Transformations in plasma membranes of cancerous cells and resulting consequences for cation insertion studied with molecular dynamics

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 15, Issue 34, 2013, Pages 14427-14441

  Klähn, Marco ^a   Zacharias, Martin ^b  

^a INSTITUTE OF CHEMICAL AND ENGINEERING SCIENCES   (Singapore)

^b TECHNICAL UNIVERSITY OF MUNICH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84881428711     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp52085d     Document Type: Article

References (59)

1. A. Zachowski Biochem. J. 1993 294 1 14
2. S. Ran A. Downes P. E. Thorpe Cancer Res. 2002 62 6132 6140
3. H. Woehlecke A. Pohl N. Alder-Baerens H. Lage A. Herrmann Biochem. J. 2003 376 489 495
4. S. Riedl B. Rinner M. Asslaber H. Schaider S. Walzer A. Novak K. Lohner D. Zweytick Biochim. Biophys. Acta 2011 1808 2638 2645
5. J. Connor C. Bucana I. J. Fidler A. J. Schroit Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1989 86 3184 3188
6. T. Utsugi A. J. Schroit J. Connor C. D. Bucana I. J. Fidler Cancer Res. 1991 51 3062 3066
7. R. A. Cruciani J. L. Barker M. Zasloff H. C. Chen O. Colamonici Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1991 88 3792 3796
8. W. F. Wonderlin K. A. Woodfork J. S. Strobl J. Cell. Physiol. 1995 165 177 185
9. A. A. Gurtovenko I. Vattulainen J. Phys. Chem. B 2008 112 4629 4634
10. K. Simons E. Ikonen Science 2000 290 1721 1726
11. M. Sok M. Sentjurc M. Schara Cancer Lett. 1999 139 215 220
12. K. Kozlowska J. Nowak B. Kwiatkowski M. Cichorek Exp. Toxicol. Pathol. 1999 51 89 92
13. K. Yano S. Ohoshima Y. Gotou K. Kumaido T. Moriguchi H. Katayama Anal. Biochem. 2000 287 218 225
14. Y. C. Li M. J. Park S. K. Ye C. W. Kim Y. N. Kim Am. J. Pathol. 2006 168 1107 1118
15. J. Chaudhary M. Munshi Cytopathology 1995 6 162 167
16. I. Dobrzyńska B. Szachowicz-Petelska S. Sulkowski Z. Figaszewski Mol. Cell. Biochem. 2005 276 113 119
17. D. W. Hoskin A. Ramamoorthy Biochim. Biophys. Acta 2008 1778 357 375
18. T. Iwasaki J. Ishibashi H. Tanaka M. Sato A. Asaoka D. Taylor M. Yamakawa Peptides 2009 30 660 668
19. V. Kumar S. V. Malhotra Bioorg. Med. Chem. Lett. 2009 19 4643 4646
20. S. V. Malhotra V. Kumar Bioorg. Med. Chem. Lett. 2010 20 581 585
21. T. Rog M. Pasenkiewicz-Gierula I. Vattulainen M. Karttunen Biochim. Biophys. Acta 2009 1788 97 121
22. C. L. Wennberg D. Van der Spoel J. S. Hub J. Am. Chem. Soc. 2012 134 5351 5361
23. W. K. Subczynski A. Wisniewska J. J. Yin J. S. Hyde A. Kusumi Biochemistry 1994 33 7670 7681
24. P. Jedlovszky M. Mezei J. Phys. Chem. B 2003 107 5322 5332
25. S. R. T. Cromie N. G. Del Popolo P. Ballone J. Phys. Chem. B 2009 113 11642 11648
26. R. J. Bingham P. Ballone J. Phys. Chem. B 2012 116 11205 11216
27. K. O. Evans Int. J. Mol. Sci. 2008 9 498 511
28. K. Kolanjiappan S. Manoharan M. Kayalvizhi Clin. Chim. Acta 2002 326 143 149
29. W. J. Van Blitterswijk G. De Veer J. H. Krol P. Emmelot Biochim. Biophys. Acta 1982 688 495 504
30. M. Shinitzky Biochim. Biophys. Acta 1984 738 251 261
31. M. Sok M. Sentjurc M. Schara Cancer Lett. 1999 139 215 220
32. C. J. Barker K. Bowler Radiat. Res. 1991 125 48 55
33. M. Klahn A. Seduraman P. Wu J. Phys. Chem. B 2008 112 10989 11004
34. A. D. Mackerell M. Feig C. L. Brooks J. Comput. Chem. 2004 25 1400 1415
35. M. T. Hyvonen P. T. Kovanen J. Phys. Chem. B 2003 107 9102 9108
36. Z. Cournia J. C. Smith G. M. A. Ullmann J. Comput. Chem. 2005 26 1383 1399
37. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
38. A. Seduraman P. Wu M. Klahn J. Phys. Chem. B 2012 116 296 304
39. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648 5652
40. C. T. Lee W. T. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988 37 785 789
41. J. Tomasi B. Mennucci R. Cammi Chem. Rev. 2005 105 2999 3093
42. M. W. Schmidt K. K. Baldridge J. A. Boatz S. T. Elbert M. S. Gordon J. H. Jensen S. Koseki N. Matsunaga K. A. Nguyen S. Su T. L. Windus M. Dupuis J. A. Montgomery Jr. J. Comput. Chem. 1993 14 1347 1363
43. U. C. Singh P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1984 5 129 145
44. S. Jo J. B. Lim J. B. Klauda W. Im Biophys. J. 2009 97 50 58
45. D. Van der Spoel E. Lindahl B. Hess G. Groenhof A. E. Mark H. J. Berendsen J. Comput. Chem. 2005 26 1701 1718
46. B. Hess H. Bekker H. J. C. Berendsen J. G. E. M. Fraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463 1472
47. G. Bussi D. Donadio M. Parrinello J. Chem. Phys. 2007 126 014101
48. A. A. Langham A. S. Ahmad Y. N. Kaznessis J. Am. Chem. Soc. 2008 130 4338 4346
49. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer simulations of liquids, Oxford Science Publications, 1987
50. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
51. U. Essmann L. Perera M. L. Berkowitz T. Darden H. Lee L. G. Pedersen J. Chem. Phys. 1995 103 8577 8593
52. S. Kumar J. M. Rosenberg D. Bouzida R. H. Swendsen P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1992 13 1011 1021
53. J. S. Hub B. L. de Groot D. Van der Spoel J. Chem. Theory Comput. 2010 6 3713 3720
54. C. B. Barber D. P. Dobkin H. Huhdanpaa ACM Trans. Math. Software 1996 22 469 483
55. G. Lantzsch H. Binder H. Heerklotz J. Fluoresc. 1994 4 339 343
56. N. Kucerka S. Tristram-Nagle J. F. Nagle J. Membr. Biol. 2006 208 193 202
57. P. Mukhopadhyay L. Monticelli D. P. Tieleman Biophys. J. 2004 86 1601 1609
58. J. Seelig N. Waespe-Sarcevic Biochemistry 1978 17 3310 3315
59. S. Stolte M. Matzke J. Arning A. Boschen W.-R. Pitner U. Welz-Biermann B. Jastorff J. Ranke Green Chem. 2007 9 1170 1179