QC metrics from CPTAC raw LC-MS/MS data interpreted through multivariate statistics

Analytical Chemistry

Volumn 86, Issue 5, 2014, Pages 2497-2509

  Wang, Xia ^a   Chambers, Matthew C ^b   Vega Montoto, Lorenzo J ^b   Bunk, David M ^c   Stein, Stephen E ^c   Tabb, David L ^b  

^a UNIVERSITY OF CINCINNATI   (United States)

^b VANDERBILT UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^c NATIONAL INSTITUTE OF STANDARDS AND TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CLINICAL PROTEOMICS; CORRELATION STRUCTURE; MULTIVARIATE STATISTICS; ROBUST PRINCIPAL COMPONENTS; SHOTGUN PROTEOMICS; STANDARD OPERATING PROCEDURES; STRUCTURAL ASSESSMENTS; SUBSEQUENT FACTOR ANALYSIS;

MASS SPECTROMETERS; MOLECULAR BIOLOGY; PRINCIPAL COMPONENT ANALYSIS;

MULTIVARIANT ANALYSIS;

TUMOR PROTEIN;

ANALYSIS OF VARIANCE; HUMAN; LIQUID CHROMATOGRAPHY; METABOLISM; MULTIVARIATE ANALYSIS; NEOPLASM; PROCEDURES; QUALITY CONTROL; REPRODUCIBILITY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ANALYSIS OF VARIANCE; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HUMANS; MULTIVARIATE ANALYSIS; NEOPLASM PROTEINS; NEOPLASMS; QUALITY CONTROL; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 84900620731     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac4034455     Document Type: Article

References (23)

1. Bell, A. W.; Deutsch, E. W.; Au, C. E.; Kearney, R. E.; Beavis, R.; Sechi, S.; Nilsson, T.; Bergeron, J. J. M. HUPO Test Sample Working Group Nat. Methods 2009, 6, 423-430
2. Klie, S.; Martens, L.; Vizcaíno, J. A.; Coîté, R.; Jones, P.; Apweiler, R.; Hinneburg, A.; Hermjakob, H. J. Proteome Res. 2008, 7, 182-191
3. Mann, M. Nat. Methods 2009, 6, 717-719
4. Tabb, D. L.; Vega-Montoto, L.; Rudnick, P. A.; Variyath, A. M.; Ham, A.-J. L.; Bunk, D. M.; Kilpatrick, L. E.; Billheimer, D. D.; Blackman, R. K.; Cardasis, H. L.; Carr, S. A.; Clauser, K. R.; Jaffe, J. D.; Kowalski, K. A.; Neubert, T. A.; Regnier, F. E.; Schilling, B.; Tegeler, T. J.; Wang, M.; Wang, P.; Whiteaker, J. R.; Zimmerman, L. J.; Fisher, S. J.; Gibson, B. W.; Kinsinger, C. R.; Mesri, M.; Rodriguez, H.; Stein, S. E.; Tempst, P.; Paulovich, A. G.; Liebler, D. C.; Spiegelman, C. J. Proteome Res. 2010, 9, 761-776
5. Resing, K. A.; Meyer-Arendt, K.; Mendoza, A. M.; Aveline-Wolf, L. D.; Jonscher, K. R.; Pierce, K. G.; Old, W. M.; Cheung, H. T.; Russell, S.; Wattawa, J. L.; Goehle, G. R.; Knight, R. D.; Ahn, N. G. Anal. Chem. 2004, 76, 3556-3568
6. Rudnick, P. A.; Clauser, K. R.; Kilpatrick, L. E.; Tchekhovskoi, D. V.; Neta, P.; Blonder, N.; Billheimer, D. D.; Blackman, R. K.; Bunk, D. M.; Cardasis, H. L.; Ham, A.-J. L.; Jaffe, J. D.; Kinsinger, C. R.; Mesri, M.; Neubert, T. A.; Schilling, B.; Tabb, D. L.; Tegeler, T. J.; Vega-Montoto, L.; Variyath, A. M.; Wang, M.; Wang, P.; Whiteaker, J. R.; Zimmerman, L. J.; Carr, S. A.; Fisher, S. J.; Gibson, B. W.; Paulovich, A. G.; Regnier, F. E.; Rodriguez, H.; Spiegelman, C.; Tempst, P.; Liebler, D. C.; Stein, S. E. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 225-241
7. Ma, Z.-Q.; Polzin, K. O.; Dasari, S.; Chambers, M. C.; Schilling, B.; Gibson, B. W.; Tran, B. Q.; Vega-Montoto, L.; Liebler, D. C.; Tabb, D. L. Anal. Chem. 2012, 84, 5845-5850
8. Pichler, P.; Mazanek, M.; Dusberger, F.; Weilnböck, L.; Huber, C. G.; Stingl, C.; Luider, T. M.; Straube, W. L.; Köcher, T.; Mechtler, K. J. Proteome Res. 2012, 11, 5540-5547
9. Paulovich, A. G.; Billheimer, D.; Ham, A.-J. L.; Vega-Montoto, L.; Rudnick, P. A.; Tabb, D. L.; Wang, P.; Blackman, R. K.; Bunk, D. M.; Cardasis, H. L.; Clauser, K. R.; Kinsinger, C. R.; Schilling, B.; Tegeler, T. J.; Variyath, A. M.; Wang, M.; Whiteaker, J. R.; Zimmerman, L. J.; Fenyo, D.; Carr, S. A.; Fisher, S. J.; Gibson, B. W.; Mesri, M.; Neubert, T. A.; Regnier, F. E.; Rodriguez, H.; Spiegelman, C.; Stein, S. E.; Tempst, P.; Liebler, D. C. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 242-254
10. Addona, T. A.; Abbatiello, S. E.; Schilling, B.; Skates, S. J.; Mani, D. R.; Bunk, D. M.; Spiegelman, C. H.; Zimmerman, L. J.; Ham, A.-J. L.; Keshishian, H.; Hall, S. C.; Allen, S.; Blackman, R. K.; Borchers, C. H.; Buck, C.; Cardasis, H. L.; Cusack, M. P.; Dodder, N. G.; Gibson, B. W.; Held, J. M.; Hiltke, T.; Jackson, A.; Johansen, E. B.; Kinsinger, C. R.; Li, J.; Mesri, M.; Neubert, T. A.; Niles, R. K.; Pulsipher, T. C.; Ransohoff, D.; Rodriguez, H.; Rudnick, P. A.; Smith, D.; Tabb, D. L.; Tegeler, T. J.; Variyath, A. M.; Vega-Montoto, L. J.; Wahlander, A.; Waldemarson, S.; Wang, M.; Whiteaker, J. R.; Zhao, L.; Anderson, N. L.; Fisher, S. J.; Liebler, D. C.; Paulovich, A. G.; Regnier, F. E.; Tempst, P.; Carr, S. A. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 633-641
11. Johnson, R. A.; Wichern, D. W. Applied Multivariate Statistical Analysis, 6 th ed.; Pearson Prentice Hall: Upper Saddle River, NJ, 2007.
12. Polanski, M.; Anderson, N. L. Biomarker Insights 2007, 1, 1-48
13. Anderson, N. L.; Anderson, N. G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 845-867
14. Chambers, M. C.; Maclean, B.; Burke, R.; Amodei, D.; Ruderman, D. L.; Neumann, S.; Gatto, L.; Fischer, B.; Pratt, B.; Egertson, J.; Hoff, K.; Kessner, D.; Tasman, N.; Shulman, N.; Frewen, B.; Baker, T. A.; Brusniak, M.-Y.; Paulse, C.; Creasy, D.; Flashner, L.; Kani, K.; Moulding, C.; Seymour, S. L.; Nuwaysir, L. M.; Lefebvre, B.; Kuhlmann, F.; Roark, J.; Rainer, P.; Detlev, S.; Hemenway, T.; Huhmer, A.; Langridge, J.; Connolly, B.; Chadick, T.; Holly, K.; Eckels, J.; Deutsch, E. W.; Moritz, R. L.; Katz, J. E.; Agus, D. B.; MacCoss, M.; Tabb, D. L.; Mallick, P. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 918-920
15. Taylor, R. M.; Dance, J.; Taylor, R. J.; Prince, J. T. Bioinformatics 2013. In Press.
16. Xiong, H.; Yu, L. X.; Qu, H. AAPS PharmSciTech 2013, 14, 802-810
17. Ringnér, M. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 303-304
18. Hubert, M.; Engelen, S. Bioinformatics 2004, 20, 1728-1736
19. Kaiser, H. F. Psychometrika 1958, 23, 187-200
20. Karp, N. A.; Spencer, M.; Lindsay, H.; O'Dell, K.; Lilley, K. S. J. Proteome Res. 2005, 4, 1867-1871
21. Dasari, S.; Chambers, M. C.; Martinez, M. A.; Carpenter, K. L.; Ham, A.-J. L.; Vega-Montoto, L. J.; Tabb, D. L. J. Proteome Res. 2012, 11, 1686-1695
22. Lam, H.; Deutsch, E. W.; Aebersold, R. J. Proteome Res. 2010, 9, 605-610
23. Holman, J. D.; Ma, Z.-Q.; Tabb, D. L. Current Protocols in Bioinformatics; Baxevanis, A., Ed.; John Wiley & Sons: New York, 2012; Chapter 13, Unit 13.17.