Role of water and ions on the dynamical transition of RNA

Journal of Physical Chemistry Letters

Volumn 4, Issue 19, 2013, Pages 3325-3329

  Zhang, Hailiang ^a,b   Khodadadi, Sheila ^a   Fiedler, Steven L ^c   Curtis, Joseph E ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE OF STANDARDS AND TECHNOLOGY   (United States)

^b UNIVERSITY OF MARYLAND   (United States)

^c CALIFORNIA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

dynamical transition; hammerhead RNA; incoherent neutron scattering; molecular dynamics

Indexed keywords

DYNAMICAL TRANSITION; ENVIRONMENTAL CONDITIONS; INCOHERENT NEUTRON SCATTERINGS; MEAN-SQUARE DISPLACEMENT; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; NEUTRON SCATTERING EXPERIMENTS; POLYCRYSTALLINE POWDERS; STRUCTURE AND DYNAMICS;

HYDRATION; HYDROGEN BONDS; IONS; MOLECULAR DYNAMICS; NEUTRON SCATTERING; PROTEINS;

RNA;

EID: 84885167621     PISSN: None     EISSN: 19487185     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jz401406c     Document Type: Article

References (39)

1. Boehr, D. D.; Nussinov, R.; Wright, P. E. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 789
2. Doster, W.; Cusack, S.; Petry, W. Nature 1989, 337, 754
3. Gabel, F.; Bicout, D.; Lehnert, U.; Tehei, M.; Weik, M.; Zaccai, G. Q. Rev. Biophys. 2002, 35, 327
4. Tsai, A. M.; Neumann, D. A.; Bell, L. N. Biophys. J. 2000, 79, 2728
5. Tarek, M.; Tobias, D. J. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 138101
6. Doster, W. Eur. Biophys. J. 2008, 37, 591
7. Doster, W.; Busch, S.; Gaspar, A. M.; Appavou, M.-S.; Wuttke, J.; Scheer, H. Phys. Rev. Lett. 2010, 104, 098101
8. Caliskan, G.; Briber, R. M.; Thirumalai, D.; Garcia-Sakai, V.; Woodson, S. A.; Sokolov, A. P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 128, 32
9. Roh, J. H.; Briber, R. M.; Damjanovic, A.; Thirumalai, D.; Woodson, S. A.; Sokolov, A. P. Biophys. J. 2009, 96, 2755
10. Chu, X.-q.; Fratini, E.; Baglioni, P.; Faraone, A.; Chen, S.-H. Phys. Rev. E 2008, 77, 011908
11. Chen, S. H.; Liu, L.; Chu, X.; Zhang, Y.; Fratini, E.; Baglioni, P.; Faraone, A.; Mamontov, E. J. Chem. Phys. 2006, 125, 171103
12. Roh, J. H.; Tyagi, M.; Briber, R. M.; Woodson, S. A.; Sokolov, A. P. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 16406
13. Tarek, M.; Martyna, G. J.; Tobias, D. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10450
14. Tarek, M.; Tobias, D. J. Biophys. J. 2000, 79, 3244
15. Curtis, J. E.; Dirama, T. E.; Carri, G. A.; Tobias, D. J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 22953
16. Roh, J. H.; Novikov, V. N.; Gregory, R. B.; Curtis, J. E.; Chowdhuri, Z.; Sokolov, A. P. Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 038101
17. Tarek, M.; Tobias, D. J. J. Chem. Phys. 2001, 115, 1607
18. Tarek, M.; Tobias, D. J. Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 275501
19. Curtis, J. E.; Tarek, M.; Tobias, D. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15928
20. Dirama, T. E.; Carri, G. A.; Sokolov, A. P. J. Chem. Phys. 2005, 122, 244910
21. Dirama, T. E.; Curtis, J. E.; Carri, G. A.; Sokolov, A. P. J. Chem. Phys. 2006, 124, 034901
22. Khodadadi, S.; Curtis, J. E.; Sokolov, A. P. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 6222
23. Scott, W. G.; Murray, J. B.; Arnold, J. R. P.; Stoddard, B. L.; Klug, A. Science 1996, 274, 2065
24. MacKerell, A. D.; Banavali, N. K. J. Comput. Chem. 2000, 21, 105
25. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
26. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781
27. Best, R. B.; Zhu, X.; Shim, J.; Lopes, P. E. M.; Mittal, J.; Feig, M.; MacKerell, A. D. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 3257
28. Holst, M.; Saied, F. J. Comput. Chem. 1993, 14, 105
29. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Clarendon: Oxford, 1987.
30. Williams, G.; Watts, D. C. Trans. Faraday Soc. 1970, 66, 80
31. Lagi, M.; Baglioni, P.; Chen, S.-H. Phys. Rev. Lett. 2009, 103, 108102
32. Chu, X.-q.; Mamontov, E.; O'Neill, H.; Zhang, Q. J. Phys. Chem. Lett. 2013, 4, 936
33. Berman, H. M.; Olson, W. K.; Beveridge, D. L.; Westbrook, J.; Gelbin, A.; Demeny, T.; Hsieh, S. H.; Srinivasan, A. R.; Schneider, B. Biophys. J. 1992, 63, 751
34. Caliskan, G.; Hyeon, C.; Perez-Salas, U.; Briber, R. M.; Woodson, S. A.; Thirumalai, D. Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 268303
35. Roh, J. H.; Guo, L.; Kilburn, J. D.; Briber, R. M.; Irving, T.; Woodson, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 10148
36. Draper, D. E. RNA 2004, 10, 335
37. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089
38. Auffinger, P.; Westhof, E. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 227
39. Hermann, T.; Auffinger, P.; Westhof, E. Eur. Biophys. J. 1998, 27, 153