Tracking the emergence of high affinity aptamers for rhVEGF165 during capillary electrophoresis-systematic evolution of ligands by exponential enrichment using high throughput sequencing

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 22, 2013, Pages 10761-10770

  Jing, Meng ^a   Bowser, Michael T ^a  

^a University of Minnesota   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AFFINITY CAPILLARY ELECTROPHORESIS; DISSOCIATION CONSTANT; FLUORESCENCE POLARIZATION; HETEROGENEOUS POOLS; HIGH-THROUGHPUT SEQUENCING; NONBINDING SEQUENCES; RECOMBINANT HUMAN VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR; STATISTICAL DIFFERENCES;

AMPLIFICATION; CAPILLARY ELECTROPHORESIS; DISSOCIATION; LIGANDS; NOBELIUM; OLIGONUCLEOTIDES; POLYMERASE CHAIN REACTION; PRODUCT DESIGN; PROTEINS; THROUGHPUT;

LAKES;

APTAMER; PRIMER DNA; RECOMBINANT PROTEIN; VASCULOTROPIN A; VEGFA PROTEIN, HUMAN;

AFFINITY CHROMATOGRAPHY; ARTICLE; CAPILLARY ELECTROPHORESIS; CHEMISTRY; COMBINATORIAL CHEMISTRY; FLUORESCENCE POLARIZATION; GENETICS; HIGH THROUGHPUT SEQUENCING; HUMAN; METABOLISM; METHODOLOGY;

APTAMERS, NUCLEOTIDE; CHROMATOGRAPHY, AFFINITY; DNA PRIMERS; ELECTROPHORESIS, CAPILLARY; FLUORESCENCE POLARIZATION; HIGH-THROUGHPUT NUCLEOTIDE SEQUENCING; HUMANS; RECOMBINANT PROTEINS; SELEX APTAMER TECHNIQUE; VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR A;

EID: 84888368921     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac401875h     Document Type: Article

References (54)

1. Ellington, A. D.; Szostak, J. W. Nature 1990, 346, 818-822
2. Tuerk, C.; Gold, L. Science 1990, 249, 505-510
3. Tombelli, S.; Minunni, A.; Mascini, A. Biosens. Bioelectron. 2005, 20, 2424-2434
4. Nimjee, S. M.; Rusconi, C. P.; Sullenger, B. A. Annu. Rev. Med. 2005, 56, 555-583
5. Mendonsa, S. D.; Bowser, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 20-21
6. Mosing, R. K.; Mendonsa, S. D.; Bowser, M. T. Anal. Chem. 2005, 77, 6107-6112
7. Mendonsa, S. D.; Bowser, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 9382-9383
8. Berezovski, M.; Drabovich, A.; Krylova, S. M.; Musheev, M.; Okhonin, V.; Petrov, A.; Krylov, S. N. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 3165-3171
9. Wiegand, T. W.; Williams, P. B.; Dreskin, S. C.; Jouvin, M. H.; Kinet, J. P.; Tasset, D. J. Immunol. 1996, 157, 221-230
10. Schneider, D. J.; Feigon, J.; Hostomsky, Z.; Gold, L. Biochemistry 1995, 34, 9599-9610
11. Proske, D.; Hofliger, M.; Soll, R. M.; Beck-Sickinger, A. G.; Famulok, M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 11416-11422
12. Tang, J. J.; Xie, J. W.; Shao, N. S.; Yan, Y. Electrophoresis 2006, 27, 1303-1311
13. Mallikaratchy, P.; Stahelin, R. V.; Cao, Z. H.; Cho, W. H.; Tan, W. H. Chem. Commun. 2006, 3229-3231
14. Mendonsa, S. D.; Bowser, M. T. Anal. Chem. 2004, 76, 5387-5392
15. Cella, L. N.; Sanchez, P.; Zhong, W. W.; Myung, N. V.; Chen, W.; Mulchandani, A. Anal. Chem. 2010, 82, 2042-2047
16. Tok, J.; Lai, J.; Leung, T.; Li, S. F. Y. Electrophoresis 2010, 31, 2055-2062
17. Williams, B. A. R.; Lin, L. Y.; Lindsay, S. M.; Chaput, J. C. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 6330-6331
18. Lin, L.; Hom, D.; Lindsay, S. M.; Chaput, J. C. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 14568-14569
19. Irvine, D.; Tuerk, C.; Gold, L. J. Mol. Biol. 1991, 222, 739-761
20. Sun, F. Z.; Galas, D.; Waterman, M. S. J. Mol. Biol. 1996, 258, 650-660
21. Djordjevic, M.; Sengupta, A. M. Phys. Biol. 2006, 3, 13-28
22. Levine, H. A.; Nilsen-Hamilton, M. Comput. Biol. Chem. 2007, 31, 11-35
23. Shendure, J.; Ji, H. L. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1135-1145
24. Metzker, M. L. Nat. Rev. Genet. 2010, 11, 31-46
25. Wheeler, D. A.; Srinivasan, M.; Egholm, M.; Shen, Y.; Chen, L.; McGuire, A.; He, W.; Chen, Y. J.; Makhijani, V.; Roth, G. T.; Gomes, X.; Tartaro, K.; Niazi, F.; Turcotte, C. L.; Irzyk, G. P.; Lupski, J. R.; Chinault, C.; Song, X. Z.; Liu, Y.; Yuan, Y.; Nazareth, L.; Qin, X.; Muzny, D. M.; Margulies, M.; Weinstock, G. M.; Gibbs, R. A.; Rothberg, J. M. Nature 2008, 452, 872-876
26. Li, R. Q.; Zhu, H. M.; Ruan, J.; Qian, W. B.; Fang, X. D.; Shi, Z. B.; Li, Y. R.; Li, S. T.; Shan, G.; Kristiansen, K.; Li, S. G.; Yang, H. M.; Wang, J. Genome Res. 2010, 20, 265-272
27. Cloonan, N.; Forrest, A. R. R.; Kolle, G.; Gardiner, B. B. A.; Faulkner, G. J.; Brown, M. K.; Taylor, D. F.; Steptoe, A. L.; Wani, S.; Bethel, G.; Robertson, A. J.; Perkins, A. C.; Bruce, S. J.; Lee, C. C.; Ranade, S. S.; Peckham, H. E.; Manning, J. M.; McKernan, K. J.; Grimmond, S. M. Nat. Methods 2008, 5, 613-619
28. Petrosino, J. F.; Highlander, S.; Luna, R. A.; Gibbs, R. A.; Versalovic, J. Clin. Chem. 2009, 55, 856-866
29. Zimmermann, B.; Gesell, T.; Chen, D.; Lorenz, C.; Schroeder, R. PLoS One 2010, 5 e9169
30. Bayrac, A. T.; Sefah, K.; Parekh, P.; Bayrac, C.; Gulbakan, B.; Oktem, H. A.; Tan, W. H. ACS Chem. Neurosci. 2011, 2, 175-181
31. Cho, M.; Xiao, Y.; Nie, J.; Stewart, R.; Csordas, A. T.; Oh, S. S.; Thomson, J. A.; Soh, H. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 15373-15378
32. Huse, S. M.; Huber, J. A.; Morrison, H. G.; Sogin, M. L.; Welch, D. M. Genome Biol. 2007, 8, R143
33. Ronaghi, M. Genome Res. 2001, 11, 3-11
34. Kim, K. J.; Li, B.; Winer, J.; Armanini, M.; Gillett, N.; Phillips, H. S.; Ferrara, N. Nature 1993, 362, 841-844
35. Leung, D. W.; Cachianes, G.; Kuang, W. J.; Goeddel, D. V.; Ferrara, N. Science 1989, 246, 1306-1309
36. Myoken, Y.; Kayada, Y.; Okamoto, T.; Kan, M.; Sato, G. H.; Sato, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 5819-5823
37. Rosen, L. S. Cancer J. 2001, 7, S120-S128
38. Ruckman, J.; Green, L. S.; Beeson, J.; Waugh, S.; Gillette, W. L.; Henninger, D. D.; Claesson-Welsh, L.; Janjic, N. J. Biol. Chem. 1998, 273, 20556-20567
39. Jellinek, D.; Green, L. S.; Bell, C.; Janjic, N. Biochemistry 1994, 33, 10450-10456
40. Green, L. S.; Jellinek, D.; Bell, C.; Beebe, L. A.; Feistner, B. D.; Gill, S. C.; Jucker, F. M.; Janjic, N. Chem. Biol. 1996, 3, 960-960
41. Burmeister, P. E.; Lewis, S. D.; Silva, R. F.; Preiss, J. R.; Horwitz, L. R.; Pendergrast, P. S.; McCauley, T. G.; Kurz, J. C.; Epstein, D. M.; Wilson, C.; Keefe, A. D. Chem. Biol. 2005, 12, 25-33
42. Hasegawa, H.; Sode, K.; Ikebukuro, K. Biotechnol. Lett. 2008, 30, 829-834
43. Potty, A. S. R.; Kourentzi, K.; Fang, H.; Jackson, G. W.; Zhang, X.; Legge, G. B.; Willson, R. C. Biopolymers 2009, 91, 145-156
44. Nonaka, Y.; Sode, K.; Ikebukuro, K. Molecules 2010, 15, 215-225
45. Taylor, J. N.; Darugar, Q.; Kourentzi, K.; Willson, R. C.; Landes, C. F. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008, 373, 213-218
46. Rose, C. M.; Hayes, M. J.; Stettler, G. R.; Hickey, S. F.; Axelrod, T. M.; Giustini, N. P.; Suljak, S. W. Analyst 2010, 135, 2945-2951
47. Bailey, T. L.; Elkan, C. Machine Learn. 1995, 21, 51-80
48. Bailey, T. L.; Williams, N.; Misleh, C.; Li, W. W. Nucleic Acids Res. 2006, 34, W369-W373
49. Chenna, R.; Sugawara, H.; Koike, T.; Lopez, R.; Gibson, T. J.; Higgins, D. G.; Thompson, J. D. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3497-3500
50. Thompson, J. D.; Higgins, D. G.; Gibson, T. J. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 4673-4680
51. Hall, K. B.; Kranz, J. K. Nitrocellulose filter binding for determination of dissociation constants. In RNA-protein interaction protocols; Haynes, S. R., Ed.; Humana Press: Totowa, New Jersey, 1999, pp 109-110.
52. Jing, M.; Bowser, M. T. Anal. Chim. Acta 2011, 686, 9-18
53. Wei, A. P.; Herron, J. N. Anal. Chem. 1993, 65, 3372-3377
54. Rose, C.; Hayes, M.; Stettler, G.; Hichey, S.; Axelrod, T.; Giustini, N.; Suljak, S. Analyst 2010, 135, 2945-2951