Multiplexed target detection using DNA-binding dye chemistry in droplet digital PCR

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 23, 2013, Pages 11619-11627

  McDermott, Geoffrey P ^a   Do, Duc ^a   Litterst, Claudia M ^a   Maar, Dianna ^a   Hindson, Christopher M ^b   Steenblock, Erin R ^a   Legler, Tina C ^a   Jouvenot, Yann ^a   Marrs, Samuel H ^a   Bemis, Adam ^a   Shah, Pallavi ^a   Wong, Josephine ^a   Wang, Shenglong ^a   Sally, David ^a   Javier, Leanne ^a   Dinio, Theresa ^a   Han, Chunxiao ^a   Brackbill, Timothy P ^a   Hodges, Shawn P ^a   Ling, Yunfeng ^a   Klitgord, Niels ^a   Carman, George J ^a   Berman, Jennifer R ^a   Koehler, Ryan T ^c   Hiddessen, Amy L ^d   Walse, Pramod ^a   Bousse, Luc ^a   Tzonev, Svilen ^a   Hefner, Eli ^a   Hindson, Benjamin J ^b   Cauly, Thomas H ^a   Hamby, Keith ^a   Patel, Viresh P ^a   Regan, John F ^a   Wyatt, Paul W ^a   Karlin Neumann, George A ^a   Stumbo, David P ^a   Lowe, Adam J ^a   more..

^a BIO RAD LABORATORIES   (United States)

^b 10X Genomics   (United States)

^c VerdAscend Sciences   (United States)

^d Purigen Biosystems Inc   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSOLUTE QUANTIFICATION; AMPLIFICATION PRODUCTS; MULTIPLE TARGETS; OPERATING CHARACTERISTICS; QUANTITATIVE REAL TIME PCR; RESEARCH COMMUNITIES; SECOND GENERATION; TAQMAN PROBES;

DNA; DROPS; PROBES;

POLYMERASE CHAIN REACTION;

DNA; FLUORESCENT DYE;

ARTICLE; CHEMISTRY; HUMAN; METABOLISM; METHODOLOGY; MULTIPLEX POLYMERASE CHAIN REACTION; PHYSIOLOGY; PROTEIN BINDING; REAL TIME POLYMERASE CHAIN REACTION;

DNA; FLUORESCENT DYES; HUMANS; MULTIPLEX POLYMERASE CHAIN REACTION; PROTEIN BINDING; REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION;

EID: 84889023513     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac403061n     Document Type: Article

References (51)

1. Heid, C. A.; Stevens, J.; Livak, K. J.; Williams, P. M. Genome Res. 1996, 6, 986-994
2. Kubista, M.; Andrade, J. M.; Bengtsson, M.; Forootan, A.; Jonák, J.; Lind, K.; Sindelka, R.; Sjöback, R.; Sjögreen, B.; Strömbom, L. Mol. Aspects Med. 2006, 27, 95-125
3. Sykes, P.; Neoh, S.; Brisco, M.; Hughes, E.; Condon, J.; Morley, A. BioTechniques 1992, 13, 444-449
4. Vogelstein, B.; Kinzler, K. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 9236-9241
5. Fan, H. C.; Quake, S. R. Anal. Chem. 2007, 79, 7576-7579
6. Ottesen, E. A.; Hong, J. W.; Quake, S. R.; Leadbetter, J. R. Science 2006, 314, 1464-1467
7. Warren, L.; Bryder, D.; Weissman, I. L.; Quake, S. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 17807-17812
8. Morrison, T.; Hurley, J.; Garcia, J.; Yoder, K.; Katz, A.; Roberts, D.; Cho, J.; Kanigan, T.; Ilyin, S. E.; Horowitz, D. Nucleic Acids Res. 2006, 34, e123-e123
9. Hindson, B. J.; Ness, K. D.; Masquelier, D. A.; Belgrader, P.; Heredia, N. J.; Makarewicz, A. J.; Bright, I. J.; Lucero, M. Y.; Hiddessen, A. L.; Legler, T. C. Anal. Chem. 2011, 83, 8604-8610
10. Pinheiro, L. B.; Coleman, V. A.; Hindson, C. M.; Herrmann, J.; Hindson, B. J.; Bhat, S.; Emslie, K. R. Anal. Chem. 2011, 84, 1003-1011
11. Abyzov, A.; Mariani, J.; Palejev, D.; Zhang, Y.; Haney, M. S.; Tomasini, L.; Ferrandino, A. F.; Belmaker, L. A. R.; Szekely, A.; Wilson, M. Nature 2012, 492, 438-442
12. Agapova, S.; Stephenson, K.; Manary, M.; Weisz, A.; Tarr, P. I.; Mkakosya, R.; Maleta, K.; Shulman, R. J.; Manary, M.; Shaikh, N. J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr. 2013, 56, 66-71
13. Baker, M. Nat. Methods 2012, 9, 541
14. Belgrader, P.; Tanner, S. C.; Regan, J. F.; Koehler, R.; Hindson, B. J.; Brown, A. S. Clin. Chem. 2013, 59, 991-994
15. Boettger, L. M.; Handsaker, R. E.; Zody, M. C.; McCarroll, S. A. Nat. Genet. 2012, 44, 881-885
16. Chen, R.; Mias, G. I.; Li-Pook-Than, J.; Jiang, L.; Lam, H. Y.; Chen, R.; Miriami, E.; Karczewski, K. J.; Hariharan, M.; Dewey, F. E. Cell 2012, 148, 1293-1307
17. Criscione, F.; Qi, Y.; Saunders, R.; Hall, B.; Tu, Z. Insect Mol. Biol. 2013, 22, 433-441
18. Davidson, L. A.; Goldsby, J. S.; Callaway, E. S.; Shah, M. S.; Barker, N.; Chapkin, R. S. Biochim. Biophys. Acta, Mol. Basis Dis. 2012, 1882, 1600-1607
19. Day, E.; Dear, P. H.; McCaughan, F. Methods 2012, 59, 101-107
20. Dodd, D. W.; Gagnon, K. T.; Corey, D. R. Nucleic Acid Ther. 2013, 23, 188-194
21. Eriksson, S.; Graf, E. H.; Dahl, V.; Strain, M. C.; Yukl, S. A.; Lysenko, E. S.; Bosch, R. J.; Lai, J.; Chioma, S.; Emad, F. PLoS Pathog. 2013, 9, e1003174
22. Gevensleben, H.; Garcia-Murillas, I.; Graeser, M. K.; Schiavon, G.; Osin, P.; Parton, M.; Smith, I. E.; Ashworth, A.; Turner, N. C. Clin. Cancer Res. 2013, 19, 3276-3284
23. Nadauld, L.; Regan, J. F.; Miotke, L.; Pai, R. K.; Longacre, T. A.; Kwok, S. S.; Saxonov, S.; Ford, J. M.; Ji, H. P. Sci. Transl. Med. 2012, 2
24. Hayden, R.; Gu, Z.; Ingersoll, J.; Abdul-Ali, D.; Shi, L.; Pounds, S.; Caliendo, A. J. Clin. Microbiol. 2013, 51, 540-546
25. Henrich, T. J.; Gallien, S.; Li, J. Z.; Pereyra, F.; Kuritzkes, D. R. J. Virol. Methods 2012, 186, 68-72
26. Heredia, N. J.; Belgrader, P.; Wang, S.; Koehler, R.; Regan, J.; Cosman, A. M.; Saxonov, S.; Hindson, B.; Tanner, S. C.; Brown, A. S. Methods 2012, 59, S20-S23
27. Kelley, K.; Cosman, A.; Belgrader, P.; Chapman, B.; Sullivan, D. C. J. Clin. Microbiol. 2013, 51, 2033-2039
28. Last, A.; Molina-Gonzalez, S.; Cassama, E.; Butcher, R.; Nabicassa, M.; McCarthy, E.; Burr, S. E.; Mabey, D. C.; Bailey, R. L.; Holland, M. J. J. Clin. Microbiol. 2013, 51, 2195-2203
29. Liu, B.; Escalera, J.; Balakrishna, S.; Fan, L.; Caceres, A. I.; Robinson, E.; Sui, A.; McKay, M. C.; McAlexander, M. A.; Herrick, C. A. FASEB J. 2013, 27, 3549-3563
30. Miyake, K.; Yang, C.; Minakuchi, Y.; Ohori, K.; Soutome, M.; Hirasawa, T.; Kazuki, Y.; Adachi, N.; Suzuki, S.; Itoh, M. PLoS One 2013, 8, e66729
31. Morisset, D.; Štebih, D.; Milavec, M.; Gruden, K.; Žel, J. PLoS One 2013, 8, e62583
32. Podlesniy, P.; Figueiro-Silva, J.; Llado, A.; Antonell, A.; Sanchez-Valle, R.; Alcolea, D.; Lleo, A.; Molinuevo, J. L.; Serra, N.; Trullas, R. Ann. Neurol. 2013, DOI: 10.1002/ana.23955.
33. Porensky, P. N.; Mitrpant, C.; McGovern, V. L.; Bevan, A. K.; Foust, K. D.; Kaspar, B. K.; Wilton, S. D.; Burghes, A. H. Hum. Mol. Genet. 2012, 21, 1625-1638
34. Sedlak, R. H.; Jerome, K. R. Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 2012, 75, 1-4
35. Srivastava, A. K.; Renusch, S. R.; Naiman, N. E.; Gu, S.; Sneh, A.; Arnold, W. D.; Sahenk, Z.; Kolb, S. J.;Neurobiol. Dis. 2012, 47, 163-173
36. Strain, M. C.; Lada, S. M.; Luong, T.; Rought, S. E.; Gianella, S.; Terry, V. H.; Spina, C. A.; Woelk, C. H.; Richman, D. D. PLos One 2013, 8, e55943
37. Strain, M. C.; Richman, D. D. Curr. Opin. HIV AIDS 2013, 8, 106-110
38. Suehiro, Y.; Okada, T.; Shikamoto, N.; Zhan, Y.; Sakai, K.; Okayama, N.; Nishioka, M.; Furuya, T.; Oga, A.; Kawauchi, S. Tumor Biol. 2013, 1-6
39. Ward, D. S.; Eva, M.; Maja, K.; Pawel, B.; Chris, V.; Dirk, V.; Linos, V. Anal. Biochem. 2013, 439, 201-203
40. Yeh, I.; von Deimling, A.; Bastian, B. C. J. Natl. Cancer Inst. 2013, 105, 917-919
41. Higuchi, R.; Dollinger, G.; Walsh, P. S.; Griffith, R. Biotechnology 1992, 10, 413-417
42. Eischeid, A. BMC Res. Notes 2011, 4, 263
43. Mao, F.; Leung, W.-Y.; Xin, X. BMC Biotechnol. 2007, 7, 76
44. Bengtsson, M.; Karlsson, H. J.; Westman, G.; Kubista, M. Nucleic Acids Res. 2003, 31, e45-e45
45. Wittwer, C. T.; Herrmann, M. G.; Moss, A. A.; Rasmussen, R. P. BioTechniques 1997, 22, 130-139
46. Bustin, S. A.; Nolan, T. J. Biomol. Tech. 2004, 15, 155-166
47. Zipper, H.; Brunner, H.; Bernhagen, J.; Vitzthum, F. Nucleic Acids Res. 2004, 32, e103-e103
48. Laurie, M. T.; Bertout, J. A.; Taylor, S. D.; Burton, J. N.; Shendure, J. A.; Bielas, J. H. BioTechniques 2013, 55, 61-67
49. Dube, S.; Qin, J.; Ramakrishnan, R. PLos One 2008, 3, e2876
50. Beato, M.; Herrlich, P.; Schütz, G. Cell 1995, 83, 851-857
51. Huggett, J. F.; Foy, C. A.; Benes, V.; Emslie, K.; Garson, J. A.; Haynes, R.; Hellemans, J.; Kubista, M.; Mueller, R. D.; Nolan, T. Clin. Chem. 2013, 59, 892-902