The sulfur shift: An activation mechanism for periplasmic nitrate reductase and formate dehydrogenase

Inorganic Chemistry

Volumn 52, Issue 19, 2013, Pages 10766-10772

  Cerqueira, Nuno M F S A ^a   Fernandes, Pedro A ^a   Gonzalez, Pablo J ^b   Moura, José J G ^b   Ramos, Maria J ^a  

^a UNIVERSITY OF PORTO   (Portugal)

^b UNIVERSIDADE NOVA DE LISBOA   (Portugal)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FORMATE DEHYDROGENASE; NITRATE REDUCTASE; SULFUR;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION;

COMPUTER SIMULATION; FORMATE DEHYDROGENASES; MODELS, MOLECULAR; NITRATE REDUCTASE; SULFUR;

EID: 84885114475     PISSN: 00201669     EISSN: 1520510X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ic3028034     Document Type: Article

References (48)

1. Hille, R. Chem. Rev. 1996, 96, 2757
2. Hille, R. J. Biol. Inorg. Chem. 1997, 2, 804
3. Schwarz, G.; Mendel, R. R.; Ribbe, M. W. Nature 2009, 460, 839
4. Moura, J. J. G.; Brondino, C. D.; Trincao, J.; Romao, M. J. J. Biol. Inorg. Chem. 2004, 9, 791
5. Romao, M. J. Dalton Trans. 2009, 4053-4068
6. Gonzalez, P. J.; Rivas, M. G.; Mota, C. S.; Brondino, C. D.; Moura, I.; Moura, J. J. G. Coord. Chem. Rev. 2013, 257, 315
7. Najmudin, S.; Gonzalez, P. J.; Trincao, J.; Coelho, C.; Mukhopadhyay, A.; Cerqueira, N. M. F. S. A.; Romao, C. C.; Moura, I.; Moura, J. J. G.; Brondino, C. D.; Romao, M. J. J. Biol. Inorg. Chem. 2008, 13, 737
8. Coelho, C.; Gonzalez, P. J.; Moura, J. J. G.; Moura, I.; Trincao, J.; Romao, M. J. J. Mol. Biol. 2011, 408, 932
9. Raaijmakers, H. C. A.; Romao, M. J. J. Biol. Inorg. Chem. 2006, 11, 849
10. Raaijmakers, H.; Macieira, S.; Dias, J. M.; Teixeira, S.; Bursakov, S.; Huber, R.; Moura, J. J. G.; Moura, I.; Romao, M. J. Structure 2002, 10, 1261
11. Butler, C. S.; Charnock, J. M.; Bennett, B.; Sears, H. J.; Reilly, A. J.; Ferguson, S. J.; Garner, C. D.; Lowe, D. J.; Thomson, A. J.; Berks, B. C.; Richardson, D. J. Biochemistry 1999, 38, 9000
12. George, G. N.; Colangelo, C. M.; Dong, J.; Scott, R. A.; Khangulov, S. V.; Gladyshev, V. N.; Stadtman, T. C. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1267
13. Khangulov, S. V.; Gladyshev, V. N.; Dismukes, G. C.; Stadtman, T. C. Biochemistry 1998, 37, 3518
14. Leopoldini, M.; Russo, N.; Toscano, M.; Dulak, M.; Wesolowski, T. A. Chem.-Eur. J. 2006, 12, 2532
15. Cerqueira, N. M. F. S. A.; Gonzalez, P. J.; Brondino, C. D.; Romao, M. J.; Romao, C. C.; Moura, I.; Moura, J. J. G. J. Comput. Chem. 2009, 30, 2466
16. Mota, C. S.; Rivas, M. G.; Brondino, C. D.; Moura, I.; Moura, J. J. G.; Gonzalez, P. J.; Cerqueira, N. M. F. S. A. J. Biol. Inorg. Chem. 2011, 16, 1255
17. Metz, S.; Thiel, W. Coord. Chem. Rev. 2011, 255, 1085
18. Boyington, J. C.; Gladyshev, V. N.; Khangulov, S. V.; Stadtman, T. C.; Sun, P. D. Science 1997, 275, 1305
19. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, O.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
20. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2008, 120, 215
21. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 157
22. Andrae, D.; Haussermann, U.; Dolg, M.; Stoll, H.; Preuss, H. Theor. Chim. Acta 1990, 77, 123
23. Cerqueira, N. M. F. S. A.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1356
24. Cerqueira, N. M. F. S. A.; Fernandes, P. A.; Eriksson, L. A.; Ramos, M. J. Biophys. J. 2006, 90, 2109
25. Ramos, M. J.; Fernandes, P. A. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 689
26. Oliveira, E. F.; Cerqueira, N. M. F. S. A.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 15496
27. Grimme, S.; Antony, J.; Ehrlich, S.; Krieg, H. J. Chem. Phys. 2010, 132, 154104
28. Rivas, M. G.; Gonzalez, P. J.; Brondino, C. D.; Moura, J. J. G.; Moura, I. J. Inorg. Biochem. 2007, 101, 1617
29. Jepson, B. J. N.; Mohan, S.; Clarke, T. A.; Gates, A. J.; Cole, J. A.; Butler, C. S.; Butt, J. N.; Hemmings, A. M.; Richardson, D. J. J. Biol. Chem. 2007, 282, 6425
30. Leopoldini, M.; Chiodo, S. G.; Toscano, M.; Russo, N. Chem.-Eur. J. 2008, 14, 8674
31. Tiberti, M.; Papaleo, E.; Russo, N.; De Gioia, L.; Zampella, G. Inorg. Chem. 2012, 51, 8331
32. Hofmann, M. J. Biol. Inorg. Chem. 2009, 14, 1023
33. Xie, H. J.; Cao, Z. X. Organometallics 2010, 29, 436
34. Duchackova, L.; Schroder, D.; Roithova, J. Inorg. Chem. 2011, 50, 3153
35. Sousa, S. F.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1378
36. Assarsson, M.; Andersson, M. E.; Hogbom, M.; Persson, B. O.; Sahlin, M.; Barra, A. L.; Sjoberg, B. M.; Nordlund, P.; Graslund, A. J. Biol. Chem. 2001, 276, 26852
37. Hogbom, M.; Andersson, M. E.; Nordlund, P. J. Biol. Inorg. Chem. 2001, 6, 315
38. Torrent, M.; Musaev, D. G.; Basch, H.; Morokuma, K. J. Comput. Chem. 2002, 23, 59
39. Gherman, B. F.; Baik, M. H.; Lippard, S. J.; Friesner, R. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2978
40. Kuzelka, J.; Spingler, B.; Lippard, S. J. Inorg. Chim. Acta 2002, 337, 212
41. Lemercier, G.; Mulliez, E.; Brouca-Cabarrecq, C.; Dahan, F.; Tuchagues, J. P. Inorg. Chem. 2004, 43, 2105
42. Rardin, R. L.; Bino, A.; Liu, S. C.; Lippard, S. J. Abstr. Pap. Am. Chem. Soc. 1990, 199, 506
43. Pursche, D.; Triller, M. U.; Reddig, N.; Rompel, A.; Krebs, B. Z. Anorg. Allg. Chem. 2003, 629, 24
44. Baffert, C.; Collomb, M. N.; Deronzier, A.; Kjaergaard-Knudsen, S.; Latour, J. M.; Lund, K. H.; McKenzie, C. J.; Mortensen, M.; Nielsen, L.; Thorup, N. Dalton Trans. 2003, 1765
45. Demsar, A.; Kosmrlj, J.; Petricek, S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3951
46. Jormakka, M.; Richardson, D.; Byrne, B.; Iwata, S. Structure 2004, 12, 95
47. Bertero, M. G.; Rothery, R. A.; Palak, M.; Hou, C.; Lim, D.; Blasco, F.; Weiner, J. H.; Strynadka, N. C. J. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 681
48. Moura, I.; Pauleta, S. R.; Moura, J. J. G. J. Biol. Inorg. Chem. 2008, 13, 1185