Toward force fields for atomistic simulations of iridium-containing complexes

Journal of Computational Chemistry

Volumn 35, Issue 1, 2014, Pages 18-29

  Hofmann, Franziska D ^a   Devereux, Michael ^a   Pfaltz, Andreas ^a   Meuwly, Markus ^a  

^a UNIVERSITY OF BASEL   (Switzerland)

Author keywords

Chemical reactions; I NoLLS; Metal force fields; Molecular dynamics; Organometallic complexes iridium catalysts; Parametrization; VALBOND trans

Indexed keywords

FORCE FIELDS; I-NOLLS; IRIDIUM CATALYST; PARAMETRIZATIONS; VALBOND-TRANS;

CATALYSIS; CHEMICAL BONDS; CHEMICAL REACTIONS; ELECTRONIC STRUCTURE; IRIDIUM; METAL COMPLEXES; MOLECULAR DYNAMICS; ORGANOMETALLICS;

IRIDIUM COMPOUNDS;

EID: 84888361579     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.23460     Document Type: Article

References (72)

1. T. Ziegler, Chem. Rev. 1991, 91, 651.
2. C. Mazet, S. P. Smidt, M. Meuwly, A. Pfaltz, J. Am. Chem. Soc. 2004, 43, 14176.
3. S. Bell, B. Wustenberg, S. Kaiser, F. Menges, T. Netscher, A. Pfaltz, Science 2006, 311, 642.
4. D. H. Woodmansee, A. Pfaltz, Chem. Commun. 2011, 47, 7912.
5. vikasP. Comba, T. W. Hambley, B. Martin, Molecular Modeling of Inorganic Compounds; Wiley-VCH, 2009, Weinheim.
6. N. Gresh, G. A. Cisneros, T. A. Darden, J.-P. Piquemal, J. Chem. Theory. Comput. 2007, 3, 1960.
7. J.-P. Piquemal, B. Williams-Hubbard, N. Fey, R. J. Deeth, N. Gresh, C. Giessner-Prettre, J. Comput. Chem. 2003, 24, 1963.
8. N. Gresh, P. Claverie, A. Pullman, Theor. Chim. Acta 1984, 66, 1.
9. N. Gresh, J. Comput. Chem. 1995, 16, 856.
10. J.-P. Piquemal, N. Gresh, C. Giessner-Prettre, J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10353.
11. N. Gresh, C. Policar, C. Giessner-Prettre, J. Phys. Chem. A 2002, 106, 5660.
12. N. Gresh, J.-P. Piquemal, M. Krauss, J. Comput. Chem. 2005, 26, 1113.
13. B. de Courcy, J.-P. Piquemal, N. Gresh, J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1659.
14. B. de Courcy, J.-P. Piquemal, N. Gresh, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 3312.
15. A. D. MacKerell, Jr., D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, Jr., J. D. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, III, B. Roux, M. Schlenkrich, J. C. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiorkiewicz-Kuczera, D. Yin, M. Karplus, J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586
16. S. J. Weiner, P. A. Kollman, D. A. Case, U. C. Singh, C. Ghio, G. Alagona, S. Profeta, Jr., P. Weiner, J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
17. R. J. Deeth, L. J. A. Hearnshaw, Dalton Trans. 2005, 22, 3638.
18. R. J. Deeth, Inorg. Chem. 2007, 46, 4492.
19. V. J. Burton, R. J. Deeth, C. M. Kemp, P. J. Gilbert, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8407.
20. R. J. Deeth, Inorg. Chem. 2008, 47, 6711.
21. R. J. Deeth, K. Randell, Inorg. Chem. 2008, 47, 7377.
22. R. J. Deeth, N. Fey, Organometallics 2004, 23, 1042.
23. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, M. Karplus, J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
24. D. M. Root, C. R. Landis, T. Cleveland, J. Chem. Phys. 1993, 66, 27.
25. T. Cleveland, C. R. Landis, J. Phys. Chem. 1996, 118, 6020.
26. C. R. Landis, T. K. Firman, D. M. Root, T. Cleveland, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1842.
27. C. R. Landis, T. Cleveland, T. K. Firman, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 2641.
28. T. K. Firman, C. R. Landis, J. Chem. Phys. 2001, 123, 11728.
29. L. Pauling, The Nature of the Chemical Bond; Cornell University Press, 1960, Ithaca, New York.
30. J. Huang, M. Meuwly, J. Phys. Chem. B 2012, 396, 116.
31. J. J. Szymczak, F. D. Hofmann, M. Meuwly, PCCP 2013, 15, 6268.
32. J. Huang, D. Haussinger, U. Gellrich, W. Seiche, B. Breit, M. Meuwly, J. Phys. Chem. B 2012, 116, 14406.
33. L. Pauling, Proc. Natl. Acad. Sci. 1928, 14, 359.
34. L. Pauling, J. Am. Chem. Soc. 1931, 53, 1367.
35. D. Carmona, J. Ferrer, M. Lorenzo, M. Sanander, S. Ponz, F. J. Lahoz, J. A. Lopez, A. O. Luis, Chem. Commun. 2002, 8, 870.
36. M. S. Driver, J. F. Hartwig, Organometallics 1998, 17, 1134.
37. A. L. Bandini, M. Manassero, Inorg. Chem. 1987, 26, 1351.
38. W. F. van Gunsteren, H. J. C. Berendsen, Groningen Molecular Simulation (GROMOS) Library Manual; BIOMOS b.v.: Groningen, 1987.
39. C. M. Baker, P. E. M. Lopez, X. Zhu, B. Roux, A. D. MacKerell, Jr., J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1181.
40. T. A. Halgren, J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 7827.
41. I. Tubert-Broman, M. Schmid, M. Meuwly, J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 530.
42. B. J. Coe, S. J. Glenwright, Coord. Chem. Rev. 2000, 203, 5.
43. S. J. Roseblade, A. Pfaltz, Acc. Chem. Res. 2007, 40, 1402.
44. X. H. Cui, K. Brugess, Chem. Rev. 2005, 105, 3272.
45. K. Kaellstroem, I. Munslow, P. G. Andersson, Chem. Eur. J. 2006, 12, 3194.
46. M. Meuwly, M. Devereux, J. Chem. Inf. Model. 2010, 50, 349.
47. A. D. Becke, J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
48. C. Lee, W. Yang, R. G. Parr, Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
49. W. J. Hehre, R. Ditchfie, J. A. Pople, J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257.
50. P. J. Hay, W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 1985, 82, 270.
51. A. Kazaryan, E. J. Baerends, J. Comput. Chem. 2013, 34, 870.
52. M. H. Schmid, T. R. Ward, M. Meuwly, J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2313.
53. J. D. Blakemore, N. D. Schley, D. Ballcells, J. F. Hull, G. W. Olack, C. D. Incarvito, O. Eisenstein, G. W. Brudvig, R. H. Crabtree, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 16017.
54. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, and, G. A. Petersson, and, H. Nakatsuji, and, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Fo resman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al -Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, J. A. Pople, Gaussian 03, Revision C.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
55. R. S. Mulliken, J. Chem. Phys. 1955, 23, 1833.
56. J. P. Foster, F. Weinhold, J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 7211.
57. C. M. Breneman, K. B. Wiberg, J. Comput. Chem. 1990, 11, 361.
58. A. Szabo, N. S. Ostlund, Modern Quantum Chemistry; Dover: Mineola, NY, 1996.
59. A. E. Reed, L. A. Curtiss, F. Weinhold, Chem. Rev. 1988, 88, 899.
60. R. S. Mulliken, J. Chem. Phys. 1955, 23, 1841.
61. P. Politzer, R. S. Mulliken, J. Chem. Phys. 1971, 55, 5135.
62. J. Baker, Theor. Chim. Acta 1985, 68, 221.
63. F. Maartin, H. Zipse, J. Comput. Chem. 2005, 26, 97.
64. K. B. Wiberg, P. R. Rablen, J. Comput. Chem. 1993, 14, 1504.
65. F. Weinhold, C. R. Landis, Chem. Ed. 2001, 2, 91.
66. C. Markert, M. Neuburger, K. Kulicke, M. Meuwly, A. Pfaltz, Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 5892.
67. P. Brandt, C. Hedberg, P. G. Andersson, Chem. Eur. J. 2003, 9, 339.
68. Y. Fan, X. Cui, K. Burgess, M. B. Hall, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16688.
69. P. Norrby, Organometallics 1999, 18, 4574.
70. D. R. Nutt, M. Meuwly, Biophys. J. 2006, 90, 1191.
71. J. Danielsson, M. Meuwly, J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1083.
72. R. J. Deeth, A. Anastasi, C. Diedrich, K. Randell, Coord. Chem. Rev. 2009, 253, 795.