).
35. Q. Zhao, L. N. Wang, R. Cheng, L. D. Mao, R. D. Arnold, E. W. Howerth, Z. G. Chen, and S. Platt, Theranostics 2, 113 (2012).
36. J. Kakati and P. Datta, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 693 (2013).
37. J. Xie and S. Jon, Theranostics 2, 122 (2012).
38. A. A. Ansari, P. Pandey, and B. D. Malhotra, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 1113 (2013).
39. Y. Deng, M. Wang, W. Wang, C. Ma, and N. He, Neurochem. Res. 38, 504 (2013).
40. R. G. S. V. Prasad, R. Davan, S. Jothi, A. R. Phani, and D. B. Raju. Nano Biomed. Eng. 5, 46 (2013).
41. K. P. Senthil and S. Sudha. Nano Biomed. Eng. 5, 72 (2013).
42. S. U. Maheshwari, S. V. Kumar, and N. Nagiah, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 1305 (2013).
43. Y. Deng, W. Wang, C. Ma, and Z. Li, J. Biomed. Nanotechnol. 9, 1378 (2013).
44. E. K. Elumalai and P. Vinothkumar, Nano Biomed. Eng. 5, 90 (2013).
45. J. Kakati and P. Datta, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 1267 (2013).
46. Z. Lu, L. Zhang, Y. Deng, S. Li, and N. He, Nanoscale 4, 5840 (2012).
47. S. Kumar, R. Thangavel, B. H. Mok, S. M. Rao, and M. K. Wu, Adv. Sci. Eng. Med. 6, 188 (2014).
48. R. H. P. Devamani and M. Alagar, Nano Biomed. Eng. 5, 116 (2013).
49. D. N. Ho, N. Kohler, A. Sigdel, R. Kalluri, J. R. Morgan, C. J. Xu, and S. H. Sun, Theranostics 2, 66 (2012).
50. S. Singh and P. Chakrabarti, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 677 (2013).
51. Hussain, K. Kohli, A. Umar, and S. Amin, Sci. Adv. Mater. 5, 810 (2013).
52. M. S. Buryi, V. V. Laguta, D. V. Savchenko, and M. Nikl, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 573 (2013).
53. W. Wang, Y. Deng, X. He, L. Xu, and Z. Li, J. Nanosci. Nanotechnol. 12, 7301 (2012).
54. M. Klejch, M. Nemec, J. Kubát, and J. Polák, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 533 (2013).
55. W. Wang, Y. Deng, S. Li, H. Liu, Z. Lu, L. Zhang, L. Lin, and L. Xu, J. Biomed. Nanotechnol. 9, 736 (2013).
56. G. Krishnamurthy and R. Namitha, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 726 (2013).
57. N. Paitya, J. Bionanosci. 7, 145 (2013).
58. M. Askarian, M. Moavenian, and R. H. Ghasemi, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 895 (2013).
59. A. K. Jha and K. Prasad, J. Bionanosci. 7, 245 (2013).
60. A. Mathur and Y. K. Agrawal, J. Bionanosci. 7, 140 (2013).
61. A. Tarafdar, R. Raliya, W.-N. Wang, P. Biswas, and J. C. Tarafdar, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 943 (2013).
62. N. He, S. Elingarami, and P. Zhu, J. Nanosci. Nanotechnol. 12, 2858 (2012).
63. A. Aldwayyan, A. Ali, A. A. Ansari, M. S. Alsalhi, and M. H. Nayfeh, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 965 (2013).
64. Y. Deng, M. Wang, L. Jiang, C. Ma, Z. Xi, X. Li, and N. He, J. Biomed. Nanotechnol. 9, 1123 (2013).
65. K. R. Nemade and S. A. Waghuley, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 988 (2013).
66. J. Kavya, G. Amsaveni, H. Yasmin, R. Murugesan, and A. Girigoswami, Adv. Sci. Eng. Med. 6, 159 (2014).
67. K. B. Babitha, K. G. Warrier, and S. Shukla, Adv. Sci. Eng. Med. 6, 173 (2014).
68. N. He, X. Mou, Y. Deng, H. Liu, S. Li, L. Xu, and X. Li, J. Nanosci. Nanotechnol. 12, 3866 (2012).
69. R. Ahmad, A. Mishra, and M. Sardar, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 1020 (2013).
70. S. Nithiyanantham and L. Palaniappan, J. Bionanosci. 7, 292 (2013).
71. M. Hatami, K. V. Rao, M. Ahmadipour, and V. Rajendar, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 1039 (2013).
72. W. Wang, Y. Deng, L. Zhang, J. Fu, Z. Lu, and L. Xu, J. Nanosci. Nanotechnol. 12, 7206 (2012).
73. S. Vijay, J. K. Vijayavargiya, A. Sharma, and Y. K. Vijay, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 1058 (2013).
74. S. Elingarami, M. Liu, Z. Li, and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 13, 3204 (2013).
75. J. Khera, A. Singh, S. K. Mandal, and A. Chandra, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 1067 (2013).
76. X. Li, F. Zhang, C. Ma, and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 13, 5859 (2013).
77. M. Zinzuwadia, K. Maiti, J. Nemade, and H. Aiyer, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 1081 (2013).
78. N. Sultana and T. Hayat Khan, J. Bionanosci. 7, 169 (2013).
79. P. K. Karmakar and D. Mohanta, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 1097 (2013).
80. Y. Deng, W. Wang, P. Yu, Z. Xi, L. Xu, X. Li, and N. He, Nanoscale Res. Lett. 8, 190 (2013).
81. T. Umasangari, S. Anandhavelu, and S. Thambidurai, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 841 (2013).
82. Y. Deng, W. Wang, L. Zhang, Z. Lu, S. Li, and L. Xu, J. Biomed. Nanotechnol. 9, 318 (2013).
83. G. Saeed, Adv. Sci. Eng. Med. 5, 937 (2013).
84. S. Li, H. Liu, Y. Jia, Y. Deng, L. Zhang, Z. Lu, and N. He, Theranostics 2, 967 (2012).
85. S. Li, H. Liu, Y. Jia, X. Mou, Y. Deng, L. Lin, and N. He, J. Biomed. Nanotechnol. 9, 689 (2013).
86. H. Liu, S. Li, L. Liu, L. Tian, Y. Deng, Z. Li, and N. He, Chinese J. Anal. Chem. 38, 1708 (2010).
87. H. Liu, S. Li, Z. Wang, N. He, and Q. He, Chem. J. Chinese U., 28, 1035 (2007).
88. S. Li, H. Liu, Z. Wang, P. Hou, Y. Guo, Q. He, and N. He, Anal. Biochem. 359, 277 (2006).
89. H. Liu, S. Li, Z. Wang, M. Ji, L. Nie, and N. He, J. Biotechnol. 131, 217 (2007).
90. H. Liu, S. Li, Z. Wang, Z. Li, Y. Deng, H. Wang, Z. Shi, and N. He, Appl. Surf. Sci. 255, 600 (2008).
91. H. Liu, S. Li, M. Ji, L. Nie, J. Chen, Y. Miao, and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 8, 405 (2008).
92. P. Balamohan, C. H. Anjali, and A. Ravindran, J. Bionanosci. 7, 323 (2013).
93. H. Liu, S. Li, L. Liu, L. Tian, and N. He, Anal. Biochem. 386, 126 (2009).
94. H. Liu, S. Li, L. Liu, L. Tian, and N. He, Biosens. Bioelectron. 26, 1442 (2010).
95. S. Li, H. Liu, L. Liu, L. Tian, and N. He, Anal. Biochem. 405, 141 (2010).
96. H. Liu, S. Li, L. Tian, L. Liu, and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 10, 5311 (2010).
97. H. Jiang, X. Zeng, Z. Xi, M. Liu, C. Li, Z. Li, L. Jin, Z. Wang, Y. Deng, and N. He, J. Biomed. Nanotechnol. 9, 674 (2013).
98. F. Wang, C. Ma, X. Zeng, C. Li, and N. He, J. Biomed. Nanotechnol. 8, 786 (2012).
99. Z. Liu, B. Liu, Y. Xia, Y. Deng, and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 12, 8448 (2012).
100. H. Sun, X. Zeng, M. Liu, S. Elingarami, G. Li, B. Shen, and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 12, 267 (2012).
101. N. He, X. Mou, Y. Deng, H. Liu, S. Li, L. Xu, and X. Li, J. Nanosci. Nanotechnol. 12, 3862 (2012).
102. C. Li, C. Ma, F. Wang, Z. Xi, Z. Wang, Y. Deng, and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 12, 2964 (2012).
103. C. Ma, C. Li, N. He, F. Wang, N. Ma, L. Zhang, Z. Lu, Z. Ali, Z. Xi, X. Li, G. Liang, H. Liu, Y. Deng, L. Xu, and Z. Wang, J. Biomed. Nanotechnol. 8, 1000 (2012).
104. B. Liu, Z. Li, H. Chen, Y. Deng, N. He, S. Elingarami, and J. Huang, J. Biomed. Nanotechnol. 8, 938 (2012).
105. S. Elingarami, M. Liu, Z. Li, and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 13, 3204 (2013).
106. S. Elingarami, X. Li, and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 13, 4539 (2013).
107. N. Ma, C. Ma, C. Li, T. Wang, Y. Tang, H. Wang, X. Mou, Z. Chen, and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 13, 6485 (2013).
108. Z. Li, H. Yang, N. He, W. Liang, C. Ma, M. A. A. Shah, Y. Tang, S. Li, H. Liu, H. Jiang, and Y. Guo, J. Biomed. Nanotechnol. 9, 1945 (2013).
109. H. Jiang, X. Zeng, N. He, Y. Deng, G. Lu, and K. Li, J. Nanosci. Nanotechnol. 13, 1617 (2013).
110. C. Ma, F. Wang, C. Li, Z. Li, X. Li, N. Ma, E. Sauli, Y. Deng, L. Zhang, Z. Lu, and N. He, Nanosci. Nanotechnol. Lett. 5, 301 (2013).
111. Z. Ali, Y. Deng, Y. Tang, S. Zheng, N. Ma, and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 13, 40 (2013).
112. Y. Tang, J. Zou, C. Ma, Z. Ali, Z. Li, X. Li, N. Ma, X. Mou, Y. Deng, L. Zhang, K. Li, G. Lu, H. Yang, and N. He, Theranostics 3, 85 (2013).
113. B. Liu, Y. Jia, M. Ma, Z. Li, H. Liu, S. Li, Y. Deng, L. Zhang, Z. Lu, W. Wang, and N. He, J. Biomed. Nanotechnol. 9, 247 (2013).
114. N. He, F. Wang, C. Ma, C. Li, X. Zeng, Y. Deng, L. Zhang, and Z. Li, J. Biomed. Nanotechnol. 9, 267 (2013).
115. Y. Tang, Z. Li, N. He, L. Zhang, C. Ma, X. Li, C. Li, Z. Wang, Y. Deng, and L. He, J. Biomed. Nanotechnol. 9, 312 (2013).
116. C. Ma, C. Li, F. Wang, N. Ma, Z. Li, Z. Xi, X. Li, and N. He, J. Biomed. Nanotechnol. 9, 703 (2013).
117. S. Li, H. Liu, Y. Deng, L. Lin, and N. He, J. Biomed. Nanotechnol. 9, 1254 (2013).
118. S. Elingarami, M. Liu, J. Fan, and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 14 (2014), in press
119. Y. Tang, Z. Ali, J. Zou, K. Yang, X. Mou, Z. Li, Y. Deng, Z. Lu, C. Ma, M. A. A. Shah, S. Elingarami, H. Yang and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 13 (2014), doi:10.1166/jnn.2013.8707.
120. J. Fan, M. Liu, H. Yang, D. Wu, H. Jiang, X. Zeng, S. Elingarami, Z. Li, S. Li, H. Liu, and N. He, J. Nanosci. Nanotechnol. 14 (2014), doi:10.1166/jnn.2014.8910.
121. B. Mishra, B. B. Patel, and S. Tiwari, Nanomed. Nanotechnol. Biol. Med. 6, 9 (2010).
122. M. A. Innis, K. B. Myambo, D. H. Gelfand, and M. D. Brow, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 85, 9436 (1988).
123. T. L. Dawson, G. J. Gores, A. L. Nieminen, B. Herman, and J. J. Lemasters, Am. J. Physiol. 264, C961 (1993).
124. S. Mitra, T. K. Hazra, R. Roy, S. Ikeda, T. Biswas, J. Lock, I. Boldogh, and T. Izumi, Mol. Cells. 7, 305 (1997).
125. D. Aditi, W. Lee, B. L. John, K. Padmini, P. Rajendra, W. Huxian, B. Istvan, K-B. Feridoun, W. Michael, E. T. Alan, H. W. Samuel, M. Sankar, and K. H. Tapas, DNA Repair. 5, 1439 (2006).
126. K. W. Caldecott, Structure. 10, 1151 (2002).
127. Y. Habraken and W. G. Verly, Eur. J. Biochem. 171, 59 (1988).
128. C. J. Whitehouse, R. M. Taylor, A. Thistlethwaite, H. Zhang, F. Karimi-Busheri, D. D. Lasko, M. Weinfeld, and K. W. Caldecott, Cell. 104, 107 (2001).
129. A. Rasouli-Nia, F. Karimi-Busheri, and M. Weinfeld, Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101, 6905 (2004).
130. J. K. Carla, A. E.-Z. Randa, M. R. Catherine, E. H. Courtney, K. W. Jeffrey, Z. A.-R. Sherif, Mutagenesis 25, 171 (2010).
131. H. Dou, S. Mitra, and T. K. Hazra, J. Biol. Chem. 278, 49679 (2003).