The free energy landscape of pseudorotation in 3′-5′ and 2′-5′ linked nucleic acids

Journal of the American Chemical Society

Volumn 136, Issue 7, 2014, Pages 2858-2865

  Li, Li ^a   Szostak, Jack W ^a  

^a MASSACHUSETTS GENERAL HOSPITAL   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BASE SEQUENCE; DEOXYGUANOSINE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; NUCLEIC ACID CONFORMATION; RNA; ROTATION; THERMODYNAMICS;

EID: 84894454265     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja412079b     Document Type: Article

References (45)

1. Sundaralingam, M. Biopolymers 1969, 7, 821-860
2. Altona, C.; Sundaralingam, M. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 8205-8212
3. Hruska, F. E.; Grey, A. A.; Smith, I. C. J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 4088-4094
4. Altona, C.; Sundaralingam, M. J. Am. Chem. Soc. 1973, 95, 2333-2344
5. Cheong, C.; Varani, G.; Tinoco, I. Nature 1990, 346, 680-682
6. Rupert, P. B.; Ferre-D'Amare, A. R. Nature 2001, 410, 780-786
7. Gilbert, W. Nature 1986, 319, 618
8. Szostak, J. W. J. Syst. Chem. 2012, 3, 2
9. Trevino, S. G.; Zhang, N.; Elenko, M. P.; Luptak, A.; Szostak, J. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 13492-13497
10. Engelhart, A. E.; Powner, M. W.; Szostak, J. W. Nat. Chem. 2013, 5, 390-394
11. Sheng, J.; Li, L.; Engelhart, A. E.; Gan, J.; Wang, J.; Szostak, J. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014, 10.1073/pnas.1317799111
12. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. Chem. Phys. Lett. 1974, 28, 578-581
13. Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 275-282
14. Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 12562-12566
15. Barducci, A.; Bussi, G.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 020603
16. Ensing, B.; Klein, M. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 6755-6759
17. Berneche, S.; Roux, B. Nature 2001, 414, 73-77
18. Gervasio, F. L.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2600-2607
19. Cremer, D.; Pople, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 1354-1358
20. Cremer, D.; Pople, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 1358-1367
21. Olson, W. K. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 278-286
22. Brameld, K. A.; Goddard, W. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 985-993
23. Foloppe, N.; Nilsson, L. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 9119-9131
24. Priyakumar, U. D.; MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 1515-1524
25. Hart, K.; Foloppe, N.; Baker, C. M.; Denning, E. J.; Nilsson, L.; MacKerell, A. D. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 348-362
26. Banavali, N. K.; Roux, B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6866-6876
27. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 33-38
28. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
29. MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
30. Denning, E. J.; Priyakumar, U. D.; Nilsson, L.; MacKerell, A. D. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1929-1943
31. Feller, S. E.; Zhang, Y.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613-4621
32. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
33. Rao, S. T.; Westhof, E.; Sundaralingam, M. Acta Crystallogr., Sect. A 1981, 37, 421-425
34. Hub, J. S.; de Groot, B. L.; van der Spoel, D. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3713-3720
35. Minh, D. D.; Adib, A. B. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 180602
36. Plavec, J.; Tong, W.; Chattopadhyaya, J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9734-9746
37. Thewalt, U.; Bugg, C. E.; Marsh, R. E. Acta Crystallogr., Sect. B 1970, 26, 1089-1101
38. Zhang, N.; Zhang, S.; Szostak, J. W. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 3691-3694
39. Ponomareva, A. G.; Yurenko, Y. P.; Zhurakivsky, R. O.; Mourik, T. V.; Hovorun, D. M. J. Biomol. Struct. Dyn. 2013, 10.1080/07391102.2013.789401
40. Johnson, J. E.; Hoogstraten, C. G. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 16757-16769
41. Premraj, B. J.; Patel, P. K.; Kandimalla, E. R.; Agrawal, S.; Hosur, R. V.; Yathindra, N. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001, 283, 537-543
42. Damha, M. J.; Ogilvie, K. K. Biochemistry 1988, 27, 6403-6416
43. Buch, I.; Giorgino, T.; De Fabritiis, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 10184-10189
44. Schöning, K.-U.; Scholz, P.; Guntha, S.; Wu, X.; Krishnamurthy, R.; Eschenmoser, A. Science 2000, 290, 1347-1351
45. Eschenmoser, A. Science 1999, 284, 2118-2124