Network-based analysis of omics with multi-objective optimization

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 12, 2013, Pages 2971-2980

  Mosca, Ettore ^a   Milanesi, Luciano ^a  

^a CNR   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

TRANSCRIPTOME;

GENE EXPRESSION REGULATION; GENE REGULATORY NETWORK; GENETIC DATABASE; GENETICS; GENOMICS; HUMAN; NEOPLASM; PROCEDURES;

DATABASES, GENETIC; GENE EXPRESSION REGULATION, NEOPLASTIC; GENE REGULATORY NETWORKS; GENOMICS; HUMANS; NEOPLASMS; TRANSCRIPTOME;

EID: 84887057120     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3mb70327d     Document Type: Article

References (26)

1. R. Shen Q. Mo N. Schultz V. E. Seshan A. B. Olshen J. Huse M. Ladanyi C. Sander PLoS One 2012 7 e35236
2. Y. Liu V. Devescovi S. Chen C. Nardini BMC Syst. Biol. 2013 7 14
3. C. J. Vaske S. C. Benz J. Z. Sanborn D. Earl C. Szeto J. Zhu D. Haussler J. M. Stuart Bioinformatics 2010 26 i237 i245
4. N. Tuncbag S. McCallum S.-S. C. Huang E. Fraenkel Nucleic Acids Res. 2012 40 W505 W509
5. J. Handl D. B. Kell J. Knowles IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinf. 2007 4 279 292
6. K. Raman N. Chandra Briefings. Bioinf. 2009 10 435 449
7. A. Mukhopadhyay S. Ray M. De Mol. BioSyst. 2012 8 3036 3048
8. Encyclopedia of Optimization, ed., C. A. Floudas, and, P. M. Pardalos, Springer, 2009
9. A. Franceschini D. Szklarczyk S. Frankild M. Kuhn M. Simonovic A. Roth J. Lin P. Minguez P. Bork C. von Mering L. J. Jensen Nucleic Acids Res. 2013 41 D808 D815
10. A. Subramanian P. Tamayo V. K. Mootha S. Mukherjee B. L. Ebert M. A. Gillette A. Paulovich S. L. Pomeroy T. R. Golub E. S. Lander J. P. Mesirov Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 15545 15550
11. K. Deb A. Pratap S. Agarwal T. Meyarivan IEEE Trans. Evol. Comput. 2002 6 182 197
12. E. Zitzler L. Thiele IEEE Trans. Evol. Comput. 1999 3 257 291
13. T. A. Proia P. J. Keller P. B. Gupta I. Klebba A. D. Jones M. Sedic H. Gilmore N. Tung S. P. Naber S. Schnitt E. S. Lander C. Kuperwasser Cell Stem Cell 2011 8 149 163
14. T. Barrett S. E. Wilhite P. Ledoux C. Evangelista I. F. Kim M. Tomashevsky K. A. Marshall K. H. Phillippy P. M. Sherman M. Holko A. Yefanov H. Lee N. Zhang C. L. Robertson N. Serova S. Davis A. Soboleva Nucleic Acids Res. 2013 41 D991 D995
15. S.-Y. Kim D. J. Volsky BMC Bioinf. 2005 6 144
16. D. Hanahan R. A. Weinberg Cell 2011 144 646 674
17. L. Hawthorn J. Luce L. Stein J. Rothschild BMC Cancer 2010 10 460
18. Y. Hong K. S. Ho K. W. Eu P. Y. Cheah Clin. Cancer Res. 2007 13 1107 1114
19. L. Badea V. Herlea S. O. Dima T. Dumitrascu I. Popescu Hepatogastroenterology 2008 55 2016 2027
20. P. Khatri M. Sirota A. J. Butte PLoS Comput. Biol. 2012 8 e1002375
21. B. P. Lewis C. B. Burge D. P. Bartel Cell 2005 120 15 20
22. R. D. C. Team, R: A language and environment for statistical computing, R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria, 2011
23. N. C. B. I. R. Coordinators Nucleic Acids Res. 2013 41 D8 D20
24. R. C. Gentleman V. J. Carey D. M. Bates B. Bolstad M. Dettling S. Dudoit B. Ellis L. Gautier Y. Ge J. Gentry K. Hornik T. Hothorn W. Huber S. Iacus R. Irizarry F. Leisch C. Li M. Maechler A. J. Rossini G. Sawitzki C. Smith G. Smyth L. Tierney J. Y. H. Yang J. Zhang Genome Biol. 2004 5 R80
25. J. Wu and R. Irizarry, gcrma: Background Adjustment Using Sequence Information
26. A. Kauffmann R. Gentleman W. Huber Bioinformatics 2009 25 415 416