Kinetics of allosteric transitions in S-adenosylmethionine riboswitch are accurately predicted from the folding landscape

Journal of the American Chemical Society

Volumn 135, Issue 44, 2013, Pages 16641-16650

  Lin, Jong Chin ^a   Thirumalai, D ^a  

^a Bldg 142   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALLOSTERIC TRANSITION; CELLULAR METABOLITES; EFFECTIVE DIFFUSION; FIRST PASSAGE TIME; QUANTITATIVE MEASURES; RIBOSOME BINDING; S-ADENOSYLMETHIONINE; THERMODYNAMIC CONTROL;

EQUILIBRIUM CONSTANTS; EXPERIMENTS; GENE EXPRESSION; RNA;

KINETICS;

RNA; S ADENOSYLMETHIONINE;

ALLOSTERISM; ARTICLE; CHEMICAL BINDING; DIFFUSION COEFFICIENT; EQUILIBRIUM CONSTANT; FORCE; KINETICS; LANDSCAPE; RIBOSWITCH; SIMULATION;

ALLOSTERIC REGULATION; KINETICS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN FOLDING; RIBOSWITCH; S-ADENOSYLMETHIONINE;

EID: 84887696573     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja408595e     Document Type: Article

References (47)

1. Winkler, W. C.; Breaker, R. R. Annu. Rev. Microbiol. 2005, 59, 487-517
2. Cheah, M. T.; Wachter, A.; Sudarsan, N.; Breaker, R. R. Nature 2007, 447, 497-500
3. Breaker, R. R. Science 2008, 319, 1795-1797
4. Serganov, A.; Nudler, E. Cell 2013, 152, 17-24
5. Montange, R. K.; Batey, R. T. Ann. Rev. Biophys. 2008, 37, 117-133
6. Fiegland, L. R.; Garst, A. D.; Batey, R. T.; Nesbitt, D. J. Biochemistry 2012, 51, 9223-9233
7. Larson, M. H.; Landick, R.; Block, S. M. Mol. Cell 2011, 41, 249-262
8. Lin, J. C.; Thirumalai, D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 14080-14081
9. Whitford, P. C.; Schug, A.; Saunders, J.; Hennelly, S. P.; Onuchic, J. N.; Sanbonmatsu, K. Y. Biophys. J. 2009, 96, L7-L9
10. Lin, J. C.; Hyeon, C.; Thirumalai, D. J. Phys. Chem. Lett. 2012, 3, 3616-3625
11. Allner, O.; Nilsson, L.; Villa, A. RNA 2013, 19, 916-926
12. Quarta, G.; Sin, K.; Schlick, T. PLoS Comp. Biol. 2012, 8, e1002368
13. Feng, J.; Walter, N. G.; Brooks, C. L., III J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 4196-4199
14. Priyakumar, U. D.; MacKerell, A. D., Jr. J. Mol. Biol. 2010, 396, 1422-1438
15. Wickiser, J. K.; Winkler, W. C.; Breaker, R. R.; Crothers, D. M. Mol. Cell 2005, 18, 49
16. Frieda, K. L.; Block, S. M. Science 2012, 338, 397-400
17. Winkler, W. C.; Nahvi, A.; Sudarsan, N.; Barrick, J. E.; Breaker, R. R. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 701-707
18. Weinberg, Z.; Rugulski, E. E.; Hammond, M. C.; Barrick, J. E.; Yao, Z.; Ruzzo, W. L.; Breaker, R. R. RNA 2008, 14, 822-828
19. Corbino, K. A.; Barrick, J. E.; Lim, J.; Weiz, R.; Tucker, B. J.; Puskarz, I.; Mandal, M.; Rudnick, N. D.; Breaker, R. R. Genome Biol. 2005, 6, R70
20. Poiata, E.; Meyer, M. M.; Ames, T. D.; Breaker, R. R. RNA 2009, 15, 2046-2056
21. Fuchs, R. T.; Grundy, F. J.; Henkins, T. M. Nat. Struct. Mol. Biol. 2006, 13, 226-233
22. Weinberg, Z.; Wang, J. X.; Bogue, J.; Yang, J.; Corbino, K.; Moy, R.; Breaker, R. R. Genome Biol. 2010, 11, R31
23. Wang, J. X.; Lee, E. R.; Morales, D. R.; Lim, J.; Breaker, R. R. Mol. Cell 2008, 28, 691-702
24. Gilbert, S. D.; Rambo, R. P.; Tyne, D. V.; Batey, R. T. Nat. Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 177-182
25. Lu, C.; Smith, A. M.; Fuchs, R. T.; Ding, R.; Rajashankar, K.; Henkins, T. M.; Ke, A. Nat. Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 1076-1083
26. Lu, C.; Smith, A. M.; Ding, F.; Chowdhury, A.; Henkin, T. M.; Ke, A. J. Mol. Biol. 2011, 409, 786-799
27. Anthony, P. C.; Perez, C. F.; Garcia-Garcia, C.; Block, S. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 1485-1489
28. Greenleaf, W. J.; Frieda, K. L.; Foster, D. A. N.; Woodside, M. T.; Block, S. M. Science 2008, 319, 630-633
29. Neupane, K.; Yu, H.; Foster, D. A. N.; Wang, F.; Woodside, M. T. Nuc. Acids Res. 2011, 39, 7677-7687
30. Hyeon, C.; Thirumalai, D. Biophy. J. 2007, 92, 731-743
31. Hyeon, C.; Dima, R. I.; Thirumalai, D. Structure 2006, 14, 1633-1645
32. Li, P. T. X.; Collin, D.; Smith, S. B.; Bustamante, C.; Tinoco, I., Jr. Biophys. J. 2006, 90, 250-260
33. Garcia-Manyes, S.; Dougan, L.; Badilla, C. L.; Brujic, J.; Fernández, J. M. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 10534-10539
34. Hyeon, C.; Morrison, G.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 9604-9609
35. Barsegov, V.; Thirumalai, D. Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 168302
36. Manosas, M.; Wen, J.-D.; Li, P. T. X.; Smith, S. B.; Bustamante, C.; I. Tinoco, J.; Ritort, F. Biophys. J. 2007, 92, 3010-3021
37. Wen, J.-D.; Manosas, M.; Li, P. T. X.; Smith, S. B.; Bustamante, C.; I. Tinoco, J. Biophys. J. 2007, 92, 2996-3009
38. Gebhardt, J. C. M.; Bornschlögl, T.; Rief, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 2013-2018
39. Hinczewski, M.; Gebhardt, J. C. M.; Rief, M.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110, 4500-4505
40. Hyeon, C.; Thirumalai, D. Biophys. J. 2012, 102, L11-L13
41. Lin, J. C.; Thirumalai, D. Biophys. J. 2012, 103, 2320
42. Beisel, C. L.; Smolke, C. D. PLoS Comp. Biol. 2009, 5, e1000363
43. Smith, A. M.; Fuchs, R. T.; Grundy, F. J.; Henkin, T. M. Mol. Microbiol. 2010, 78, 1393-1402
44. Proshkin, S.; Rahmourni, A. R.; Mironov, A.; Nudler, E. Science 2010, 328, 504-508
45. Mickler, M.; Dima, R. I.; Dietz, H.; Hyeon, C.; Thirumalai, D.; Rief, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 20268-20273
46. Hyeon, C.; Lorimer, G. H.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 18939-18944
47. Veitshans, T.; Klimov, D.; Thirumalai, D. Folding De. 1997, 2, 1-22