Phase separation in a lipid/cholesterol system: Comparison of coarse-grained and united-atom simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 117, Issue 14, 2013, Pages 3841-3851

  Hakobyan, Davit ^a   Heuer, Andreas ^a  

^a UNIVERSITY OF MÜNSTER   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELL MEMBRANES; CHOLESTEROL; CYTOLOGY; PHOSPHOLIPIDS;

DIFFUSION CONSTANT; MEMBRANE BILAYERS; PHASE-SEPARATION PROCESS; SIMULATION DEMONSTRATE; STRUCTURAL FEATURE; SYSTEM PROPERTY; TERNARY MIXTURES; UNSATURATED PHOSPHOLIPIDS;

PHASE SEPARATION;

EID: 84876209295     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp312245y     Document Type: Article

References (42)

1. Simons, K.; Ikonen, E. Nature 1997, 387, 569-572
2. Lingwood, D.; Simons, K. Science 2010, 327, 46-50
3. Hancock, J. F. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006, 7, 456-462
4. Pike, L. J. J. Lipid Res. 2006, 47, 1597-1598
5. Simons, K.; Vaz, W. L. C. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004, 33, 269-295
6. Bagatolli, L. A.; Gratton, E. Biophys. J. 2000, 79, 434-447
7. Dietrich, C.; Bagatolli, L. A.; Volovyk, Z. N.; Thompson, N. L.; Levi, M.; Jacobson, K.; Gratton, E. Biophys. J. 2001, 80, 1417-1428
8. Dietrich, C.; Volovyk, Z. N.; Levi, M.; Thompson, N. L.; Jacobson, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 10642-10647
9. Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812-7824
10. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750-760
11. Risselada, H. J.; Marrink, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 17367-17372
12. Pandit, S. A.; Jakobsson, E.; Scott, H. L. Biophys. J. 2004, 87, 3312-3322
13. Pandit, S. A.; Vasudevan, S.; Chiu, S. W.; Mashl, R. J.; Jakobsson, E.; Scott, H. L. Biophys. J. 2004, 87, 1092-1100
14. Apajalahti, T.; Niemela, P.; Govindan, P. N.; Miettinen, M. S.; Salonen, E.; Marrink, S. J.; Vattulainen, I. Faraday Discuss. 2010, 144, 411-430
15. Niemela, P. S.; Ollila, S.; Hyvonen, M. T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. PLoS Comput. Biol. 2007, 3, e34
16. Mills, T. T.; Tristram-Nagle, S.; Heberle, F. A.; Morales, N. F.; Zhao, J.; Wu, J.; Toombes, G. E. S.; Nagle, J. F.; Feigenson, G. W. Biophys. J. 2008, 95, 682-690
17. Kahya, N.; Scherfeld, D.; Bacia, K.; Schwille, P. J. Struct. Biol. 2004, 147, 77-89
18. Scherfeld, D.; Kahya, N.; Schwille, P. Biophys. J. 2003, 85, 3758-3768
19. Bachar, M.; Brunelle, P.; Tieleman, D. P.; Rauk, A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 7170-7179
20. Tieleman, D. P.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1996, 105, 4871-4880
21. Berger, O.; Edholm, O.; Jahnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002-2013
22. Holtje, M.; Forster, T.; Brandt, B.; Engels, T.; von Rybinski, W.; Holtje, H. D. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2001, 1511, 156-167
23. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. Interaction models for water in relation to protein hydration. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; Reidel: Dordrecht, The Netherlands, 1981; pp 331-342.
24. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
25. Van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718
26. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
27. Veatch, S. L.; Keller, S. L. Biophys. J. 2003, 85, 3074-3083
28. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
29. Edholm, O.; Nagle, J. F. Biophys. J. 2005, 89, 1827-1832
30. Rog, T.; Pasenkiewicz-Gierula, M.; Vattulainen, I.; Karttunen, M. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009, 1788, 97-121
31. Pandit, S. A.; Scott, H. L. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009, 1788, 136-148
32. Martinez-Seara, H.; Rog, T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I.; Reigada, R. PLoS One 2010, 5, e11162
33. Wohlert, J.; Edholm, O. J. Chem. Phys. 2006, 125, 204703
34. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14 (33-38) 27-38
35. König, S.; Pfeiffer, W.; Bayerl, T.; Richter, D.; Sackmann, E. J. Phys. II 1992, 2, 1589-1615
36. Tabony, J.; Perly, B. Biochim. Biophys. Acta 1991, 1063, 67-72
37. Oradd, G.; Westerman, P. W.; Lindblom, G. Biophys. J. 2005, 89, 315-320
38. Cahn, J. W.; Hilliard, J. E. J. Chem. Phys. 1958, 28, 258-267
39. de Joannis, J.; Coppock, P. S.; Yin, F.; Mori, M.; Zamorano, A.; Kindt, J. T. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 3625-3634
40. Pandit, S. A.; Chiu, S. W.; Jakobsson, E.; Grama, A.; Scott, H. L. Langmuir 2008, 24, 6858-6865
41. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
42. Petersen, H. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 3668-3679