UV resonance raman and DFT studies of arginine side chains in peptides: Insights into arginine hydration

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 117, Issue 24, 2013, Pages 7145-7156

  Hong, Zhenmin ^a   Wert, Jonathan ^a   Asher, Sanford A ^a  

^a UNIVERSITY OF PITTSBURGH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARGININE; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; GROUND STATE; HYDRATION; POTENTIAL ENERGY; RESONANCE; STRETCHING;

DENSITY FUNCTIONAL THEORIES (DFT); ELECTRONIC EXCITED STATE; ELECTRONIC GROUND STATE; EQUILIBRIUM GEOMETRIES; POTENTIAL ENERGY DISTRIBUTION; RESONANCE RAMAN ENHANCEMENTS; STRETCHING VIBRATIONS; VIBRATIONAL NORMAL MODES;

PEPTIDES;

EID: 84879328302     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp404030u     Document Type: Article

References (52)

1. Asher, S. A. Anal. Chem. 1993, 65, A201
2. Asher, S. A. Anal. Chem. 1993, 65, A59
3. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8074
4. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4076
5. Asher, S. A.; Ianoul, A.; Mix, G.; Boyden, M. N.; Karnoup, A.; Diem, M.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11775
6. Asher, S. A.; Mikhonin, A. V.; Bykov, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8433
7. Mikhonin, A. V.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13789
8. Mikhonin, A. V.; Bykov, S. V.; Myshakina, N. S.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 1928
9. Oladepo, S. A.; Xiong, K.; Hong, Z.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 334
10. Oladepo, S. A.; Xiong, K.; Hong, Z.; Asher, S. A.; Handen, J.; Lednev, I. K. Chem. Rev. 2012, 112, 2604
11. Asher, S. A.; Ludwig, M.; Johnson, C. R. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 3186
12. Fodor, S. P. A.; Copeland, R. A.; Grygon, C. A.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 5509
13. Chi, Z. H.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 9595
14. Sweeney, J. A.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 4784
15. Miura, T.; Takeuchi, H.; Harada, I. J. Raman Spectrosc. 1989, 20, 667
16. Miura, T.; Takeuchi, H.; Harada, I. Biochemistry 1991, 30, 6074
17. Takeuchi, H. Biochemistry 1997, 36, 10993
18. Takeuchi, H. Biopolymers 2003, 72, 305
19. Hildebrandt, P. G.; Copeland, R. A.; Spiro, T. G.; Otlewski, J.; Laskowski, M.; Prendergast, F. G. Biochemistry 1988, 27, 5426
20. Asher, S. A.; Murtaugh, J. L. Appl. Spectrosc. 1988, 42
21. Sension, R. J.; Hudson, B.; Callis, P. R. J. Phys. Chem. 1990, 94, 4015
22. Wolfenden, R.; Andersson, L.; Cullis, P. M.; Southgate, C. C. B. Biochemistry 1981, 20, 849
23. Mason, P. E.; Dempsey, C. E.; Neilson, G. W.; Brady, J. W. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 24185
24. Mason, P. E.; Neilson, G. W.; Dempsey, C. E.; Barnes, A. C.; Cruickshank, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 4557
25. Mason, P. E.; Neilson, G. W.; Kline, S. R.; Dempsey, C. E.; Brady, J. W. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13477
26. Hunger, J.; Niedermayer, S.; Buchner, R.; Hefter, G. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 13617
27. McQuinn, K.; McIndoe, J. S.; Hof, F. Chem.-Eur. J. 2008, 14, 6483
28. García, A. E.; Stiller, L. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1396
29. White, S. H.; Wimley, W. C. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 319
30. Sharma, B.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 5659
31. Bykov, S.; Lednev, I.; Ianoul, A.; Mikhonin, A.; Munro, C.; Asher, S. A. Appl. Spectrosc. 2005, 59, 1541
32. Dudik, J. M.; Johnson, C. R.; Asher, S. A. J. Chem. Phys. 1985, 82, 1732
33. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Keith, T.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, O.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2010.
34. Groner, P. Normal Coordinate Analysis; John Wiley & Sons, Ltd.: New York, 2006.
35. McIntosh, D. Theor. Chem. Acc. 2009, 125, 177
36. Pulay, P.; Fogarasi, G.; Pang, F.; Boggs, J. E. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 2550
37. Tang, W.; Sanville, E.; Henkelman, G. J. Phys.: Condens. Matter 2009, 21, 084204
38. Sanville, E.; Kenny, S. D.; Smith, R.; Henkelman, G. J. Comput. Chem. 2007, 28, 899
39. Henkelman, G.; Arnaldsson, A.; Jónsson, H. Comput. Mater. Sci. 2006, 36, 354
40. Magalhães, A. L.; Gomes, J. A. N. F. Int. J. Quantum Chem. 1997, 61, 725
41. Gobbi, A.; Frenking, G. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 2362
42. Mak, M. L.; Salpietro, S. J.; Enriz, R. D.; Csizmadia, I. G. Can. J. Chem. 2000, 78, 626
43. Walsh, A. D. J. Chem. Soc. 1953, 2301
44. Heller, E. J. J. Chem. Phys. 1975, 62, 1544
45. Heller, E. J.; Sundberg, R.; Tannor, D. J. Phys. Chem. 1982, 86, 1822
46. Tannor, D. J.; Heller, E. J. J. Chem. Phys. 1982, 77, 202
47. Lee, S.-Y.; Heller, E. J. J. Chem. Phys. 1979, 71, 4777
48. Braiman, M. S.; Briercheck, D. M.; Kriger, K. M. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 4744
49. Vanderkooi, J. M.; Dashnau, J. L.; Zelent, B. Biochim. Biophys. Acta 2005, 1749, 214
50. No, K. T.; Nam, K.-Y.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12917
51. Hong, Z.; Ahmed, Z.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 4234
52. García, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2782