Assessing protein-ligand docking for the binding of organometallic compounds to proteins

Journal of Computational Chemistry

Volumn 35, Issue 3, 2014, Pages 192-198

  Ortega Carrasco, Elisabeth ^a   Lledós, Agusti ^a   Maréchal, Jean Didier ^a  

^a UNIVERSITAT AUTÒNOMA DE BARCELONA   (Spain)

Author keywords

computational bioinorganics; drug design; kinase inhibition; metalodrugs; protein ligand dockings

Indexed keywords

BIOINORGANICS; DRUG DESIGN; KINASE INHIBITION; METALODRUGS; PROTEIN-LIGAND DOCKINGS;

DRUG DELIVERY; ELECTRONIC PROPERTIES; GOLD; ORGANOMETALLICS; PROTEINS;

SCAFFOLDS (BIOLOGY);

ENZYME INHIBITOR; LIGAND; ORGANOMETALLIC COMPOUND; PROTEIN KINASE; TRYPSIN;

ALGORITHM; ARTICLE; BINDING SITE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTATIONAL BIOINORGANICS; COMPUTER AIDED DESIGN; COMPUTER PROGRAM; COMPUTER SIMULATION; DRUG DESIGN; HUMAN; KINASE INHIBITION; KINETICS; METALODRUGS; MOLECULAR DOCKING; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN DATABASE; PROTEIN-LIGAND DOCKINGS; THERMODYNAMICS; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

COMPUTATIONAL BIOINORGANICS; DRUG DESIGN; KINASE INHIBITION; METALODRUGS; PROTEIN-LIGAND DOCKINGS;

ALGORITHMS; BINDING SITES; COMPUTER SIMULATION; COMPUTER-AIDED DESIGN; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; DATABASES, PROTEIN; DRUG DESIGN; ENZYME INHIBITORS; HUMANS; KINETICS; LIGANDS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR DOCKING SIMULATION; ORGANOMETALLIC COMPOUNDS; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN KINASES; SOFTWARE; THERMODYNAMICS; TRYPSIN;

EID: 84891344766     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.23472     Document Type: Article

References (31)

1. B. Rosenberg, L. Van Camp, T. Krigas, Nature 1965, 205, 698.
2. Z. Guo, P. J. Sadler, Angew. Chem. Int. Ed. 1999, 38, 1512.
3. M. Melchart, A. Habtemaiam, O. Novokova, S. A. Moggach, F. P. A. Fabbiani, S. Parsons, V. Brabec, P. J. Sadler, Inorg. Chem. 2007, 46, 8950.
4. G. Gasser, N. Metzler-Nolte, Curr. Opin. Chem. Biol. 2012, 16, 84.
5. E. Meggers, Chem. Commun. 2009, 1001.
6. M. L. Verdonk, J. C. Cole, M. J. Hartshorn, C. W. Murray, R. D. Taylor, Proteins 2003, 52, 609.
7. R. A. Friesner, J. L. Banks, R. B. Murphy, T. A. Halgren, J. J. Klicic, D. T. Mainz, M. P. Repasky, E. H. Knoll, M. Shelley, J. K. Perry, et al. J. Med. Chem. 2004, 47, 1739.
8. B. Seebeck, I. Reulecke, A. Kämper, M. Rarey, Proteins 2008, 71, 1237.
9. V. M. Robles, E. Ortega-Carrasco, E. G. Fuentes, A. Lledós, J.-D. Maréchal, Faraday Discusss. 2011, 148, 137.
10. G. E. Atilla-Gokcumen, N. Pagano, C. Streu, J. Maksimoska, P. Filippakopoulos, S. Knapp, E. Meggers, Chembiochem. 2008, 9, 2933.
11. L. Feng, Y. Geisselbrecht, S. Blanck, A. Wilbuer, G. E. Atilla-Gokcumen, P. Filippakopoulos, K. Kräling, M. A. Celik, K. Harms, J. Maksimoska, et al., J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 5976.
12. J. Maksimoska, L. Feng, K. Harms, C. Yi, J. Kissil, R. Marmorstein, E. Meggers, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 15764.
13. P. Xie, D. S. Williams, G. E. Atilla-Gokcumen, L. Milk, M. Xiao, K. S. M. Smalley, M. Herlyn, E. Meggers, R. Marmorstein, ACS Chem. Biol. 2008, 3, 305.
14. P. Xie, C. Streu, J. Qin, H. Bregman, N. Pagano, E. Meggers, R. Marmorstein, Biochemistry 2009, 48, 5187.
15. J. Maksimoska, D. S. Williams, G. E. Atilla-Gokcumen, K. S. M. Smalley, P. J. Carroll, R. D. Webster, P. Filippakopoulos, S. Knapp, M. Herlyn, E. Meggers, Chemistry 2008, 14, 4816.
16. A. N. Bullock, S. Russo, A. Amos, N. Pagano, H. Bregman, J. E. Debreczeni, W. H. Lee, F. von Delft, E. Meggers, S. Knapp, PloS one 2009, 4, e7112.
17. G. E. Atilla-Gokcumen, L. Di Costanzo, E. Meggers, J. Biol. Inorg. Chem. 2011, 16, 45.
18. N. Pagano, J. Maksimoska, H. Bregman, D. S. Williams, R. D. Webster, F. Xue, E. Meggers, Org. Biomol. Chem. 2007, 5, 1218.
19. E. Toyota, K. K. Ng, H. Sekizaki, K. Itoh, K. Tanizawa, M. N. James, J. Mol. Biol. 2001, 305, 471.
20. C. Lee, W. Yang, R. G. Parr, Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
21. A. D. Becke, J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
22. M. D. Eldridge, C.W. Murray, T.R. Auton, G.V. Paolini, J. Comput.-Aided Mol. Des. 1997, 11, 425.
23. C. W. Murray, T. R. Auton, M. D. Eldridge, J. Comput.-Aided Mol. Des. 1998, 12, 503.
24. M. L. Verdonk, J. C. Cole, M. J. Hartshorn, C. W. Murray, R. D. Taylor, Proteins 2003, 52, 609.
25. O. Korb, T. Stützle, T. E. Exner, J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 84.
26. W. T. M. Mooij, M. L. Verdonk, Proteins 2005, 61, 272.
27. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski, D. J. Fox, Gaussian, Inc:, Wallingford CT, 2009.
28. G. Fogarasi, X. Zhou, P. W. Taylor, P. Pulay, J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 8191.
29. P. J. Hay, W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 1985, 82, 299.
30. S. F. Sousa, P. A. Fernándes, M.J. Ramos, Proteins 2006, 65, 15.
31. J. W. Liebeschuetz, J. C. Cole, O. Korb, J. Comput.-Aided Mol. Des. 2012, 26, 737.