Large-scale capture of peptides containing reversibly oxidized cysteines by thiol-disulfide exchange applied to the myocardial redox proteome

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 7, 2013, Pages 3774-3780

  Paulech, Jana ^a   Solis, Nestor ^a   Edwards, Alistair V G ^a,b   Puckeridge, Max ^a   White, Melanie Y ^a   Cordwell, Stuart J ^a  

^a UNIVERSITY OF SYDNEY   (Australia)

^b UNIVERSITY OF SOUTHERN DENMARK   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID SEQUENCE; BIOLOGICAL CONDITIONS; CHROMATOGRAPHIC CONDITIONS; LOW OXIDATION STATE; NON-COVALENT INTERACTION; PHYSIOLOGICAL CONDITION; POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS; THIOL-DISULFIDE EXCHANGES;

AMINO ACIDS; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; IONS; MASS SPECTROMETRY; OXIDATION; RATS; REDOX REACTIONS; RESINS; TISSUE;

PEPTIDES;

CYSTEINE; PEPTIDE; PROTEOME; THIOL DERIVATIVE;

ANIMAL; ARTICLE; CHEMISTRY; CHROMATOGRAPHY; HEART MUSCLE; LEWIS RAT; OXIDATION REDUCTION REACTION; PROTEOMICS; RAT;

ANIMALS; CHROMATOGRAPHY; CYSTEINE; MYOCARDIUM; OXIDATION-REDUCTION; PEPTIDES; PROTEOME; PROTEOMICS; RATS; RATS, INBRED LEW; SULFHYDRYL COMPOUNDS;

EID: 84875776349     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac400166e     Document Type: Article

References (64)

1. Davies, M. J.; Fu, S.; Wang, H.; Dean, R. T. Free Radicals Biol. Med. 1999, 27, 1151-1163
2. Hawkins, C. L.; Davies, M. J. Biochim. Biophys. Acta 2001, 1504, 196-219
3. Jacob, C.; Giles, G. I.; Giles, N. M.; Sies, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 4742-4758
4. Lindahl, M.; Mata-Cabana, A.; Kieselbach, T. Antioxid. Redox Signaling 2011, 14, 2581-2641
5. Biteau, B.; Labarre, J.; Toledano, M. B. Nature 2003, 425, 980-984
6. Shao, D.; Oka, S.; Brady, C. D.; Haendeler, J.; Eaton, P.; Sadoshima, J. J. Mol. Cell. Cardiol. 2012, 52, 550-558
7. Kumar, V.; Calamaras, T. D.; Haeussler, D.; Colucci, W. S.; Cohen, R. A.; McComb, M. E.; Pimentel, D.; Bachschmid, M. M. Antioxid. Redox Signaling 2012, 17, 1528-1559
8. Christians, E. S.; Benjamin, I. J. Am. J. Physiol.: Heart Circ. Physiol. 2012, 302, H24-H37
9. Thamsen, M.; Jakob, U. Curr. Opin. Chem. Biol. 2011, 15, 113-119
10. Rudolph, T. K.; Freeman, B. A. Sci. Signaling 2009, 2, re7
11. Givol, D.; Delorenzo, F.; Goldberger, R. F.; Anfinsen, C. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1965, 53, 676-684
12. Claiborne, A.; Miller, H.; Parsonage, D.; Ross, R. P. FASEB J. 1993, 7, 1483-1490
13. Bindoli, A.; Fukuto, J. M.; Forman, H. J. Antioxid. Redox Signaling 2008, 10, 1549-1564
14. Hess, D. T.; Matsumoto, A.; Kim, S. O.; Marshall, H. E.; Stamler, J. S. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005, 6, 150-166
15. Arnelle, D. R.; Stamler, J. S. Arch. Biochem. Biophys. 1995, 318, 279-285
16. Jaffrey, S. R.; Snyder, S. H. Sci. STKE 2001, 11, l1-l9
17. Hao, G.; Derakhshan, B.; Shi, L.; Campagne, F.; Gross, S. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 1012-1017
18. Murray, C. I.; Kane, L. A.; Uhrigshardt, H.; Wang, S. B.; Van Eyk, J. E. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110.004721
19. Holmes, A. J.; Williams, D. L. H. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 2000, 1639-1644
20. Williams, D. L. H. Acc. Chem. Res. 1999, 32, 869-876
21. Grossi, L.; Montevecchi, P. C. Chem.-Eur. J. 2002, 8, 380-387
22. Veleeparampil, M. M.; Aravind, U. K.; Aravindakumar, C. T. Adv. Phys. Chem. 2009, 2009, 1-5
23. Sethuraman, M.; McComb, M. E.; Huang, H.; Huang, S.; Heibeck, T.; Costello, C. E.; Cohen, R. A. J. Proteome Res. 2004, 3, 1228-1233
24. McDonagh, B.; Ogueta, S.; Lasarte, G.; Padilla, C. A.; Barcena, J. A. J. Proteomics 2009, 72, 677-689
25. Fu, C.; Hu, J.; Liu, T.; Ago, T.; Sadoshima, J.; Li, H. J. Proteome Res. 2008, 7, 3789-3802
26. Fu, C.; Wu, C.; Liu, T.; Ago, T.; Zhai, P.; Sadoshima, J.; Li, H. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 1674-1687
27. Leichert, L. I.; Gehrke, F.; Gudiseva, H. V.; Blackwell, T.; Ilbert, M.; Walker, A. K.; Strahler, J. R.; Andrews, P. C.; Jakob, U. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 8197-8202
28. Hagglund, P.; Bunkenborg, J.; Maeda, K.; Svensson, B. J. Proteome Res. 2008, 7, 5270-5276
29. Landar, A.; Oh, J. Y.; Giles, N. M.; Isom, A.; Kirk, M.; Barnes, S.; Darley-Usmar, V. M. Free Radicals Biol. Med. 2006, 40, 459-468
30. Lin, D.; Li, J.; Slebos, R. J.; Liebler, D. C. J. Proteome Res. 2010, 9, 5461-5472
31. Marino, S. M.; Li, Y.; Fomenko, D. E.; Agisheva, N.; Cerny, R. L.; Gladyshev, V. N. Biochemistry 2010, 49, 7709-7721
32. Lui, J. K.; Lipscombe, R.; Arthur, P. G. J. Proteome Res. 2010, 9, 383-392
33. Song, B. J.; Suh, S. K.; Moon, K. H. Methods Enzymol. 2010, 473, 251-264
34. Yano, H.; Wong, J. H.; Cho, M. J.; Buchanan, B. B. Plant Cell Physiol. 2001, 42, 879-883
35. Murray, C. I.; Uhrigshardt, H.; O'Meally, R. N.; Cole, R. N.; Van Eyk, J. E. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111.013441
36. Boja, E. S.; Fales, H. M. Anal. Chem. 2001, 73, 3576-3582
37. Cotner, R. C.; Clagett, C. O. Anal. Biochem. 1973, 54, 170-177
38. Sommer, A.; Traut, R. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1974, 71, 3946-3950
39. Brennan, J. P.; Wait, R.; Begum, S.; Bell, J. R.; Dunn, M. J.; Eaton, P. J. Biol. Chem. 2004, 279, 41352-41360
40. Raftery, M. J. Anal. Chem. 2008, 80, 3334-3341
41. Doulias, P. T.; Greene, J. L.; Greco, T. M.; Tenopoulou, M.; Seeholzer, S. H.; Dunbrack, R. L.; Ischiropoulos, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 16958-16963
42. Yamazaki, D.; Motohashi, K.; Kasama, T.; Hara, Y.; Hisabori, T. Plant Cell Physiol. 2004, 45, 18-27
43. Lee, K.; Lee, J.; Kim, Y.; Bae, D.; Kang, K. Y.; Yoon, S. C.; Lim, D. Electrophoresis 2004, 25, 532-541
44. Hu, W. T.; Tedesco, S.; McDonagh, B.; Sheehan, D. Mar. Environ. Res. 2010, 69, S25-S27
45. Hu, W.; Tedesco, S.; McDonagh, B.; Barcena, J. A.; Keane, C.; Sheehan, D. Anal. Biochem. 2010, 398, 245-253
46. Wang, S.; Zhang, X.; Regnier, F. E. J. Chromatogr., A 2002, 949, 153-162
47. Wang, S.; Reignier, F. E. J. Chromatogr., A 2001, 924, 345-357
48. Maya-Ampudia, V.; Bernal-Lugo, I. Free Radicals Biol. Med. 2006, 40, 1362-1368
49. Salih, E.; Siqueira, W. L.; Helmerhorst, E. J.; Oppenheim, F. G. Anal. Biochem. 2010, 407, 19-33
50. Kohr, M. J.; Aponte, A. M.; Sun, J. H.; Wang, G. H.; Murphy, E.; Gucek, M.; Steenbergen, C. Am. J. Physiol.: Heart Circ. Physiol. 2011, 300, H1327-H1335
51. Kohr, M. J.; Sun, J. H.; Aponte, A.; Wang, G. H.; Gucek, M.; Murphy, E.; Steenbergen, C. Circ. Res. 2011, 108, 418-U450
52. Liu, T.; Qian, W. J.; Strittmatter, E. F.; Camp, D. G.; Anderson, G. A.; Thrall, B. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2004, 76, 5345-5353
53. Liu, T.; Qian, W. J.; Chen, W. N.; Jacobs, J. M.; Moore, R. J.; Anderson, D. J.; Gritsenko, M. A.; Monroe, M. E.; Thrall, B. D.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. Proteomics 2005, 5, 1263-1273
54. Wang, H. X.; Qian, W. J.; Chin, M. H.; Petyuk, V. A.; Barry, R. C.; Liu, T.; Gritsenko, M. A.; Mottaz, H. M.; Moore, R. J.; Camp, D. G.; Khan, A. H.; Smith, D. J.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2006, 5, 361-369
55. Parker, B. L.; Palmisano, G.; Edwards, A. V. G.; White, M. Y.; Engholm-Keller, K.; Lee, A.; Scott, N. E.; Kolarich, D.; Hambly, B. D.; Packer, N. H.; Larsen, M. R.; Cordwell, S. J. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110.006833
56. Wessel, D.; Flugge, U. I. Anal. Biochem. 1984, 138, 141-143
57. Huang, D. W.; Sherman, B. T.; Lempicki, R. A. Nat. Protoc. 2009, 4, 44-57
58. Hosack, D. A.; Dennis, G., Jr.; Sherman, B. T.; Lane, H. C.; Lempicki, R. A. Genome Biol. 2003, 4, R70
59. Kyte, J.; Doolittle, R. F. J. Mol. Biol. 1982, 157, 105-132
60. Schwartz, D.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 1391-1398
61. Graf, E.; Mahoney, J. R.; Bryant, R. G.; Eaton, J. W. J. Biol. Chem. 1984, 259, 3620-3624
62. Paulech, J.; Solis, N.; Cordwell, S. J. Biochim. Biophys. Acta 2013, 1834, 372-379
63. Matthews, J. R.; Botting, C. H.; Panico, M.; Morris, H. R.; Hay, R. T. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 2236-2242
64. Stamler, J. S.; Lamas, S.; Fang, F. C. Cell 2001, 106, 675-683